************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 i11ra.phase.inp i11ra.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST i11ra.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates i11ra.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual i11ra.phase.out_recom : estimates of recombination parameters i11ra.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 20 Positions of loci: 278 1057 2054 2090 3384 3682 4106 4427 4676 5338 5343 5611 5674 6369 7400 8901 9134 9718 9955 10009 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file i11ra.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCTGCGIGAAACGTGIIIGT 4.000000 2 GCTGCTIGAAACGTGIIIGT 30.000000 3 GCTGTGIGAAACGTGIIIGT 1.000000 4 GCTTCGIGAAACGTGIIIGT 1.000000 5 GCTTCGIGAAACGTGDIDGT 4.000000 6 GCTTCGIGAAGCCTGIIIGC 7.000000 7 GCTTCGIGCGACGTGIIIGT 6.000000 8 GCTTCTIGAAACGTGIIIGT 1.000000 9 GCTTTGIGAAACGTGIIIGT 2.000000 10 GCTTTGIGAAATGTGIIIGT 8.000000 11 GCATCGIGAAACGTGIIIGT 1.000000 12 GCATCGIGAAATGTGIIIGT 2.000000 13 GTTTCGDAAAACGATIDIAT 6.000000 14 ACTGCTIGAAACGTGIIIGT 1.000000 15 ACTTCGIGAAACCTGIIIGC 2.000000 16 ACTTCGIGAAGCCTGIIIGC 1.000000 17 ACTTTGIGAAACGTGIIIGT 11.000000 18 ACTTTGIGAAATGTGIIIGT 6.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (2,6) D002: (18,18) D003: (6,17) D004: (5,6) D005: (16,18) D006: (2,9) D007: (14,18) D008: (1,5) D009: (6,7) D010: (8,10) D011: (7,15) D012: (1,7) D013: (6,10) D014: (2,18) D015: (2,10) D016: (5,10) D033: (6,6) D034: (2,2) D035: (7,18) D036: (9,12) D037: (11,15) D038: (4,7) D039: (10,17) D040: (7,13) E001: (10,13) E002: (2,17) E003: (2,17) E004: (2,2) E005: (2,13) E006: (1,2) E007: (1,3) E008: (13,17) E009: (2,10) E010: (2,17) E011: (2,17) E012: (2,2) E013: (2,5) E014: (2,2) E015: (2,17) E016: (2,2) E017: (2,12) E018: (2,17) E019: (2,2) E020: (2,13) E021: (13,17) E022: (2,17) E023: (2,10) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T T C G I G A A G C C T G I I I G C 0 D002 A C T T T G I G A A A T G T G I I I G T A C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 D003 G C T T C G I G A A G C C T G I I I G C A C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 D004 G C T T C G I G A A A C G T G D I D G T G C T T C G I G A A G C C T G I I I G C 0 D005 A C T T C G I G A A G C C T G I I I G C A C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 D006 G C T G C [T] I G A A A C G T G I I I G T G C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 D007 A C T G C T I G A A A C G T G I I I G T A C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 D008 G C T [G] [C] G I G A A A C G T G I I I G T G C T T C G I G A A A C G T G D I D G T 0 D009 G C T T C G I G A A G C C T G I I I G C G C T T C G I G C G A C G T G I I I G T 0 D010 G C T T C T I G A A A C G T G I I I G T G C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 D011 G C T T C G I G C G A C G T G I I I G T A C T T C G I G A A A C C T G I I I G C 0 D012 G C T G C G I G A A A C G T G I I I G T G C T T C G I G C G A C G T G I I I G T 0 D013 G C T T C G I G A A G C C T G I I I G C G C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 D014 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T A C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 D015 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 D016 G C T T C G I G A A A C G T G D I D G T G C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 D033 G C T T C G I G A A G C C T G I I I G C G C T T C G I G A A G C C T G I I I G C 0 D034 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T 0 D035 G C T T C G I G C G A C G T G I I I G T A C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 D036 G C T T T G I G A A A C G T G I I I G T G C A T C G I G A A A T G T G I I I G T 0 D037 G C (A) T C G I G A A A C G T G I I I G T A C (T) T C G I G A A A C C T G I I I G C 0 D038 G C T T C G I G A A A C G T G I I I G T G C T T C G I G C G A C G T G I I I G T 0 D039 (G) C T T T G I G A A A T G T G I I I G T (A) C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 D040 G C T T C G I G C G A C G T G I I I G T G T T T C G D A A A A C G A T I D I A T 0 E001 G C T T T G I G A A A T G T G I I I G T G T T T C G D A A A A C G A T I D I A T 0 E002 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T A C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E003 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T A C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E004 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T 0 E005 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G T T T C G D A A A A C G A T I D I A T 0 E006 G C T G C G I G A A A C G T G I I I G T G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T 0 E007 G C T G C G I G A A A C G T G I I I G T G C T G T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E008 G T T T C G D A A A A C G A T I D I A T A C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E009 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T T T G I G A A A T G T G I I I G T 0 E010 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T A C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E011 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T A C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E012 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T 0 E013 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T T C G I G A A A C G T G D I D G T 0 E014 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T 0 E015 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T A C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E016 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T 0 E017 G C T G C [T] I G A A A C G T G I I I G T G C [A] [T] C G I G A A A T G T G I I I G T 0 E018 G C T G C [T] I G A A A C G T G I I I G T [A] C T [T] T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E019 G C T G C [T] I G A A A C G T G I I I G T G C T G C [T] I G A A A C G T G I I I G T 0 E020 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G T T T C G D A A A A C G A T I D I A T 0 E021 G T T T C G D A A A A C G A T I D I A T A C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E022 G C T G C [T] I G A A A C G T G I I I G T A C T T T G I G A A A C G T G I I I G T 0 E023 G C T G C T I G A A A C G T G I I I G T G C T T T G I G A A A T G T G I I I G T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = G = T ? ? = = A = G = ? = = = = T = = = T = G ? ? = = G = C = ? = = = = C 0 D002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D003 G = = = C = = = = = G = C = = ? = = = C A = = = T = = = = = A = G = = ? = = = T 0 D004 = = = = = = = = = = A = G = = D = D = T = = = = = = = = = = G = C = = I = I = C 0 D005 = = = = C = = = = = G C C = = = = = = C = = = = T = = = = = A T G = = = = = = T 0 D006 = = = G C ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = T T ? ? = = = = = = ? = = = = = = 0 D007 = = = G ? T = = = = = C = = = = = = = = = = = T ? G = = = = = T = = = = = = = = 0 D008 = = ? ? ? = = = = = = = = = = I = I = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = D = D = = 0 D009 = = ? ? = = = = A A G = C = = = = = = C = = ? ? = = = = C G A = G = = = = = = T 0 D010 = = = = C T = = = = = C = = = = = = = = = = = = T G = = = = = T = = = = = = = = 0 D011 G = = = = = = = C G = = G = = = = = = T A = = = = = = = A A = = C = = = = = = C 0 D012 = = = G = = = = A A = = = = = = = = = = = = = T = = = = C G = = = = = = = = = = 0 D013 = = = = ? = = = = = G C C = = ? = = = C = = = = ? = = = = = A T G = = ? = = = T 0 D014 G = = G ? T = = = = = C = = = = = = = = A = = T ? G = = = = = T = = = = = = = = 0 D015 = = ? ? C T = = = = = C = = = = = = = = = = ? ? T G = = = = = T = = = = = = = = 0 D016 = = = = ? = = = = = = C = = = D = D ? = = = = = ? = = = = = = T = = = I = I ? = 0 D033 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D034 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 D035 G = = = C ? = = C G = C = = = = = = = = A = = = T ? = = A A = T = = = = = = = = 0 D036 = ? T = T = ? = = = = C = = = = = = = = = ? A = C = ? = = = = T = = = = = = = = 0 D037 G = (A) = = = = = = = = = G = = = = = = T A = (T) = = = = = = = = = C = = = = = = C 0 D038 = = = = = = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = = = = = = = = 0 D039 (G) ? ? ? = = = = = = = T = = = = = = = = (A) ? ? ? = = = = = = = C = = = = = = = = 0 D040 = C ? ? = = ? G C G = ? ? ? G = I = G = = T ? ? = = ? A A A = ? ? ? T = D = A = 0 E001 = C = = T ? I G = = = T = T G = I = G = = T = = C ? D A = = = C = A T = D = A = 0 E002 G = = G ? T = = = = = = = = = = = = = = A = = T ? G = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 G ? = G ? T = = = = = = = = = = = = = = A ? = T ? G = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = C = G = T I G = = = = = T G = I = G = = T = T = G D A = = = = = A T = D = A = 0 E006 = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = C = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T = = = = = = = = = = ? = = = = 0 E008 G ? = = C = ? ? = = = = = ? T = D = A = A ? = = T = ? ? = = = = = ? G = I = G = 0 E009 = = = G C T = = = = = C = = = = = = = = = = = T T G = = = = = T = = = = = = = = 0 E010 G = = G C T = = = = = = = = = = = = = = A = = T T G = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 G = = G ? T ? ? = = = = = = = = = = = = A = = T ? G ? ? = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = G = T = = = = = = = = = I = I = = = = = T = G = = = = = = = = = D = D = = 0 E014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 G = = G C T = = = = = = = = = = = = = = A = = T T G = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = ? ? = ? ? = = = = C = = ? = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = T = = ? = = = = = 0 E018 ? = ? ? C ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? T ? = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = ? = = = = 0 E020 = C = G = T I G = = = = = T G = I = G = = T = T = G D A = = = = = A T = D = A = 0 E021 G T = = C = D A = = = = = A ? = D = A = A C = = T = I G = = = = = T ? = I = G = 0 E022 G = = ? C ? = = = = = = = = ? = = = = = A = = ? T ? = = = = = = = = ? = = = = = 0 E023 = = = G ? T = = = = = C = = = = = = = = = = = T ? G = = = = = T = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = 1.00 = 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 0.99 = = = = = 1.00 0.99 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 0.93 1.00 ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 0.99 = = = = = 0.98 = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 0.96 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 0.93 = = 1.00 ? 1.00 = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.99 = 0.89 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 0.71 ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = ? 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 0.97 = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.97 ? = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = 0.99 ? = = 1.00 = ? ? = = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 0.98 = = = = = = = = 0.98 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = 1.00 ? 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = 0.95 = = ? = = = = = ? = ? ? 0.99 ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 0.97 = = ? 1.00 ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = 0.98 = = = = = = = = END PHASEPROBS