************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 il10a.phase.inp il10a.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST il10a.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates il10a.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual il10a.phase.out_recom : estimates of recombination parameters il10a.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 51 Positions of loci: 769 947 1201 2677 3659 4193 4457 4683 5103 5399 6056 6529 7124 7318 7425 7772 8049 8394 8506 8766 9303 9320 9521 9537 10435 11785 12290 12343 12352 12458 12482 12661 12663 12791 12871 13051 13067 13991 14028 14112 15065 15144 15352 16184 17178 17560 18018 18208 18522 18846 19233 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file il10a.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ACCGCGAGCAGCGCGGTGGGCCAAGCGTGCGCGCCCCAGGCGCTGAGCCGT 1.000000 2 ACCGCGAGCAGCGCGGTGGGCCGAGCGTGCGCGCCCCAGGCGCTGAGCCGT 1.000000 3 ACCGCGAGCCGCGCGGTGGGCCGAGCGTGCGCGCCCCAGGCGCTGAGCCGT 28.000000 4 ACCGCGAGCCGCGCGGTGGGCCGAGCGTGCGCGCCCCAGGCGCTGGGCCGT 3.000000 5 ACCGCGAGCCGCGCGGTGGGCCGAGCGTGCGCGCCCCAGGCGTTGAGCCGT 2.000000 6 ACCGCGAGCCGCGCGGTGGGCCGAGCGTGCGCGCCCCAAGCGCTGAGCCGT 2.000000 7 ACCGCGAGCCGCGCGGTGGGCCGAGCCGCCGCGCCCCAGGCGCTGAGCCGT 1.000000 8 ACCGCGAGCCGCGCAGGGGGTCAACCGTGCGCGCTCCAGGCGCTGAGCCGC 1.000000 9 ACCGCGGGCAACGCGATGAGTCAGGCGTGCACGCTCCAGGCACTGGTTAAT 1.000000 10 ACCGCGGGCCACGCGATGAGTCAAGCGTGCGCGCCCCAAGCGTTGAGCCGT 2.000000 11 ACCGCGGGCCACGCGATGAGTCAAGCGTGCACGCTCCAGGCACTGGTTAAT 9.000000 12 ACCGCGGGCCACGCGATGAGTCAAGTGTGCACGCTCCAGGCACTGGTTAAT 1.000000 13 ACCGCGGGCCACGCGATGAGTCAGGCGTGCACGCTCCAGGCGCTGGGCCGT 2.000000 14 ACCGCGGGCCACGCGATGAGTCAGGCGTGCACGCTCCAGGCACTGGTTAAT 8.000000 15 ACCGCGGGCCACGCGATGAGTCAGGCGTGCACGCTCCGGGCACTGGTTAAT 2.000000 16 ACCGCGGGCCACGCGATGAGTCAGGCCGCGGCGCTCCGGGCACTGGGTAAT 1.000000 17 ACCGCAAGCAGCGCGGGGGGTCAACCGGGGGCTGCACAGGCGCTGATTCGT 2.000000 18 ACCGCAGGCAACGCGATGAGTCAAGCGTGCACGCTCCAGGCACTGGTTAAT 2.000000 19 ACCCCGAGCCGCGCGGTGGGCCGAGCGTGCGCGCCCCAAGCGCTGAGCCGT 2.000000 20 ATCGCGGGCCACGCGATGGGTCAACCGTGCGCGCTCCAGGCGCTGAGCCGT 1.000000 21 ATCGCGGGCCACGCGATAGGTCGACCGTGCGCGCTCCAGGCGCCCAGCCGT 3.000000 22 GCTGAGAACAGTGCGGGGGATTAAGCGTGCGCGCCCCAGGCGCTGAGCCGC 3.000000 23 GCTGAGAACAGTGCGGGGGATTAAGCGTGCGTGCCCCAGACGCTGGGCCGT 4.000000 24 GCTGAGAACAGTGCGGGGGATTAAGCGGGGGCTGCACAGGCGCTGAGCCGT 1.000000 25 GCTGAGAAAAGTGCGGGGGATTAAGCGTGCGTGCCCCAGACGCTGGGCCGT 4.000000 26 GCTGAGAAAAGTGCGGGGGATTAAGTGTGCGCGCCCCAGACGCTGGGCCGT 1.000000 27 GCTGAGAGCAGTATAGGGGGTCGACCGTGCGCGCTCTAGGTGCTGAGCCGT 6.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (3,22) D002: (11,27) D003: (23,27) D004: (3,3) D005: (22,23) D006: (8,23) D007: (3,25) D008: (21,24) D009: (3,3) D010: (21,22) D011: (9,17) D012: (17,18) D013: (18,23) D014: (6,20) D015: (3,21) D016: (3,3) D033: (2,27) D034: (3,3) D035: (11,27) D036: (11,27) D037: (3,27) D038: (11,25) D039: (3,3) D040: (11,11) E001: (3,3) E002: (3,14) E003: (3,25) E004: (14,15) E005: (13,15) E006: (4,14) E007: (3,11) E008: (3,3) E009: (11,14) E010: (3,4) E011: (25,26) E012: (3,5) E013: (1,4) E014: (11,14) E015: (3,12) E016: (7,16) E017: (14,19) E018: (3,5) E019: (3,6) E020: (3,10) E021: (14,19) E022: (3,10) E023: (13,14) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T G C T G A G A A C A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G C 0 D002 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T G C T G A G A G C A G T A T A G G G G G T C G A C C G T G C G C G C T C T A G G T G C T G A G C C G T 0 D003 G C T G A G A A C A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G T G C C C C A G A C G C T G G G C C G T G C T G A G A G C A G T A T A G G G G G T C G A C C G T G C G C G C T C T A G G T G C T G A G C C G T 0 D004 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T 0 D005 G C T G A G A A C A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G C G C T G A G A A C A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G T G C C C C A G A C G C T G G G C C G T 0 D006 A C C G C G A G C [C] G C G C A G G G G G T C A A C C G T G C G C G C T C C A G G C G C T G A G C C G (C) G C T G A G A A C A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G T G C C C C A G A C G C T G G G C C G (T) 0 D007 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T G C T G A G A A A A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G T G C C C C A G A C G C T G G G C C G T 0 D008 A T C G C G G G C C A C G C G A T A G G T C G A C C G T G C G C G C T C C A G G C G C C C A G C C G T G C T G A G A A C A G T G C G G G G G A T T A A G C G G G G G C T G C A C A G G C G C T G A G C C G T 0 D009 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T 0 D010 A T C G C G G G C C A C G C G A T A G G T C G A C C G T G C G C G C T C C A G G C G C C C A G C C G T G C T G A G A A C A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G C 0 D011 A C C G C G G G C A A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T A C C G C A A G C A G C G C G G G G G G T C A A C C G G G G G C T G C A C A G G C G C T G A T T C G T 0 D012 A C C G C A A G C A G C G C G G G G G G T C A A C C G G G G G C T G C A C A G G C G C T G A T T C G T A C C G C A G G C A A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T 0 D013 A C C G C A G G C A A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T G C T G A G A A C A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G T G C C C C A G A C G C T G G G C C G T 0 D014 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A (A) G C G C T G A G C C G T A T C G C G G G C C A C G C G A T G G G T C A A C C G T G C G C G C T C C A (G) G C G C T G A G C C G T 0 D015 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A T C G C G G G C C A C G C G A T A G G T C G A C C G T G C G C G C T C C A G G C G C C C A G C C G T 0 D016 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T 0 D033 A C C G C G A G C A G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T G C T G A G A G C A G T A T A G G G G G T C G A C C G T G C G C G C T C T A G G T G C T G A G C C G T 0 D034 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T 0 D035 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T G C T G A G A G C A G T A T A G G G G G T C G A C C G T G C G C G C T C T A G G T G C T G A G C C G T 0 D036 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T G C T G A G A G C A G T A T A G G G G G T C G A C C G T G C G C G C T C T A G G T G C T G A G C C G T 0 D037 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T G C T G A G A G C A G T A T A G G G G G T C G A C C G T G C G C G C T C T A G G T G C T G A G C C G T 0 D038 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T G C T G A G A A A A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G T G C C C C A G A C G C T G G G C C G T 0 D039 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T 0 D040 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T 0 E001 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T 0 E002 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T 0 E003 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T G C T G A G A A A A G T G C G G G G G A T T A A G C G T G C G T G C C C C A G A C G C T G G G C C G T 0 E004 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C G G G C A C T G G T T A A T 0 E005 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C G C T G G G C C G T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C G G G C A C T G G T T A A T 0 E006 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G G G C C G T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T 0 E007 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T 0 E008 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T 0 E009 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T 0 E010 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G G G C C G T 0 E011 G C T G A G A A A A G T G C G G G G G A T T A A G (C) G T G C G T G C C C C A G A C G C T G G G C C G T G C T G A G A A A A G T G C G G G G G A T T A A G (T) G T G C G C G C C C C A G A C G C T G G G C C G T 0 E012 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G T T G A G C C G T 0 E013 A C C G C G A G C A G C G C G G T G G G C C (A) A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G (A) G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C (G) A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G (G) G C C G T 0 E014 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T 0 E015 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G (C) G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G (T) G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T 0 E016 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C C G C C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C C G C G G C G C T C C G G G C A C T G G G T A A T 0 E017 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T A C C C C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A A G C G C T G A G C C G T 0 E018 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G T T G A G C C G T 0 E019 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A A G C G C T G A G C C G T 0 E020 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A (G) G C G C T G A G C C G T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C G C G C C C C A (A) G C G T T G A G C C G T 0 E021 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T A C C C C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A A G C G C T G A G C C G T 0 E022 A C C G C G A G C C G C G C G G T G G G C C G A G C G T G C G C G C C C C A G G C G C T G A G C C G T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A A G C G T G C G C G C C C C A [A] G C G T T G A G C C G T 0 E023 A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C G C T G G G C C G T A C C G C G G G C C A C G C G A T G A G T C A G G C G T G C A C G C T C C A G G C A C T G G T T A A T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 ? ? ? ? C = = G = ? = C = = = = T = = G C C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T ? ? ? ? A = = A = ? = T = = = = G = = A T T A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C 0 D002 A = C ? C = G = = ? A C G C G A T = A = = = A = G = = = = = A = = = = = C = = = C A = = = G T T A A = G = T ? A = A = = ? G T A T A G G = G = = = G = C = = = = = G = = = = = T = = = T G = = = A G C C G = 0 D003 = = = ? = = = A = = = = G C G = = = = A = T A = G = = = = = = T = = C = C = = A C = = = = G = = = = = = = = ? = = = G = = = = A T A = = = = G = C G = C = = = = = = C = = T = T = = G T = = = = A = = = = = 0 D004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D005 = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = ? = A = = = = C = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = ? = G = = = = T 0 D006 A = C = C = = G = ? = C = = A = = = = G = C = = C = = = = = = C = = T = = = = G = = = = = A = = = = (C) G = T = A = = A = ? = T = = G = = = = A = T = = G = = = = = = T = = C = = = = A = = = = = G = = = = (T) 0 D007 ? ? ? ? C = = G C ? = C = = = = T = = G C C G = = = = = = = = C = = = = = = = G ? = = ? = A = = = = = ? ? ? ? A = = A A ? = T = = = = G = = A T T A = = = = = = = = T = = = = = = = A ? = = ? = G = = = = = 0 D008 A T C = C = G G = ? A C = = = A T A = G = C G = C = = T = C = = G C T C = = = = ? = = C C = = = = = = G C T = A = A A = ? G T = = = G G G = A = T A = G = = G = G = = T G C A = = = = ? = = T G = = = = = = 0 D009 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D010 A T C = C ? G G = C A C = = = A T A = G = C G = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = C C = = = = = T G C T = A ? A A = A G T = = = G G G = A = T A = G = = = = = = = = = C = = = = = = = = T G = = = = = C 0 D011 = = = = = G G = = = A = = = = A T = A = = = = G G = = T = C A = G C T C = = = = = A = = = G = = A A = = = = = = A A = = = G = = = = G G = G = = = = A C = = G = G G = T G C A = = = = = G = = = A = = C G = 0 D012 = = = = = = A = = = G = = = = G G = G = = = = = C = = G = G G = T G C A = = = = = G = = = A = = C G = = = = = = = G = = = A = = = = A T = A = = = = = G = = T = C A = G C T C = = = = = A = = = G = = A A = 0 D013 A = C = C ? G G = = A C ? = = A T = A G = C = = = = = = = = A C = = T = = = = G ? ? = ? = = T T A A = G = T = A ? A A = = G T ? = = G G = G A = T = = = = = = = = G T = = C = = = = A ? ? = ? = = G C C G = 0 D014 = C = = = = A = = = G = = = = G = = = = C = G = G = = = = = = = = = C = = = (A) = = = = = = = = = = = = = T = = = = G = = = A = = = = A = = = = T = A = C = = = = = = = = = T = = = (G) = = = = = = = = = = = = 0 D015 = C = = = = A = = = G = = = = G = G = = C = = = G = = = = = = = = = C = = = = = = = = T G = = = = = = = T = = = = G = = = A = = = = A = A = = T = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = C C = = = = = = 0 D016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D033 A = ? ? C = = = = = = C G C G = T ? = = C = = = G = = = = = = = = = C = C = = = ? ? = ? = = = = = = = G = ? ? A = = = = = = T A T A = G ? = = T = = = C = = = = = = = = = T = T = = = ? ? = ? = = = = = = = 0 D034 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D035 A = C = C = G = = C A C G C G A T = A = = = A = G = = = = = A = = = = = C = = = C A = = = G T T A A = G = T = A = A = = A G T A T A G G = G = = = G = C = = = = = G = = = = = T = = = T G = = = A G C C G = 0 D036 A = C = C = G = = C A C G C G A T = A = = = A = G = = = = = A = = = = = C = = = C A = = = G T T A A = G = T = A = A = = A G T A T A G G = G = = = G = C = = = = = G = = = = = T = = = T G = = = A G C C G = 0 D037 ? = C = C = = = = C = C G C G = T = = = C = = = G = = = = = = = = = C = C = = = C = = = = = = = = ? = ? = T = A = = = = A = T A T A = G = = = T = = = C = = = = = = = = = T = T = = = T = = = = = = = = ? = 0 D038 A = C = C = G G C C A C = = = A T = A G = C = = = = = = = = A C = = T = = = = G = A = = = = T T A A = G = T = A = A A A A G T = = = G G = G A = T = = = = = = = = G T = = C = = = = A = G = = = = G C C G = 0 D039 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D040 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E001 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = ? = = A = = = G = = = = G = = G = C = G A = = = = = = G = = = C = = = = = = G = = = A G C C G = = = = ? = = G = = = A = = = = A = = A = T = A G = = = = = = A = = = T = = = = = = A = = = G T T A A = 0 E003 A = C = C = = G C C = C = = = = T = = G C C G = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = A = = = = = G = T = A = = A A A = T = = = = G = = A T T A = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = G = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = G = = = = G C C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = T T A A = 0 E006 = = = = = = A = = = G = = = = G = = G = C = G A = = = = = = G = = = C = = = = = = G = = = = G C C G = = = = = = = G = = = A = = = = A = = A = T = A G = = = = = = A = = = T = = = = = = A = = = = T T A A = 0 E007 = = = = = = A = = = G = = = = G = = G = C = G = = = = = = = G = = = C = = = = = = G = = = A G C C G = = = = = = = G = = = A = = = = A = = A = T = A = = = = = = = A = = = T = = = = = = A = = = G T T A A = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = ? ? = = ? = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = G ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = ? ? = = ? 0 E010 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = A ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = G ? ? = = = 0 E011 = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? (C) = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? (T) = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = 0 E013 = = = = = ? = = = A = ? = = = = = = = ? = = (A) = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = = (A) ? ? = = = = = = = = ? = = = C = ? = = = = = = = ? = = (G) = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = = (G) ? ? = = = 0 E014 = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = ? = = ? ? = = ? = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = G ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = ? = = ? ? = = ? 0 E015 = = = = = ? A = = = G ? = = = G = = G = C = G = ? (C) ? ? ? = G = = = C = = = ? = = G = = = A G C C G = = = = = = ? G = = = A ? = = = A = = A = T = A = ? (T) ? ? ? = A = = = T = = = ? = = A = = = G T T A A = 0 E016 = = = = = ? A = = = G = = = = G = = G = C = G A ? ? = = = C = = = = ? = = A ? ? = G = = = A = C C G ? = = = = = ? G = = = A = = = = A = = A = T = A G ? ? = = = G = = = = ? = = G ? ? = A = = = G = T A A ? 0 E017 = = = G = = G = = = A = = = = A = = A = T = A G = = = = = = A = = = T = = = G = = A = = = G T T A A = = = = C = = A = = = G = = = = G = = G = C = G A = = = = = = G = = = C = = = A = = G = = = A G C C G = 0 E018 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = C = = = ? ? = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = T = = = ? ? = = ? 0 E019 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = = = = = A = = = G = = = = G = = G = C = G = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = C ? = = = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = A = = A = T = A = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = T ? = = = = = = = 0 E021 = = = G = = G = = = A = = = = A = = A = T = A G = = = = = = A = = = T = = = G = = A = = = G T T A A = = = = C = = A = = = G = = = = G = = G = C = G A = = = = = = G = = = C = = = A = = G = = = A G C C G = 0 E022 = = = = = = A = = = G = = = = G = = G = C = G = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = C = = = ? ? = = ? = = = = = = G = = = A = = = = A = = A = T = A = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = T = = = ? ? = = ? 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = G C C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = T T A A = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 0.76 ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? = = ? = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 0.98 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 0.74 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 0.96 = = = = 0.96 0.96 0.96 0.96 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = ? ? = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? 0.67 = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0.96 = ? = = = = = = = ? = = 0.55 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = = 0.75 ? ? = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = ? = = ? ? = = ? = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 ? = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? 0.54 ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = = = = ? = = 1.00 ? ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 0.99 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = = ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 0.65 = = = 0.98 ? = = = = = = = = = = 0.99 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = 0.99 = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = END PHASEPROBS