Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000074 AA 0 0 0 AG 2 5 7 GG 22 18 40 0.045 0.342 0.304 000079 CC 24 18 42 CG 0 5 5 GG 0 0 0 0.000 0.342 0.148 000424 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 000744 AA 19 15 34 AT 5 8 13 TT 0 0 0 0.324 1.019 1.211 000925 AA 12 3 15 AT 11 15 26 TT 1 4 5 0.618 2.954 1.600 000992 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 001289 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001311 CC 15 15 30 CT 9 8 17 TT 0 0 0 1.278 1.019 2.291 001343 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 001582 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 001739 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 001761 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001796 CC 15 23 38 CT 9 0 9 TT 0 0 0 1.278 0.000 0.527 001977 CC 20 20 40 CG 4 3 7 GG 0 0 0 0.198 0.112 0.304 001979 AA 23 10 33 AG 1 12 13 GG 0 1 1 0.011 1.239 0.046 001985 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 002000 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 002152 AA 0 0 0 AG 9 0 9 GG 15 23 38 1.278 0.000 0.527 002156 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002178 AA 15 23 38 AC 9 0 9 CC 0 0 0 1.278 0.000 0.527 002263 CC 0 0 0 CT 5 8 13 TT 13 15 28 0.468 1.019 1.455 002484 CC 18 22 40 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 002631 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003074 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003270 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 003313 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 003676 CC 0 0 0 CT 9 0 9 TT 15 23 38 1.278 0.000 0.527 003748 AA 23 9 32 AG 1 12 13 GG 0 2 2 0.011 0.517 0.208 004278 AA 21 23 44 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 004317 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 004385 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 004479 GG 0 0 0 GT 5 8 13 TT 19 15 34 0.324 1.019 1.211 004516 CC 13 6 19 CT 10 13 23 TT 1 4 5 0.296 0.445 0.258 004517 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 004533 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 004611 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004632 AA 1 4 5 AC 8 15 23 CC 15 4 19 0.003 2.130 0.258 004690 AA 0 0 0 AG 9 0 9 GG 15 23 38 1.278 0.000 0.527 004760 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 004871 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 23 45 0.045 0.000 0.022 004981 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005240 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 005277 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 005293 CC 24 19 43 CT 0 4 4 TT 0 0 0 0.000 0.209 0.093 005423 CC 20 7 27 CT 4 14 18 TT 0 2 2 0.198 1.775 0.218 005495 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 005592 GG 1 1 2 GT 10 15 25 TT 13 7 20 0.296 3.673 2.860 005655 AA 0 0 0 AG 4 6 10 GG 20 17 37 0.198 0.517 0.666 005681 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 005722 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005743 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005992 CC 21 16 37 CT 2 7 9 TT 0 0 0 0.048 0.741 0.541 006049 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006165 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 006169 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 006171 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 006186 AA 16 23 39 AG 6 0 6 GG 1 0 1 0.195 0.000 1.467 006242 CC 1 11 12 CG 9 9 18 GG 14 3 17 0.091 0.277 2.385 006352 GG 0 2 2 GT 6 13 19 TT 18 8 26 0.490 1.043 0.413 006583 AA 2 13 15 AG 11 9 20 GG 11 1 12 0.107 0.130 0.994 006655 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 006700 AA 18 23 41 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.490 0.000 0.218 006753 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 006974 AA 0 0 0 AG 0 8 8 GG 24 15 39 0.000 1.019 0.407 007100 CC 21 21 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.024 007200 AA 0 0 0 AG 7 4 11 GG 16 17 33 0.741 0.233 0.898 007577 CC 22 3 25 CT 1 8 9 TT 1 12 13 9.967 0.733 16.378 007578 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 007616 CC 18 23 41 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.342 0.000 0.152 007733 CC 18 23 41 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 007752 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007886 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 008136 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 19 23 42 0.209 0.000 0.095 008157 AA 14 0 14 AG 8 3 11 GG 1 20 21 0.011 0.112 11.983 008270 AA 23 17 40 AG 0 6 6 GG 0 0 0 0.000 0.517 0.224 008501 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 008832 -- 24 22 46 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.011 0.005 009059 -- 0 0 0 +- 0 8 8 ++ 24 15 39 0.000 1.019 0.407 009061 * 009213 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 009314 AA 0 1 1 AG 5 7 12 GG 17 15 32 0.362 0.025 0.010 009350 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 009557 CC 19 13 32 CT 3 9 12 TT 0 1 1 0.118 0.130 0.010 009558 AA 6 0 6 AG 13 2 15 GG 3 21 24 0.917 0.048 1.916 009674 CC 19 21 40 CT 5 2 7 TT 0 0 0 0.324 0.048 0.304 009803 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 009914 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 009932 CC 24 17 41 CT 0 5 5 TT 0 1 1 0.000 0.571 2.448 010016 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 010212 AA 20 22 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.054 010611 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 010707 AA 13 23 36 AG 11 0 11 GG 0 0 0 2.121 0.000 0.826 010731 CC 6 0 6 CT 13 2 15 TT 5 21 26 0.174 0.048 2.286 010946 AA 23 20 43 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.050 0.023 011216 GG 22 22 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011304 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011322 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 011718 GG 24 21 45 GT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 012183 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 012265 GG 23 22 45 GT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.022 012397 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 012475 AA 16 13 29 AG 8 9 17 GG 0 1 1 0.960 0.130 0.693 012499 AA 0 1 1 AG 4 9 13 GG 20 13 33 0.198 0.130 0.046 012615 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 22 42 0.012 0.000 0.006 012659 AA 20 22 42 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012704 CC 0 0 0 CT 3 9 12 TT 18 13 31 0.124 1.455 1.131 012778 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 21 42 0.000 0.012 0.006 012874 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012938 AA 0 0 0 AC 4 0 4 CC 19 23 42 0.209 0.000 0.095 012945 AA 1 7 8 AG 4 10 14 GG 18 6 24 1.252 0.381 4.350 013389 CC 4 21 25 CT 14 2 16 TT 6 0 6 0.734 0.048 1.629 013480 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 013538 CC 20 13 33 CT 4 9 13 TT 0 1 1 0.198 0.130 0.046 013570 CC 15 3 18 CT 6 7 13 TT 3 13 16 2.667 1.431 9.341 013624 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 013839 CC 19 23 42 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 013911 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 014372 AA 21 13 34 AG 3 9 12 GG 0 1 1 0.107 0.130 0.002 014499 CC 2 12 14 CT 5 8 13 TT 17 3 20 2.400 0.733 9.002 014539 CC 24 17 41 CT 0 6 6 TT 0 0 0 0.000 0.517 0.218 014672 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 014784 AA 6 1 7 AG 15 10 25 GG 3 12 15 1.748 0.374 0.429 014977 CC 23 8 31 CT 0 13 13 TT 0 2 2 0.000 1.043 0.177 014987 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 015388 AA 0 1 1 AT 4 9 13 TT 20 13 33 0.198 0.130 0.046 015482 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 015522 -- 21 23 44 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.107 0.000 0.051 015971 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016015 CC 0 1 1 CT 4 9 13 TT 19 13 32 0.209 0.130 0.058 016022 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 17 23 40 0.517 0.000 0.224 016785 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016985 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 017024 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 017255 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 017395 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017573 CC 22 5 27 CG 1 6 7 GG 1 11 12 9.967 3.711 20.004 017752 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 017838 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 017872 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 018628 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 018735 AA 0 0 0 AG 0 7 7 GG 24 16 40 0.000 0.741 0.304 018833 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 019093 CC 18 22 40 CT 6 1 7 TT 0 0 0 0.490 0.011 0.304 019196 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019315 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019413 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019476 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019593 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019594 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019946 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019961 -- 19 22 41 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.013 0.000 0.006 020030 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 020039 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020187 CC 13 22 35 CT 11 1 12 TT 0 0 0 2.121 0.011 1.007 020548 AA 22 23 45 AG 0 0 0 GG 1 0 1 23.000 0.000 46.000 020671 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 020781 AA 1 0 1 AT 0 0 0 TT 23 23 46 24.000 0.000 47.000 020973 GG 4 0 4 GT 4 0 4 TT 15 22 37 6.933 0.000 17.041 021077 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 021963 -- 24 22 46 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.011 0.005 022100 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 022148 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 022614 AA 0 0 0 AT 1 7 8 TT 22 15 37 0.011 0.787 0.428 022625 GG 12 15 27 GT 9 7 16 TT 2 0 2 0.028 0.787 0.037 022744 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 022826 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 023076 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 023100 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 023270 CC 13 23 36 CT 8 0 8 TT 3 0 3 0.897 0.000 5.074 023458 CC 0 0 0 CT 0 3 3 TT 24 20 44 0.000 0.112 0.051 023465 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 023546 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 023563 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023854 AA 16 20 36 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.383 0.000 0.173 023938 CC 21 17 38 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.131 0.059 023976 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 16 20 36 0.383 0.000 0.173 024055 AA 1 0 1 AG 7 0 7 GG 13 20 33 0.002 0.000 0.654 024114 CC 5 0 5 CG 11 7 18 GG 5 13 18 0.048 0.900 0.023 024134 AA 16 20 36 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.383 0.000 0.173 024421 CC 20 20 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 024747 AA 1 0 1 AC 10 0 10 CC 10 20 30 0.583 0.000 0.023 024802 AA 16 20 36 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.383 0.000 0.173 024952 GG 3 2 5 GT 11 7 18 TT 7 11 18 0.159 0.299 0.023 025021 AA 0 0 0 AG 9 0 9 GG 12 20 32 1.562 0.000 0.623 025023 CC 21 19 40 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.013 0.006 025034 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 18 20 38 0.124 0.000 0.059 025137 CC 1 0 1 CG 11 0 11 GG 9 20 29 1.068 0.000 0.001 025295 AA 9 20 29 AG 11 0 11 GG 1 0 1 1.068 0.000 0.001 025321 AA 9 20 29 AG 11 0 11 GG 1 0 1 1.068 0.000 0.001 025355 AA 16 20 36 AC 5 0 5 CC 0 0 0 0.383 0.000 0.173 025659 * 025834 CC 1 0 1 CT 10 0 10 TT 10 22 32 0.583 0.000 0.043 025940 CC 13 22 35 CT 8 0 8 TT 0 0 0 1.163 0.000 0.452 026205 AA 19 22 41 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.209 0.000 0.097 026241 AA 13 22 35 AG 10 0 10 GG 0 0 0 1.775 0.000 0.703 026347 GG 23 21 44 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 026446 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 026447 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 17 22 39 0.517 0.000 0.230 026457 AA 1 7 8 AG 6 9 15 GG 16 6 22 0.195 0.714 3.086 026578 CC 0 0 0 CT 7 0 7 TT 16 22 38 0.741 0.000 0.320 026658 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 17 23 40 0.700 0.000 0.304 026675 CC 2 0 2 CT 13 0 13 TT 8 23 31 1.043 0.000 0.177 026811 CC 5 7 12 CT 16 9 25 TT 3 7 10 2.818 1.087 0.203 027354 AA 1 7 8 AC 11 9 20 CC 11 7 18 0.741 1.087 0.351 027617 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 027660 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 027683 CC 24 14 38 CT 0 7 7 TT 0 2 2 0.000 0.616 3.666 028008 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 028176 AA 1 7 8 AG 11 9 20 GG 11 7 18 0.741 1.087 0.351 028355 CC 0 0 0 CG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 028387 CC 1 7 8 CG 11 9 20 GG 11 7 18 0.741 1.087 0.351 028479 -- 0 7 7 +- 9 7 16 ++ 13 9 22 1.455 3.439 1.800 028545 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 22 43 0.000 0.011 0.006 028715 CC 15 23 38 CT 8 0 8 TT 0 0 0 1.019 0.000 0.417 028722 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 028875 CC 12 9 21 CG 11 12 23 GG 1 2 3 0.618 0.517 1.015 028876 GG 1 2 3 GT 11 12 23 TT 12 9 21 0.618 0.517 1.015 029037 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 029049 GG 12 7 19 GT 11 9 20 TT 1 7 8 0.618 1.087 0.466 029558 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 22 44 0.011 0.000 0.006 029836 CC 1 6 7 CT 10 9 19 TT 12 7 19 0.374 0.714 0.372 029837 CC 4 6 10 CT 16 9 25 TT 3 7 10 3.569 0.714 0.556 029878 CC 22 22 44 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 030018 CC 12 7 19 CT 10 9 19 TT 1 6 7 0.374 0.714 0.372 030038 CC 19 21 40 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.100 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006165: G 008832: a 009059: a 015522: t 019961: G 021963: gaac 028479: AAGG Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 009061 AA 0 0 0 009061 AC 0 0 0 009061 AG 1 0 1 009061 CC 0 0 0 009061 CG 1 0 1 009061 GG 22 23 45 025659 AA 1 6 7 025659 AC 0 0 0 025659 AG 3 8 11 025659 CC 3 0 3 025659 CG 10 0 10 025659 GG 4 6 10