Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000074 A 0.04 0.11 0.07 G 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 000079 G 0.00 0.11 0.05 C 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 000424 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000744 T 0.10 0.17 0.14 A 0.90 0.83 0.86 0.19 0.29 0.24 000925 T 0.27 0.52 0.39 A 0.73 0.48 0.61 0.39 0.50 0.48 000992 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001289 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001311 T 0.19 0.17 0.18 C 0.81 0.83 0.82 0.30 0.29 0.30 001343 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001582 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001739 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 001761 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001796 T 0.19 0.00 0.10 C 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 001977 G 0.08 0.07 0.07 C 0.92 0.93 0.93 0.15 0.12 0.14 001979 G 0.02 0.30 0.16 A 0.98 0.70 0.84 0.04 0.42 0.27 001985 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002000 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 002152 A 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 002156 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002178 C 0.19 0.00 0.10 A 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 002263 C 0.14 0.17 0.16 T 0.86 0.83 0.84 0.24 0.29 0.27 002484 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002631 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003074 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003270 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003313 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 003676 C 0.19 0.00 0.10 T 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 003748 G 0.02 0.35 0.18 A 0.98 0.65 0.82 0.04 0.45 0.30 004278 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004317 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004385 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004479 G 0.10 0.17 0.14 T 0.90 0.83 0.86 0.19 0.29 0.24 004516 T 0.25 0.46 0.35 C 0.75 0.54 0.65 0.38 0.50 0.46 004517 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004533 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004611 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004632 A 0.21 0.50 0.35 C 0.79 0.50 0.65 0.33 0.50 0.46 004690 A 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 004760 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004871 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004981 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005240 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005277 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005293 T 0.00 0.09 0.04 C 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 005423 T 0.08 0.39 0.23 C 0.92 0.61 0.77 0.15 0.48 0.36 005495 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005592 G 0.25 0.37 0.31 T 0.75 0.63 0.69 0.38 0.47 0.43 005655 A 0.08 0.13 0.11 G 0.92 0.87 0.89 0.15 0.23 0.19 005681 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005722 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005743 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005992 T 0.04 0.15 0.10 C 0.96 0.85 0.90 0.08 0.26 0.18 006049 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006165 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006169 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006171 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006186 G 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 006242 C 0.23 0.67 0.45 G 0.77 0.33 0.55 0.35 0.44 0.49 006352 G 0.12 0.37 0.24 T 0.88 0.63 0.76 0.22 0.47 0.37 006583 G 0.69 0.24 0.47 A 0.31 0.76 0.53 0.43 0.36 0.50 006655 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006700 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 006753 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006974 A 0.00 0.17 0.09 G 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.16 007100 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007200 A 0.15 0.10 0.12 G 0.85 0.90 0.88 0.26 0.17 0.22 007577 T 0.06 0.70 0.37 C 0.94 0.30 0.63 0.12 0.42 0.47 007578 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 007616 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007733 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 007752 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007886 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008136 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 008157 A 0.78 0.07 0.42 G 0.22 0.93 0.58 0.34 0.12 0.49 008270 G 0.00 0.13 0.07 A 1.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.12 008501 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008832 + 0.00 0.02 0.01 - 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009059 - 0.00 0.17 0.09 + 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.16 009061 * 009213 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009314 A 0.11 0.20 0.16 G 0.89 0.80 0.84 0.20 0.31 0.26 009350 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009557 T 0.07 0.24 0.16 C 0.93 0.76 0.84 0.13 0.36 0.26 009558 A 0.57 0.04 0.30 G 0.43 0.96 0.70 0.49 0.08 0.42 009674 T 0.10 0.04 0.07 C 0.90 0.96 0.93 0.19 0.08 0.14 009803 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009914 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009932 T 0.00 0.15 0.07 C 1.00 0.85 0.93 0.00 0.26 0.14 010016 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010212 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010611 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010707 G 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 010731 C 0.52 0.04 0.29 T 0.48 0.96 0.71 0.50 0.08 0.41 010946 G 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 011216 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011304 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011322 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011718 T 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 012183 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012265 T 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 012397 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012475 G 0.17 0.24 0.20 A 0.83 0.76 0.80 0.28 0.36 0.32 012499 A 0.08 0.24 0.16 G 0.92 0.76 0.84 0.15 0.36 0.27 012615 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 012659 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 012704 C 0.07 0.20 0.14 T 0.93 0.80 0.86 0.13 0.33 0.24 012778 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012874 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012938 A 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 012945 A 0.13 0.52 0.33 G 0.87 0.48 0.67 0.23 0.50 0.44 013389 T 0.54 0.04 0.30 C 0.46 0.96 0.70 0.50 0.08 0.42 013480 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 013538 T 0.08 0.24 0.16 C 0.92 0.76 0.84 0.15 0.36 0.27 013570 T 0.25 0.72 0.48 C 0.75 0.28 0.52 0.38 0.41 0.50 013624 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 013839 G 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 013911 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014372 G 0.06 0.24 0.15 A 0.94 0.76 0.85 0.12 0.36 0.25 014499 C 0.19 0.70 0.44 T 0.81 0.30 0.56 0.30 0.42 0.49 014539 T 0.00 0.13 0.06 C 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 014672 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 014784 A 0.56 0.26 0.41 G 0.44 0.74 0.59 0.49 0.39 0.49 014977 T 0.00 0.37 0.18 C 1.00 0.63 0.82 0.00 0.47 0.30 014987 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015388 A 0.08 0.24 0.16 T 0.92 0.76 0.84 0.15 0.36 0.27 015482 A 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 015522 + 0.06 0.00 0.03 - 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015971 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016015 C 0.09 0.24 0.16 T 0.91 0.76 0.84 0.16 0.36 0.27 016022 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 016785 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016985 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017024 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017255 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017395 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017573 G 0.06 0.64 0.34 C 0.94 0.36 0.66 0.12 0.46 0.45 017752 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017838 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017872 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018628 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018735 A 0.00 0.15 0.07 G 1.00 0.85 0.93 0.00 0.26 0.14 018833 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 019093 T 0.12 0.02 0.07 C 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 019196 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019315 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019413 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019476 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019593 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019594 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019946 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019961 + 0.03 0.00 0.01 - 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 020030 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 020039 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020187 T 0.23 0.02 0.13 C 0.77 0.98 0.87 0.35 0.04 0.22 020548 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020671 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020781 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020973 G 0.26 0.00 0.13 T 0.74 1.00 0.87 0.39 0.00 0.23 021077 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021963 + 0.00 0.02 0.01 - 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022100 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022148 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022614 A 0.02 0.16 0.09 T 0.98 0.84 0.91 0.04 0.27 0.16 022625 T 0.28 0.16 0.22 G 0.72 0.84 0.78 0.41 0.27 0.35 022744 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022826 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023076 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023100 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023270 T 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 023458 C 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 023465 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 023546 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 023563 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023854 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 023938 T 0.00 0.07 0.04 C 1.00 0.93 0.96 0.00 0.14 0.07 023976 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 024055 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.34 0.00 0.20 024114 C 0.50 0.17 0.34 G 0.50 0.82 0.66 0.50 0.29 0.45 024134 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 024421 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024747 A 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 024802 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 024952 G 0.40 0.28 0.34 T 0.60 0.72 0.66 0.48 0.40 0.45 025021 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.34 0.00 0.20 025023 G 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 025034 C 0.07 0.00 0.04 T 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 025137 C 0.31 0.00 0.16 G 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 025295 G 0.31 0.00 0.16 A 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 025321 G 0.31 0.00 0.16 A 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 025355 C 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 025659 * 025834 C 0.29 0.00 0.14 T 0.71 1.00 0.86 0.41 0.00 0.24 025940 T 0.19 0.00 0.09 C 0.81 1.00 0.91 0.31 0.00 0.17 026205 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 026241 G 0.22 0.00 0.11 A 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.20 026347 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026446 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026447 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 026457 A 0.17 0.52 0.34 G 0.83 0.48 0.66 0.29 0.50 0.45 026578 C 0.15 0.00 0.08 T 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 026658 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 026675 C 0.37 0.00 0.18 T 0.63 1.00 0.82 0.47 0.00 0.30 026811 T 0.46 0.50 0.48 C 0.54 0.50 0.52 0.50 0.50 0.50 027354 A 0.28 0.50 0.39 C 0.72 0.50 0.61 0.41 0.50 0.48 027617 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 027660 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 027683 T 0.00 0.24 0.12 C 1.00 0.76 0.88 0.00 0.36 0.21 028008 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028176 A 0.28 0.50 0.39 G 0.72 0.50 0.61 0.41 0.50 0.48 028355 C 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 028387 C 0.28 0.50 0.39 G 0.72 0.50 0.61 0.41 0.50 0.48 028479 - 0.20 0.46 0.33 + 0.80 0.54 0.67 0.33 0.50 0.44 028545 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028715 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 028722 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028875 G 0.27 0.35 0.31 C 0.73 0.65 0.69 0.39 0.45 0.43 028876 G 0.27 0.35 0.31 T 0.73 0.65 0.69 0.39 0.45 0.43 029037 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 029049 T 0.27 0.50 0.38 G 0.73 0.50 0.62 0.39 0.50 0.47 029558 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029836 C 0.26 0.48 0.37 T 0.74 0.52 0.63 0.39 0.50 0.46 029837 T 0.48 0.52 0.50 C 0.52 0.48 0.50 0.50 0.50 0.50 029878 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030018 T 0.26 0.48 0.37 C 0.74 0.52 0.63 0.39 0.50 0.46 030038 T 0.09 0.00 0.05 C 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006165: G 008832: a 009059: a 015522: t 019961: G 021963: gaac 028479: AAGG Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 009061 A 0.02 0.00 0.01 C 0.02 0.00 0.01 G 0.96 1.00 0.98 025659 C 0.38 0.00 0.20 A 0.12 0.50 0.30 G 0.50 0.50 0.50