************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ikbkb.phase.inp ikbkb.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ikbkb.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ikbkb.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ikbkb.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ikbkb.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 38 Positions of loci: 2581 2636 8216 8255 8349 9606 12498 13627 13882 18383 19700 19769 20972 21127 29125 29354 29559 29642 30981 36666 36748 39172 45096 45390 46293 46372 46756 47156 48382 48622 53527 55823 59283 59332 59659 60234 60792 61132 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ikbkb.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ADCCTCAGGAATAAGAGGTGGCCAIGGAAACTATTAAG 1.000000 2 ADCCTCAGGAATAAGAGGTCGCCAIGGAAACCATTAAG 1.000000 3 ADCCTCAGGAATAAGAGGTCACCAIGGAAACCATTAAG 13.000000 4 ADCCTCAGGAATAAGAGGTCACCAIGGGAACCATTAAG 1.000000 5 ADCCTGAGGAACAAGAGGTGACCAIGGGAGCCATTAAG 6.000000 6 ADCCTGAGGAACAAGAGGTGACCAIAGGAGCCATTAAG 1.000000 7 ADCCTGAGGAATAAGAGGTGACCAIGGGAGCCATTAAG 1.000000 8 ADCACGGGGAACGGGGGTTGGGGADGTGTGTTGCTGAG 4.000000 9 ADCACGGGAAACGGAGGTCGGGGGDGGGTGTCGCCGAG 1.000000 10 ADCACGGGAAGCGGAGGTCGGGGGDGGGTGTCACCGAA 2.000000 11 ADCACGGGAAGCGGAGGTCGGGGGDGGGTGTCGCCGAG 3.000000 12 ADCACGGGAAGCGGAGGTCGGGGGDGGGTGTCGCCGAA 7.000000 13 ADCACGGGAAGCGGAGGTCGGGGGDGTGTGTCGCCGAA 1.000000 14 ADCACGGGAAGCGGAGGTCGGGGGDAGGTGTCGCCGAA 5.000000 15 ADCACGGGAGGCGGAGGTCGGGGGDAGGTGTCGCCGAA 5.000000 16 AICCTCAGGAACAAGAAGTGACCAIGGGAGCCATTAGG 1.000000 17 AICCTGAGGAACAAGAAGTGACCAIGGGAGCCATTAGG 2.000000 18 AICACGGGAAGCGGAGGTCGGGGGDGGGTGCCATTAGG 1.000000 19 AITCTGAGGAACAAGAAGTGACCAIGGGAGCCATTAAG 1.000000 20 AITCTGAGGAACAAGAAGTGACCAIGGGAGCCATTAGG 6.000000 21 TDCACGGGAAGCGGAGGTCGGGGGDGGGTGTCGCCGAG 16.000000 22 TDCACGGTAAGCGGAGGTCGGGGGDGGGTGTCACCGAG 1.000000 23 TDCACGGTAAGCGGAGGTCGGGGGDGGGTGTCGCCGAG 12.000000 24 TDCACGGTAAGCGGAGGTCGGGGGDGTGTGTCGCCGAG 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,8) D002: (3,5) D003: (9,15) D004: (6,20) D005: (2,8) D006: (20,21) D007: (3,5) D008: (3,20) D009: (3,17) D010: (5,20) D011: (18,19) D012: (3,23) D013: (3,20) D014: (11,21) D015: (5,16) D016: (20,21) D033: (3,17) D034: (4,21) D035: (3,23) D036: (10,12) D037: (3,5) D038: (15,21) D039: (3,3) D040: (5,7) E001: (12,21) E002: (12,15) E003: (3,15) E004: (21,24) E005: (12,23) E006: (10,22) E007: (8,24) E008: (14,21) E009: (11,12) E010: (8,13) E011: (3,23) E012: (12,23) E013: (14,23) E014: (11,23) E015: (21,23) E016: (21,23) E017: (21,21) E018: (21,23) E019: (14,21) E020: (15,23) E021: (21,21) E022: (12,14) E023: (14,23) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T G G C C A I G G A A A C T A T T A A G A D C A C G G G G A A C G G G G G T T G G G G A D G T G T G T T G C T G A G 0 D002 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G A D C C T G A G G A A C A A G A G G T G A C C A I G G G A G C C A T T A A G 0 D003 A D C A C G G G [A] A (A) C G G [A] G G T [C] G G G G G D G G G T G T C G C C G A G A D C A C G G G A G (G) C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A 0 D004 A D C C T G A G G A A C A A G A G G T G A C C A I A G G A G C C A T T A A G A I T C T G A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A G G 0 D005 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C G C C A I G G A A A C C A T T A A G A D C A C G G G G A A C G G G G G T T G G G G A D G T G T G T T G C T G A G 0 D006 A I T C T G A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A G G T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 D007 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G A D C C T G A G G A A C A A G A G G T G A C C A I G G G A G C C A T T A A G 0 D008 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G A I T C T G A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A G G 0 D009 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G A I C C T G A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A G G 0 D010 A D C C T G A G G A A C A A G A G G T G A C C A I G G G A G C C A T T A A G A I T C T G A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A G G 0 D011 A I C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G C C A T T A G G A I T C T G A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A A G 0 D012 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 D013 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G A I T C T G A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A G G 0 D014 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 D015 A D C C T (G) A G G A A C A A G A G G T G A C C A I G G G A G C C A T T A A G A [I] C C T (C) A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A G G 0 D016 A I T C T G A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A G G [T] D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 D033 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G A I C C T G A G G A A C A A G A A G T G A C C A I G G G A G C C A T T A G G 0 D034 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G G A A C C A T T A A G T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 D035 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 D036 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C A C C G A A A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A A 0 D037 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G A D C C T G A G G A A C A A G A G G T G A C C A I G G G A G C C A T T A A G 0 D038 A D C A C G G G A G G C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 D039 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G 0 D040 A D C C T G A G G A A C A A G A G G T G A C C A I G G G A G C C A T T A A G A D C C T G A G G A A T A A G A G G T G A C C A I G G G A G C C A T T A A G 0 E001 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A A T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E002 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A A A D C A C G G G A G G C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A 0 E003 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G A D C A C G G G A G G C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A 0 E004 T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G T G T G T C G C C G A G 0 E005 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A A T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E006 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C A C C G A A T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C A C C G A G 0 E007 A D C A C G G G G A A C G G G G G T T G G G G A D G T G T G T T G C T G A G T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G T G T G T C G C C G A G 0 E008 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A [T] D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E009 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A A 0 E010 A D C A C G G G G A A C G G G G G T T G G G G A D G T G T G T T G C T G A G A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G T G T G T C G C C G A A 0 E011 A D C C T C A G G A A T A A G A G G T C A C C A I G G A A A C C A T T A A G T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E012 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C [G] C C G A A T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C [G] C C G A G 0 E013 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E014 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E015 [T] D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G [T] D C A C G G [T] A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E016 T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E017 T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E018 T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E019 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E020 A D C A C G G G A G G C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E021 T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G T D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G 0 E022 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A [A] A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A 0 E023 A D C A C G G G A A G C G G A G G T C G G G G G D A G G T G T C G C C G A A T D C A C G G T A A G C G G A G G T C G G G G G D G G G T G T C G C C G A G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = ? ? C A ? ? = = T ? ? ? A = G ? = = C ? ? I = ? ? ? ? ? = ? ? ? A = = = = = ? ? G G ? ? = = C ? ? ? G = T ? = = G ? ? D = ? ? ? ? ? = ? ? ? G = = 0 D002 = ? = = = C = = ? = = T ? = = ? ? = ? ? = = = = = = = A = A = ? ? ? = ? = = = ? = = = G = = ? = = C ? = = ? ? = ? ? = = = = = = = G = G = ? ? ? = ? = = 0 D003 = = = = ? = = = ? A (A) = ? = ? ? ? ? ? = = = ? = = G = = = = ? = ? ? = ? ? G = = = = ? = = = ? G (G) = ? = ? ? ? ? ? = = = ? = = A = = = = ? = ? ? = ? ? A 0 D004 = D C = = = = = ? = = = = ? = = ? ? ? = = = = ? = A = = = = ? = = = = = A = = I T = = = = = ? = = = = ? = = ? ? ? = = = = ? = G = = = = ? = = = = = G = 0 D005 = = = C T C A = = = = T ? A = A = ? = C = C ? ? ? ? ? ? A A ? C ? ? = A = = = = = A C G G = = = = C ? G = G = ? = G = G ? ? ? ? ? ? T G ? T ? ? = G = = 0 D006 A I T C T = A = ? = A = A A ? A A G ? = A C C A I ? = = A = ? = A T T A G = T D C A C = G = ? = G = G G ? G G T ? = G G G G D ? = = T = ? = G C C G A = 0 D007 = ? = ? ? ? = ? = = = T = = ? ? ? ? ? C = = = = = = = A = A = = = = = = = = = ? = ? ? ? = ? = = = C = = ? ? ? ? ? G = = = = = = = G = G = = = = = = = = 0 D008 ? ? C = = C = = = = = T = ? ? ? ? ? ? C = = = = ? = = A = A = ? = = = = A = ? ? T = = G = = = = = C = ? ? ? ? ? ? G = = = = ? = = G = G = ? = = = = G = 0 D009 = D = = = C = = ? = = T = = = = ? ? ? C = = ? ? = = = A = A = = ? ? = = ? ? = I = = = G = = ? = = C = = = = ? ? ? G = = ? ? = = = G = G = = ? ? = = ? ? 0 D010 = D C = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = I T = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = 0 D011 = = C A ? = G = A = G = G G A G G T C = G G G G D = = = T = = = ? ? ? = G = = = T C ? = A = G = A = A A G A A G T = A C C A I = = = A = = = ? ? ? = A = 0 D012 A = ? C T ? A G ? = A T A A ? A = G T C A C C A I ? = A A A C = A T T A = = T = ? A C ? G T ? = G C G G ? G = T C G G G G G D ? = G T G T = G C C G = = 0 D013 = D C ? ? C ? = = = = T = = = = G = = C = = = = = = = A = A = = = = = = A = = I T ? ? G ? = = = = C = = = = A = = G = = = = = = = G = G = = = = = = G = 0 D014 A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 D015 ? ? = = = (G) = = = = = = = = ? = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? ? = = = (C) = = = = = = = = ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = 0 D016 ? ? T C T = A = G = A = A ? G A A G T = A C ? A I = = = A = C = A T T A G ? ? ? C A C = G = A = G = G ? A G G T C = G G ? G D = = = T = T = G C C G A ? 0 D033 = D = = = C = = = = = T = = = ? G = = C = = = = = = = A = A = ? = = = = A = = I = = = G = = = = = C = = = ? A = = G = = = = = = = G = G = ? = = = = G = 0 D034 A = = C T C A = G = A T A A G A = G T C A C C A I ? = = A A C = A T T A = = T = = A C G G = A = G C G G A G = T C G G G G G D ? = = T G T = G C C G = = 0 D035 A = = C T C A G ? = A T A A G A = G T C A C C A I = = A A A C = A T T A = = T = = A C G G T ? = G C G G A G = T C G G G G G D = = G T G T = G C C G = = 0 D036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = 0 D037 = = = = = C = = ? = = T = = = = = = = C = = = = = = = A = A ? = = = = = = = = = = = = G = = ? = = C = = = = = = = G = = = = = = = G = G ? = = = = = = = 0 D038 A = ? = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A T = ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G 0 D039 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D040 ? ? = = = = = = = = = C = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = T = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 E001 A = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G 0 E002 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = C T C A = G A A T A A G A = G T C A C C A I G = A A A C = A T T A = G = = = A C G G = A G G C G G A G = T C G G G G G D A = G T G T = G C C G = A 0 E004 = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = 0 E005 A = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = = = = = = T = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G 0 E006 A = = = = = = G = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = = = = = = T = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G 0 E007 A = = = = = = G G = A = ? = G = = = T = = = = A = = = = ? ? = T = = T = ? ? T = = = = = = T A = G = ? = A = = = C = = = = G = = = = ? ? = C = = C = ? ? 0 E008 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A = = ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = G = = ? ? = = = = = = ? ? 0 E009 = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = A 0 E010 = = = = = = = = G = A = ? = G = = = T = = = ? A = = = = = = = T = = T = ? G = = = = = = = = A = G = ? = A = = = C = = = ? G = = = = = = = C = = C = ? A 0 E011 A = = C T C A G G = A T A A G A = G T C A C C A I = = A A A C = A T T A = = T = = A C G G T A = G C G G A G = T C G G G G G D = = G T G T = G C C G = = 0 E012 A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = A T = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = G 0 E013 A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A T = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G 0 E014 A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = = ? = = G = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = ? = = T = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? 0 E017 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = G 0 E020 A = = = = = = G = G = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = ? T = = = = = = T = A = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = = = = ? 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? 0 E022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G ? = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? = ? ? = = = = = = ? ? 0 E023 A = = ? = = = G = = = = = ? = = = = = = = = = = = A ? = ? ? = = ? ? = = ? ? T = = ? = = = T = = = = = ? = = = = = = = = = = = G ? = ? ? = = ? ? = = ? ? END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = ? ? 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 ? ? 1.00 = ? ? ? ? ? = ? ? ? 1.00 = = = ? = = = 1.00 = = ? = = 1.00 ? = = ? ? = ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = ? 1.00 0.68 = ? = ? ? ? ? ? = = = ? = = 1.00 = = = = ? = ? ? = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = ? = = ? ? ? = = = = ? = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = ? ? ? = ? = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = 0.98 = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 = = ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = = ? ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 0.99 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? ? = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = 0.58 = = = = = = = = ? = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = 0.99 = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 0.99 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0.99 = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 0.99 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 0.98 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = ? ? = = = = = = ? ? 1.00 = = ? = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0.99 ? = ? ? = = ? ? = = ? ? END PHASEPROBS