************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ifar2.phase.inp ifar2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ifar2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ifar2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ifar2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ifar2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 90 Positions of loci: 1669 1684 1728 2217 2357 3303 3373 4160 4954 5077 5201 6057 6646 6781 6859 7293 7527 8048 8103 8377 8807 8810 8928 9367 9910 10071 10316 10417 10621 10742 10744 10901 10969 10995 11132 11154 11416 12726 12971 13300 13370 13392 13675 13680 14259 15157 15582 15970 15974 16282 16348 16638 17375 17468 17514 17710 17738 17864 18870 18980 18984 19538 19632 19834 19876 20093 20226 21373 21961 23344 24342 24838 24988 25015 25423 26079 26279 26280 27199 27459 28600 28759 29800 29854 29907 30558 31666 34480 35359 35625 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ifar2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCAGCATTAICAGAGCGACCATGGCITIACGCCCACGGAAICTTGATGAGACTTTGGGGCCTTCAGAAAAGGC 2 TCTGCCGGCGCGCDTG 1.000000 2 GCAGCATTAICCGGACGTTGGTGGCITDACTCTGACGGAAICTGGGTGAGCTATCAGGACCTCAGAACAAGAC 1 TCCGCCGGCGCGCITA 1.000000 3 GCAGCATTAITCGGAGGTTGGGAGCITIATGCCGATGGAADCTGGGTAAGCTAACGAAACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 2.000000 4 GCAGCATTAITCGGAGGTTGGGAGCDTIATGCCGATGGAADCTGGGTAAGCTAACAAAACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 1.000000 5 GCAGCATTAITCGGAGGTTGGGAGCDTIATGCCGATGGAADCTGGGTAAGCTAACGAAACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 9.000000 6 GCAGCATTAITCGGAGGTTGGGAGCDTIATGCCGATGGAADCTGGGTAAGCTAACGAAGTTTTAAAACGAGGC 1 GATGGCAGCGCACDTG 1.000000 7 GCAGCATTAITCGGAGGTTGGTAGCDTIATGCCGATGGAADCTGGGTAAGCTAACAAAACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 1.000000 8 GCAGCAGTAICCGGACGTTGGTGGCITIACGCTGACGGAAICTGGGTGAGCTAACGAAACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGTDTG 1.000000 9 GCAGCAGTAICCGGACGTTGGTGGCITIACGCTGACGGAAICTGGGTGAGCTATCGGGACCTCAGAAAAAGAC 1 TCCACCGGCGCGTDTG 1.000000 10 GCAGCAGTAITCGGAGGTTGGGAGCDTIATGCCGATGGAADCTGGGTAAGCTAACGAAACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 1.000000 11 GCATCATTAICAGGGCGTTGGTGATITDGCGCTCGCAAAADCTTAGCGAGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDTG 1.000000 12 GCATCATTAITCGGAGGTTGGGAGCITIATGCCGATGGAADCCGGGTAAGCTAACGAAACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 2.000000 13 GCATCATTAITCGGAGGTTGGGAGCITIATGCCGATGGAADCCGGGTAAGCTAACGAAACCTCAGAGAAGAAC 1 TCCACCGGCGCGCDTG 1.000000 14 GCATCATTAITCGGAGGTTGGGAGCITIATGCCGATGGAADCCGGGTAAGCTAACGAAACCTCAGAGAAGAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 4.000000 15 GCATCATTAITCGGAGGTTGGGAGCITIATGCCGATGGAADCCGGGTAAGCTAACGAAACCTCAGAGCAGAAC 1 TCCACCGGCGCGCDTG 1.000000 16 GCATCATTAITCGGAGGTTGGGAGCITIATGCCGATGGAADCCGGGTAAGCTAACGAAACCTCAGAGCAGAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 2.000000 17 GCCGCATCAICAGAGCGACCATGACITDACTCTCACGAAAIATTAATGAGACTTTGGGGCCCTCAGAAAAGGC 2 TCTGGCAGCGCACDTG 1.000000 18 GCCGTATTAICAGGGCGTCGATGACITDACGGTCACGACGIATTAGTGACACAACGAAACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGCITG 1.000000 19 GCCGTATTAICAGGGCGTCGATGACITDACGGTCACGACGIATTAGTGACACAACGAAACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 1.000000 20 GCCGTATTAICAGGGCGTCGATGACITDACGGTCACGACGIATTAGTGACACTTTGGGGCCTTAAAAAAAGGC 4 TCTGCCAGTTCGCITG 2.000000 21 GCCGTATTAICAGAGCGACCATGACITDACGCTCACGAAAIATTAATGAGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDTG 3.000000 22 GCCGTATTAICAGAGCGACCATGACITDACGCTCACGAAAIATTAATGAGACTTTGGGGCCCTCAGAAAAGGC 2 TCTGCCGGCGCGCDTG 3.000000 23 GCCGTATCAICAGAGCGACCATGACITDACTCTCACGAAAIATTAATGAGACTTTGGGGCCCTCAGAAAAGGC 2 TCTGGCAGCGCACDTG 8.000000 24 TCCGCATTAICAGGGCGTTGGTGATITDGCGCTCGCAAAADCTTAGCGAGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDTG 1.000000 25 TCCGCATTADCAGGGCATTGGGAATITDGCGCTCGCAAAAICTTAGCGACACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACITG 1.000000 26 TCCGCCTTGICAAGGCGTTGGTGATITDACGCTCACAAAAICTTAGTGTGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGT 1 GATGGCACCGCACDTG 2.000000 27 TCCGTATTAICAGGGCATTGGTGATITDGCGCTCGCAAAAICTTAGCGACACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDTG 4.000000 28 TCCGTATTAICAGGGCATTGGTGATITDGCGCTCGCAAAAICTTAGCGACACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGGAGCGCACDTA 5.000000 29 TCCGTATTAICAGGGCGTTGGTGATITDACGCTCACAAAAICTTAGTGAGACTTCAGGGCCTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDTG 1.000000 30 TCCGTATTAICAGGGCGTTGGTGATITDACGCTCACAAAAICTTAGTGAGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGTGCDTG 2.000000 31 TCCGTATTAICAGGGCGTTGGTGATITDGCGCTCGCAAAAICTTAGTGAGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDTG 1.000000 32 TCCGTATTAICAGGGCGTTGGTGATITDGCGCTCGCAAAADCTTAGCGAGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDTG 1.000000 33 TCCGTATTADCAGGGCATTGGTGATITDGCGCTCGCAAAAICTTAGCGACACTTCAGGGCCTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDTG 1.000000 34 TCCGTATTADCAGGGCATTGGTGATITDGCGCTCGCAAAAICTTAGCGACACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDTG 3.000000 35 TCCGTCTTAICAGGGCGTTGGTGATITDGCGCTCGCAAAAICTTAGCGAGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGCAGCGCACDGG 1.000000 36 TCCGTCTTAICAAGGCGTTGGTGATITDACGCTCACAAAAICTTAGTGAGACTTCAGGGCCTTAAAACGAGGC 1 GATGGCAGCGCACDTG 2.000000 37 TCCGTCTTAICAAGGCGTTGGTGATITDACGCTCACAAAAICTTAGTGAGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GATGGCAGCGCACDTG 4.000000 38 TCCGTCTTGICAAGGCGTTGGTGATITDACGCTCACAAAAICTTAGTGTGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GATGGCAGCGCACITG 1.000000 39 TCCGTCTTGICAAGGCGTTGGTGATITDACGCTCACAAAAICTTAGTGTGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GATGGCAGCGCACDTG 6.000000 40 TCCGTCTTGICAAGGCGTTGGTGATITDACGCTCACAAAAICTTAGTGTGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGT 1 GATGGCACCGCACDTG 1.000000 41 TCCGTCTTGICAAGGCGTTGGTGATIGDACGCTCACAAAAICTTAGTGTGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GATGGCAGCGCACDTG 3.000000 42 TCCGTCTTGICAAGGCGTTGGTGATIGDACGCTCACAAAAICTTAGTGTGACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GATGGCAGCGCACDGG 3.000000 43 TTCGTATTAICAGGGCATTGGTGATITDGCGCTCGCAAAAICTTAGCGACACTTCAGGACCTCAGAAAAAAAC 1 TCCACCGGCGCGTITG 1.000000 44 TTCGTATTAICAGGGCATTGGTGATITDGCGCTCGCAAAAICTTAGCGACACTTCAGGGTTTTAAAACGAGGC 1 GCTGGGAGCGCACDTG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (5,33) D002: (22,37) D003: (1,20) D004: (34,41) D005: (19,29) D006: (24,41) D007: (21,35) D008: (23,42) D009: (8,22) D010: (27,41) D011: (3,31) D012: (5,12) D013: (5,30) D014: (9,39) D015: (12,21) D016: (11,27) D033: (22,36) D034: (30,42) D035: (18,27) D036: (20,39) D037: (38,42) D038: (14,14) D039: (3,39) D040: (5,32) E001: (5,5) E002: (15,26) E003: (23,36) E004: (16,28) E005: (26,44) E006: (2,17) E007: (4,16) E008: (28,37) E009: (21,28) E010: (6,28) E011: (14,23) E012: (5,7) E013: (5,25) E014: (37,39) E015: (23,39) E016: (5,37) E017: (23,40) E018: (23,43) E019: (10,23) E020: (23,28) E021: (13,14) E022: (34,39) E023: (27,34) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G T C C G T A T T A D C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G C C T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G 0 D002 G C C G T A T T A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C G C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G C C G G C G C G C D T G T C C G T C T T A I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 D003 G C (A) G (C) A T T A I C A G A G C G A C C A T G G C I T I A C G C (C) C A C G G A A I C T T (G) A T G A G A C T T T G G G G C C T T C A G A A A A G G C 2 T C T G C C G G C G C G C D T G G C (C) G (T) A T T A I C A G G G C G T C G A T G A C I T D A C G G (T) C A C G A C G I A T T (A) G T G A C A C T T T G G G G C C T T A A A A A A A G G C 4 T C T G C C A G T T C G C I T G 0 D004 T C C G T A T T A D C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I G D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 D005 G C C G T A T T A I C A G G G C G T C G A T G A C I T D A C G G T C A C G A C G I A T T A G T G A C A C A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G T C C G T A T T A I C A G G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G C C T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G 0 D006 T C C G (C) A T T A I C A G G G C G T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A D C T T A G C G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G T C C G (T) C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I G D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 D007 G C C G T (A) T T A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C G C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D (T) G T C C G T (C) T T A I C A G G G C G T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D (G) G 0 D008 G C C G T A T C A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C T C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I G D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D G G 0 D009 G C A G C A G T A I C C G G A C G T T G G T G G C I T I A C G C T G A C G G A A I C T G G G T G A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T D T G G C C G T A T T A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C G C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G C C G G C G C G C D T G 0 D010 T C C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I G D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 D011 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G T C C G T A T T A I C A G G G C G T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G 0 D012 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G 0 D013 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G T C C G T A T T A I C A G G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G T G C D T G 0 D014 G C A G C A G T A I C C G G A C G T T G G T G G C I T I A C G C T G A C G G A A I C T G G G T G A G C T A T C G G G A C C T C A G A A A A A G A C 1 T C C A C C G G C G C G T [D] T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C [D] T G 0 D015 G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G G C C G T A T T A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C G C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G 0 D016 G C A T C A T T A I C A G G G C (G) T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A (D) C T T A G C G A (G) A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T A T T A I C A G G G C (A) T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A (I) C T T A G C G A (C) A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G 0 D033 G C C G T A T T A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C G C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G C C G G C G C G C D T G T C C G T C T T A I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G C C T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 D034 T C C G T A T T A I C A G G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G T G C D T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I G D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D G G 0 D035 G C C G T A T T A I C A G G G C G T C G A T G A C I T D A C G G T C A C G A C G I A T T A G T G A C A C A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G C I T G T C C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G 0 D036 G C C G T A T T A I C A G G G C G T C G A T G A C I T D A C G G T C A C G A C G I A T T A G T G A C A C T T T G G G G C C T T A A A A A A A G G C 4 T C T G C C A G T T C G C I T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 D037 T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C I T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I G D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D G G 0 D038 G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A G A A G A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A G A A G A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G 0 D039 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 D040 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G T C C G T [A] T T A I C A G G G C G T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A D C T T A G C G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G 0 E001 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G 0 E002 G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A G C A G A A C 1 T C C A C C G G C G C G C [D] T G T C C G C C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G T 1 G A T G G C A C C G C A C D T G 0 E003 G C C G T A T C A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C T C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T C T T A I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G C C T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 E004 G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A G C A G A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G T C C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G G A G C G C A C D T A 0 E005 T (C) C G [C] C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G T 1 G A T G G (C) A C C G C A C D T G T (T) C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G (G) A G C G C A C D T G 0 E006 G C A G C A T T A I C C G G A C G T T G G T G G C I T D A C T C T G A C G G A A I C T G G G T G A G C T A T C (A) G G A C C T C A G A A (C) A A G A C 1 T C C G C C G G C G C G C (I) T (A) G C C G C A T C A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C T C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T (G) G G G C C C T C A G A (A) A A G G C 2 T C T G G C A G C G C A C (D) T (G) 0 E007 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C (A) A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C (G) A A A C C T C A G A G C A G A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G 0 E008 T C C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G G A G C G C A C D T [A] T C C G T C T T A I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G [T] [T] T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 E009 G C C G T A T T A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C G C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G G A G C G C A C D T A 0 E010 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G T C C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G G A G C G C A C D T A 0 E011 G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A G A A G A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G G C C G T A T C A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C T C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G G C A G C G C A C D T G 0 E012 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G (G) A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G (T) A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C A A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G 0 E013 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G T C C G C A T T A D C A G G G C A T T G G G A A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C I T G 0 E014 T C C G T C T T A I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 E015 G C C G T A T C A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C T C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C [D] T G 0 E016 G C A G C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G T C C G T C T T A I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G A G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 E017 G C C G T A T C A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C T C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G T 1 G A T G G C A C C G C A C D T G 0 E018 G (C) C G T A T C A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C T C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G G C A G C G C A C D T G T (T) C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G 0 E019 G C A G C A (G) T A I T C G G A G G T T G G G A G C D T I A T G C C G A T G G A A D C T G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A A A A A A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G G C C G T A (T) C A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C T C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G G C A G C G C A C D T G 0 E020 G C C G T A T C A I C A G A G C G A C C A T G A C I T D A C T C T C A C G A A A I A T T A A T G A G A C T T T G G G G C C C T C A G A A A A G G C 2 T C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G G A G C G C A C D T A 0 E021 G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A G A A G A A C 1 T C C A C C G G C G C G C D T G G C A T C A T T A I T C G G A G G T T G G G A G C I T I A T G C C G A T G G A A D C C G G G T A A G C T A A C G A A A C C T C A G A G A A G A A C 1 T C C A C C G G C G C G T I T G 0 E022 T C C G T A T T A D C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T C T T G I C A A G G C G T T G G T G A T I T D A C G C T C A C A A A A I C T T A G T G T G A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G A T G G C A G C G C A C D T G 0 E023 T C C G T A T T A I C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G T C C G T A T T A D C A G G G C A T T G G T G A T I T D G C G C T C G C A A A A I C T T A G C G A C A C T T C A G G G T T T T A A A A C G A G G C 1 G C T G G C A G C G C A C D T G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 G = A = C = = = = I T ? = = A G G = = = = G ? G C D ? ? A T = = C G A T ? G = = D = = G G = T A = G C T A A = G A A A = = = C = G = = ? A = A A = = T = C A C = G = ? ? ? G T I = ? T = C = T = = = = D C ? = = G C A = = = = T ? A T I ? ? G C = = T C G C ? A = = I = = T A = C G = C A C T T = A G G G = = = T = A = = ? G = G G = = G = T G G = A = ? ? ? A C D = ? 0 D002 G = = = = A = = = = = = G A = = = A C C ? ? ? = C ? = = = = = = = = = = G = = = = A = = = A = = = = = = = = T G = = = C C C = C = G = A A = = = = 2 T C = = C ? G = ? ? ? G = = = = T = = = = C = = = = = = A G = = = T T G ? ? ? = T ? = = = = = = = = = = A = = = = C = = = G = = = = = = = = C A = = = T T T = A = A = C G = = = = 1 G A = = G ? A = ? ? ? A = = = = 0 D003 = = (A) = (C) = = = = = = = = A = = = A = C = = ? G = = = I = = = C (C) = = = ? G A A = C = = (G) A = = = G = = = = = = = = = = = = = C = G = ? = = = = = 2 ? = = = = = G = C G = = = D = = = = (C) = (T) = = = = = = = = G = = = T = G = = ? A = = = D = = = G (T) = = = ? A C G = A = = (A) G = = = C = = = = = = = = = = = = = A = A = ? = = = = = 4 ? = = = = = A = T T = = = I = = 0 D004 = = = = = A = = A D = = G = = = A = = ? = = = = = ? T = G = = = = = G = = = = = = = = = = = C = A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = G I = = A = = = G = = ? = = = = = ? G = A = = = = = A = = = = = = = = = = = T = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = 0 D005 G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A = ? = C ? = = = = = G = = = = ? = C G = A = = = = = = = C = = A A = G A A A = = = C = G ? = A A = A A = = T = C A C = G = ? ? ? G T I = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = T = G = ? = T ? = = = = = C = = = = ? = A A = C = = = = = = = G = = T T = A G G G = = = T = A ? = C G = G G = = G = T G G = A = ? ? ? A C D = = 0 D006 = = = = (C) A = = A = = = G = = = = = = = = = ? = = ? T = G = = = = = G = ? = = = D = = = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) C = = G = = = A = = = = = = = = = ? = = ? G = A = = = = = A = ? = = = I = = = = = T = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = 0 D007 G = = = = (A) ? = = = = = = A = = = A C C A = ? = C = = = A = = = = = A = ? = = = = A = = = A T = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = T = = = = (C) ? = = = = = = G = = = T T G G = ? = T = = = G = = = = = G = ? = = = = C = = = G C = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = 0 D008 G = = = = ? ? C A = = = G A = = = ? ? ? A = ? = C = T = = = T = = = = = G = = = = A = = = A = = A ? ? ? = = T G = = = ? ? C = C = G = A A = = = = 2 T C = = = = = = = = = ? = = T = T = = = = ? ? T G = = = A G = = = ? ? ? G = ? = T = G = = = G = = = = = A = = = = C = = = G = = T ? ? ? = = C A = = = ? ? T = A = A = C G = = = = 1 G A = = = = = = = = = ? = = G = 0 D009 = = A = C = G = = = = C = G A = = T T G G = = G = = = I = = = = = G = = = G = = = C = G G G = = = = C T A A C = A A A = = T C A G A = = = ? ? A = 1 = = C A = = = = = = = = T = = = = = C = T = T = = = = A = A G = = A C C A = = A = = = D = = = = = C = = = A = = = A = T A A = = = = A C T T T = G G G = = C T C A G = = = ? ? G = 2 = = T G = = = = = = = = C = = = 0 D010 = = = = = A = = A = = = G = = = A = = = = = = = = = T = G = = = ? = G = = = = = = = = = = = C = A C = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = G = = = A = = = G = = = = = = = = = G = A = = = ? = A = = = = = = = = = = = T = T G = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = A = = = = = = = = = = = = = ? 0 D011 G = A = C = = = = = T ? = = A G = = = = = G A G C = = I A T = = C G A T G G = = D = = G G = = A = = C T A A = G A A A C C = C = G = = A A = A A = = T = C A C = G = = = = G T I = = T = C = T = = = = = C ? = = G C = = = = = T G A T = = D G C = = T C G C A A = = I = = T A = = G = = A C T T = A G G G T T = T = A = = C G = G G = = G = T G G = A = = = = A C D = = 0 D012 = = = G = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = D ? ? = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = T = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = I ? ? = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 0 D013 G = A = C = = = = = T ? = = A G = = = = = G A G C D ? ? = T = = C G = T G ? ? = D = = G G = ? A = = C T A A = G A A A C C = C = G = = A A = ? A = = T = C A C = G = = = C = T I = = T = C = T = = = = = C ? = = G C = = = = = T G A T I ? ? = C = = T C = C A ? ? = I = = T A = ? G = = A C T T = A G G G T T = T = A = = C G = ? G = = G = T G G = A = = = T = C D = = 0 D014 G = A = C A G = A = = C G = A = = = = = = = = G C = = I = = = = = G = = G ? ? = = = = G G = = = A = C T A = = G = = A C C = C = G = = A A = = A = = T C C A ? ? G = = = = G T ? = = T = C = T C T = G = = A A = G = = = = = = = = A T = = D = = = = = C = = A ? ? = = = = T A = = = T = A C T = = A = = G T T = T = A = = C G = = G = = G A T G ? ? A = = = = A C ? = = 0 D015 = = A T C = = = = = T ? = G A G = T T G G G A G = = = I = T = = ? G = T = G = = D C C G G G = A = = C T A A = G A ? A C C = C = G = = A A ? A A = = T = C A C = G = = = = G T I = = = = C G T = = = = = C ? = A G C = A C C A T G A = = = D = C = = ? C = C = A = = I A T T A A = G = = A C T T = A G ? G T T = T = A = = C G ? G G = = G = T G G = A = = = = A C D = = 0 D016 G = A T C ? ? = = = = = = = = = (G) ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C G T ? ? = = = = = = = = = (A) ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D033 G = = = = A = = = = = = G A = = = A C C A = = = C = = = = = = = = = = = G = = = = A = = = A = = = = = = = = T G = = = = = C = C = G = A A = = = ? 2 ? C = = C = G = = = = G = = = = T = = = = C = = = = = = A G = = = T T G G = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = C = = = G = = = = = = = = C A = = = = = T = A = A = C G = = = ? 1 ? A = = G = A = = = = A = = = = 0 D034 = = = = = A = = A = = = G = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = T G = ? T = = = = = = C = = G = = = A = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C A = ? G = 0 D035 G = = = = = = = = = = = = = = = G ? ? ? ? ? ? = C = = = A = = G = = A = G = C G = A = = = = T = = = = = A A = G A A A C C = C = G = = A A = A A = = T = C A C = ? ? = = = G = I = = T = = = = = = = = = = = = = = = A ? ? ? ? ? ? = T = = = G = = C = = G = A = A A = C = = = = C = = = = = T T = A G G G T T = T = A = = C G = G G = = G = T G G = ? ? = = = A = D = = 0 D036 G = = = = A ? = A = = = G = = = = = C = A = = = C = = = = = = G = = = = G = C G = A = = = = = = A C = = = = T G = = = ? ? = = = = = = A A = = = = 4 T C = = C = = = T T = G = I = = T = = = = C ? = G = = = A = = = = = T = G = = = T = = = = = = C = = = = A = A A = C = = = = = = T G = = = = C A = = = ? ? = = = = = = C G = = = = 1 G A = = G = = = C G = A = D = = 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? T = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = I T ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? G = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = D G ? 0 D038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D039 G = A = C A = = A = T ? G = A G = = = = = G A G C = = I = T = = C G = T G ? ? = D = = G G ? = A A = C T A A = G A A ? ? ? = C = G = = A A ? A A = = ? C C A C = G = = = = G ? I = ? T = C = T C = = G = C ? A = G C = = = = = T G A T = = D = C = = T C = C A ? ? = I = = T A ? = G T = A C T T = A G G ? ? ? = T = A = = C G ? G G = = ? A T G G = A = = = = A ? D = ? 0 D040 G = A = C ? ? = = = T ? = = A G = = = = = G A G C D ? ? A T = = C G A T G G = = = = = G G ? T A = = C T A A = G A A A ? ? = C = G = = A A = A ? ? ? T = C A ? ? G = = = = G T ? = ? T = C = T ? ? = = = C ? = = G C = = = = = T G A T I ? ? G C = = T C G C A A = = = = = T A ? C G = = A C T T = A G G G ? ? = T = A = = C G = G ? ? ? G = T G ? ? A = = = = A C ? = ? 0 E001 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 0 E002 G = A T = A = = A = T ? G = A G = = = = = G A G C = = I = T = = C G = T G G = = D = C G G = = A A = C T A A = G A A A C C = C = G = G = A G A A C = T C C A C = G G = = = G = ? = = T = C G = C = = G = C ? A = G C = = = = = T G A T = = D = C = = T C = C A A = = I = T T A = = G T = A C T T = A G G G T T = T = A = A = G A G G T = G A T G G = A C = = = A = ? = = 0 E003 G = = = = A = C = = = = G A = = = A C C A = = = C ? = = = = T = = = = = G = = = = A = = = A = = = = = = = = T G = = = = = C = C = G = A A = = = = 2 T C = = = ? = = = = = = = = = = T = = = = C = T = = = = A G = = = T T G G = = = T ? = = = = G = = = = = A = = = = C = = = G = = = = = = = = C A = = = = = T = A = A = C G = = = = 1 G A = = = ? = = = = = = = = = = 0 E004 G = A T C = = = = = T ? = = A G G = = = = G A G C = = I A T = = C G A T G G = = D = C G G = T A = G C T A A = G A A A C C = C = G = G = A G A A = = T = C A C C G = = = = G T ? = G T = C G T = = = = = C ? = = G C A = = = = T G A T = = D G C = = T C G C A A = = I = T T A = C G = C A C T T = A G G G T T = T = A = A = G A G G = = G = T G G G A = = = = A C ? = A 0 E005 = (C) = ? ? C = = G = = = A = = = G ? ? ? ? ? ? = = = = = A = = = = = A = = = = = = = = = = = T = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = A = = = (C) = C ? ? ? = = = = = = (T) = ? ? A = = A = = = G = = = A ? ? ? ? ? ? = = = = = G = = = = = G = = = = = = = = = = = C = A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = C = = = (G) = G ? ? ? = = = = = 0 E006 = = A = = = = T = = = C = G A = = T T ? G = = G = = = = = = = = = G = = ? G = = = C = G G G = = = = C T A = C (A) = = A = = T C A G A = (C) = = = A = 1 = = C = C = G = = = = G = (I) = (A) = = C = = = = C = = = A = A G = = A C ? A = = A = = = = = = = = = C = = ? A = = = A = T A A = = = = A C T = T (G) = = G = = C T C A G = (A) = = = G = 2 = = T = G = A = = = = A = (D) = (G) 0 E007 ? ? ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D ? ? = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? ? ? ? = = (A) = = = = = = = = = = A A = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I ? ? = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? ? ? ? = = (G) = = = = = = = = = = G C = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = ? ? = = = = = ? ? ? = A = = = = = = = = = = = G = = = ? = G = = = = = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = C = = = G = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = ? ? ? = G = = = = = = = = = = = A = = = ? = A = = = = = = = = = = = T = = G = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = = = = = = = ? 0 E009 ? ? ? ? ? = = = = = = = = A = = G A C C A = = = C = = = A = = = ? = A = G = = = = A = = ? ? ? ? ? G = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? ? ? = = = = G ? ? ? ? ? = = = = = = = = G = = A T T G G = = = T = = = G = = = ? = G = A = = = = C = = ? ? ? ? ? C = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? ? ? = = = = A 0 E010 ? ? ? ? ? = = = = = T ? = = A G G = = = = G A G C D ? ? A T = = C G A T G G = = D = = G G = T A = G C T A A = G A A = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = = = = = = = G ? ? ? ? ? = = = = = C ? = = G C A = = = = T G A T I ? ? G C = = T C G C A A = = I = = T A = C G = C A C T T = A G G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = G = = = = = = = = = A 0 E011 ? ? ? T C = = T = = T ? = G A G = T T G G G A G = = = I = T G = C G = T = G = ? ? ? ? ? ? ? = A = = C T A A C = A A A = = T C A G A G = = G ? A = 1 = = C A C = G = = = = G T I = = ? ? ? G T = = C = = C ? = A G C = A C C A T G A = = = D = C T = T C = C = A = ? ? ? ? ? ? ? = G = = A C T T T = G G G = = C T C A G A = = A ? G = 2 = = T G G = A = = = = A C D = = 0 E012 ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E013 G = A = = = = = = I T ? = = A ? ? = = = = = = G C D ? ? A T = = C G A T G G = = D = = G G = T A = G C T A A = G A A A C C = C = G = = A A = A A = = T = C A C = G = = = = G T = = = T = C = = = = = = D C ? = = G ? ? = = = = = = A T I ? ? G C = = T C G C A A = = I = = T A = C G = C A C T T = A G G G T T = T = A = = C G = G G = = G = T G G = A = = = = A C = = = 0 E014 ? ? ? = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 ? ? ? = = A = C A = = = G A = ? ? A C C ? ? = = C = = = = = T = = = = = ? = = = = A = = = A = = A = = = = = T G = = = C C C = C = G = A A ? = = = 2 ? C = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = C = T G = = = A G = ? ? T T G ? ? = = T = = = = = G = = = = = ? = = = = C = = = G = = T = = = = = C A = = = T T T = A = A = C G ? = = = 1 ? A = = = = = = = = = = = ? = = 0 E016 G = A = C ? ? = = = T ? G = A ? ? = = = = G A G C D ? ? = T = = C G = T G G = = D = = G G = = A = = C T A A = G A A A C C = C = G = = A A = A A = = ? C C A C = G = = = = G T I = = T = C = T ? ? = = = C ? A = G ? ? = = = = T G A T I ? ? = C = = T C = C A A = = I = = T A = = G = = A C T T = A G G G T T = T = A = = C G = G G = = ? A T G G = A = = = = A C D = = 0 E017 G = = = = A = C A = = = G A = = = A C C A = = = C = = = = = T = = = = = G = = = = A = = = ? = = A = = = = = T G = = = C C C = C = G = A A = = = C 2 T ? = = = ? = G ? ? ? = = = = = T = = = = C = T G = = = A G = = = T T G G = = = T = = = = = G = = = = = A = = = = C = = = ? = = T = = = = = C A = = = T T T = A = A = C G = = = T 1 G ? = = = ? = C ? ? ? = = = = = 0 E018 G (C) = = = = = C = = = = = A = = G A C C A = = = C = = = A = T = = = A = G = = = = A = = = A T = = G = = = = T G = = G = = C T C A G = = = = G G = 2 = = T G G = A = = = = A C ? = = T (T) = = = = = T = = = = = G = = A T T G G = = = T = = = G = G = = = G = A = = = = C = = = G C = = C = = = = C A = = A = = T C A G A = = = = A A = 1 = = C A C = G = = = = G T ? = = 0 E019 = = A = C = (G) T ? ? ? ? = G A G = T T G G G A G = D ? ? = T G = C G = T = G = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = C T ? A C = A ? A = = T C A G A = = = = A A = 1 = = C A C = G = = = = G T I = = = = C = T = (T) C ? ? ? ? = A G C = A C C A T G A = I ? ? = C T = T C = C = A = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = A C ? T T = G ? G = = C T C A G = = = = G G = 2 = = T G G = A = = = = A C D = = 0 E020 G = = = = = = C = = = = = A = ? ? A C C ? ? ? ? ? ? = = A = T = = = A = G = = = = A = = = A T = = G = = = = T G = = = C C C = C = G = ? A = ? = = 2 T = = = = ? = = = = = = = = = G T = = = = = = T = = = = = G = ? ? T T G ? ? ? ? ? ? = = G = G = = = G = A = = = = C = = = G C = = C = = = = C A = = = T T T = A = A = ? G = ? = = 1 G = = = = ? = = = = = = = = = A 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I = = 0 E022 = = = = = A = = A D = = ? ? ? = A = = = = = = = = = = = G = = = = = G = = = = = = = = = = = C = A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = G I = = ? ? ? = G = = = = = = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = = = = = T = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = ? ? ? 1.00 = = = = = = 0.51 = 0.51 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 0.84 = = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 0.84 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = 0.97 = ? = 0.97 ? = = = = = 0.97 = = = = ? = 0.97 0.97 = 0.97 = = = = = = = 0.97 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 0.52 0.90 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = ? 0.93 = 1.00 = = = = = 1.00 = ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 0.88 ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.59 = 1.00 = = = = ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 0.98 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = = = = = = = 0.58 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.58 = = = = = = = = 0.58 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = 0.61 = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 0.90 = 1.00 ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 0.75 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 0.65 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 0.71 = 0.54 ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? ? = = 0.79 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0.56 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 ? ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = ? = 1.00 ? ? ? = = = = = 1.00 0.79 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 = 0.64 1.00 ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS