Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 001601 CC 23 16 39 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 001653 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 16 39 0.011 0.000 0.006 001669 GG 5 4 9 GT 14 8 22 TT 5 4 9 0.667 0.000 0.400 001684 CC 24 14 38 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.071 0.026 001715 CC 23 16 39 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 001728 AA 2 2 4 AC 10 6 16 CC 12 8 20 0.002 0.259 0.091 001744 CC 23 15 38 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.017 0.026 001851 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002217 GG 20 15 35 GT 3 4 7 TT 1 1 2 2.617 0.930 3.273 002251 AA 23 20 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002357 CC 2 7 9 CT 11 4 15 TT 11 9 20 0.107 7.103 3.273 002961 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 21 41 0.012 0.000 0.006 003264 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 20 41 0.000 0.012 0.006 003303 AA 10 14 24 AC 10 6 16 CC 1 1 2 0.583 0.114 0.105 003361 AA 19 20 39 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.013 0.000 0.006 003373 GG 0 0 0 GT 2 1 3 TT 17 19 36 0.059 0.013 0.062 004134 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 004160 CC 0 0 0 CT 1 8 9 TT 22 14 36 0.011 1.086 0.556 004270 AA 21 22 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 004707 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 004954 AA 15 16 31 AG 8 6 14 GG 1 0 1 0.003 0.548 0.161 005067 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 005077 -- 0 0 0 +- 2 3 5 ++ 22 19 41 0.045 0.118 0.152 005114 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 005201 CC 16 12 28 CT 6 6 12 TT 2 4 6 1.407 3.035 4.815 005202 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 006057 AA 14 11 25 AC 2 1 3 CC 2 4 6 6.480 11.436 18.790 006213 AA 18 16 34 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.014 0.000 0.007 006646 AA 1 1 2 AG 10 6 16 GG 13 14 27 0.296 0.114 0.037 006707 GG 23 21 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006781 AA 0 0 0 AG 7 9 16 GG 17 12 29 0.700 1.562 2.104 006804 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 20 44 0.000 0.012 0.006 006859 AA 2 4 6 AG 8 8 16 GG 14 9 23 0.296 0.777 1.308 006926 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 21 43 0.045 0.000 0.023 007110 AA 23 21 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007293 CC 15 10 25 CG 6 5 11 GG 1 4 5 0.153 3.278 3.589 007527 AA 0 1 1 AG 5 7 12 GG 17 11 28 0.362 0.007 0.046 008048 AA 0 0 0 AT 6 9 15 TT 15 13 28 0.583 1.455 1.919 008103 CC 1 0 1 CT 7 9 16 TT 13 13 26 0.002 1.455 0.663 008255 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 21 21 42 0.000 0.012 0.006 008377 CC 0 0 0 CG 6 8 14 GG 14 13 27 0.623 1.163 1.738 008425 CC 20 22 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 008604 CC 20 20 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 008807 AA 1 0 1 AG 7 7 14 GG 13 13 26 0.002 0.900 0.311 008810 GG 2 4 6 GT 6 7 13 TT 13 9 22 0.948 1.284 2.602 008928 AA 2 5 7 AG 5 6 11 GG 8 10 18 0.639 3.264 3.825 009367 AA 12 10 22 AG 9 8 17 GG 2 4 6 0.028 1.010 0.821 009438 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 009910 CC 5 7 12 CT 13 10 23 TT 5 5 10 0.391 0.153 0.026 010071 -- 0 2 2 +- 4 5 9 ++ 15 14 29 0.263 1.802 1.202 010316 GG 0 0 0 GT 6 0 6 TT 14 18 32 0.623 0.000 0.279 010417 -- 13 12 25 +- 6 3 9 ++ 1 3 4 0.078 5.556 3.844 010621 AA 15 13 28 AG 8 9 17 GG 1 1 2 0.003 0.130 0.084 010742 CC 16 12 28 CT 6 7 13 TT 2 4 6 1.407 2.175 3.996 010744 GG 23 15 38 GT 1 7 8 TT 0 1 1 0.011 0.025 0.516 010901 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 010969 CC 2 4 6 CT 6 7 13 TT 14 9 23 1.099 1.284 2.832 010995 CC 14 11 25 CG 8 8 16 GG 2 4 6 0.296 1.252 1.629 011019 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 011132 AA 15 13 28 AG 8 9 17 GG 1 1 2 0.003 0.130 0.084 011154 CC 16 12 28 CT 6 7 13 TT 2 4 6 1.407 2.175 3.996 011416 AA 5 5 10 AG 10 10 20 GG 4 5 9 0.059 0.000 0.027 012571 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 20 22 42 0.000 0.011 0.006 012645 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 23 43 0.012 0.000 0.006 012677 AA 20 22 42 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.012 0.011 0.024 012726 AA 13 11 24 AG 6 8 14 GG 2 4 6 0.948 1.252 2.445 012776 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 012877 CC 20 23 43 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012971 AA 17 23 40 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.233 0.000 0.100 013300 AA 19 21 40 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.209 0.000 0.100 013370 -- 3 4 7 +- 7 5 12 ++ 13 12 25 1.431 4.121 5.234 013392 AA 0 0 0 AC 10 7 17 CC 13 14 27 1.775 0.840 2.523 013675 CC 1 1 2 CT 2 3 5 TT 20 17 37 4.707 2.136 6.392 013680 GG 2 4 6 GT 8 6 14 TT 13 11 24 0.221 2.679 2.445 014210 CC 22 18 40 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.014 0.006 014259 AA 12 10 22 AG 9 6 15 GG 2 4 6 0.028 2.321 1.556 014665 CC 20 19 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 015157 AA 0 0 0 AG 7 5 12 GG 14 14 28 0.840 0.436 1.246 015582 CC 1 1 2 CT 7 8 15 TT 15 12 27 0.025 0.053 0.002 015970 AA 2 4 6 AG 6 6 12 GG 16 11 27 1.407 2.679 4.556 015974 AA 15 15 30 AT 8 6 14 TT 1 0 1 0.003 0.583 0.185 016282 CC 1 1 2 CG 7 9 16 GG 15 11 26 0.025 0.247 0.055 016348 AA 13 11 24 AC 8 8 16 CC 2 2 4 0.221 0.093 0.306 016499 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 20 43 0.000 0.012 0.006 016638 CC 13 11 24 CT 8 8 16 TT 2 2 4 0.221 0.093 0.306 016672 -- 0 0 0 +- 1 2 3 ++ 22 19 41 0.011 0.053 0.055 017375 AA 2 3 5 AT 10 7 17 TT 12 11 23 0.002 1.018 0.455 017414 AA 22 22 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.023 017451 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 017454 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017468 AA 2 4 6 AT 9 7 16 TT 13 12 25 0.061 2.175 1.629 017514 CC 18 15 33 CT 5 8 13 TT 1 0 1 0.644 1.019 0.046 017536 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 017585 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 017710 AA 7 5 12 AG 13 13 26 GG 4 4 8 0.243 0.747 0.889 017738 AA 2 4 6 AG 9 7 16 GG 13 11 24 0.061 1.875 1.467 017824 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 21 42 0.012 0.000 0.006 017864 AA 2 4 6 AG 8 6 14 GG 12 11 23 0.153 2.679 2.239 017990 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 018079 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 018122 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 018870 AA 2 4 6 AG 9 8 17 GG 12 11 23 0.028 1.252 0.953 018980 CC 7 8 15 CT 6 7 13 TT 7 6 13 3.200 2.249 5.443 018984 CC 7 8 15 CT 6 7 13 TT 7 6 13 3.200 2.249 5.443 019347 CC 23 22 45 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.022 019538 CC 0 0 0 CT 4 8 12 TT 19 14 33 0.209 1.086 1.065 019632 CC 2 3 5 CT 10 8 18 TT 11 11 22 0.017 0.577 0.201 019745 AA 21 20 41 AG 1 2 3 GG 0 0 0 0.012 0.050 0.055 019811 AA 22 21 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 019834 AA 18 14 32 AC 5 8 13 CC 0 0 0 0.342 1.086 1.283 019876 AA 11 11 22 AG 10 8 18 GG 2 3 5 0.017 0.577 0.201 020093 AA 16 14 30 AG 5 8 13 GG 0 0 0 0.383 1.086 1.364 020186 AA 21 22 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 020226 AA 21 17 38 AG 0 4 4 GG 1 1 2 22.000 1.144 8.910 020350 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 020671 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 020980 AA 23 21 44 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 021373 AA 3 6 9 AC 12 7 19 CC 7 9 16 0.362 2.719 0.571 021424 AA 19 22 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 021961 AA 4 8 12 AG 13 8 21 GG 7 7 14 0.243 2.112 0.516 023276 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 22 44 0.011 0.000 0.006 023344 AA 20 17 37 AG 0 3 3 GG 1 1 2 21.000 2.136 11.908 024241 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 024342 AA 2 3 5 AG 7 6 13 GG 12 11 23 0.399 1.633 1.885 024437 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 024838 AA 2 4 6 AG 9 8 17 GG 12 11 23 0.028 1.252 0.953 024988 CC 22 19 41 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.118 0.055 025015 * 025423 GG 7 7 14 GT 11 6 17 TT 3 7 10 0.159 3.200 1.086 026079 AA 1 1 2 AC 10 8 18 CC 13 13 26 0.296 0.027 0.261 026237 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 026279 CC 2 4 6 CT 10 8 18 TT 12 11 23 0.002 1.252 0.663 026280 AA 2 4 6 AG 10 7 17 GG 12 12 24 0.002 2.175 1.090 026394 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026452 CC 23 22 45 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 027199 CC 4 4 8 CG 10 8 18 GG 8 11 19 0.079 1.252 1.001 027204 GG 19 23 42 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 027459 CC 21 15 36 CG 0 5 5 GG 0 0 0 0.000 0.408 0.173 028600 AA 8 11 19 AG 11 8 19 GG 3 4 7 0.065 1.252 0.372 028759 CC 0 0 0 CG 0 3 3 GG 22 20 42 0.000 0.112 0.054 029277 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 029800 CC 18 19 37 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.027 029854 GG 18 19 37 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.027 029907 CC 18 19 37 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.027 030183 CC 22 22 44 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.023 030380 AA 22 21 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 030558 AA 6 11 17 AG 12 8 20 GG 5 3 8 0.048 0.577 0.247 030988 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 031224 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 031666 CC 13 13 26 CT 8 7 15 TT 2 3 5 0.221 1.431 1.427 034480 -- 9 10 19 +- 10 5 15 ++ 2 4 6 0.107 3.278 1.042 035359 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 035625 AA 0 0 0 AG 0 5 5 GG 19 16 35 0.000 0.383 0.178 036411 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 036413 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 037068 CC 22 21 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001653: CGCCCGC 005077: a 006804: tg 008255: c 010071: AT 010417: T 012571: t 013370: t 016672: tct 023276: T 024241: ACTT 026394: ttaa 029277: attttacagagcgctgattggtgcgttttagagtgctgattggtgc 034480: T Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 025015 AA 17 14 31 025015 AC 4 8 12 025015 AT 1 0 1 025015 CC 0 0 0 025015 CT 1 0 1 025015 TT 0 0 0