Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 001601 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001653 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001669 T 0.50 0.50 0.50 G 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 0.50 001684 T 0.00 0.06 0.03 C 1.00 0.94 0.97 0.00 0.12 0.05 001715 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001728 A 0.29 0.31 0.30 C 0.71 0.69 0.70 0.41 0.43 0.42 001744 T 0.02 0.03 0.03 C 0.98 0.97 0.97 0.04 0.06 0.05 001851 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002217 T 0.10 0.15 0.12 G 0.90 0.85 0.88 0.19 0.26 0.22 002251 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002357 C 0.31 0.45 0.38 T 0.69 0.55 0.62 0.43 0.50 0.47 002961 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 003264 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 003303 C 0.29 0.19 0.24 A 0.71 0.81 0.76 0.41 0.31 0.36 003361 C 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 003373 G 0.05 0.03 0.04 T 0.95 0.97 0.96 0.10 0.05 0.07 004134 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004160 C 0.02 0.18 0.10 T 0.98 0.82 0.90 0.04 0.30 0.18 004270 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004707 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004954 G 0.21 0.14 0.17 A 0.79 0.86 0.83 0.33 0.24 0.29 005067 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005077 - 0.04 0.07 0.05 + 0.96 0.93 0.95 0.08 0.13 0.10 005114 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005201 T 0.21 0.32 0.26 C 0.79 0.68 0.74 0.33 0.43 0.39 005202 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006057 C 0.17 0.28 0.22 A 0.83 0.72 0.78 0.28 0.40 0.34 006213 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 006646 A 0.25 0.19 0.22 G 0.75 0.81 0.78 0.38 0.31 0.35 006707 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006781 A 0.15 0.21 0.18 G 0.85 0.79 0.82 0.25 0.34 0.29 006804 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 006859 A 0.25 0.38 0.31 G 0.75 0.62 0.69 0.38 0.47 0.43 006926 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007110 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007293 G 0.18 0.34 0.26 C 0.82 0.66 0.74 0.30 0.45 0.38 007527 A 0.11 0.24 0.17 G 0.89 0.76 0.83 0.20 0.36 0.28 008048 A 0.14 0.20 0.17 T 0.86 0.80 0.83 0.24 0.33 0.29 008103 C 0.21 0.20 0.21 T 0.79 0.80 0.79 0.34 0.33 0.33 008255 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008377 C 0.15 0.19 0.17 G 0.85 0.81 0.83 0.26 0.31 0.28 008425 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008604 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008807 A 0.21 0.17 0.20 G 0.79 0.82 0.80 0.34 0.29 0.31 008810 G 0.24 0.38 0.30 T 0.76 0.62 0.70 0.36 0.47 0.42 008928 A 0.30 0.38 0.35 G 0.70 0.62 0.65 0.42 0.47 0.45 009367 G 0.28 0.36 0.32 A 0.72 0.64 0.68 0.41 0.46 0.44 009438 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009910 T 0.50 0.45 0.48 C 0.50 0.55 0.52 0.50 0.50 0.50 010071 - 0.11 0.21 0.16 + 0.89 0.79 0.84 0.19 0.34 0.27 010316 G 0.15 0.00 0.08 T 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.15 010417 + 0.20 0.25 0.22 - 0.80 0.75 0.78 0.32 0.38 0.35 010621 G 0.21 0.24 0.22 A 0.79 0.76 0.78 0.33 0.36 0.35 010742 T 0.21 0.33 0.27 C 0.79 0.67 0.73 0.33 0.44 0.39 010744 T 0.02 0.20 0.11 G 0.98 0.80 0.89 0.04 0.31 0.19 010901 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 010969 C 0.23 0.38 0.30 T 0.77 0.62 0.70 0.35 0.47 0.42 010995 G 0.25 0.35 0.30 C 0.75 0.65 0.70 0.38 0.45 0.42 011019 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011132 G 0.21 0.24 0.22 A 0.79 0.76 0.78 0.33 0.36 0.35 011154 T 0.21 0.33 0.27 C 0.79 0.67 0.73 0.33 0.44 0.39 011416 G 0.47 0.50 0.49 A 0.53 0.50 0.51 0.50 0.50 0.50 012571 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012645 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 012677 G 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.05 0.04 0.04 012726 G 0.24 0.35 0.30 A 0.76 0.65 0.70 0.36 0.45 0.42 012776 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 012877 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 012971 C 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 013300 G 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 013370 - 0.28 0.31 0.30 + 0.72 0.69 0.70 0.41 0.43 0.42 013392 A 0.22 0.17 0.19 C 0.78 0.83 0.81 0.34 0.28 0.31 013675 C 0.09 0.12 0.10 T 0.91 0.88 0.90 0.16 0.21 0.18 013680 G 0.26 0.33 0.30 T 0.74 0.67 0.70 0.39 0.44 0.42 014210 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 014259 G 0.28 0.35 0.31 A 0.72 0.65 0.69 0.41 0.45 0.43 014665 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 015157 A 0.17 0.13 0.15 G 0.83 0.87 0.85 0.28 0.23 0.26 015582 C 0.20 0.24 0.22 T 0.80 0.76 0.78 0.31 0.36 0.34 015970 A 0.21 0.33 0.27 G 0.79 0.67 0.73 0.33 0.44 0.39 015974 T 0.21 0.14 0.18 A 0.79 0.86 0.82 0.33 0.24 0.29 016282 C 0.20 0.26 0.23 G 0.80 0.74 0.77 0.31 0.39 0.35 016348 C 0.26 0.29 0.27 A 0.74 0.71 0.73 0.39 0.41 0.40 016499 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 016638 T 0.26 0.29 0.27 C 0.74 0.71 0.73 0.39 0.41 0.40 016672 - 0.02 0.05 0.03 + 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.07 017375 A 0.29 0.31 0.30 T 0.71 0.69 0.70 0.41 0.43 0.42 017414 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017451 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017454 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017468 A 0.27 0.33 0.30 T 0.73 0.67 0.70 0.39 0.44 0.42 017514 T 0.15 0.17 0.16 C 0.85 0.83 0.84 0.25 0.29 0.27 017536 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017585 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017710 G 0.44 0.48 0.46 A 0.56 0.52 0.54 0.49 0.50 0.50 017738 A 0.27 0.34 0.30 G 0.73 0.66 0.70 0.39 0.45 0.42 017824 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017864 A 0.27 0.33 0.30 G 0.73 0.67 0.70 0.40 0.44 0.42 017990 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018079 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018122 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018870 A 0.28 0.35 0.32 G 0.72 0.65 0.68 0.41 0.45 0.43 018980 T 0.50 0.45 0.48 C 0.50 0.55 0.52 0.50 0.50 0.50 018984 T 0.50 0.45 0.48 C 0.50 0.55 0.52 0.50 0.50 0.50 019347 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 019538 C 0.09 0.18 0.13 T 0.91 0.82 0.87 0.16 0.30 0.23 019632 C 0.30 0.32 0.31 T 0.70 0.68 0.69 0.42 0.43 0.43 019745 G 0.02 0.05 0.03 A 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.07 019811 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019834 C 0.11 0.18 0.14 A 0.89 0.82 0.86 0.19 0.30 0.25 019876 G 0.30 0.32 0.31 A 0.70 0.68 0.69 0.42 0.43 0.43 020093 G 0.12 0.18 0.15 A 0.88 0.82 0.85 0.21 0.30 0.26 020186 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020226 G 0.05 0.14 0.09 A 0.95 0.86 0.91 0.09 0.24 0.17 020350 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020671 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020980 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021373 A 0.41 0.43 0.42 C 0.59 0.57 0.58 0.48 0.49 0.49 021424 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 021961 A 0.44 0.52 0.48 G 0.56 0.48 0.52 0.49 0.50 0.50 023276 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023344 G 0.05 0.12 0.08 A 0.95 0.88 0.92 0.09 0.21 0.15 024241 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024342 A 0.26 0.30 0.28 G 0.74 0.70 0.72 0.39 0.42 0.40 024437 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024838 A 0.28 0.35 0.32 G 0.72 0.65 0.68 0.41 0.45 0.43 024988 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 025015 * 025423 T 0.40 0.50 0.45 G 0.60 0.50 0.55 0.48 0.50 0.50 026079 A 0.25 0.23 0.24 C 0.75 0.77 0.76 0.38 0.35 0.36 026237 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026279 C 0.29 0.35 0.32 T 0.71 0.65 0.68 0.41 0.45 0.43 026280 A 0.29 0.33 0.31 G 0.71 0.67 0.69 0.41 0.44 0.43 026394 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026452 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027199 C 0.41 0.35 0.38 G 0.59 0.65 0.62 0.48 0.45 0.47 027204 T 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 027459 G 0.00 0.12 0.06 C 1.00 0.88 0.94 0.00 0.22 0.11 028600 G 0.39 0.35 0.37 A 0.61 0.65 0.63 0.47 0.45 0.46 028759 C 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 029277 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029800 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 029854 T 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 029907 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 030183 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 030380 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030558 G 0.48 0.32 0.40 A 0.52 0.68 0.60 0.50 0.43 0.48 030988 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031224 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031666 T 0.26 0.28 0.27 C 0.74 0.72 0.73 0.39 0.41 0.40 034480 + 0.33 0.34 0.34 - 0.67 0.66 0.66 0.44 0.45 0.45 035359 G 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 035625 A 0.00 0.12 0.06 G 1.00 0.88 0.94 0.00 0.21 0.12 036411 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036413 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 037068 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001653: CGCCCGC 005077: a 006804: tg 008255: c 010071: AT 010417: T 012571: t 013370: t 016672: tct 023276: T 024241: ACTT 026394: ttaa 029277: attttacagagcgctgattggtgcgttttagagtgctgattggtgc 034480: T Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 025015 T 0.04 0.00 0.02 C 0.11 0.18 0.14 A 0.85 0.82 0.83