************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ifar1.phase.inp ifar1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ifar1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ifar1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ifar1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ifar1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 96 Positions of loci: 1075 1079 1080 1285 1445 1842 2559 2737 2963 3319 3385 3502 3584 4323 4480 4487 4655 4918 5083 5094 6779 8079 8175 8281 8680 8779 8854 8898 9022 9238 9411 9422 9635 9806 10289 10698 10754 11351 11432 11448 12386 12639 12718 12914 15024 15144 15917 16027 16998 17375 18330 18586 18797 20278 20598 21291 21368 21435 22305 24234 24314 24762 24892 25440 25651 25927 26361 28073 28113 28240 28835 29403 29581 29969 30047 30386 30706 30745 30809 31447 31594 31810 31831 31909 32066 32095 32780 32816 33578 33812 33956 33979 34063 34502 35009 35275 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ifar1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCGCCCAACCAGAACACCAAAGCCCCCGACAAACCGGAGATAAAAAGAAGTGCGAGTCCCCGGACACGCGCGCCGAAGTDATTACGTGGGGGCCAI 1.000000 2 GCGCCCAACCAGAACACCAAAGCTCCCGACAAACTGGAGATAAAAAGAACTGCGAGTCCTCAGGCATGCGCGCCGAAGTIATTGCGTGGGGGCTAI 2.000000 3 GCGCCCAACCAGAACACCAAAGCTCCCGACAAACTGGAGATAAAAAGAACAGCGAGTCCCCGGACACTCGCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGGCCAI 2.000000 4 GCGCCCAACCAGAACACCAAAGCTCCCGACAAACTGGAGATAAAAAGAACAGCGAGGCTCCGGACACTCTCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGGCCAI 2.000000 5 GCGCCCAACCAGAACACCAAAGCTCCCGACAAACTGGAGATAAAAAGAAGTGCGAGTCCTCAGGCATGCGCGCCGAAGTIATTGCGTGGGGGCTAI 3.000000 6 GCGCCCAACCAGAACACCAAAGCTCCCGACAAACTGGAGATAAAAAGAAGTGCGAGTCCTCAGGCATGCGCGCCGAAGTIATTGCGTGGAGGCTAI 2.000000 7 GCGCCCAACCAGAACACTAAAGCTCCCGACAAACTGGAGATAAAAAGAAGTGCGAGTCCTCAGGCATGCGCGCCGAAGTIATTGCGTGGAGGCTAI 3.000000 8 GCGCCCAACCAGACCAGCAAAGCCCCCGATGTATCGGAAATAAAAAGAACTGTGAGTCCCCGGACACTCGCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGGCCAI 1.000000 9 GCGCCCAACCAGACCAGCAAAGCCCCCGATGTATCGGAAATAAAAAGAACTGTGAGTCCCCGAAGACGTGAGTTGAAATDATTGCAAAAGTGCCGD 2.000000 10 GCTCCCAACCAGGACGCCAGAGCCTCCGGCAAACCGGGGATAAGAAGAACTGTGAGTCCCCGGACACGTGAGTCGGAGTDACTGTGTGGGGGCCAI 1.000000 11 GCTCCCAACCAGGACGCCAGAGCCTCCGGCAAACCGGGGATAAGATGAACTGCGAGTCCCCGGACACGCGCGCCGAAGTDATTGCGTGGGGGCCAI 2.000000 12 GCTCCCAACCAGGAGGCCAGAGCCTCCGGCAAACCGGGGATAAGATGGACAGCGGATTCCCGGACACTCGCTCCGAAGTDCTGGCGTGGGGGTCAI 1.000000 13 GCTCCCAAACAGGACGCCAGAGCCTCCGGCAAACCGGGGATAAGATGAACTGTGAGTCCCCGAAGACGTGCGTTGAAATDATTGCAAAAGTGCCGI 1.000000 14 GCTCCCAAACAGGACGCCGGAGCCTCCGGCAAACCGGGGATAAGATGAACTGTGAGGCCCCGGACACTCTCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGGCCAI 2.000000 15 GCTCCCAAACAGGACGCCGGAGCCTCCGGCAAACCGGGGATAAGATGAACAGCGAGTCCCCGGACACTCGCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGGCCAI 1.000000 16 GCTCCCAAACAAGACGCCGGGGCCTCCGGCAAACCAGGGATAAGATAAACTGTGAGGCCCCGGACACTCTCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGGCCAI 1.000000 17 GCTCCCAAACAAGACGCCGGGGCCTCCGGCAAACCAGGGATAAGATAAACAGCGAGGCCCCGGACACTCGCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGGCCAI 2.000000 18 GCTCCCAAACAAGACGCCGGGGCCTCCGGCAAACCAGGGATAAGATAAACAGCGAGGCCCCGGACACTCTCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGGCCAI 11.000000 19 GCTCTCAACGAGAACGCCAGAGTCTGCAGCAAACCGGGGGTAAGATGGACAGCGGATCCCCGGACACTCGCTCCGAAGTDCTGGCGTGGGGGTCAI 1.000000 20 GCTCTCAACGAGAAGGCCAGAGTCTGCAGCAAACCGGGGGTAAGATGGACAGCGGATTCCCGGACACTCGCTCCGAAGTDCTGGCGTGGGGGTCAI 1.000000 21 GCTCTCAACGAGAAGGCCAGAGTCTGCAGCAAACCGGGGGTAAGATGGACAGCGGATTCCCGGACACTCGCTTTGAAATDATTGCAAAAGTGCCGD 1.000000 22 GCTCTTAACGAGAACGCCAGAGTCTGCAGCAAACCGGGGGTAAGAAGATCTCCGAGTCCCTGGACGCGCGCGCCTGTGTDACTGCGTGGGGGCCAI 1.000000 23 GCTCTTAACGAGAACGCCAGAGTCTGCAGCAAACCGGGGGTAAGATGGACAGCGAGTCCCCGGACACTCGCGCCGAAGCDATTATGTGGGGGCCAD 3.000000 24 GCTCTTAACGAGAACGCCAGAGTCTGCAGCAAACCGGGGGTAAGATGGACAGCGAGTCCCCGGACACTCGCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGGCCAI 18.000000 25 GCTCTTAACGAGAACGCCAGAGTCTGCAGCAAACCGGGGGTAAGATGGACAGCGAGTCCCCGGACACTCGCGCCGAAGTDATGGCGTGGGGCCCAI 3.000000 26 GCTCTTAACGAGAACGCCAGAGTCTGCAGCAAACCGGGGGTAAGATGGACAGCGGGTCCCCGGACACTCGCGCCGAAGTDCTGGCGTGGGGGCCAI 1.000000 27 GGTCCCGGCCAGAACGCCAGATCCTCTGGCAAGCCGAGGAGGCGAAGATCTCCGAGTCTCTGGACGCGCGCGCCTGTGTDACTGCGTGGGGGCCAI 1.000000 28 TGTGCCGGCCAGAACGCCAGATCCTCTGGCAAGCCGAGGAGGCGAAGATCTCCGAGTCCCCGGACACGCGCGCCGAAGTDATTACGTGGGGGCCAI 1.000000 29 TGTGCCGGCCAGAACGCCAGATCCTCTGGCAAGCCGAGGAGGCGAAGATCTCCGAGTCCCTGGACGCGCGCGCCTGAGTDACTGCGTGGGGGCCAI 1.000000 30 TGTGCCGGCCAGAACGCCAGATCCTCTGGCAAGCCGAGGAGGCGAAGATCTCCGAGTCCCTGGACGCGCGCGCCTGTGTDACTGCGTGGGGGCCAI 12.000000 31 TGTGCCGGCCAGAACGCCAGATCCTCTGGCAAGCCGAGGAGGCGAAGATCTCCGAGGCCCTGGACGCGCGCGCCTGTGTDACTGCGTGGGGGCCAI 1.000000 32 TGTGCCGGCCAGAACGCCAGATCCTCTGGCAAGCCGAGGAGGCGGAGATCTCCGAGTCCCTGGACGCGCGCGCCTGTGTDACTGCGTGGGGGCCAI 3.000000 33 TGTGCCGGCCGGAACGCCAGATCCTCTGGCAAGCCGAGGAGGCGAAGATCTCCCAGTCCCCGGACACGCGCGCCGAAGCDATTATGTGGGGGCCAD 6.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,33) D002: (7,32) D003: (11,32) D004: (5,18) D005: (12,30) D006: (5,11) D007: (18,18) D008: (23,26) D009: (6,15) D010: (5,13) D011: (10,28) D012: (9,24) D013: (9,30) D014: (6,33) D015: (7,33) D016: (2,20) D033: (2,30) D034: (19,32) D035: (14,24) D036: (3,18) D037: (3,30) D038: (24,33) D039: (8,21) D040: (7,30) E001: (18,24) E002: (24,30) E003: (17,24) E004: (16,24) E005: (30,33) E006: (14,24) E007: (18,24) E008: (24,24) E009: (18,31) E010: (24,30) E011: (30,30) E012: (24,24) E013: (23,29) E014: (24,25) E015: (24,30) E016: (18,18) E017: (25,25) E018: (4,27) E019: (4,18) E020: (22,24) E021: (23,24) E022: (18,30) E023: (17,33) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C C C C C G A C A A A C C G G A G A T A A A A A G A A [G] T G C G A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G T D A T T A C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C G G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C C A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G C D A T T A T G T G G G G G C C A D 0 D002 G C G C C C A A C C A G A A C A C T A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A G T G C G A G T C C T C A G G C A T G C G C G C C G A A G T I A T T G C G T G G A G G C T A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G G A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 D003 G C T C C C A A C C A G G A C G C C A G A G C C T C C G G C A A A C C G G G G A T A A G A T G A A C T G C G A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G T D A T T G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G G A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 D004 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A G T G C G A G T C C T C A G G C A T G C G C G C C G A A G T I A T T G C G T G G G G G C T A I G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 D005 G C T C C C A A C C A G G A G G C C A G A G C C T C C G G C A A A C C G G G G A T A A G A T G G A C A G C G G A T [T] C C C G G A C A C T C G C T C C G A A G T D C T G G C G T G G G G G T C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 D006 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A G T G C G A G T C C T C A G G C A T G C G C G C C G A A G T I A T T G C G T G G G G G C T A I G C T C C C A A C C A G G A C G C C A G A G C C T C C G G C A A A C C G G G G A T A A G A T G A A C T G C G A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G T D A T T G C G T G G G G G C C A I 0 D007 G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C [T] C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 D008 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G (A) G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G C D (A) T T A T G T G G G G G C C A D G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G (G) G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D (C) T G G C G T G G G G G C C A I 0 D009 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A (G) (T) G C G A G T C C (T) C (A) G (G) C A (T) (G) C G C G C C G A A G T (I) A T (T) G C G T G G (A) G G C (T) A I G C T C C C A A A C A G G A C G C C G G A G C C T C C G G C A A A C C G G G G A T A A G A T G A A (C) (A) G C G A G T C C (C) C (G) G (A) C A (C) (T) C G C G C C G A A G T (D) A T (G) G C G T G G (G) G G C (C) A I 0 D010 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A G T G C G A G T C C T C A G G C A T G C G C G C C G A A G T I A T T G C G T G G G G G C T A I G C T C C C A A A C A G G A C G C C A G A G C C T C C G G C A A A C C G G G G A T A A G A T G A A C T G T G A G T C C C C G A A G A C G T G C G T T G A A A T D A T T G C A A A A G T G C C G I 0 D011 G C T C C C A A C C A G G A C G C C A G A G C C T C C G G C A A A C C G G G G A T A A G A A G A A C T G T G A G T C C C C G G A C A C G T G A G T C G G A G T D A C T G T G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G T D A T T A C G T G G G G G C C A I 0 D012 G C G C C C A A C C A G A C C A G C A A A G C C C C C G A T G T A T C G G A A A T A A A A A G A A C T G T G A G T C C C C G A A G A C G T G A G T T G A A A T D A T T G C A A A A G T G C C G D G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 D013 G C G C C C A A C C A G A C C A G C A A A G C C C C C G A T G T A T C G G A A A T A A A A A G A A C T G T G A G T C C C C G A A G A C G T G A G T T G A A A T D A T T G C A A A A G T G C C G D T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 D014 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A G T G C G A G T C C T C A G G C A T G C G C G C C G A A G T I A T T G C G T G G A G G C T A I T G T G C C G G C C G G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C C A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G C D A T T A T G T G G G G G C C A D 0 D015 G C G C C C A A C C A G A A C A C T A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A G T G C G A G T C C T C A G G C A T G C G C G C C G A A G T I A T T G C G T G G A G G C T A I T G T G C C G G C C G G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C C A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G C D A T T A T G T G G G G G C C A D 0 D016 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A C T G C G A G T C C T C A G G C A T G C G C G C C G A A G T I A T T G C G T G G G G G C T A I G C T C T C A A C G A G A A G G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G G A T T C C C G G A C A C T C G C T C C G A A G T D C T G G C G T G G G G G T C A I 0 D033 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A C T G C G A G T C C T C A G G C A T G C G C G C C G A A G T I A T T G C G T G G G G G C T A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 D034 G C T C T C A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G G A T C C C C G G A C A C T C G C T C C G A A G T D C T G G C G T G G G G G T C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G G A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 D035 G C T C C C A A A C A G G A C G C C G G A G C C T C C G G C A A A C C G G G G A T A A G A T G A A C T G T G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 D036 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 D037 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 D038 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C G G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C C A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G C D A T T A T G T G G G G G C C A D 0 D039 G C G C C C A A C C A G A C C A G C A A A G C C C C C G A T G T A T C G G A A A T A A A A A G A A C [T] G [T] G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T C A A C G A G A A G G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G G A T T C C C G G A C A C T C G C T T T G A A A T D A T T G C A A A A G T G C C G [D] 0 D040 G C G C C C A A C C A G A A C A C T A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A G T G C G A G T C C T C A G G C A T G C G C G C C G A A G T I A T T G C G T G G A G G C T A I T G T G C C G G C C [A] G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C [G] A G T C C C [T] G G A C [G] C G C G C G C C [T] [G] [T] G [T] D A [C] T [G] [C] G T G G G G G C C A [I] 0 E001 G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E002 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 E003 G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E004 G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C T G T G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E005 T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C G G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C C A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G C D A T T A T G T G G G G G C C A D 0 E006 G C T C C C A A A C A G G A C G C C G G A G C C T C C G G C A A A C C G G G G A T A A G A T G A A C T G T G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E007 G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E008 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E009 G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G G C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 E010 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 E011 T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 E012 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E013 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G C D A T T A T G T G G G G G C C A D T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G A G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 E014 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G C C C A I 0 E015 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 E016 G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E017 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G C C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G C C C A I 0 E018 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A C A G C G A G G C T C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G G T C C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C T C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 E019 G C G C C C A A C C A G A A C A C C A A A G C T C C C G A C A A A C T G G A G A T A A A A A G A A C A G C G A G G C T C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E020 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E021 G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G C D A T T A T G T G G G G G C C A D G C T C T T A A C G A G A A C G C C A G A G T C T G C A G C A A A C C G G G G G T A A G A T G G A C A G C G A G T C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I 0 E022 G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C T C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C A G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C G A G T C C C T G G A C G C G C G C G C C T G T G T D A C T G C G T G G G G G C C A I 0 E023 G C T C C C A A A C A A G A C G C C G G G G C C T C C G G C A A A C C A G G G A T A A G A T A A A C A G C G A G G C C C C G G A C A C T C G C G C C G A A G T D A T G G C G T G G G G G C C A I T G T G C C G G C C G G A A C G C C A G A T C C T C T G G C A A G C C G A G G A G G C G A A G A T C T C C C A G T C C C C G G A C A C G C G C G C C G A A G C D A T T A T G T G G G G G C C A D END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 G C G C = = A A = = A = = = = A = = = A = G = = C = C = A = = = A = = = G A = = T A A A ? ? = = A ? = G = G = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = T = = = = = C = ? ? = = = = = = = I T G T G = = G G = = G = = = = G = = = G = T = = T = T = G = = = G = = = A G = = G G C G ? ? = = T ? = C = C = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = C = = = = = T = ? ? = = = = = = = D 0 D002 G C G C = = A A = = = = = = = A = T = A = G = T C = C = A = = = A = T ? ? A = = T A A A A = = = A G = G = = = = = = = ? C A = G = A T = = = = = = = G A A = = I = T = = = = = = = A = = = T = = T G T G = = G G = = = = = = = G = C = G = T = C T = T = G = = = G = C ? ? G = = G G C G G = = = T C = C = = = = = = = ? T G = A = G C = = = = = = = T G T = = D = C = = = = = = = G = = = C = = 0 D003 G C = C = = A A ? = = = G = = = = = = = = G = = = = C = = = = = A = = = G = = = T A A = A T = = A ? = G = = = = = = = = C = = = = A = = = = = = = = G A A = = = = T = = = = = = = = = = = = = = T G = G = = G G ? = = = A = = = = = = = = T = = = = T = = = = = G = = = A = = = G G C = G A = = T ? = C = = = = = = = = T = = = = G = = = = = = = = T G T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = 0 D004 ? ? ? ? ? = ? = ? ? ? ? ? = = A = = A A ? = = T C = = = A = = = = = T G = ? = = = = = A = A G = = G ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? A = G = = T G = G = = = ? ? ? ? ? ? I = = T = = = = = = = = = = T = = ? ? ? ? ? = ? = ? ? ? ? ? = = G = = G G ? = = C T = = = G = = = = = C A = ? = = = = = G = T A = = C ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? G = A = = C T = T = = = ? ? ? ? ? ? D = = G = = = = = = = = = = C = = 0 D005 ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = G = = = = = = ? ? ? = = ? = = ? ? ? ? ? = = G = = = T A A = = T = G A = ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = A = T = = = ? = ? ? ? ? ? ? = C T G = = = = = = = = = T = = = ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = C = = = = = = ? ? ? = = ? = = ? ? ? ? ? = = A = = = G G C = = A = A T = ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = G = G = = = ? = ? ? ? ? ? ? = A C T = = = = = = = = = C = = = 0 D006 = = G = = = = = = = = = A = = A = = = A = = = T C = = = A = = = = = ? ? ? A = = = = = A = A = = = G = = = = = = = = = T = A = G = = T = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = T = = = = T = = = = = = = = = G = = G = = = G = = = C T = = = G = = = = = ? ? ? G = = = = = G = T = = = C = = = = = = = = = C = G = A = = C = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = C = = 0 D007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D008 = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = C = (A) = T A T = = = = = = = = = = D = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = T = (C) = G G C = = = = = = = = = = I 0 D009 = = G = = = = = C = = = A = = A = = A A = = = T C = = = A = = = = = T = = A = = = = = A = A = = = (G) (T) = = = = = = = = (T) = (A) = (G) = = (T) (G) = = = = = = = = = = = (I) = = (T) = = = = = = (A) = = = (T) = = = = T = = = = = A = = = G = = G = = G G = = = C T = = = G = = = = = C = = G = = = = = G = T = = = (C) (A) = = = = = = = = (C) = (G) = (A) = = (C) (T) = = = = = = = = = = = (D) = = (G) = = = = = = (G) = = = (C) = = 0 D010 = = G = = = = = C = = = A = = A = = = A = = = T C = = = A = = = = = T = = A = = = = = A = A = = = G = = C = = = = = = T = A G G C = T = C = = = C C = = = G = I = = = ? ? ? T G G = G = = T A = = = T = = = = = A = = = G = = G = = = G = = = C T = = = G = = = = = C = = G = = = = = G = T = = = C = = T = = = = = = C = G A A G = C = T = = = T T = = = A = D = = = ? ? ? A A A = T = = C G = 0 D011 G C = C = = A A = = = = G = = = = = = = = G = = = = C = = = = = A = = = G = = = T A A = = = = = A = = G T ? = ? ? ? = = = = = = = = = = T = A = T = = G = = = = = C = G T = = = = = = = = = = = T G = G = = G G = = = = A = = = = = = = = T = = = = T = = = = = G = = = A = = = G G C = = = = = T = = C C ? = ? ? ? = = = = = = = = = = C = C = C = = A = = = = = T = A C = = = = = = = = = = = 0 D012 = = G = C C = = = C = = = C = A G = = A = = C = C C = G A T G T = T = = = A A A = = = A = A = A = = T = T = = = = = = = = = A = G = = G T = A = T T = = = A = = = = T = = A A A A = T = = = G D = = T = T T = = = G = = = A = G C = = G = = T = T G = A G C A A = C = = = G G G = = = G = T = G = = A = C = = = = = = = = = G = C = = T C = C = C C = = = G = = = = G = = G T G G = G = = = A I 0 D013 G C G C = = A A = = = = = C = A G = ? A = G = = C = C = A T G T A T = = G A A = T A A A = = = = A = = G T = = = = = = = C = A = G A = = T = A = T T G A A A = = = T = = = A A A A = T = = = G D T G T G = = G G = = = = = A = G C = ? G = T = = T = T = G C A A G C = = A G G = G G C G = = = = T = = C C = = = = = = = T = G = C G = = C = C = C C T G T G = = = C = = = G T G G = G = = = A I 0 D014 G C G C = = A A = = A = = = = A = = = A = G = T C = C = A = = = A = T = G A = = T A A A = = = = A G = G = G = = = = = T = A = G = = ? = = = = = = = = = = = T I = = = G C = = = = A = = = T = I T G T G = = G G = = G = = = = G = = = G = T = C T = T = G = = = G = C = A G = = G G C G = = = = T C = C = C = = = = = C = G = A = = ? = = = = = = = = = = = C D = = = A T = = = = G = = = C = D 0 D015 G C G C = ? A A = = A = = = = A = T = A = G = T C = C = A = = = A = T = G ? ? ? ? A A A = = = = A G = G = G = = = = = T = A = G = = T = = = = = = = = = = = T I = = = G C = = = = A = = = T = I T G T G = ? G G = = G = = = = G = C = G = T = C T = T = G = = = G = C = A ? ? ? ? G C G = = = = T C = C = C = = = = = C = G = A = = C = = = = = = = = = = = C D = = = A T = = = = G = = = C = D 0 D016 = = G = C = = = = C = = = = C A = = = A = = C T C C = G A = = = = = T = = A = A ? ? ? ? = A = A = = T = = = A G = C = T = A = G = = T G = = = G = = = = = = = I A = T = = = = = = = = = C T = = = = T = T = = = = G = = = = G G = = = G = = T C T G = A G = = = = = C = = G = G ? ? ? ? = T = G = = A = = = G A = T = C = G = A = = C T = = = T = = = = = = = D C = G = = = = = = = = = T C = = 0 D033 G C G C = = A A = = = = = = = A = = = A = G = T C = C = A = = = A = T = G A = = T A A A = = = = A = = G = = = = = = = T C A = G = A T = = = = = = = ? A A = = I = T = = = = = = = = = = = T = = T G T G = = G G = = = = = = = G = = = G = T = C T = T = G = = = G = C = A G = = G G C G = = = = T = = C = = = = = = = C T G = A = G C = = = = = = = ? G T = = D = C = = = = = = = = = = = C = = 0 D034 G C = C T = A A = G = = = = = = = = = = = G T = ? ? ? ? ? = = = A = ? ? ? = = G ? A A = A T = G A = ? ? ? = G A = = = ? ? ? ? ? ? A = T = = = T = = G A ? ? ? = C T G = = = = = ? = = = T = ? ? T G = G C = G G = C = = = = = = = = = = = T C = ? ? ? ? ? = = = G = ? ? ? = = A ? G C = G A = A T = ? ? ? = A G = = = ? ? ? ? ? ? G = G = = = G = = T G ? ? ? = A C T = = = = = ? = = = C = ? ? 0 D035 = = = = C C = = A C = = G = = = = = ? = = = C ? = C = G = = = = = = = = = = = A = = = = = = = A = = T = T = = = G = = = = = = = = = = = = T = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = C G = = A = = = = = ? = = = T ? = G = A = = = = = = = = = = = G = = = = = = = G = = A = C = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 = = G = = = = = C = = G A = = A = = A A A = = T C = = = A = = = = = T G = A = = = = = A = A G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = A = = A G = = G = = G G G = = C T = = = G = = = = = C A = G = = = = = G = T A = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D037 G C G C = = A A = = = = = = = A = = = A = G = T C = C = A = = = A = T = G A = = T A A A = = = = A = A G = = = = = = = = C = = ? ? ? = T = = = = = = G A A = = = = T G = = = = = = = = = = = = = T G T G = = G G = = = = = = = G = = = G = T = C T = T = G = = = G = C = A G = = G G C G = = = = T = T C = = = = = = = = T = = ? ? ? = G = = = = = = T G T = = = = C T = = = = = = = = = = = = = 0 D038 G C = C T T A A = ? ? ? = = = = = = = = ? G T = = G C A = = = = A = = = G = = G T A A = = T = G A = A G = G = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = T = = = G G C = ? ? = = = = = = = I T G = G C C G G = ? ? ? = = = = = = = = ? T C = = C T G = = = = G = = = A = = A G G C = = A = A T = T C = C = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = C = = = T A T = ? ? = = = = = = = D 0 D039 = = G = C = = = = C = = = C C A G = = A = = C = ? ? ? ? ? T G T = T ? ? ? A A A ? = = A = A = A = = ? ? ? = A G = C = ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? G C C = = ? ? ? ? ? ? ? ? = G T G ? = G = = = ? ? = = T = T = = = = G = = = A G G C = = G = = T = ? ? ? ? ? C A A = C ? ? ? G G G ? = = G = T = G = = ? ? ? = G A = T = ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? T T T = = ? ? ? ? ? ? ? ? = A A A ? = T = = = ? ? 0 D040 ? ? ? ? ? = A ? ? ? ? ? = = = A = T = A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? T = G ? ? ? ? A A A = = = = A G ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A = ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = G ? ? ? ? ? = = = G = C = G ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? C = A ? ? ? ? G C G = = = = T C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? G = ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 E001 = = = = C C = = A C = A G = = = = = G = G = C = = C = G = = = = = = = A = = = A = = = = = = A A = = = = = = = = G = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = C G = G A = = = = = A = A = T = = G = A = = = = = = = G = = = G = = = = = = G G = = = = = = = = T = = ? = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 G C = C T T A A = G = = = = = = = = = = = G T = = G C A = = = = A = = = G = = G T A A = = T = G A = A G = = = = = = = = C = = = = A ? T = = = = = = G A A = = = = T G = = = = = = = = = = = = = T G = G C C G G = C = = = = = = = = = = = T C = = C T G = = = = G = = = A = = A G G C = = A = A T = T C = = = = = = = = T = = = = G ? G = = = = = = T G T = = = = C T = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = C C = ? ? ? ? ? G = = = = = G = G = C = ? ? ? ? ? = = = = = = A = = = A = = = = = = A A = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = ? ? ? ? ? A = = = = = A = A = T = ? ? ? ? ? = = = = = = G = = = G = = = = = = G G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = C C = = A C = A G = = = = = G = G = C = = C = G = = = = = = = A = = = A = = = = = = A A = = T = T = = = G = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = C G = G A = = = = = A = A = T = = G = A = = = = = = = G = = = G = = = = = = G G = = A = C = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T = = = = G = = = = = = = = T G T = T = = C = G C = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = C = = = = A = = = = = = = = G A A = C = = T = A T = = = = = = = = = = D 0 E006 = = = = C C = = A C = = G = = = = = G = = = C = = C = G = = = = = = = = = = = A = = = = = = = A = = T = T = = = G = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = C G = = A = = = = = A = = = T = = G = A = = = = = = = = = = = G = = = = = = = G = = A = C = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = C C = = ? C = A G = = = = = G = G = C = = C = G = = = = = = = A = = = A ? = = = = = A A = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = ? G = G A = = = = = A = A = T = = G = A = = = = = = = G = = = G ? = = = = = G G = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 G C = C = = A A A = = A G = = = = = G = G G = = = = C = = = = = A = = A G = = = T A A = = T A = A = A G = = = = = = = = C = = = = A = T = T = = = = G A A = = = = T G = = = = = = = = = = = = = T G = G = = G G C = = G A = = = = = A = A T = = = = T = = = = = G = = G A = = = G G C = = A G = T = T C = = = = = = = = T = = = = G = G = G = = = = T G T = = = = C T = = = = = = = = = = = = = 0 E010 G C = C T T A A = G = = = = = = = = = = = G T = = G C A = = = = A = = = G = = G T A A = = T = G A = A G = = = = = = = = C = = = = A = T = = = = = = G A A = = = = T G = = = = = = = = = = = = = T G = G C C G G = C = = = = = = = = = = = T C = = C T G = = = = G = = = A = = A G G C = = A = A T = T C = = = = = = = = T = = = = G = G = = = = = = T G T = = = = C T = = = = = = = = = = = = = 0 E011 ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 G C = C T T A A = G = = = = = = = = = = = G T = = G C A = = = = A = = = G = = G T A A = = T = G A = A G = = = = = = = = C = = = = A = T = = = = = = G ? = = C = = T = A T = = = = = = = = = = D T G = G C C G G = C = = = = = = = = = = = T C = = C T G = = = = G = = = A = = A G G C = = A = A T = T C = = = = = = = = T = = = = G = G = = = = = = T ? = = T = = C = G C = = = = = = = = = = I 0 E014 = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 E015 G C = C T T A A = G = = = = = = = = = = = G T = = G C A = = = = A = = = G = = G T A A = = T = G A = A G = = = = = = = = C = = = = A = T = = = = = = G A A = = = = T G = = = = = = = = = = = = = T G = G C C G G = C = = = = = = = = = = = T C = = C T G = = = = G = = = A = = A G G C = = A = A T = T C = = = = = = = = T = = = = G = G = = = = = = T G T = = = = C T = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = C G = = = A A = = = = = = = A = = = A = G = T C = C = A = = = A = T = G A = = T A A A = = = = A = A G = = = = G = = = C = = = = A = T = T = = = = G A A = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = G T = = = G G = = = = = = = G = = = G = T = C T = T = G = = = G = C = A G = = G G C G = = = = T = T C = = = = T = = = T = = = = G = G = G = = = = T G T = = = = C T = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = G = = = = = C = = G A = = A = = A A A = = T C = = = A = = = = = T G = A = = = = = A = A G = = = = = = = = = = = T = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = A = = A G = = G = = G G G = = C T = = = G = = = = = C A = G = = = = = G = T A = = = = = = = = = = = C = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = A T = T C = = = = = = = = T = = = = G = G = = = = = = T G ? ? ? = = C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T = G A = A G = = = = = = = = C = = = = A = T = = = = = = G A ? ? ? = = T G = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T A T = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = G G C = = = = = = = = = = I 0 E022 G C = C = = A A A = = A G = = = = = G = G G = = = = C = = = = = A = = A G = = = T A A = = T A = A = A G = = = = G = = = C = = = = A = T = T = = = = G A A = = = = T G = = = = = = = = = = = = = T G = G = = G G C = = G A = = = = = A = A T = = = = T = = = = = G = = G A = = = G G C = = A G = T = T C = = = = T = = = T = = = = G = G = G = = = = T G T = = = = C T = = = = = = = = = = = = = 0 E023 G C = C = = A A A = A A G = = = = = G = G G = = = = C = = = = = A = = A G = = = T A A = = T A = A = A G = G = = G = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = T = = = G G C = ? ? = = = = = = = I T G = G = = G G C = G G A = = = = = A = A T = = = = T = = = = = G = = G A = = = G G C = = A G = T = T C = C = = T = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = C = = = T A T = ? ? = = = = = = = D END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = ? = ? ? ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = ? ? ? = = ? = = ? ? ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? ? 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = 0.53 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = 0.53 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 0.77 0.77 = = = = = = = = 0.77 = 0.77 = 0.77 = = 0.77 0.77 = = = = = = = = = = = 0.77 = = 0.77 = = = = = = 0.77 = = = 0.77 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 0.99 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? = = = 1.00 = ? ? ? = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? = = = 1.00 = ? ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = ? = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 ? ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.91 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = 1.00 END PHASEPROBS