Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 001075 GG 10 14 24 GT 11 7 18 TT 0 1 1 2.644 0.011 1.283 001079 CC 10 13 23 CG 11 8 19 GG 0 1 1 2.644 0.027 1.670 001080 GG 0 0 0 GT 14 2 16 TT 7 20 27 5.250 0.050 2.247 001285 CC 10 14 24 CG 11 7 18 GG 0 1 1 2.644 0.011 1.283 001445 CC 14 7 21 CT 6 9 15 TT 1 6 7 0.114 0.714 2.074 001842 CC 19 8 27 CT 3 9 12 TT 0 6 6 0.118 1.028 4.556 002092 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 002559 AA 10 13 23 AG 12 8 20 GG 0 2 2 3.094 0.221 0.837 002737 AA 11 11 22 AG 11 8 19 GG 0 2 2 2.444 0.093 0.701 002963 AA 1 1 2 AC 4 7 11 CC 14 12 26 0.825 0.000 0.331 003319 CC 14 8 22 CG 5 8 13 GG 1 5 6 0.360 1.037 2.602 003385 AA 17 19 36 AG 3 2 5 GG 0 0 0 0.131 0.053 0.173 003502 AA 1 1 2 AG 1 7 8 GG 18 13 31 8.183 0.002 1.967 003572 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 003584 AA 14 13 27 AG 7 9 16 GG 1 1 2 0.011 0.130 0.037 004323 AA 21 23 44 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.107 0.000 0.051 004480 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 004487 AA 0 0 0 AG 16 2 18 GG 8 21 29 6.000 0.048 2.636 004655 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 004918 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 004954 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004985 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 004993 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 005083 AA 18 13 31 AG 3 9 12 GG 1 1 2 2.296 0.130 0.347 005094 AA 0 0 0 AG 16 2 18 GG 8 21 29 6.000 0.048 2.636 005200 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 20 22 42 0.000 0.011 0.006 005597 AA 19 23 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 005862 AA 20 22 42 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 006084 CC 20 22 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 006154 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 19 22 41 0.053 0.000 0.024 006779 AA 19 13 32 AG 1 8 9 GG 1 1 2 8.629 0.027 1.462 007503 CC 21 22 43 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 007556 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 22 42 0.050 0.000 0.024 008079 GG 11 13 24 GT 11 8 19 TT 0 2 2 2.444 0.221 0.541 008089 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 008175 CC 15 8 23 CT 6 9 15 TT 1 6 7 0.153 1.028 2.525 008281 CC 10 21 31 CT 11 2 13 TT 0 0 0 2.644 0.048 1.322 008572 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 20 20 40 0.012 0.000 0.006 008680 CC 0 0 0 CT 14 2 16 TT 7 18 25 5.250 0.055 2.410 008779 CC 16 7 23 CG 4 8 12 GG 1 6 7 1.037 1.173 4.617 008854 CC 10 12 22 CT 10 8 18 TT 0 1 1 2.222 0.053 1.485 008898 AA 1 6 7 AG 4 8 12 GG 16 7 23 1.037 1.173 4.617 009022 AA 0 0 0 AG 14 2 16 GG 7 19 26 5.250 0.053 2.325 009150 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 21 41 0.012 0.000 0.006 009238 CC 19 23 42 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.054 009411 AA 18 22 40 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.124 0.000 0.056 009422 AA 18 22 40 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.056 009635 AA 11 12 23 AG 11 8 19 GG 0 2 2 2.444 0.153 0.617 009680 AA 21 22 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 009806 CC 19 22 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.055 010289 CC 10 20 30 CT 11 2 13 TT 0 0 0 2.644 0.050 1.364 010304 CC 21 21 42 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 010571 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 17 23 40 0.015 0.000 0.006 010698 AA 1 1 2 AG 2 8 10 GG 17 14 31 3.951 0.011 0.927 010754 AA 0 2 2 AG 11 8 19 GG 9 13 22 2.878 0.221 0.701 010992 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 011108 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 011114 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 011351 AA 0 0 0 AG 13 2 15 GG 8 21 29 4.220 0.048 1.858 011432 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 23 42 0.118 0.000 0.054 011448 AA 15 8 23 AG 6 9 15 GG 1 6 7 0.153 1.028 2.525 011723 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 011937 CC 17 23 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.015 0.000 0.006 011965 CC 18 22 40 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 011978 AA 18 22 40 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 012386 GG 0 2 2 GT 10 8 18 TT 9 12 21 2.423 0.153 0.573 012639 AA 10 13 23 AG 13 8 21 GG 0 2 2 3.569 0.221 1.083 012718 AA 10 13 23 AC 13 8 21 CC 0 2 2 3.569 0.221 1.083 012914 AA 0 0 0 AG 15 2 17 GG 8 21 29 5.385 0.048 2.363 013092 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 015024 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.052 015144 AA 8 3 11 AT 12 9 21 TT 3 11 14 0.209 0.277 0.317 015917 AA 1 1 2 AG 2 8 10 GG 21 14 35 4.959 0.011 1.214 016027 AA 16 8 24 AG 7 10 17 GG 1 5 6 0.044 0.306 1.090 016377 CC 21 21 42 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.012 0.048 0.054 016998 AA 10 12 22 AT 13 9 22 TT 0 2 2 3.569 0.028 1.482 017176 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017375 CC 14 23 37 CG 8 0 8 GG 0 0 0 1.086 0.000 0.428 017896 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 18 23 41 0.014 0.000 0.006 018330 AA 3 10 13 AT 6 11 17 TT 10 2 12 1.377 0.179 1.516 018586 CC 0 2 2 CG 10 9 19 GG 8 12 20 2.663 0.028 0.900 018797 CC 14 21 35 CT 5 2 7 TT 0 0 0 0.436 0.048 0.347 020278 CC 0 0 0 CG 4 2 6 GG 16 20 36 0.247 0.050 0.249 020598 AA 17 22 39 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.233 0.000 0.102 021291 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 17 21 38 0.131 0.000 0.059 021356 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 20 20 40 0.000 0.012 0.006 021368 GG 1 3 4 GT 2 8 10 TT 17 10 27 3.951 0.429 3.405 021435 CC 18 21 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 022305 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 1 1 0.000 9.521 19.761 022783 AA 18 22 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.014 0.000 0.006 022939 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 22 41 0.013 0.000 0.006 023008 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 023090 AA 24 20 44 AT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 024234 CC 10 22 32 CT 7 0 7 TT 0 0 0 1.143 0.000 0.379 024314 CC 13 13 26 CT 5 9 14 TT 0 1 1 0.468 0.130 0.311 024659 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 024670 AA 21 22 43 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 024762 AA 0 0 0 AG 10 0 10 GG 12 22 34 1.903 0.000 0.723 024892 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 22 41 0.118 0.000 0.055 025440 AA 11 23 34 AG 9 0 9 GG 0 0 0 1.686 0.000 0.587 025616 AA 19 23 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 025651 CC 17 23 40 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.131 0.000 0.056 025927 AA 16 13 29 AG 6 9 15 GG 0 1 1 0.548 0.130 0.347 026106 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026361 CC 14 22 36 CT 8 0 8 TT 0 0 0 1.086 0.000 0.440 026972 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 027766 CC 19 23 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 027970 AA 21 23 44 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 028069 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 22 43 0.000 0.011 0.006 028073 GG 9 2 11 GT 8 9 17 TT 4 12 16 0.777 0.028 2.075 028113 CC 16 23 39 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.247 0.000 0.102 028240 GG 18 14 32 GT 3 7 10 TT 0 2 2 0.124 0.616 0.998 028682 AA 20 23 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 028742 AA 0 0 0 AC 0 2 2 CC 21 21 42 0.000 0.048 0.024 028835 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 18 23 41 0.124 0.000 0.055 029075 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 029403 GG 19 23 42 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.054 029581 CC 18 23 41 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.342 0.000 0.152 029669 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 23 21 44 0.000 0.048 0.023 029939 AA 19 23 42 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.013 0.000 0.006 029969 CC 16 23 39 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.247 0.000 0.102 030047 GG 14 12 26 GT 5 9 14 TT 0 1 1 0.436 0.182 0.311 030386 AA 13 12 25 AG 7 8 15 GG 0 1 1 0.900 0.053 0.525 030706 AA 14 14 28 AT 5 7 12 TT 0 1 1 0.436 0.011 0.046 030745 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 16 22 38 0.140 0.000 0.059 030809 CC 0 0 0 CT 5 4 9 TT 14 18 32 0.436 0.220 0.623 031176 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 20 20 40 0.000 0.012 0.006 031447 -- 13 22 35 +- 9 0 9 ++ 0 0 0 1.455 0.000 0.571 031594 AA 18 23 41 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.220 0.000 0.097 031810 CC 0 1 1 CT 8 9 17 TT 14 13 27 1.086 0.130 0.810 031831 GG 3 11 14 GT 9 9 18 TT 10 3 13 0.177 0.277 1.793 031909 AA 1 0 1 AG 5 4 9 GG 15 19 34 0.429 0.209 0.186 032066 CC 16 19 35 CT 6 4 10 TT 0 0 0 0.548 0.209 0.703 032095 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 23 42 0.118 0.000 0.054 032780 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 18 22 40 0.220 0.000 0.100 032816 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 18 22 40 0.220 0.000 0.100 033258 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 033361 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 033578 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 23 42 0.118 0.000 0.054 033750 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 033812 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 033956 GG 19 23 42 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 033979 CC 0 1 1 CG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 9.521 19.761 034060 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 034063 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 034502 CC 14 23 37 CT 9 0 9 TT 0 0 0 1.361 0.000 0.541 034655 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 034659 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 034881 CC 22 21 43 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.023 035009 AA 18 23 41 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.124 0.000 0.055 035275 -- 0 0 0 +- 7 4 11 ++ 14 19 33 0.840 0.209 0.898 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 031447: A 035275: gaga