Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 001075 T 0.26 0.20 0.23 G 0.74 0.80 0.77 0.39 0.33 0.36 001079 G 0.26 0.23 0.24 C 0.74 0.77 0.76 0.39 0.35 0.37 001080 G 0.33 0.05 0.19 T 0.67 0.95 0.81 0.44 0.09 0.30 001285 G 0.26 0.20 0.23 C 0.74 0.80 0.77 0.39 0.33 0.36 001445 T 0.19 0.48 0.34 C 0.81 0.52 0.66 0.31 0.50 0.45 001842 T 0.07 0.46 0.27 C 0.93 0.54 0.73 0.13 0.50 0.39 002092 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002559 G 0.27 0.26 0.27 A 0.73 0.74 0.73 0.40 0.39 0.39 002737 G 0.25 0.29 0.27 A 0.75 0.71 0.73 0.38 0.41 0.39 002963 A 0.16 0.23 0.19 C 0.84 0.78 0.81 0.27 0.35 0.31 003319 G 0.17 0.43 0.30 C 0.82 0.57 0.70 0.29 0.49 0.42 003385 G 0.07 0.05 0.06 A 0.93 0.95 0.94 0.14 0.09 0.11 003502 A 0.07 0.21 0.15 G 0.93 0.79 0.85 0.14 0.34 0.25 003572 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003584 G 0.20 0.24 0.22 A 0.80 0.76 0.78 0.33 0.36 0.35 004323 C 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004480 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004487 A 0.33 0.04 0.19 G 0.67 0.96 0.81 0.44 0.08 0.31 004655 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004918 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004954 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004985 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004993 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005083 G 0.11 0.24 0.18 A 0.89 0.76 0.82 0.20 0.36 0.29 005094 A 0.33 0.04 0.19 G 0.67 0.96 0.81 0.44 0.08 0.31 005200 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005597 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 005862 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006084 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 006154 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 006779 G 0.07 0.23 0.15 A 0.93 0.77 0.85 0.13 0.35 0.26 007503 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007556 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 008079 T 0.25 0.26 0.26 G 0.75 0.74 0.74 0.38 0.39 0.38 008089 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008175 T 0.18 0.46 0.32 C 0.82 0.54 0.68 0.30 0.50 0.44 008281 T 0.26 0.04 0.15 C 0.74 0.96 0.85 0.39 0.08 0.25 008572 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008680 C 0.33 0.05 0.20 T 0.67 0.95 0.80 0.44 0.10 0.31 008779 G 0.14 0.48 0.31 C 0.86 0.52 0.69 0.24 0.50 0.43 008854 T 0.25 0.24 0.24 C 0.75 0.76 0.76 0.38 0.36 0.37 008898 A 0.14 0.48 0.31 G 0.86 0.52 0.69 0.24 0.50 0.43 009022 A 0.33 0.05 0.19 G 0.67 0.95 0.81 0.44 0.09 0.31 009150 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 009238 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 009411 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 009422 T 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 009635 G 0.25 0.27 0.26 A 0.75 0.73 0.74 0.38 0.40 0.39 009680 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009806 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 010289 T 0.26 0.05 0.15 C 0.74 0.95 0.85 0.39 0.09 0.26 010304 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010571 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 010698 A 0.10 0.22 0.16 G 0.90 0.78 0.84 0.18 0.34 0.27 010754 A 0.28 0.26 0.27 G 0.72 0.74 0.73 0.40 0.39 0.39 010992 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011108 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011114 C 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 011351 A 0.31 0.04 0.17 G 0.69 0.96 0.83 0.43 0.08 0.28 011432 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 011448 G 0.18 0.46 0.32 A 0.82 0.54 0.68 0.30 0.50 0.44 011723 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011937 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 011965 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011978 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012386 G 0.26 0.27 0.27 T 0.74 0.73 0.73 0.39 0.40 0.39 012639 G 0.28 0.26 0.27 A 0.72 0.74 0.73 0.41 0.39 0.40 012718 C 0.28 0.26 0.27 A 0.72 0.74 0.73 0.41 0.39 0.40 012914 A 0.33 0.04 0.18 G 0.67 0.96 0.82 0.44 0.08 0.30 013092 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015024 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015144 A 0.61 0.33 0.47 T 0.39 0.67 0.53 0.48 0.44 0.50 015917 A 0.08 0.22 0.15 G 0.92 0.78 0.85 0.15 0.34 0.25 016027 G 0.19 0.43 0.31 A 0.81 0.57 0.69 0.30 0.49 0.43 016377 T 0.02 0.04 0.03 C 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 016998 T 0.28 0.28 0.28 A 0.72 0.72 0.72 0.41 0.41 0.41 017176 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017375 G 0.18 0.00 0.09 C 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 017896 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 018330 T 0.68 0.33 0.49 A 0.32 0.67 0.51 0.43 0.44 0.50 018586 C 0.28 0.28 0.28 G 0.72 0.72 0.72 0.40 0.41 0.40 018797 T 0.13 0.04 0.08 C 0.87 0.96 0.92 0.23 0.08 0.15 020278 C 0.10 0.05 0.07 G 0.90 0.95 0.93 0.18 0.09 0.13 020598 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 021291 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 021356 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 021368 G 0.10 0.33 0.22 T 0.90 0.67 0.78 0.18 0.44 0.34 021435 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 022305 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 022783 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 022939 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 023008 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023090 T 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 024234 T 0.21 0.00 0.09 C 0.79 1.00 0.91 0.33 0.00 0.16 024314 T 0.14 0.24 0.20 C 0.86 0.76 0.80 0.24 0.36 0.31 024659 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024670 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024762 A 0.23 0.00 0.11 G 0.77 1.00 0.89 0.35 0.00 0.20 024892 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 025440 G 0.23 0.00 0.10 A 0.78 1.00 0.90 0.35 0.00 0.19 025616 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 025651 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.14 0.00 0.07 025927 G 0.14 0.24 0.19 A 0.86 0.76 0.81 0.24 0.36 0.31 026106 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026361 T 0.18 0.00 0.09 C 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.17 026972 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027766 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 027970 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028069 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028073 G 0.62 0.28 0.44 T 0.38 0.72 0.56 0.47 0.41 0.49 028113 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 028240 T 0.07 0.24 0.16 G 0.93 0.76 0.84 0.13 0.36 0.27 028682 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 028742 A 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 028835 A 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 029075 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029403 T 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 029581 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 029669 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 029939 C 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 029969 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 030047 T 0.13 0.25 0.20 G 0.87 0.75 0.80 0.23 0.38 0.31 030386 G 0.17 0.24 0.21 A 0.82 0.76 0.79 0.29 0.36 0.33 030706 T 0.13 0.20 0.17 A 0.87 0.80 0.83 0.23 0.33 0.28 030745 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 030809 C 0.13 0.09 0.11 T 0.87 0.91 0.89 0.23 0.17 0.20 031176 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 031447 + 0.20 0.00 0.10 - 0.80 1.00 0.90 0.33 0.00 0.18 031594 C 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 031810 C 0.18 0.24 0.21 T 0.82 0.76 0.79 0.30 0.36 0.33 031831 T 0.66 0.33 0.49 G 0.34 0.67 0.51 0.45 0.44 0.50 031909 A 0.17 0.09 0.12 G 0.83 0.91 0.88 0.28 0.16 0.22 032066 T 0.14 0.09 0.11 C 0.86 0.91 0.89 0.24 0.16 0.20 032095 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 032780 A 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 032816 A 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 033258 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 033361 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033578 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 033750 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033812 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 033956 T 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 033979 C 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 034060 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034063 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 034502 T 0.20 0.00 0.10 C 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 034655 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 034659 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034881 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 035009 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 035275 - 0.17 0.09 0.12 + 0.83 0.91 0.88 0.28 0.16 0.22 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 031447: A 035275: gaga