Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000120 AA 1 0 1 AG 4 2 6 GG 19 21 40 1.361 0.048 1.527 000353 CC 1 10 11 CT 6 12 18 TT 17 1 18 0.240 1.239 2.206 000414 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 000788 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 000824 GG 7 2 9 GT 10 14 24 TT 7 7 14 0.667 1.775 0.051 000839 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 000864 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 000865 CC 19 21 40 CT 5 2 7 TT 0 0 0 0.324 0.048 0.304 000981 AA 2 0 2 AT 8 2 10 TT 14 21 35 0.296 0.048 1.214 001208 AA 16 1 17 AG 6 12 18 GG 1 10 11 0.195 1.239 1.911 001225 AA 1 0 1 AG 3 2 5 GG 20 21 41 2.617 0.048 2.448 001278 AA 1 0 1 AG 12 0 12 GG 11 23 34 1.059 0.000 0.002 001309 CC 18 20 38 CT 5 2 7 TT 1 0 1 0.644 0.050 0.875 001584 CC 0 8 8 CG 2 10 12 GG 21 4 25 0.048 0.079 6.426 001921 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 12 23 35 0.021 0.000 0.007 002166 -- 21 5 26 +- 3 11 14 ++ 0 7 7 0.107 0.030 3.895 002269 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 002330 AA 0 0 0 AC 0 3 3 CC 24 20 44 0.000 0.112 0.051 002357 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 002435 AA 0 10 10 AG 8 8 16 GG 16 5 21 0.960 1.675 3.677 002668 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002769 AA 18 19 37 AG 6 4 10 GG 0 0 0 0.490 0.209 0.666 002791 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 003039 AA 19 23 42 AT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 003100 CC 24 11 35 CT 0 11 11 TT 0 1 1 0.000 0.741 0.015 003286 AA 17 19 36 AG 6 4 10 GG 0 0 0 0.517 0.209 0.684 003318 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003338 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 003393 CC 0 0 0 CT 2 4 6 TT 21 19 40 0.048 0.209 0.224 003418 AA 24 20 44 AC 0 3 3 CC 0 0 0 0.000 0.112 0.051 003445 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 003530 AA 14 3 17 AG 7 10 17 GG 2 6 8 0.616 0.120 0.964 003579 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 23 17 40 0.000 0.059 0.025 003660 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 19 42 0.000 0.013 0.006 004408 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004778 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 005010 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 18 20 38 0.124 0.000 0.059 005069 CC 18 18 36 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.014 0.014 0.028 005326 AA 16 20 36 AG 7 2 9 GG 1 0 1 0.044 0.050 0.230 005449 -- 0 0 0 +- 0 3 3 ++ 24 19 43 0.000 0.118 0.052 005496 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 005567 AA 0 2 2 AG 1 7 8 GG 23 13 36 0.011 0.505 2.504 005595 AA 1 0 1 AC 9 0 9 CC 14 22 36 0.091 0.000 0.230 006008 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006193 AA 2 0 2 AT 6 0 6 TT 16 23 39 1.407 0.000 5.074 006200 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006535 AA 20 23 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.023 006797 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 006863 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 006973 AA 24 20 44 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.112 0.051 007104 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007156 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 22 45 0.011 0.000 0.006 007338 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 007525 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 007699 AA 0 0 0 AG 2 4 6 GG 20 19 39 0.050 0.209 0.230 007704 AA 20 19 39 AG 2 4 6 GG 0 0 0 0.050 0.209 0.230 007752 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 22 20 42 0.000 0.112 0.054 007920 GG 0 0 0 GT 4 4 8 TT 18 19 37 0.220 0.209 0.428 007928 CC 18 19 37 CT 4 4 8 TT 0 0 0 0.220 0.209 0.428 007970 GG 11 18 29 GT 11 3 14 TT 0 0 0 2.444 0.124 1.626 007978 GG 11 19 30 GT 7 4 11 TT 4 0 4 1.875 0.209 3.187 010588 AA 14 23 37 AT 8 0 8 TT 1 0 1 0.011 0.000 0.483 010637 AA 0 2 2 AC 1 8 9 CC 22 13 35 0.011 0.221 1.727 010742 CC 2 0 2 CT 7 0 7 TT 15 23 38 0.730 0.000 3.666 010790 CC 15 23 38 CG 7 0 7 GG 2 0 2 0.730 0.000 3.666 011071 GG 0 0 0 GT 8 2 10 TT 15 19 34 1.019 0.053 0.723 011197 CC 0 0 0 CT 8 3 11 TT 16 20 36 0.960 0.112 0.826 011363 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 011429 AA 10 12 22 AG 8 8 16 GG 4 3 7 1.010 0.733 1.800 011517 AA 0 2 2 AG 1 8 9 GG 21 13 34 0.012 0.221 1.638 011678 AA 0 4 4 AC 1 5 6 CC 20 13 33 0.012 4.536 10.244 011871 AA 20 13 33 AG 1 8 9 GG 0 1 1 0.012 0.027 0.164 011882 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 21 19 40 0.000 0.118 0.056 012120 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 012175 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 012253 GG 3 5 8 GT 14 5 19 TT 6 12 18 1.308 5.374 0.561 012361 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 21 22 43 0.048 0.000 0.023 012594 AA 21 12 33 AG 1 5 6 GG 0 2 2 0.012 1.406 4.111 012603 AA 1 1 2 AC 3 7 10 CC 18 11 29 2.296 0.007 0.788 012633 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 18 19 37 0.220 0.000 0.108 012636 AA 1 1 2 AC 4 7 11 CC 17 11 28 1.144 0.007 0.431 013069 AA 21 20 41 AG 1 3 4 GG 0 0 0 0.012 0.112 0.097 013292 CC 2 0 2 CG 7 0 7 GG 13 23 36 0.505 0.000 3.404 013443 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 23 43 0.050 0.000 0.023 013781 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 23 45 0.045 0.000 0.022 013922 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013928 AA 15 23 38 AT 7 0 7 TT 2 0 2 0.730 0.000 3.666 013978 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 014103 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 014171 -- 1 1 2 +- 3 8 11 ++ 20 14 34 2.617 0.011 0.763 014919 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 014943 CC 0 0 0 CG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 015303 AA 11 6 17 AC 8 13 21 CC 5 4 9 2.003 0.445 0.299 015313 CC 0 0 0 CT 7 1 8 TT 17 22 39 0.700 0.011 0.407 015351 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 015352 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015401 AA 23 20 43 AT 1 3 4 TT 0 0 0 0.011 0.112 0.093 015505 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 015783 CC 13 14 27 CT 8 8 16 TT 1 0 1 0.027 1.086 0.607 016130 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 22 41 0.053 0.000 0.024 016220 -- 5 15 20 +- 13 6 19 ++ 2 2 4 2.177 1.252 0.028 016258 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 19 23 42 0.013 0.000 0.006 016378 AA 4 13 17 AG 12 9 21 GG 5 1 6 0.444 0.130 0.015 016474 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 19 39 0.012 0.000 0.006 016576 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 19 39 0.012 0.000 0.006 016859 GG 0 3 3 GT 2 8 10 TT 21 12 33 0.048 0.733 2.726 016861 AA 10 10 20 AG 11 9 20 GG 2 4 6 0.179 0.591 0.080 016888 AA 12 22 34 AG 9 1 10 GG 1 0 1 0.182 0.011 0.067 016892 CC 16 23 39 CT 5 0 5 TT 1 0 1 0.499 0.000 2.288 016893 AA 13 23 36 AG 8 0 8 GG 1 0 1 0.027 0.000 0.450 017272 AA 13 11 24 AG 6 10 16 GG 1 2 3 0.078 0.017 0.022 017282 CC 18 23 41 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.024 017283 AA 3 23 26 AG 8 0 8 GG 9 0 9 0.292 0.000 13.435 017484 CC 0 0 0 CT 6 0 6 TT 13 19 32 0.668 0.000 0.279 017624 CC 19 23 42 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 018340 CC 1 0 1 CG 4 1 5 GG 18 21 39 1.252 0.012 2.288 018349 AA 5 1 6 AG 14 8 22 GG 4 13 17 1.110 0.027 0.072 018514 GG 0 0 0 GT 1 1 2 TT 20 21 41 0.012 0.012 0.024 018552 AA 11 22 33 AG 9 0 9 GG 1 0 1 0.247 0.000 0.164 018666 AA 1 0 1 AG 5 0 5 GG 15 22 37 0.429 0.000 2.127 018681 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 21 42 0.000 0.012 0.006 018800 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 16 22 38 0.383 0.000 0.164 019079 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019082 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019404 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019437 AA 24 17 41 AG 0 6 6 GG 0 0 0 0.000 0.517 0.218 019788 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 019804 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019973 AA 18 22 40 AG 6 1 7 GG 0 0 0 0.490 0.011 0.304 020336 CC 21 16 37 CT 1 7 8 TT 0 0 0 0.012 0.741 0.428 020790 AA 18 23 41 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 021289 AA 0 0 0 AC 6 0 6 CC 17 23 40 0.517 0.000 0.224 021420 CC 21 10 31 CT 3 9 12 TT 0 4 4 0.107 0.591 2.659 021709 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 021800 CC 17 13 30 CT 2 8 10 TT 0 1 1 0.059 0.027 0.023 021802 GG 18 19 37 GT 1 3 4 TT 0 0 0 0.014 0.118 0.108 021836 CC 0 0 0 CT 1 3 4 TT 18 19 37 0.014 0.118 0.108 021837 * 021859 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 18 22 40 0.014 0.000 0.006 021880 AA 13 22 35 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.668 0.000 0.256 021919 -- 19 22 41 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.011 0.006 021966 AA 18 14 32 AT 1 8 9 TT 0 1 1 0.014 0.011 0.144 022028 CC 18 23 41 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.014 0.000 0.006 022302 -- 0 0 0 +- 6 0 6 ++ 18 22 40 0.490 0.000 0.224 022415 AA 22 19 41 AG 2 3 5 GG 0 0 0 0.045 0.118 0.152 022489 AA 0 0 0 AG 1 6 7 GG 23 16 39 0.011 0.548 0.312 022505 CC 15 2 17 CT 9 10 19 TT 0 10 10 1.278 0.050 1.096 022592 GG 0 0 0 GT 0 4 4 TT 24 18 42 0.000 0.220 0.095 022655 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 20 44 0.000 0.012 0.006 022662 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 20 44 0.000 0.012 0.006 022698 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 18 42 0.000 0.014 0.006 022737 AA 24 17 41 AG 0 5 5 GG 0 0 0 0.000 0.362 0.152 022738 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 022842 -- 24 20 44 +- 0 2 2 ++ 0 0 0 0.000 0.050 0.023 022859 AA 5 13 18 AG 15 8 23 GG 4 1 5 1.526 0.027 0.347 022893 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 18 20 38 0.055 0.000 0.026 023305 CC 1 1 2 CT 5 8 13 TT 18 14 32 0.644 0.011 0.208 023398 GG 10 1 11 GT 12 8 20 TT 2 13 15 0.375 0.027 0.705 023552 AA 19 22 41 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.152 023596 AA 18 22 40 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.490 0.000 0.224 023957 CC 18 22 40 CT 5 0 5 TT 1 0 1 0.644 0.000 2.368 024035 CC 0 0 0 CG 6 0 6 GG 18 22 40 0.490 0.000 0.224 024130 CC 0 10 10 CT 7 10 17 TT 17 2 19 0.700 0.050 2.464 024155 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 024294 CC 5 1 6 CT 11 9 20 TT 3 10 13 0.555 0.330 0.139 024328 CC 15 20 35 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.263 0.000 0.114 024339 CC 13 20 33 CT 5 0 5 TT 1 0 1 0.294 0.000 1.808 024483 -- 13 14 27 +- 5 5 10 ++ 0 0 0 0.468 0.436 0.903 024769 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 16 19 35 0.247 0.000 0.114 025073 AA 10 2 12 AG 9 9 18 GG 2 8 10 0.000 0.052 0.382 025183 CC 20 13 33 CT 1 6 7 TT 0 2 2 0.012 0.948 3.011 025201 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 17 21 38 0.233 0.000 0.105 025428 AA 1 0 1 AG 5 1 6 GG 18 21 39 0.644 0.012 1.467 025729 -- 2 9 11 +- 11 11 22 ++ 10 2 12 0.179 0.279 0.021 025770 -- 1 0 1 +- 5 0 5 ++ 15 17 32 0.429 0.000 1.728 027273 CC 22 21 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 027368 AA 16 21 37 AG 5 0 5 GG 2 0 2 2.200 0.000 6.392 027496 CC 21 21 42 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.054 027876 CC 1 1 2 CT 5 7 12 TT 17 13 30 0.571 0.002 0.306 027887 AA 23 20 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 027933 AA 20 19 39 AT 4 4 8 TT 0 0 0 0.198 0.209 0.407 027949 CC 17 19 36 CG 6 4 10 GG 1 0 1 0.240 0.209 0.094 028067 -- 15 17 32 +- 5 5 10 ++ 2 0 2 2.001 0.362 0.998 028378 CC 16 22 38 CG 5 0 5 GG 2 0 2 2.200 0.000 6.591 028633 CC 17 15 32 CT 4 4 8 TT 2 0 2 3.584 0.263 2.074 028891 CC 18 21 39 CT 3 0 3 TT 1 0 1 2.296 0.000 5.665 029268 GG 6 1 7 GT 10 7 17 TT 7 12 19 0.381 0.000 0.873 029608 CC 19 19 38 CT 4 3 7 TT 1 0 1 1.361 0.118 0.875 029812 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 029951 AA 23 22 45 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.006 030157 CC 18 14 32 CT 3 3 6 TT 2 0 2 5.624 0.159 3.951 030229 AA 21 17 38 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.026 030823 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 030921 AA 19 19 38 AT 3 4 7 TT 2 0 2 5.958 0.209 3.666 030943 CC 2 0 2 CT 3 5 8 TT 19 18 37 5.958 0.342 2.613 031321 CC 19 19 38 CG 3 4 7 GG 2 0 2 5.958 0.209 3.666 031353 CC 18 14 32 CT 5 8 13 TT 1 1 2 0.644 0.011 0.208 031365 AA 19 19 38 AG 3 4 7 GG 2 0 2 5.958 0.209 3.666 031397 AA 2 10 12 AG 9 11 20 GG 13 2 15 0.061 0.179 0.994 031671 AA 24 22 46 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.005 031737 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 032303 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 032579 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 032624 AA 2 0 2 AG 5 0 5 GG 16 23 39 2.200 0.000 6.790 032910 GG 8 23 31 GT 12 0 12 TT 3 0 3 0.209 0.000 1.348 033098 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 21 23 44 0.048 0.000 0.023 033122 AA 2 10 12 AG 8 11 19 GG 13 2 15 0.221 0.179 1.335 033646 CC 1 0 1 CT 3 4 7 TT 19 18 37 2.457 0.220 0.830 034006 AA 19 21 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 034217 AA 15 12 27 AG 4 7 11 GG 1 1 2 0.930 0.000 0.380 034218 CC 1 1 2 CT 4 6 10 TT 15 12 27 0.930 0.048 0.654 034367 -- 2 0 2 +- 3 5 8 ++ 17 17 34 5.290 0.362 2.289 034535 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 034572 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 23 21 44 0.000 0.012 0.006 035094 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 035164 CC 1 0 1 CT 4 4 8 TT 19 19 38 1.361 0.209 0.516 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002166: A 005449: T 007156: TG 012361: C 014171: A 016220: A 018800: GCCTT 019079: T 019082: T 021919: T 022302: TTG 022655: T 022698: A 022842: T 024483: GT 025729: A 025770: A 028067: ATA 029812: A 033098: TTGA 034367: T Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 021837 AA 8 11 19 021837 AC 1 2 3 021837 AT 9 7 16 021837 CC 0 0 0 021837 CT 0 1 1 021837 TT 1 1 2