Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000120 A 0.12 0.04 0.09 G 0.88 0.96 0.91 0.22 0.08 0.16 000353 C 0.17 0.70 0.43 T 0.83 0.30 0.57 0.28 0.42 0.49 000414 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000788 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 000824 G 0.50 0.39 0.45 T 0.50 0.61 0.55 0.50 0.48 0.49 000839 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000864 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 000865 T 0.10 0.04 0.07 C 0.90 0.96 0.93 0.19 0.08 0.14 000981 A 0.25 0.04 0.15 T 0.75 0.96 0.85 0.38 0.08 0.25 001208 G 0.17 0.70 0.43 A 0.83 0.30 0.57 0.29 0.42 0.49 001225 A 0.10 0.04 0.07 G 0.90 0.96 0.93 0.19 0.08 0.14 001278 A 0.29 0.00 0.15 G 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 001309 T 0.15 0.05 0.10 C 0.85 0.95 0.90 0.25 0.09 0.18 001584 C 0.04 0.59 0.31 G 0.96 0.41 0.69 0.08 0.48 0.43 001921 A 0.04 0.00 0.01 G 0.96 1.00 0.99 0.07 0.00 0.03 002166 + 0.06 0.54 0.30 - 0.94 0.46 0.70 0.12 0.50 0.42 002269 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 002330 A 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 002357 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002435 A 0.17 0.61 0.38 G 0.83 0.39 0.62 0.28 0.48 0.47 002668 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002769 G 0.12 0.09 0.11 A 0.88 0.91 0.89 0.22 0.16 0.19 002791 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003039 T 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 003100 T 0.00 0.28 0.14 C 1.00 0.72 0.86 0.00 0.41 0.24 003286 G 0.13 0.09 0.11 A 0.87 0.91 0.89 0.23 0.16 0.19 003318 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003338 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003393 C 0.04 0.09 0.07 T 0.96 0.91 0.93 0.08 0.16 0.12 003418 C 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 003445 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003530 G 0.24 0.58 0.39 A 0.76 0.42 0.61 0.36 0.49 0.48 003579 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 003660 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 004408 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004778 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005010 C 0.07 0.00 0.04 T 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 005069 T 0.03 0.03 0.03 C 0.97 0.97 0.97 0.05 0.05 0.05 005326 G 0.19 0.05 0.12 A 0.81 0.95 0.88 0.30 0.09 0.21 005449 - 0.00 0.07 0.03 + 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 005496 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005567 A 0.02 0.25 0.13 G 0.98 0.75 0.87 0.04 0.38 0.23 005595 A 0.23 0.00 0.12 C 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 006008 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006193 A 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 006200 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006535 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 006797 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006863 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 006973 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 007104 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007156 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007338 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007525 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 007699 A 0.05 0.09 0.07 G 0.95 0.91 0.93 0.09 0.16 0.12 007704 G 0.05 0.09 0.07 A 0.95 0.91 0.93 0.09 0.16 0.12 007752 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 007920 G 0.09 0.09 0.09 T 0.91 0.91 0.91 0.17 0.16 0.16 007928 T 0.09 0.09 0.09 C 0.91 0.91 0.91 0.17 0.16 0.16 007970 T 0.25 0.07 0.16 G 0.75 0.93 0.84 0.38 0.13 0.27 007978 T 0.34 0.09 0.21 G 0.66 0.91 0.79 0.45 0.16 0.33 010588 T 0.22 0.00 0.11 A 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 010637 A 0.02 0.26 0.14 C 0.98 0.74 0.86 0.04 0.39 0.24 010742 C 0.23 0.00 0.12 T 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 010790 G 0.23 0.00 0.12 C 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 011071 G 0.17 0.05 0.11 T 0.83 0.95 0.89 0.29 0.09 0.20 011197 C 0.17 0.07 0.12 T 0.83 0.93 0.88 0.28 0.12 0.21 011363 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011429 G 0.36 0.30 0.33 A 0.64 0.70 0.67 0.46 0.42 0.44 011517 A 0.02 0.26 0.14 G 0.98 0.74 0.86 0.04 0.39 0.25 011678 A 0.02 0.30 0.16 C 0.98 0.70 0.84 0.05 0.42 0.27 011871 G 0.02 0.23 0.13 A 0.98 0.77 0.87 0.05 0.35 0.22 011882 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 012120 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012175 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012253 G 0.43 0.34 0.39 T 0.57 0.66 0.61 0.49 0.45 0.48 012361 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012594 G 0.02 0.24 0.12 A 0.98 0.76 0.88 0.04 0.36 0.21 012603 A 0.11 0.24 0.17 C 0.89 0.76 0.83 0.20 0.36 0.28 012633 A 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 012636 A 0.14 0.24 0.18 C 0.86 0.76 0.82 0.24 0.36 0.30 013069 G 0.02 0.07 0.04 A 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 013292 C 0.25 0.00 0.12 G 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.21 013443 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 013781 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013922 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013928 T 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 013978 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014103 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014171 - 0.10 0.22 0.16 + 0.90 0.78 0.84 0.19 0.34 0.27 014919 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014943 C 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 015303 C 0.38 0.46 0.41 A 0.62 0.54 0.59 0.47 0.50 0.49 015313 C 0.15 0.02 0.09 T 0.85 0.98 0.91 0.25 0.04 0.16 015351 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015352 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015401 T 0.02 0.07 0.04 A 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 015505 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015783 T 0.23 0.18 0.20 C 0.77 0.82 0.80 0.35 0.30 0.33 016130 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 016220 + 0.42 0.22 0.31 - 0.57 0.78 0.69 0.49 0.34 0.43 016258 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 016378 G 0.52 0.24 0.38 A 0.48 0.76 0.62 0.50 0.36 0.47 016474 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 016576 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 016859 G 0.04 0.30 0.17 T 0.96 0.70 0.83 0.08 0.42 0.29 016861 G 0.33 0.37 0.35 A 0.67 0.63 0.65 0.44 0.47 0.45 016888 G 0.25 0.02 0.13 A 0.75 0.98 0.87 0.38 0.04 0.23 016892 T 0.16 0.00 0.08 C 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 016893 G 0.23 0.00 0.11 A 0.77 1.00 0.89 0.35 0.00 0.20 017272 G 0.20 0.30 0.26 A 0.80 0.70 0.74 0.32 0.42 0.38 017282 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 017283 G 0.65 0.00 0.30 A 0.35 1.00 0.70 0.45 0.00 0.42 017484 C 0.16 0.00 0.08 T 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.15 017624 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 018340 C 0.13 0.02 0.08 G 0.87 0.98 0.92 0.23 0.04 0.14 018349 A 0.52 0.23 0.38 G 0.48 0.77 0.62 0.50 0.35 0.47 018514 G 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.05 0.04 0.05 018552 G 0.26 0.00 0.13 A 0.74 1.00 0.87 0.39 0.00 0.22 018666 A 0.17 0.00 0.08 G 0.83 1.00 0.92 0.28 0.00 0.15 018681 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018800 - 0.12 0.00 0.06 + 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 019079 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019082 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019404 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019437 G 0.00 0.13 0.06 A 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 019788 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 019804 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019973 G 0.12 0.02 0.07 A 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 020336 T 0.02 0.15 0.09 C 0.98 0.85 0.91 0.04 0.26 0.16 020790 G 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021289 A 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 021420 T 0.06 0.37 0.21 C 0.94 0.63 0.79 0.12 0.47 0.33 021709 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021800 T 0.05 0.23 0.15 C 0.95 0.77 0.85 0.10 0.35 0.25 021802 T 0.03 0.07 0.05 G 0.97 0.93 0.95 0.05 0.13 0.09 021836 C 0.03 0.07 0.05 T 0.97 0.93 0.95 0.05 0.13 0.09 021837 * 021859 A 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 021880 G 0.16 0.00 0.07 A 0.84 1.00 0.93 0.27 0.00 0.14 021919 + 0.00 0.02 0.01 - 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021966 T 0.03 0.22 0.13 A 0.97 0.78 0.87 0.05 0.34 0.23 022028 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 022302 - 0.12 0.00 0.07 + 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 022415 G 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.13 0.10 022489 A 0.02 0.14 0.08 G 0.98 0.86 0.92 0.04 0.24 0.14 022505 T 0.19 0.68 0.42 C 0.81 0.32 0.58 0.30 0.43 0.49 022592 G 0.00 0.09 0.04 T 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 022655 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 022662 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 022698 - 0.00 0.03 0.01 + 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 022737 G 0.00 0.11 0.05 A 1.00 0.89 0.95 0.00 0.20 0.10 022738 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022842 + 0.00 0.05 0.02 - 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 022859 G 0.48 0.23 0.36 A 0.52 0.77 0.64 0.50 0.35 0.46 022893 C 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 023305 C 0.15 0.22 0.18 T 0.85 0.78 0.82 0.25 0.34 0.30 023398 G 0.67 0.23 0.46 T 0.33 0.77 0.54 0.44 0.35 0.50 023552 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 023596 G 0.12 0.00 0.07 A 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 023957 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 024035 C 0.12 0.00 0.07 G 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 024130 C 0.15 0.68 0.40 T 0.85 0.32 0.60 0.25 0.43 0.48 024155 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024294 C 0.55 0.28 0.41 T 0.45 0.72 0.59 0.49 0.40 0.48 024328 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 024339 T 0.18 0.00 0.09 C 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 024483 + 0.14 0.13 0.14 - 0.86 0.87 0.86 0.24 0.23 0.23 024769 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.10 025073 G 0.31 0.66 0.47 A 0.69 0.34 0.53 0.43 0.45 0.50 025183 T 0.02 0.24 0.13 C 0.98 0.76 0.87 0.05 0.36 0.23 025201 A 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 025428 A 0.15 0.02 0.09 G 0.85 0.98 0.91 0.25 0.04 0.16 025729 - 0.33 0.66 0.49 + 0.67 0.34 0.51 0.44 0.45 0.50 025770 - 0.17 0.00 0.09 + 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.17 027273 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 027368 G 0.20 0.00 0.10 A 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 027496 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 027876 C 0.15 0.21 0.18 T 0.85 0.79 0.82 0.26 0.34 0.30 027887 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 027933 T 0.08 0.09 0.09 A 0.92 0.91 0.91 0.15 0.16 0.16 027949 G 0.17 0.09 0.13 C 0.83 0.91 0.87 0.28 0.16 0.22 028067 + 0.20 0.11 0.16 - 0.80 0.89 0.84 0.33 0.20 0.27 028378 G 0.20 0.00 0.10 C 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 028633 T 0.17 0.11 0.14 C 0.83 0.89 0.86 0.29 0.19 0.24 028891 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 029268 G 0.48 0.23 0.36 T 0.52 0.78 0.64 0.50 0.35 0.46 029608 T 0.12 0.07 0.10 C 0.88 0.93 0.90 0.22 0.13 0.18 029812 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029951 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030157 T 0.15 0.09 0.12 C 0.85 0.91 0.88 0.26 0.16 0.22 030229 G 0.04 0.00 0.03 A 0.96 1.00 0.97 0.08 0.00 0.05 030823 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030921 T 0.15 0.09 0.12 A 0.85 0.91 0.88 0.25 0.16 0.21 030943 C 0.15 0.11 0.13 T 0.85 0.89 0.87 0.25 0.19 0.22 031321 G 0.15 0.09 0.12 C 0.85 0.91 0.88 0.25 0.16 0.21 031353 T 0.15 0.22 0.18 C 0.85 0.78 0.82 0.25 0.34 0.30 031365 G 0.15 0.09 0.12 A 0.85 0.91 0.88 0.25 0.16 0.21 031397 A 0.27 0.67 0.47 G 0.73 0.33 0.53 0.39 0.44 0.50 031671 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 031737 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 032303 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032579 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032624 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 032910 T 0.39 0.00 0.20 G 0.61 1.00 0.80 0.48 0.00 0.31 033098 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 033122 A 0.26 0.67 0.47 G 0.74 0.33 0.53 0.39 0.44 0.50 033646 C 0.11 0.09 0.10 T 0.89 0.91 0.90 0.19 0.17 0.18 034006 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 034217 G 0.15 0.23 0.19 A 0.85 0.78 0.81 0.26 0.35 0.30 034218 C 0.15 0.21 0.18 T 0.85 0.79 0.82 0.26 0.33 0.29 034367 - 0.16 0.11 0.14 + 0.84 0.89 0.86 0.27 0.20 0.24 034535 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034572 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 035094 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 035164 C 0.12 0.09 0.11 T 0.88 0.91 0.89 0.22 0.16 0.19 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002166: A 005449: T 007156: TG 012361: C 014171: A 016220: A 018800: GCCTT 019079: T 019082: T 021919: T 022302: TTG 022655: T 022698: A 022842: T 024483: GT 025729: A 025770: A 028067: ATA 029812: A 033098: TTGA 034367: T Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 021837 C 0.03 0.07 0.05 T 0.29 0.23 0.26 A 0.68 0.70 0.70