Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000084 AA 4 1 5 AG 12 14 26 GG 4 8 12 0.800 2.685 2.523 000085 CC 1 1 2 CT 7 6 13 TT 12 16 28 0.000 0.195 0.095 000290 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 000353 AA 0 0 0 AC 4 8 12 CC 18 15 33 0.220 1.019 1.065 000437 AA 10 18 28 AG 13 4 17 GG 0 1 1 3.569 1.252 0.749 000870 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 001031 -- 0 0 0 +- 0 4 4 ++ 22 13 35 0.000 0.302 0.114 001037 -- 2 1 3 +- 8 0 8 ++ 13 16 29 0.221 17.000 3.779 001332 AA 14 3 17 AC 6 12 18 CC 3 8 11 2.407 0.209 1.911 001362 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 001711 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001728 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 001844 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001865 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001999 AA 1 0 1 AG 0 0 0 GG 23 23 46 24.000 0.000 47.000 002207 AA 0 0 0 AG 0 6 6 GG 24 17 41 0.000 0.517 0.218 002358 AA 19 23 42 AC 3 0 3 CC 1 0 1 2.457 0.000 6.146 002412 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 002482 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 23 20 43 0.000 0.112 0.052 002518 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 002573 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002801 CC 21 20 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 002837 -- 1 0 1 +- 4 0 4 ++ 17 20 37 1.144 0.000 3.341 002856 AA 0 0 0 AC 1 9 10 CC 21 12 33 0.012 1.562 0.744 002913 CC 0 0 0 CT 1 9 10 TT 21 11 32 0.012 1.686 0.767 003003 CC 0 15 15 CT 4 8 12 TT 20 0 20 0.198 1.019 10.988 003394 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 003691 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 20 38 0.342 0.000 0.164 003902 GG 13 23 36 GT 9 0 9 TT 2 0 2 0.061 0.000 1.816 004432 CC 0 0 0 CG 3 8 11 GG 20 14 34 0.112 1.086 0.872 004831 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 22 43 0.048 0.000 0.023 004988 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 005142 CC 0 0 0 CG 11 4 15 GG 13 18 31 2.121 0.220 1.746 005281 AA 0 2 2 AG 2 7 9 GG 20 9 29 0.050 0.126 1.202 006063 AA 1 5 6 AG 7 11 18 GG 14 7 21 0.011 0.030 0.450 006126 AA 0 0 0 AG 3 8 11 GG 21 15 36 0.107 1.019 0.826 006218 AA 23 11 34 AT 1 10 11 TT 0 2 2 0.011 0.017 0.763 006287 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006515 AA 0 3 3 AG 2 11 13 GG 21 8 29 0.048 0.065 0.792 006519 CC 20 14 34 CT 3 8 11 TT 0 0 0 0.112 1.086 0.872 006529 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006560 CC 18 14 32 CG 4 8 12 GG 1 0 1 1.252 1.086 0.010 006707 CC 5 3 8 CT 10 13 23 TT 8 7 15 0.306 0.631 0.026 006740 CC 22 11 33 CT 2 10 12 TT 0 2 2 0.045 0.017 0.435 006830 CC 23 17 40 CT 0 6 6 TT 0 0 0 0.000 0.517 0.224 007185 CC 4 3 7 CT 10 9 19 TT 8 11 19 0.079 0.277 0.372 007207 CC 20 8 28 CG 1 11 12 GG 0 4 4 0.012 0.004 2.198 007337 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007631 AA 22 22 44 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 007790 AA 15 11 26 AG 6 10 16 GG 0 2 2 0.583 0.017 0.055 007827 CC 21 17 38 CT 0 4 4 TT 0 2 2 0.000 3.584 8.910 007887 AA 18 23 41 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.055 008499 AA 7 7 14 AG 10 9 19 GG 3 6 9 0.035 0.714 0.284 008696 AA 18 11 29 AG 6 10 16 GG 0 2 2 0.490 0.017 0.012 008738 GG 0 2 2 GT 5 9 14 TT 18 11 29 0.342 0.007 0.035 009060 AA 3 0 3 AG 11 2 13 GG 9 19 28 0.016 0.053 0.714 009412 AA 5 8 13 AT 12 9 21 TT 2 3 5 1.659 0.032 0.602 009413 AA 5 8 13 AC 9 9 18 CC 2 3 5 0.441 0.032 0.097 009427 AA 5 1 6 AG 8 7 15 GG 5 12 17 0.222 0.000 0.727 010031 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 19 23 42 0.209 0.000 0.095 010296 CC 17 20 37 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.061 010606 AA 3 6 9 AC 11 3 14 CC 5 14 19 0.555 11.374 3.612 010675 CC 17 22 39 CT 2 1 3 TT 0 0 0 0.059 0.011 0.058 010715 GG 18 23 41 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 010738 GG 12 22 34 GT 7 0 7 TT 0 0 0 0.969 0.000 0.357 010751 CC 9 6 15 CT 7 4 11 TT 3 12 15 0.626 8.110 8.805 010766 CC 17 20 37 CT 2 1 3 TT 0 0 0 0.059 0.012 0.061 010767 AA 0 1 1 AG 1 6 7 GG 18 14 32 0.014 0.114 0.611 010991 AA 0 0 0 AC 2 2 4 CC 22 21 43 0.045 0.048 0.093 011087 AA 0 1 1 AG 0 8 8 GG 24 14 38 0.000 0.011 0.516 011292 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 011310 CC 24 14 38 CT 0 8 8 TT 0 1 1 0.000 0.011 0.516 011422 AA 0 1 1 AG 8 8 16 GG 16 14 30 0.960 0.011 0.465 011484 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 011584 CC 0 1 1 CG 0 5 5 GG 23 17 40 0.000 0.571 2.368 011770 GG 20 20 40 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 011833 CC 13 20 33 CT 8 0 8 TT 0 0 0 1.163 0.000 0.479 011839 CC 21 19 40 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.013 0.006 011898 CC 16 14 30 CT 8 8 16 TT 0 1 1 0.960 0.011 0.465 012020 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 012052 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 012184 CC 17 14 31 CT 6 7 13 TT 0 1 1 0.517 0.011 0.072 012223 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 22 42 0.112 0.000 0.054 012227 GG 17 22 39 GT 6 0 6 TT 0 0 0 0.517 0.000 0.230 012240 AA 0 1 1 AC 8 7 15 CC 15 14 29 1.019 0.011 0.347 012253 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012272 AA 0 0 0 AG 8 0 8 GG 15 22 37 1.019 0.000 0.428 012326 AA 20 22 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.054 012335 CC 8 14 22 CT 14 6 20 TT 1 3 4 2.685 2.407 0.033 012483 CC 19 15 34 CT 0 6 6 TT 0 1 1 0.000 0.153 1.170 012774 GG 22 16 38 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.016 0.007 012779 CC 0 1 1 CT 10 8 18 TT 12 9 21 1.903 0.209 1.600 013779 AA 1 3 4 AG 13 6 19 GG 10 13 23 1.630 2.148 0.001 013961 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 014177 CC 10 13 23 CG 6 8 14 GG 0 1 1 0.852 0.027 0.446 014281 CC 15 22 37 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.017 0.000 0.007 014411 CC 16 21 37 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.007 014627 CC 15 14 29 CG 9 7 16 GG 0 1 1 1.278 0.011 0.508 014997 AA 16 14 30 AC 7 8 15 CC 0 1 1 0.741 0.011 0.312 015098 CC 21 14 35 CG 2 8 10 GG 0 1 1 0.048 0.011 0.080 015142 AA 0 1 1 AG 7 8 15 GG 16 14 30 0.741 0.011 0.312 015724 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016074 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 016108 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 21 40 0.118 0.000 0.056 016254 CC 22 17 39 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.131 0.058 016294 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 19 41 0.000 0.013 0.006 016409 CC 8 5 13 CT 13 11 24 TT 3 7 10 0.421 0.030 0.030 016867 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 017380 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 017497 CC 0 0 0 CT 6 3 9 TT 18 20 38 0.490 0.112 0.527 017846 -- 7 5 12 +- 14 10 24 ++ 3 8 11 0.960 0.306 0.022 018077 CC 1 0 1 CT 2 0 2 TT 21 23 44 4.959 0.000 10.729 018093 GG 3 9 12 GT 15 9 24 TT 6 5 11 1.748 0.857 0.022 018489 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 018529 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 019036 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019199 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019341 AA 6 5 11 AG 15 10 25 GG 3 8 11 1.748 0.306 0.191 019396 AA 0 0 0 AG 6 3 9 GG 17 20 37 0.517 0.112 0.541 019559 AA 0 0 0 AG 2 3 5 GG 22 20 42 0.045 0.112 0.148 019882 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 020183 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 020299 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 020321 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020434 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020464 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 020733 AA 6 5 11 AG 15 10 25 GG 3 8 11 1.748 0.306 0.191 020893 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 021224 AA 0 7 7 AT 9 9 18 TT 12 7 19 1.562 1.087 0.593 021366 AA 4 1 5 AG 13 10 23 GG 4 12 16 1.190 0.374 0.583 021822 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 19 22 41 0.209 0.000 0.097 021892 AA 20 21 41 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.012 0.006 024618 CC 3 8 11 CT 16 10 26 TT 5 4 9 2.818 0.079 0.809 024662 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 025188 AA 21 23 44 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.107 0.000 0.051 027865 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 028197 GG 9 5 14 GT 13 10 23 TT 2 8 10 0.813 0.306 0.009 028592 AA 20 23 43 AG 1 0 1 GG 1 0 1 9.075 0.000 19.316 028610 CC 1 0 1 CT 10 3 13 TT 11 20 31 0.468 0.112 0.072 028654 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 029096 CC 24 19 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.013 0.006 029528 GG 3 6 9 GT 11 11 22 TT 7 6 13 0.159 0.043 0.003 029762 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 029868 AA 6 8 14 AC 11 11 22 CC 3 4 7 0.314 0.004 0.112 029879 AA 19 23 42 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.053 0.000 0.024 029914 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 18 23 41 0.014 0.000 0.006 030060 AA 17 20 37 AC 4 3 7 CC 0 0 0 0.233 0.112 0.329 030066 CC 5 6 11 CT 8 10 18 TT 8 7 15 1.037 0.381 1.348 030128 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 030144 CC 2 5 7 CG 11 9 20 GG 7 8 15 0.601 0.609 0.006 030285 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 030520 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 030595 CC 2 0 2 CT 5 0 5 TT 17 23 40 2.400 0.000 6.989 030658 AA 16 23 39 AG 2 0 2 GG 2 0 2 7.389 0.000 17.705 030745 GG 2 0 2 GT 7 3 10 TT 11 20 31 0.299 0.112 0.927 031010 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 031053 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 031259 * 031290 -- 0 0 0 +- 3 8 11 ++ 21 15 36 0.107 1.019 0.826 031400 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 031485 CC 8 18 26 CT 9 5 14 TT 7 0 7 1.484 0.342 3.895 031652 -- 0 1 1 +- 0 5 5 ++ 24 17 41 0.000 0.571 2.448 031726 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 032328 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 032719 CC 1 0 1 CG 12 5 17 GG 10 17 27 1.239 0.362 0.810 032886 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 18 21 39 0.124 0.000 0.058 033439 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 033878 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001031: agg 001037: ggg 002837: tg 017846: C 021822: at 031290: aagaatggtgtgggagagg 031652: tcctccct Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 031259 AA 4 1 5 031259 AC 10 7 17 031259 AT 0 0 0 031259 CC 6 10 16 031259 CT 4 5 9 031259 TT 0 0 0