Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000084 A 0.50 0.35 0.42 G 0.50 0.65 0.58 0.50 0.45 0.49 000085 C 0.23 0.17 0.20 T 0.78 0.83 0.80 0.35 0.29 0.32 000290 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000353 A 0.09 0.17 0.13 C 0.91 0.83 0.87 0.17 0.29 0.23 000437 G 0.28 0.13 0.21 A 0.72 0.87 0.79 0.41 0.23 0.33 000870 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001031 - 0.00 0.12 0.05 + 1.00 0.88 0.95 0.00 0.21 0.10 001037 - 0.26 0.06 0.17 + 0.74 0.94 0.82 0.39 0.11 0.29 001332 C 0.26 0.61 0.43 A 0.74 0.39 0.57 0.39 0.48 0.49 001362 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001711 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001728 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001844 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001865 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001999 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002207 A 0.00 0.13 0.06 G 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 002358 C 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 002412 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002482 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 002518 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002573 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002801 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002837 - 0.14 0.00 0.07 + 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 002856 A 0.02 0.21 0.12 C 0.98 0.79 0.88 0.04 0.34 0.21 002913 C 0.02 0.23 0.12 T 0.98 0.78 0.88 0.04 0.35 0.21 003003 C 0.08 0.83 0.45 T 0.92 0.17 0.55 0.15 0.29 0.49 003394 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003691 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 003902 T 0.27 0.00 0.14 G 0.73 1.00 0.86 0.39 0.00 0.24 004432 C 0.07 0.18 0.12 G 0.93 0.82 0.88 0.12 0.30 0.21 004831 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004988 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005142 C 0.23 0.09 0.16 G 0.77 0.91 0.84 0.35 0.17 0.27 005281 A 0.05 0.31 0.16 G 0.95 0.69 0.84 0.09 0.42 0.27 006063 A 0.20 0.46 0.33 G 0.80 0.54 0.67 0.33 0.50 0.44 006126 A 0.06 0.17 0.12 G 0.94 0.83 0.88 0.12 0.29 0.21 006218 T 0.02 0.30 0.16 A 0.98 0.70 0.84 0.04 0.42 0.27 006287 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006515 A 0.04 0.39 0.21 G 0.96 0.61 0.79 0.08 0.47 0.33 006519 T 0.07 0.18 0.12 C 0.93 0.82 0.88 0.12 0.30 0.21 006529 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006560 G 0.13 0.18 0.16 C 0.87 0.82 0.84 0.23 0.30 0.26 006707 C 0.43 0.41 0.42 T 0.57 0.59 0.58 0.49 0.48 0.49 006740 T 0.04 0.30 0.17 C 0.96 0.70 0.83 0.08 0.42 0.28 006830 T 0.00 0.13 0.07 C 1.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.12 007185 C 0.41 0.33 0.37 T 0.59 0.67 0.63 0.48 0.44 0.46 007207 G 0.02 0.41 0.23 C 0.98 0.59 0.77 0.05 0.48 0.35 007337 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007631 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007790 G 0.14 0.30 0.23 A 0.86 0.70 0.77 0.24 0.42 0.35 007827 T 0.00 0.17 0.09 C 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.17 007887 T 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 008499 G 0.40 0.48 0.44 A 0.60 0.52 0.56 0.48 0.50 0.49 008696 G 0.12 0.30 0.21 A 0.88 0.70 0.79 0.22 0.42 0.33 008738 G 0.11 0.30 0.20 T 0.89 0.70 0.80 0.19 0.42 0.32 009060 A 0.37 0.05 0.22 G 0.63 0.95 0.78 0.47 0.09 0.34 009412 T 0.42 0.38 0.40 A 0.58 0.62 0.60 0.49 0.47 0.48 009413 C 0.41 0.38 0.39 A 0.59 0.62 0.61 0.48 0.47 0.48 009427 A 0.50 0.23 0.36 G 0.50 0.78 0.64 0.50 0.35 0.46 010031 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 010296 T 0.00 0.07 0.04 C 1.00 0.93 0.96 0.00 0.12 0.07 010606 A 0.45 0.33 0.38 C 0.55 0.67 0.62 0.49 0.44 0.47 010675 T 0.05 0.02 0.04 C 0.95 0.98 0.96 0.10 0.04 0.07 010715 T 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 010738 T 0.18 0.00 0.09 G 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 010751 T 0.34 0.64 0.50 C 0.66 0.36 0.50 0.45 0.46 0.50 010766 T 0.05 0.02 0.04 C 0.95 0.98 0.96 0.10 0.05 0.07 010767 A 0.03 0.19 0.11 G 0.97 0.81 0.89 0.05 0.31 0.20 010991 A 0.04 0.04 0.04 C 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 011087 A 0.00 0.22 0.11 G 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.19 011292 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011310 T 0.00 0.22 0.11 C 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.19 011422 A 0.17 0.22 0.19 G 0.83 0.78 0.81 0.28 0.34 0.31 011484 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 011584 C 0.00 0.15 0.08 G 1.00 0.85 0.92 0.00 0.26 0.14 011770 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 011833 T 0.19 0.00 0.10 C 0.81 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 011839 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 011898 T 0.17 0.22 0.19 C 0.83 0.78 0.81 0.28 0.34 0.31 012020 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012052 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012184 T 0.13 0.20 0.17 C 0.87 0.80 0.83 0.23 0.33 0.28 012223 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012227 T 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 012240 A 0.17 0.20 0.19 C 0.83 0.80 0.81 0.29 0.33 0.31 012253 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012272 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 012326 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012335 T 0.35 0.26 0.30 C 0.65 0.74 0.70 0.45 0.39 0.42 012483 T 0.00 0.18 0.10 C 1.00 0.82 0.90 0.00 0.30 0.18 012774 T 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 012779 C 0.23 0.28 0.25 T 0.77 0.72 0.75 0.35 0.40 0.38 013779 A 0.31 0.27 0.29 G 0.69 0.73 0.71 0.43 0.40 0.41 013961 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014177 G 0.19 0.23 0.21 C 0.81 0.77 0.79 0.30 0.35 0.33 014281 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 014411 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.03 014627 G 0.19 0.20 0.20 C 0.81 0.80 0.80 0.30 0.33 0.31 014997 C 0.15 0.22 0.18 A 0.85 0.78 0.82 0.26 0.34 0.30 015098 G 0.04 0.22 0.13 C 0.96 0.78 0.87 0.08 0.34 0.23 015142 A 0.15 0.22 0.18 G 0.85 0.78 0.82 0.26 0.34 0.30 015724 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016074 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016108 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 016254 T 0.00 0.07 0.04 C 1.00 0.93 0.96 0.00 0.14 0.07 016294 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 016409 T 0.40 0.54 0.47 C 0.60 0.46 0.53 0.48 0.50 0.50 016867 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017380 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017497 C 0.12 0.07 0.10 T 0.88 0.93 0.90 0.22 0.12 0.17 017846 + 0.42 0.57 0.49 - 0.58 0.43 0.51 0.49 0.49 0.50 018077 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 018093 T 0.56 0.41 0.49 G 0.44 0.59 0.51 0.49 0.48 0.50 018489 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 018529 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019036 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019199 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019341 A 0.56 0.43 0.50 G 0.44 0.57 0.50 0.49 0.49 0.50 019396 A 0.13 0.07 0.10 G 0.87 0.93 0.90 0.23 0.12 0.18 019559 A 0.04 0.07 0.05 G 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 019882 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 020183 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020299 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020321 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020434 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020464 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020733 A 0.56 0.43 0.50 G 0.44 0.57 0.50 0.49 0.49 0.50 020893 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 021224 A 0.21 0.50 0.36 T 0.79 0.50 0.64 0.34 0.50 0.46 021366 A 0.50 0.26 0.38 G 0.50 0.74 0.62 0.50 0.39 0.47 021822 - 0.09 0.00 0.04 + 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 021892 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024618 T 0.54 0.41 0.48 C 0.46 0.59 0.52 0.50 0.48 0.50 024662 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025188 C 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 027865 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028197 T 0.35 0.57 0.46 G 0.65 0.43 0.54 0.46 0.49 0.50 028592 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 028610 C 0.27 0.07 0.17 T 0.73 0.93 0.83 0.40 0.12 0.28 028654 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 029096 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 029528 G 0.40 0.50 0.45 T 0.60 0.50 0.55 0.48 0.50 0.50 029762 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029868 C 0.42 0.41 0.42 A 0.57 0.59 0.58 0.49 0.48 0.49 029879 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 029914 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 030060 C 0.10 0.07 0.08 A 0.90 0.93 0.92 0.17 0.12 0.15 030066 C 0.43 0.48 0.45 T 0.57 0.52 0.55 0.49 0.50 0.50 030128 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 030144 C 0.38 0.43 0.40 G 0.62 0.57 0.60 0.47 0.49 0.48 030285 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030520 A 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 030595 C 0.19 0.00 0.10 T 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 030658 G 0.15 0.00 0.07 A 0.85 1.00 0.93 0.26 0.00 0.13 030745 G 0.28 0.07 0.16 T 0.72 0.93 0.84 0.40 0.12 0.27 031010 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 031053 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 031259 * 031290 - 0.06 0.17 0.12 + 0.94 0.83 0.88 0.12 0.29 0.21 031400 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031485 T 0.48 0.11 0.30 C 0.52 0.89 0.70 0.50 0.19 0.42 031652 - 0.00 0.15 0.07 + 1.00 0.85 0.93 0.00 0.26 0.14 031726 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032328 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032719 C 0.30 0.11 0.21 G 0.70 0.89 0.79 0.42 0.20 0.33 032886 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 033439 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 033878 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001031: agg 001037: ggg 002837: tg 017846: C 021822: at 031290: aagaatggtgtgggagagg 031652: tcctccct Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 031259 T 0.08 0.11 0.10 A 0.38 0.20 0.29 C 0.54 0.70 0.62