************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 hmox1.phase.inp hmox1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST hmox1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates hmox1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual hmox1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters hmox1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 53 Positions of loci: 149 994 1038 1668 2007 2378 2425 2790 3303 3736 3974 4102 4118 4871 4957 5079 5341 7325 7332 8631 8777 9404 9531 9735 9894 11116 11787 11822 12127 12301 12345 12825 12832 12841 12860 12992 13082 13184 13286 13354 13439 13449 13468 15028 15071 15382 15988 16442 17227 17893 17922 18090 18290 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file hmox1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCCAGDCTGAAACGTATTTTCCGACGIAIGTAACTAATCCAGCCAGAACTGCG 2.000000 2 GCCAGDTTGAAACGCATTTCCTGATGIAIGTAACTAATCCAGCCAGGACTGCG 4.000000 3 GCCAGICTGAAACGCATTCCCCGGCGIAIGTAACTAATCCAGCCAGAATTACG 1.000000 4 GCCAGICTGAAAAGCACTTCTCGACAIAIGTAACTAGCCCAGCCAGGACTGCG 1.000000 5 GCCAGICTGAAAAGCACTTCTCGACAIAIGTAACTAGCCCAGCCAGAACTGCG 2.000000 6 GCCAGICTGAAAAGCACTTCTCGACAIAIGTAACTAGCCCAGCCAGAACTACG 1.000000 7 GCCGGICTGACACCCATTCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGCCAGAATTACG 1.000000 8 GCCGGICTGACACCCATTCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGTCAGAATTACG 1.000000 9 GCCGGICTGACACCCATCCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGTTAGAACTACG 1.000000 10 GCCGGICTCGCACCCCTTCCCCGGCADGDGTAATTAGTCCAACCAAAACTGCG 1.000000 11 GCCGGICTCGCACCCCTTCCCCGGCADGDGTAATTAGTCCAACCAAATCCACG 3.000000 12 GCCGGICAGGCACCCATTCCCCGGCADGIATAATTAGTCCAGCCAGAACTGCG 2.000000 13 GCCGGICAGGCACCCATTCCCCGGCADGIATAATTAGTCCAGCCAAAACTGCG 3.000000 14 GCCGGICAGGCACCCATTCCCCGGCADGIATAATTAGTCCAGCCAAATCTACG 2.000000 15 GCCGGICACGCACCCCTTCCCCGGCADGIATAATTAGTCCAACCAAATCTACG 1.000000 16 GCCGAICAGGCACCCATTCCCCGGCADGIATAATTAGTCCAGCCAAAACTGTA 2.000000 17 GCCGAICAGGCACCCATTCCCCAGCADGIATAATTAGTCCAGCCAGAACTGCG 1.000000 18 GCCGAICAGGCACCCATTCCCCAGCADGIATAATTAGTCCAGCCAAAACTGCG 18.000000 19 GCCGAICAGGCACCCATTCCCCAGCADGIATAATTAGTCCAGCCAAAACTACG 2.000000 20 GCCGAICAGGCACCCATTCCCCAGCADGIATAATTAGTCCGGTCAAAACTGCG 1.000000 21 GCTGAICAGGCACCCATTCCCCAGCADGIATAATTAGTCCAGCCAAAACTGCG 2.000000 22 GCTGAICAGGCACCCATTCCCCAGCADGIATAATTAGTCCAGCCAAATCCACG 2.000000 23 GCTGAICAGGCACCCATTCCCCAGCADGIATAATTAGTCCGGTCAAAACTGCG 1.000000 24 GTCAGDCTGAAACGTATTTTCCGACGIAIGTAACTAATCCAGCCAGGACTGCG 11.000000 25 GTCAGDCTGAAACGTATTTTCCGACGIAIGTAACTAATCCAGCCAGAACTGCG 1.000000 26 GTCAGDCTGAAACGTATTTTCCGACGIAIATAACTAATCCAGCCAGGATTACG 1.000000 27 ACCGGICTGACACCCATCCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGTTAGAACTGCG 2.000000 28 ACCGGICTGACACCCATCCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGTTAGAATTACG 2.000000 29 ACCGGICTGACCCCCATCCCCCGGCAIGIGTGCCCGGTGTGGTTAGAACTACG 1.000000 30 ACCGGICTGACCCCCATCCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGCTGGAACTGCG 2.000000 31 ACCGGICTGACCCCCATCCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGTTAGAACTGCG 7.000000 32 ACCGGICTGACCCCCATCCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGTTAGAACTGTA 1.000000 33 ACCGGICTGACCCCCATCCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGTTAGAACTACG 10.000000 34 ACCGGICTGACCCCCATCCCCCGGCAIGIGCGCCCGGTGTGGTTGGAACTGCG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (2,24) D002: (2,24) D003: (24,31) D004: (24,25) D005: (2,30) D006: (2,24) D007: (18,34) D008: (14,18) D009: (7,18) D010: (14,31) D011: (1,26) D012: (1,18) D013: (5,16) D014: (33,33) D015: (30,31) D016: (8,33) D033: (24,24) D034: (28,32) D035: (9,24) D036: (3,24) D037: (4,6) D038: (16,24) D039: (27,28) D040: (18,24) E001: (13,18) E002: (18,33) E003: (15,31) E004: (18,18) E005: (21,22) E006: (31,33) E007: (12,33) E008: (11,17) E009: (31,33) E010: (11,29) E011: (11,18) E012: (18,33) E013: (18,19) E014: (18,21) E015: (20,31) E016: (18,18) E017: (10,33) E018: (5,22) E019: (18,19) E020: (12,18) E021: (23,33) E022: (13,27) E023: (13,18) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C C A G D T T G A A A C G C A T T T C C T G A T G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G 0 D002 G C C A G D T T G A A A C G C A T T T C C T G A T G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G 0 D003 G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T G C G 0 D004 G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G A A C T G C G 0 D005 G C C A G D T T G A A A C G C A T T T C C T G A T G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G [C] T G G A A C T G C G 0 D006 G C C A G D T T G A A A C G C A T T T C C T G A T G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G 0 D007 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C (A) A A A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T (G) G A A C T G C G 0 D008 G C C G G I C A G G C A C C C A T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A T C T (A) C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T (G) C G 0 D009 G C C G G I C T G A C A C C C A T T C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G C C A G A A T T A C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G 0 D010 G C C G G I C A G G C A C C C A T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A T C T (A) C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T (G) C G 0 D011 G (C) C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I (G) T A A C T A A T C C A G C C A G (A) A (C) T (G) C G G (T) C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I (A) T A A C T A A T C C A G C C A G (G) A (T) T (A) C G 0 D012 G C C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G A A C T G C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G 0 D013 G C C A G I C T G A A A A G C A C T T C T C G A C A I A I G T A A C T A G C C C A G C C A G A A C T G C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G T A 0 D014 A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G 0 D015 A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G (C) T G G A A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G (T) T A G A A C T G C G 0 D016 G C C G G I C T G A C A C C C A T T C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T C A G A A T T A C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G 0 D033 G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G 0 D034 A C C G G I C T G A C A C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G [A] A T T A C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T G T A 0 D035 G C C G G I C T G A C A C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G 0 D036 G C C A G I C T G A A A C G C A T T C C C C G G C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G (A) A (T) T (A) C G G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G (G) A (C) T (G) C G 0 D037 G C C A G I C T G A A A A G C A C T T C T C G A C A I A I G T A A C T A G C C C A G C C A G (G) A C T G C G G C C A G I C T G A A A A G C A C T T C T C G A C A I A I G T A A C T A G C C C A G C C A G (A) A C T A C G 0 D038 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G T A G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G 0 D039 A C C G G I C T G A C A C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T G C G A C C G G I C T G A C A C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G [A] A T T A C G 0 D040 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G G T C A G D C T G A A A C G T A T T T T C C G A C G I A I G T A A C T A A T C C A G C C A G G A C T G C G 0 E001 G C C G G I C A G G C A C C C A T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G 0 E002 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T (G) C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T (A) C G 0 E003 G C C G G I C (A) C G C A C C C C T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A (A) C C A A A T C T (A) C G A C C G G I C (T) G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G (G) T T A G A A C T (G) C G 0 E004 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G 0 E005 G C T G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G G C T G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A T C C A C G 0 E006 A C C G G I C T G A C [C] C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G 0 E007 G C C G G I C A G G C A C C C A T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A G A A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G 0 E008 G C C G G I C T C G C A C C C C T T C C C C G G C A D G D [G] T A A T T A G T C C A A C C A A A T C C A C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C [A] G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A G A A C T G C G 0 E009 A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T [G] C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T [A] C G 0 E010 G C C G G I C T C G C A C C C C T T C C C C G G C A D G D [G] T A A T T A G T C C A A C C A A A T C C A C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G T G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G 0 E011 G C C G G I C T C G C A C C C C T T C C C C G G C A D G D [G] T A A T T A G T C C A A C C A A A T C C A C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G 0 E012 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G 0 E013 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T A C G 0 E014 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G G C T G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C [A] G [C] C A A A A C T G C G 0 E015 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C G G T C A A A A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T G C G 0 E016 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G 0 E017 G C C G G I C T C G C A C C C C T T C C C C G G C A D G D [G] T A A T T A G T C C A A C C A A A A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G 0 E018 G C C A G I C T G A A A A G C A C T T C T C G A C A I A I G T A A C T A G C C C A G C C A G A A C T G C G G C T G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A T C C A C G 0 E019 G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T A C G 0 E020 G C C G G I C A G G C A C C C A T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A (G) A A C T G C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A (A) A A C T G C G 0 E021 G C T G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C G G T C A A A A C T G C G A C C G G I C T G A C C C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T A C G 0 E022 G C C G G I C A G G C A C C C A T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G A C C G G I C T G A C A C C C A T C C C C C G G C A I G I G C G C C C G G T G T G G T T A G A A C T G C G 0 E023 G C C G G I C A G G C A C C C A T T C C C C G G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G G C C G A I C A G G C A C C C A T T C C C C A G C A D G I A T A A T T A G T C C A G C C A A A A C T G C G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = C = = = = T = ? ? = = = = C = = = = ? = T = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = T = = = = C = ? ? = = = = T = = = = ? = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? 0 D002 = C = = = = T = ? ? = = = = C = = = = ? = T = = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = ? = T = = = = C = ? ? = = = = T = = = = ? = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = ? 0 D003 G T = ? ? D ? = ? ? A A = G T = = T T ? = = = A = G = A = = T A A = T A A = C C A = C C = = G = = = = = ? A C = ? ? I ? = ? ? C C = C C = = C C ? = = = G = A = G = = C G C = C G G = G T G = T T = = A = = = = = ? 0 D004 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = ? 0 D005 G = = A ? D T = ? ? A A = G = = = T T = = T = A T G = A = = T A A = T A A = C C ? ? ? C A = G = = = = ? ? A = = G ? I C = ? ? C C = C = = = C C = = C = G C A = G = = C G C = C G G = G T ? ? ? T G = A = = = = ? ? 0 D006 = C = = = = T = ? ? ? ? ? = C = = = = C = T = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = T = = = = C = ? ? ? ? ? = T = = = = T = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 0 D007 G = = = A = = A = G = A = ? = = = T = ? = = A = = = D = = A T A A ? T A = = C C A = C C (A) A = = = = = = = A = = = G = = T = A = C = ? = = = C = ? = = G = = = I = = G C G C ? C G = = G T G = T T (G) G = = = = = = = 0 D008 = = = = G = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = (A) = = = = = = A = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = (G) = = 0 D009 = ? ? = G = = T = A = = = ? = = = = = ? = ? ? = = = I = = G C G C C C G = = G T G = = = = G = = T = A = ? = ? ? = A = = A = G = = = ? = = = = = ? = ? ? = = = D = = A T A A T T A = = C C A = = = = A = = C = G = ? 0 D010 G ? ? = = = = A = G = A = = = = = T = = = = = = = = D = = A T A A T T A = = C C A = C C = A = T = = (A) ? ? A ? ? = = = = T = A = C = = = = = C = = = = = = = = I = = G C G C C C G = = G T G = T T = G = A = = (G) ? ? 0 D011 = (C) = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = (C) = (G) = = = (T) = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = (T) = (A) = = 0 D012 = = = A ? D = T = A A = = G T = = = T T = = G A = G I A = G = = = C = = A = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G ? I = A = G C = = C C = = = C C = = A G = A D G = A = = = T = = G = = = = = = = = A = = = = = = = 0 D013 = = = A G = = T = A A = A G = = C = T = T = = A = = I A = G = = = C = = = C = = = = = = = G = = = = = C G = = = G A = = A = G C = C C = = T = C = C = = G = = D G = A = = = T = = = T = = = = = = = A = = = = = T A 0 D014 = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = (C) = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = (T) = A = = = = = = = = 0 D016 G = = = = = = = = = = A = = = = ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = = A = = = = = = = = = = C = = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C = = = = 0 D033 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 D034 = = = = ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? T = A C G = = = = ? = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? C = G T A 0 D035 = C = G ? I = = = = C = = ? C = = C C C = = = G = A = G = = C G C = C G G = G T G = T T = = A = = = A = = = T = A ? D = = = = A = = ? T = = T T T = = = A = G = A = = T A A = T A A = C C A = C C = = G = = = G = = 0 D036 = C = = ? I = = = = = = = = C = = = C C = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = (T) = (A) = = = T = = ? D = = = = = = = = T = = = T T = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = (C) = (G) = = 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = A = = 0 D038 = C = G ? I = A = G ? ? ? C C = = = C C = = = G = A D G = A = = = T = = G = = = = = = = = A A = = = = T A = T = A ? D = T = A ? ? ? G T = = = T T = = = A = G I A = G = = = C = = A = = = = = = = = G G = = = = C G 0 D039 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? C ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? T ? A = = 0 D040 = C = G ? I ? ? = G C = = C C = = = C C = = A ? ? A D G = A = = = T = = G = = = = ? ? = = A A = = = = = = = T = A ? D ? ? = A A = = G T = = = T T = = G ? ? G I A = G = = = C = = A = = = = ? ? = = G G = = = = = = 0 E001 = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E002 G = = = A = = A = G = A = = = = = T = = = = A = = = D = = A T A A T T A = = C C A = C C = A = = = = (G) = = A = = = G = = T = A = C = = = = = C = = = = G = = = I = = G C G C C C G = = G T G = T T = G = = = = (A) = = 0 E003 G = = = = = = (A) C G = A = = = C = T = = = = = = = = D = = A T A A T T A = = C C A (A) C C = A = T = = (A) = = A = = = = = = (T) G A = C = = = A = C = = = = = = = = I = = G C G C C C G = = G T G (G) T T = G = A = = (G) = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C A = = 0 E006 = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = 0 E007 G = = = = = = A = G = A = = = = = T = = = = = = = = D = = A T A A T T A = = C C A = C C = = = = = = G ? = A = = = = = = T = A = C = = = = = C = = = = = = = = I = = G C G C C C G = = G T G = T T = = = = = = A ? = 0 E008 = ? = ? G = = T C ? = = = = = C = = = ? ? ? ? = = = = = D ? ? = = = = = = = = = = A = = = A = T = C A ? = = ? = ? A = = A G ? = = = = = A = = = ? ? ? ? = = = = = I ? ? = = = = = = = = = = G = = = G = A = T G ? = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 0 E010 G = = = = = = = C G = A = = = C = T = = = = = = = = D = D ? = A A T T A = = C C A A C C = A = T = C = = = A = = = = = = = G A = C = = = A = C = = = = = = = = I = I ? = G C C C G = = G T G G T T = G = A = T = = = 0 E011 = = = = G = = T C = = = = = = C = = = = = = G = = = = = D ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = T = C A = = = = = = A = = A G = = = = = = A = = = = = = A = = = = = I ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = A = T G = = 0 E012 G = = = A = = A = G = A = = = = = T = = = = A = = = D = = A T A A T T ? ? ? ? ? ? ? ? C = ? ? = = = G = = A = = = G = = T = A = C = = = = = C = = = = G = = = I = = G C G C C C ? ? ? ? ? ? ? ? T = ? ? = = = A = = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = A = = 0 E014 = = C = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 0 E015 G = = = A = = A = G = A = = = = = ? ? = = = ? = = = D = = A T A A T T A = = C C = = = C = A = = = = = = = A = = = G = = T = A = C = = = = = ? ? = = = ? = = = I = = G C G C C C G = = G T = = = T = G = = = = = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 G = = = = = ? = C G = A = = = C = T = = = = = = = = D = D ? T A A T T A = = C C A A C C = A = = = = G = = A = = = = = ? = G A = C = = = A = C = = = = = = = = I = I ? C G C C C G = = G T G G T T = G = = = = A = = 0 E018 = = C A G = = T = A A = A G = = C = T = T = G A = = I A = G = = = C = = = C = = = = = = = G = A = T G = = = = T G A = = A = G C = C C = = T = C = C = A G = = D G = A = = = T = = = T = = = = = = = A = T = C A = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? = 0 E020 = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = ? ? = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = ? ? 0 E021 G = T = A = = A = G = A = = = = = T = = = = A = = = D = = A T A A T T A = = C C = = = C = A = = = = G = = A = C = G = = T = A = C = = = = = C = = = = G = = = I = = G C G C C C G = = G T = = = T = G = = = = A = = 0 E022 G = = = = = = A = G ? = = = = = = ? ? = = = = = = = D = = A T A A T T A = = C C A = C C = A = = = = ? = = A = = = = = = T = A ? = = = = = = ? ? = = = = = = = I = = G C G C C C G = = G T G = T T = G = = = = ? = = 0 E023 = = = = G = = = = = = = = = = = = ? ? = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? ? = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 = = = = 1.00 = ? ? = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = 1.00 = = = = 1.00 = ? ? = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = ? 1.00 1.00 = ? ? 1.00 ? = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = = 1.00 = ? = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 0.95 1.00 0.84 1.00 = = = = = = = = = = = 0.98 = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 0.85 = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = ? = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 0.82 ? ? = 0.80 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.69 = = = = = = = = = = = = = = = = 0.75 = 0.82 = 0.82 = = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.98 0.98 = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0.72 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 0.99 = = ? 0.99 = = = = = = = = 0.94 = = = 0.94 0.94 = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.68 = 0.58 = 0.58 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.54 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 0.98 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 0.89 = = 1.00 = = = = = = 0.78 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 0.80 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 0.62 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 0.97 ? = = ? = ? 0.94 = = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = ? ? = = = 0.91 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = = = ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 0.99 = 0.99 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0.85 = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 0.98 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS