Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000072 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000111 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000149 A 0.27 0.28 0.28 G 0.73 0.72 0.72 0.39 0.41 0.40 000208 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000653 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000994 T 0.30 0.00 0.15 C 0.70 1.00 0.85 0.42 0.00 0.25 001038 T 0.00 0.11 0.06 C 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.10 001039 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001096 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001233 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001668 A 0.45 0.02 0.24 G 0.55 0.98 0.76 0.50 0.04 0.36 002007 A 0.13 0.48 0.34 G 0.87 0.52 0.66 0.23 0.50 0.45 002378 - 0.40 0.00 0.20 + 0.60 1.00 0.80 0.48 0.00 0.32 002425 T 0.09 0.00 0.05 C 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 002688 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002790 A 0.17 0.61 0.39 T 0.83 0.39 0.61 0.29 0.48 0.48 003303 C 0.00 0.11 0.06 G 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.12 003736 G 0.21 0.68 0.47 A 0.79 0.32 0.53 0.33 0.43 0.50 003974 A 0.48 0.03 0.26 C 0.52 0.97 0.74 0.50 0.05 0.38 004021 A 0.02 0.05 0.03 G 0.98 0.95 0.97 0.05 0.09 0.07 004102 C 0.19 0.24 0.21 A 0.81 0.76 0.79 0.31 0.36 0.34 004118 A 0.07 0.02 0.05 C 0.93 0.98 0.95 0.13 0.04 0.09 004275 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004871 G 0.58 0.02 0.28 C 0.42 0.98 0.72 0.49 0.04 0.40 004957 T 0.31 0.00 0.16 C 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 004983 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005034 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 005079 C 0.00 0.11 0.05 A 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 005341 C 0.07 0.02 0.04 T 0.93 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 005569 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006303 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 007324 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007325 C 0.29 0.28 0.28 T 0.71 0.72 0.72 0.41 0.40 0.41 007332 T 0.46 0.03 0.26 C 0.54 0.97 0.74 0.50 0.05 0.39 008631 T 0.29 0.00 0.13 C 0.71 1.00 0.87 0.42 0.00 0.22 008777 T 0.06 0.02 0.04 C 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 009404 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 009531 A 0.09 0.48 0.27 G 0.91 0.52 0.73 0.16 0.50 0.40 009735 A 0.46 0.02 0.24 G 0.54 0.98 0.76 0.50 0.04 0.36 009894 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 009923 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011116 G 0.42 0.00 0.21 A 0.58 1.00 0.79 0.49 0.00 0.33 011787 - 0.19 0.70 0.44 + 0.81 0.30 0.56 0.30 0.42 0.49 011793 C 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 011822 A 0.48 0.02 0.26 G 0.52 0.98 0.74 0.50 0.04 0.38 012127 - 0.00 0.10 0.04 + 1.00 0.90 0.96 0.00 0.17 0.08 012134 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012301 A 0.21 0.65 0.39 G 0.79 0.35 0.61 0.33 0.46 0.48 012345 C 0.33 0.32 0.33 T 0.67 0.68 0.67 0.44 0.43 0.44 012384 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012825 G 0.33 0.30 0.32 A 0.67 0.70 0.68 0.44 0.42 0.43 012832 C 0.33 0.33 0.33 A 0.67 0.68 0.67 0.44 0.44 0.44 012841 T 0.18 0.68 0.43 C 0.82 0.32 0.57 0.30 0.43 0.49 012860 C 0.33 0.30 0.32 T 0.67 0.70 0.68 0.44 0.42 0.43 012992 G 0.33 0.29 0.31 A 0.67 0.71 0.69 0.44 0.41 0.43 013082 A 0.42 0.00 0.22 G 0.58 1.00 0.78 0.49 0.00 0.35 013184 C 0.06 0.02 0.04 T 0.94 0.98 0.96 0.12 0.05 0.08 013286 G 0.33 0.29 0.31 C 0.67 0.71 0.69 0.44 0.41 0.43 013354 T 0.33 0.29 0.31 C 0.67 0.71 0.69 0.44 0.41 0.43 013439 G 0.33 0.35 0.34 A 0.67 0.65 0.66 0.44 0.45 0.45 013449 A 0.00 0.12 0.06 G 1.00 0.88 0.94 0.00 0.22 0.11 013468 T 0.31 0.35 0.33 C 0.69 0.65 0.67 0.43 0.45 0.44 014261 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014568 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015028 T 0.29 0.28 0.29 C 0.71 0.72 0.71 0.41 0.41 0.41 015071 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015100 G 0.02 0.04 0.03 T 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 015106 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015336 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015382 A 0.20 0.64 0.41 G 0.80 0.36 0.59 0.31 0.46 0.48 015400 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015954 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 015988 G 0.36 0.00 0.17 A 0.64 1.00 0.83 0.46 0.00 0.29 016404 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 016442 T 0.05 0.13 0.09 A 0.95 0.87 0.91 0.09 0.23 0.16 017227 T 0.12 0.00 0.07 C 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 017755 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017893 C 0.00 0.11 0.06 T 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.11 017922 A 0.27 0.36 0.31 G 0.73 0.64 0.69 0.39 0.46 0.43 018090 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 018290 A 0.10 0.00 0.04 G 0.90 1.00 0.96 0.18 0.00 0.08 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002378: AG 011787: T 012127: t 014568: CTGCT