Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000212 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000242 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 000258 T 0.28 0.00 0.15 G 0.72 1.00 0.85 0.41 0.00 0.26 000642 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 000682 A 0.29 0.23 0.26 G 0.71 0.78 0.74 0.41 0.35 0.39 000898 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 000904 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000991 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001543 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001851 A 0.17 0.56 0.33 G 0.83 0.44 0.67 0.28 0.49 0.44 001965 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.03 001995 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.03 002042 T 0.06 0.00 0.04 C 0.94 1.00 0.96 0.12 0.00 0.07 002044 T 0.17 0.00 0.10 C 0.83 1.00 0.90 0.28 0.00 0.18 002053 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.05 002544 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002668 A 0.60 0.22 0.41 G 0.40 0.78 0.59 0.48 0.34 0.49 002992 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003043 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003125 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003203 T 0.58 0.15 0.37 C 0.42 0.85 0.63 0.49 0.26 0.47 003505 T 0.58 0.15 0.37 C 0.42 0.85 0.63 0.49 0.26 0.47 003661 C 0.13 0.15 0.14 T 0.87 0.85 0.86 0.23 0.26 0.24 004113 A 0.03 0.00 0.02 G 0.97 1.00 0.98 0.06 0.00 0.03 004281 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004307 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 004347 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004532 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004581 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004609 A 0.58 0.15 0.37 G 0.42 0.85 0.63 0.49 0.26 0.47 004613 T 0.58 0.15 0.37 A 0.42 0.85 0.63 0.49 0.26 0.47 004614 G 0.58 0.15 0.37 T 0.42 0.85 0.63 0.49 0.26 0.47 004615 A 0.58 0.15 0.37 T 0.42 0.85 0.63 0.49 0.26 0.47 004649 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005116 C 0.11 0.00 0.06 T 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 005131 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 005234 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005353 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005520 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005911 C 0.19 0.67 0.43 A 0.81 0.33 0.57 0.30 0.44 0.49 006143 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006411 C 0.17 0.20 0.18 T 0.83 0.80 0.82 0.28 0.31 0.30 006505 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006582 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006756 A 0.19 0.66 0.41 G 0.81 0.34 0.59 0.30 0.45 0.48 007317 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007536 C 0.28 0.17 0.23 T 0.72 0.83 0.77 0.41 0.29 0.35 007543 A 0.35 0.35 0.35 C 0.65 0.65 0.65 0.45 0.45 0.45 007625 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007744 A 0.32 0.35 0.33 C 0.68 0.65 0.67 0.43 0.45 0.44 007782 A 0.29 0.35 0.32 G 0.71 0.65 0.68 0.41 0.45 0.43 007936 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008035 G 0.29 0.35 0.32 C 0.71 0.65 0.68 0.41 0.45 0.43 008098 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008210 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008464 C 0.29 0.37 0.33 T 0.71 0.63 0.67 0.41 0.47 0.44 008470 C 0.29 0.37 0.33 G 0.71 0.63 0.67 0.41 0.47 0.44 008485 A 0.31 0.00 0.16 G 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 008500 T 0.29 0.37 0.33 C 0.71 0.63 0.67 0.41 0.47 0.44 008692 A 0.04 0.20 0.12 C 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 008833 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009205 T 0.12 0.64 0.39 C 0.88 0.36 0.61 0.22 0.46 0.48 009292 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009580 A 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 009642 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009993 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010228 A 0.23 0.61 0.41 G 0.77 0.39 0.59 0.35 0.48 0.49 010633 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010694 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010836 A 0.24 0.22 0.23 G 0.76 0.78 0.77 0.36 0.34 0.35 010942 C 0.47 0.43 0.45 T 0.53 0.57 0.55 0.50 0.49 0.50 010985 C 0.47 0.43 0.45 T 0.53 0.57 0.55 0.50 0.49 0.50 011184 A 0.47 0.43 0.45 C 0.53 0.57 0.55 0.50 0.49 0.50 011204 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 011230 C 0.35 0.60 0.48 G 0.65 0.40 0.52 0.45 0.48 0.50 011387 + 0.28 0.19 0.23 - 0.72 0.81 0.77 0.40 0.31 0.36 012773 C 0.38 0.64 0.50 G 0.62 0.36 0.50 0.47 0.46 0.50 012817 G 0.25 0.17 0.21 T 0.75 0.83 0.79 0.38 0.28 0.33 012865 C 0.55 0.36 0.46 T 0.45 0.64 0.54 0.50 0.46 0.50 012868 G 0.07 0.00 0.04 A 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 013075 C 0.43 0.22 0.33 T 0.57 0.78 0.67 0.49 0.34 0.44 013295 T 0.26 0.22 0.24 A 0.74 0.78 0.76 0.39 0.34 0.36 013731 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013757 G 0.40 0.20 0.30 C 0.60 0.80 0.70 0.48 0.31 0.42 013921 T 0.12 0.12 0.12 C 0.88 0.88 0.88 0.21 0.22 0.21 013992 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 014004 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 014059 G 0.38 0.55 0.46 T 0.62 0.45 0.54 0.47 0.50 0.50 014066 A 0.10 0.15 0.12 C 0.90 0.85 0.88 0.17 0.26 0.21 014098 G 0.12 0.15 0.13 T 0.88 0.85 0.87 0.21 0.26 0.23 014147 + 0.26 0.15 0.21 - 0.74 0.85 0.79 0.39 0.26 0.33 014309 + 0.31 0.22 0.27 - 0.69 0.78 0.73 0.43 0.34 0.39 014317 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014385 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014508 C 0.29 0.20 0.24 T 0.71 0.80 0.76 0.41 0.33 0.37 014550 G 0.10 0.20 0.15 T 0.90 0.80 0.85 0.17 0.33 0.26 014627 + 0.15 0.22 0.18 - 0.85 0.78 0.82 0.25 0.34 0.30 015140 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 015423 A 0.15 0.22 0.18 G 0.85 0.78 0.82 0.25 0.34 0.30 015470 T 0.02 0.04 0.03 A 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 015653 T 0.26 0.22 0.24 C 0.74 0.78 0.76 0.39 0.34 0.36 015894 C 0.38 0.22 0.30 T 0.62 0.78 0.70 0.47 0.34 0.42 016106 T 0.28 0.22 0.25 C 0.72 0.78 0.75 0.41 0.34 0.38 016217 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016597 C 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 016628 T 0.37 0.22 0.29 C 0.63 0.78 0.71 0.47 0.34 0.41 016727 T 0.13 0.04 0.09 C 0.87 0.96 0.91 0.23 0.08 0.16 016800 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016828 - 0.15 0.00 0.07 + 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 017101 A 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 017416 T 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.10 0.07 017471 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017565 T 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 017598 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 018286 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018591 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018806 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018833 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018873 G 0.11 0.57 0.33 A 0.89 0.43 0.67 0.19 0.49 0.44 018899 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 019052 T 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 019361 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 019407 G 0.16 0.23 0.19 A 0.84 0.78 0.81 0.27 0.35 0.31 019517 T 0.18 0.00 0.09 C 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 019847 A 0.12 0.55 0.33 C 0.88 0.45 0.67 0.22 0.50 0.44 019966 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020393 A 0.02 0.04 0.03 G 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 020564 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020988 G 0.11 0.20 0.16 A 0.89 0.80 0.84 0.19 0.33 0.26 021083 G 0.37 0.20 0.29 A 0.63 0.80 0.71 0.47 0.33 0.41 021537 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002992: C 004649: A 011387: AAC 014147: T 014309: AACAAAA 014627: A 016828: T