************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 fct09.phase.inp fct09.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST fct09.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates fct09.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual fct09.phase.out_recom : estimates of recombination parameters fct09.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 81 Positions of loci: 323 393 716 811 948 2044 3285 3464 3544 3828 4135 5256 5265 5333 5365 5415 6139 6347 6531 6667 8108 8129 8478 8609 8681 9003 9007 9088 9364 9475 9551 9578 9814 10309 10377 10948 11452 12049 12651 12806 15502 15584 15610 16095 16171 16780 16951 17007 17170 17371 17796 17802 17851 18131 19910 20465 21554 21975 22594 22880 23398 24664 26211 26273 26750 26892 27226 27501 28585 28671 29287 29766 29816 30197 30634 30893 31089 31206 33614 35124 35243 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file fct09.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TAATGTTGAAT 1 CTGTIGICCGGCGTCACCGADATCGAATCATCGICGATCGAIACCGAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 2.000000 2 TAATGTTTAAT 1 CTGTIGICCGGCGTCACCGADATCGAATCATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGGG 1.000000 3 TAATGCTGGAT 1 CTGTIGITCTACGTCACCGADATCAAATCATTGITAATCAGDACCAGDTCGCACCCTCGACCAGCGAGG 2.000000 4 TAATGCTGGGT 1 CTATDGDCCGGCGTCACCGADATCGAATCATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 1.000000 5 TAATGCTGGGT 1 CTATDGDCGGGCATTATCATIATCAGATCGTCGICGACCGGIACCAAITAGAATTTCTGTTCGGTAACC 2.000000 6 TAATGCCGGGT 2 TCGAIGICCGGGGTCACCGADATCGAGTCATCGICGACCGGIACCGAITCGCACCCTCCACCAGCGAGG 1.000000 7 TAATTCTGGGT 1 CTGTIGICCGGCGTCACCGADATTGAATCATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 2.000000 8 TAATTCTGGGT 1 CTGTIGICCGGCGTCACCGADATTGAATCATCGDCGGCCGGIGCAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 8.000000 9 TAATTCTGGGT 1 CTGTIGICCGGCGTCACCGADATTGAATCGTCGICGACCGGIACCAAICCCCACTCTCGACTAGTAGCC 3.000000 10 TAATTCTGGGT 1 CTGTIGICCGGCGCTGTTATIGACAAATCGTCGICGACCGGIACCAAICCCCACTCTCGACTAGTAGCC 1.000000 11 TAATTCTGGGT 1 CTGTIGICCGGGGTCACCGADATCGAGTCATCGICGACCGGIACCGAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 1.000000 12 TAATTCTGGGT 1 CTGTIGICCGGGGTCACCGADATCGAGTCATCGICGACCGGIACCGAITCCCACTCTCGACTAATAGCC 2.000000 13 TAATTCTGGGT 1 CTGTIGICCGGGGTCACCGADATCGAGTCATCGICGACCGGIACCGAITCGCACCCTCCACCAGCGACC 5.000000 14 TAATTCTGGGT 1 CTGTIGICCGGGGTCACCGADATCGAGTCATCGICGACCGGIACCGAITCGCACCCTCCACCAGCGAGG 3.000000 15 TAATTCTGGGT 1 CTGTIGICCGGGGTCACCGADATCGAGTCATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 4.000000 16 TAATTCTGGGT 1 CTGAIAICCGGCGTTATTATIGACAGATCGTCGICGACCGGIACCAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 1.000000 17 TAATTCTGGGT 3 CTGTIGICCGGGGTCACCGADATCGAGTCATCGICGACCGGIACCGAITCGCACCCTCCACCAGCGAGG 2.000000 18 TAATTCTTGGC 1 CTGTIGICCGGCGTCACCGADATCGAATCATCGICGACCGAIACCGAITCGCACCCTCGACCAGCGACC 1.000000 19 TAGCTCCGGGC 1 CTGTIGICCGGCGTCACCGADATCGAGTCATCAICGGCCGGIACCGAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 1.000000 20 TAGCTCCGGGC 1 CTGTIGICCGGCGTCACCGADATCGAGTCATCAICGGCCGGIACCGAITCCCACTCTCGACTAATAGCC 2.000000 21 TGATGCTGGAT 2 TCGTIGICCGGCGCTGTTATIGACGAATCGTCGICGACCGGIACCAAICCCCACTCTCGACTAGTAGCC 1.000000 22 TGATGCTGGAT 2 TCGADGDCGGGCATTATCATIATCAGATCGTCGICGACCGGIACCAAITAGAATTTCTGTTCGGTAACC 1.000000 23 CAATTCTGGGC 1 CTGAIAICCGGCGTCACCGADATCGAATCATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 1.000000 24 CAATTCTGGGC 2 TTGAIAICCGGCGTCACCGADATCGAATCATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 2.000000 25 CAGCTCTTGAT 2 TCGAIGICCTACGTCACCGADATCAAATCATTGITAATCAGDACCAGDTCGCACCCTCGACCAGCGAGG 2.000000 26 CAGCTCCGGAT 2 TCGAIAICCGGCGTCACCGADATTGAATCATCGDCGGCCGGIATAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 1.000000 27 CAGCTCCGGGT 2 TCGAIAICCGGCGTCACCGADATCGAATCATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 9.000000 28 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGTCACCGADATCGAATCATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 6.000000 29 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGTCACCGADATCGAATCAACGICGACTGAIACCAAITCGCACCCTCCACCAGCGAGG 4.000000 30 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGTCACCGADATCGAATTATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCCCTCTCGACTAGTAGCC 4.000000 31 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGTCACCGADATCGAAACATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 4.000000 32 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGTCACCGADATCGAAACATCGDCGGCCGGIACAAAITCGCACCCTCCACCAGCGACC 1.000000 33 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGTCACCGADATTGAATCATCGDCGGCCGGIATAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 5.000000 34 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGCTATTATIGACAAATCATCGICGACCGGIACCAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 1.000000 35 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGCTGTTATIGACAAATCATCGICGACCGGIACCAAITCGCACCCTCGACCAGTAACC 1.000000 36 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGCTGTTATIGACAAATCGTCGICGACCGGIACCAAICCCCACTCTCGACTAGTAGCC 2.000000 37 CAGCTCCGGGC 2 TCGAIAICCTACGTCACCGADATCAAATCATTGITAATCAGDACCAGDTCGCACCCTCGACCAGCGAGG 1.000000 38 CGATGCCGGGC 2 TCGAIAICCGGCGTCACCGADATCGAATCATCGDCGGCCGGIACAAAITCCCACTCTCGACTAGTAGCC 2.000000 39 CGATTCCGGGC 2 TCGTIGICCGGCGTCACCGADATCGAGTCATCGICGACCGGIACCGAITCCCACCCTCGACTAGTAGCC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,1) D002: (33,33) D003: (24,24) D004: (15,15) D005: (36,36) D006: (25,25) D007: (5,5) D008: (30,30) D009: (3,3) D010: (2,6) D011: (9,9) D012: (34,37) D013: (26,33) D014: (29,29) D015: (29,29) D016: (22,28) D033: (9,30) D034: (23,35) D035: (7,30) D036: (13,28) D037: (4,18) D038: (7,10) D039: (33,33) D040: (16,21) E001: (38,38) E002: (28,28) E003: (8,8) E004: (8,8) E005: (12,12) E006: (28,28) E007: (15,15) E008: (14,14) E009: (8,8) E010: (17,17) E011: (27,27) E012: (31,31) E013: (8,19) E014: (13,14) E015: (13,39) E016: (27,31) E017: (8,32) E018: (27,31) E019: (27,27) E020: (13,20) E021: (11,27) E022: (13,27) E023: (20,27) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T A A T G T T G A A T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G I C G A T C G A I A C C G A I T C [C] C A C [T] C T C G A C T A G T A G C C T A A T G T T G A A T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G I C G A T C G A I A C C G A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D002 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I A T A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I A T A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D003 C A A T T C T G G G C 2 T T G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A A T T C T G G G C 2 T T G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D004 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D005 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G C T G T T A T I G A C A A A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I C C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I [A] I C C G G C G C T G T T A T I G A C A A A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I C C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D006 C A G C T C T T G A T 2 T C G A I G I C C T A C G T C A C C G A D A T C A A A T C A T T G I T A A T C A G D A C C A G D T C G C A C C C T C G A C C A G C G A G G C A G C T C T T G A T 2 T C G A I G I C C T A C G T C A C C G A D A T C A A A T C A T T G I T A A T C A G D A C C A G D T C G C A C C C T C G A C C A G C G A G G 0 D007 T A A T G C T G G G T 1 C T A T D G D C G G G C A T T A T C A T I A [T] C A G A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I T A G A A T T T C T G T T C G G T A A C C T A A T G C T G G G T 1 C T A T D G D C G G G C A T T A T C A T I A [T] C A G A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I T A G A A T T T C T G T T C G G T A A C C 0 D008 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T T A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C C C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T T A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C C C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D009 T A A T G C T G G A T 1 C T G T I G I T C T A C G T C A C C G A D A T C A A A T C A T T G I T A A T C A G D A C C A G D T C G C A C C C T C G A C C A G C G A G G T A A T G C T G G A T 1 C T G T I G I T C T A C G T C A C C G A D A T C A A A T C A T T G I T A A T C A G D A C C A G D T C G C A C C C T C G A C C A G C G A G G 0 D010 T A A T G (T) (T) (T) (A) (A) T (1) (C) (T) G (T) I G I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G G G T A A T G (C) (C) (G) (G) (G) T (2) (T) (C) G (A) I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A G G 0 D011 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I C C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I C C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D012 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G C T A T T A T I G A C A A A T C A T C G I C G A C C G G I A C C A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C T A C G T C A C C G A D A T C A A A T C A T T G I T A A T C A G D A C C A G D T C G C A C C C T C G A C C A G C G A G G 0 D013 C A G C T C C G G (A) T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I A [T] A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G (G) C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I A T A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D014 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A A C G I C G A C T G A I A C C A A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A G G C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A A C G I C G A C T G A I A C C A A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A G G 0 D015 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A A C G I C G A C T G A I A C C A A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A G G C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A A C G I C G A C T G A I A C C A A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A G G 0 D016 T G A T G C T G G A T 2 T C G A D G D C G G G C A T T A T C A T I A [T] C A G A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I T A G A A T T T C T G T T C G G T A A C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D033 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I C C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T T A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C C C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D034 C A (A) T T C (T) G G G C (1) (C) (T) G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C (C) C A C (T) C T C G A C (T) A G [T] A (G) C C C A (G) [C] T C (C) G G G C (2) (T) (C) G A I A I C C G G C G C T G T T A T I G A C A A A T C A T C G I C G A C C G G I A C C A A I T C (G) C A C (C) C T C G A C (C) A G [T] A (A) C C 0 D035 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T T A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C [C] C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D036 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D037 T A A T G C T G G G T 1 C T A T [D] G [D] C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T A A T T C T T G G C 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G I C G A C C G A I A C C G A I T C G C A C C C T C G A C C A G C G A C C 0 D038 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T [T] G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G C T G T T A T I G A C A A A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I C C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D039 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I A T A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I A T A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 D040 T A A T T C T G G G T 1 C T G A I [A] I C C G G C G T T A T T A T I G A C A G A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T G A T G C T G G A T 2 T C G T I G I C C G G C G C T G T T A T I G A C G A A T C G T C G I C G A C C G G I A C C A A I C C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E001 C G A T G C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C G A T G C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E002 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E003 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I G C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I G C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E004 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I G C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I G C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E005 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C C C A C T C T C G A C T A A T A G C C T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C C C A C T C T C G A C T A A T A G C C 0 E006 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E007 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E008 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A G G T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A G G 0 E009 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I G C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I G C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E010 T A A T T C T G G G T 3 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A G G T A A T T C T G G G T 3 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A G G 0 E011 C A G C T C C G G G T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E012 C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A A C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A A C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E013 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I G C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C T A G C T C C G G G C 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C A I C G G C C G G I A C C G A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E014 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A C C T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A [G] [G] 0 E015 (T) (A) A T T C (T) G G G (T) (1) (C) (T) G T I G I C C G G (G) G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C (G) C A C C C T C (C) A C (C) A G (C) (G) (A) C C (C) (G) A T T C (C) G G G (C) (2) (T) (C) G T I G I C C G G (C) G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C (C) C A C C C T C (G) A C (T) A G (T) (A) (G) C C 0 E016 C A G C T C C G G G T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A A C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E017 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T T G A A T C A T C G D C G G C C G G I G C A A A I T C (C) C A C (T) C T C (G) A C (T) A G (T) (A) (G) C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A A C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C (G) C A C (C) C T C (C) A C (C) A G (C) (G) (A) C C 0 E018 C A G C T C C G G G T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G C 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A A C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E019 C A G C T C C G G G T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E020 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A C C T A G C T C C G G G C 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C A I C G G C C G G I A C C G A I T C C C A C T C T C G A C T A A T A G C C 0 E021 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C C A G C T C C G G G T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E022 T A A T T C T G G G T 1 C T G T I G I C C G G G G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C G I C G A C C G G I A C C G A I T C G C A C C C T C C A C C A G C G A C C C A G C T C C G G G T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C 0 E023 T A G C T C C G G G C 1 C T G T I G I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A G T C A T C A I C G G C C G G I A C C G A I T C C C A C T C T C G A C T A A T A G C C C A G C T C C G G G T 2 T C G A I A I C C G G C G T C A C C G A D A T C G A A T C A T C G D C G G C C G G I A C A A A I T C C C A C T C T C G A C T A G T A G C C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = 0 D002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D004 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = 0 D005 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0 D006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 D007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? 0 D010 = = = = = (T) (T) (T) (A) (A) = (1) (C) (T) = (T) = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = D = = G = = = = = = = A A = = = = C = = = T = = = G = = T = = T A G = = = = = = = (C) (C) (G) (G) (G) = (2) (T) (C) = (A) = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = I = = A = = = = = = = C G = = = = G = = = C = = = C = = C = = C G A = = 0 D011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? G G = = C T = T T A T I G A = = = = = = = = C = = C G = ? = G = I = = = = A I = = C = = = T = = = = = = T = = ? A G C C ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? T A = = T C = C C G A D A T = = = = = = = = T = = T A = ? = A = D = = = = G D = = G = = = C = = = = = = C = = ? G A G G 0 D013 = = = ? ? = = = = (A) T = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = (G) C = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 D014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D016 T G A T G = T = = A T = = = = = D ? D ? G = = = A = T = ? ? ? ? ? ? ? = A G = = = G = = = I = = A = = = = = = = C = = = = A G A = T = T C T = T T C G = = = A = = C A G C T = C = = G C = = = = = I ? I ? C = = = G = C = ? ? ? ? ? ? ? = G A = = = A = = = D = = G = = = = = = = A = = = = C C C = C = C T C = A C T A = = = G = = 0 D033 T = A T = = T = = = T 1 C T = T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C G = = = I = = A = = = = = = = C = = = C = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = C = G C = = C = = = C 2 T C = A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T A = = = D = = G = = = = = = = A = = = T = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D034 = = (A) ? = = (T) = = = = (1) (C) (T) = = = = = ? = = = = = T C A C C G A D A T = G = = = = = = = = D = = G = = = = = = = A = = = = = (C) = ? ? (T) = = = = = = (T) = = ? = (G) = = = = (G) ? = = (C) = = = = (2) (T) (C) = = = = = ? = = = = = C T G T T A T I G A = A = = = = = = = = I = = A = = = = = = = C = = = = = (G) = ? ? (C) = = = = = = (C) = = ? = (A) = = 0 D035 T = A T = = T = = = T 1 C T = T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = C = G C = = C = = = C 2 T C = A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 T = A T = = T = = = T 1 C T = T = G = ? = = = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = I = = A = = = = = = = ? G = = = = G = = = C = = = C = = C = = C G A = = C = G C = = C = = = C 2 T C = A = A = ? = = = C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = D = = G = = = = = = = ? A = = = = C = = = T = = = G = = T = = T A G = = 0 D037 = = ? ? ? = = G = ? T = = = A = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = G = = = G = = = A ? = = = ? C = = = T = = = = = = ? = = T A G = = = = ? ? ? = = T = ? C = = = G = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = A = = = A = = = C ? = = = ? G = = = C = = = = = = ? = = C G A = = 0 D038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T C A C C G A D A T ? G = = = = A = ? ? D = = G = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T G T T A T I G A ? A = = = = G = ? ? I = = A = = = = = = = C = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D039 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D040 = A = = T = = = = G = 1 C T = A ? ? = = = = = = = T = A = = = = = = = ? A G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = G = = = = A = 2 T C = T ? ? = = = = = = = C = G = = = = = = = ? G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 0 E007 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = A T = = T = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = A = = = = = G D = = = = = = = = G = ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = C = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = G = = = = = A I = = = = = = = = A = ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = ? ? = = = = ? ? = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? ? = = = = ? ? = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 E015 (T) (A) = = = = (T) = = = (T) (1) (C) (T) = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = (C) = = (C) = = (C) (G) (A) = = (C) (G) = = = = (C) = = = (C) (2) (T) (C) = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = (G) = = (T) = = (T) (A) (G) = = 0 E016 = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 T = A T = = T = = = T 1 C T = T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = T = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = (C) = = = (T) = = = (G) = = (T) = = (T) (A) (G) = = C = G C = = C = = = C 2 T C = A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = A = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = (G) = = = (C) = = = (C) = = (C) = = (C) (G) (A) = = 0 E018 = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = A ? ? = T = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = A = = = = = = ? ? = = = = = G = = = C = = = C = = C = G C G A = = = = G ? ? = C = = = C = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = G = = = = = = ? ? = = = = = C = = = T = = = G = = T = A T A G = = 0 E021 T = A T = = T = = ? = 1 C T = T = G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = I = = A = = = = = = ? ? G = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = C = G C = = C = = ? = 2 T C = A = A = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = D = = G = = = = = = ? ? A = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 0 E022 T = A T = = T = = = = 1 C T = T = G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = I = = A = = = = = = ? C G = = = = G = = = C = = = C = = C = = C G A = = C = G C = = C = = = = 2 T C = A = A = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = D = = G = = = = = = ? A A = = = = C = = = T = = = G = = T = = T A G = = 0 E023 T = = = = = = = = = C 1 C T = T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A I = = = = = = = = = = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = C = = = = = = = = = T 2 T C = A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = G D = = = = = = = = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = 0.64 0.64 0.54 0.64 0.65 = 0.64 0.64 0.64 = 0.64 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? = = = = 0.61 1.00 = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.82 ? = = 0.82 = = = = 0.58 0.58 0.82 = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.61 = ? ? 0.61 = = = = = = 0.61 = = ? = 0.61 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = = 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 ? = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 0.78 0.78 = = = = 0.78 = = = 0.78 0.78 0.78 0.78 = = = = = = = = = 0.82 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.73 = = = = = = = 0.73 = = 0.73 = = 0.73 0.73 0.73 = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.50 = = = 0.50 = = = 0.50 = = 0.50 = = 0.50 0.50 0.50 = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = END PHASEPROBS