Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000323 T 0.48 0.52 0.50 C 0.52 0.48 0.50 0.50 0.50 0.50 000393 G 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 000716 G 0.50 0.48 0.49 A 0.50 0.52 0.51 0.50 0.50 0.50 000811 C 0.45 0.50 0.47 T 0.55 0.50 0.53 0.50 0.50 0.50 000948 G 0.24 0.05 0.15 T 0.76 0.95 0.85 0.36 0.10 0.25 002044 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002113 * 002306 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 002826 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003285 C 0.46 0.52 0.49 T 0.54 0.48 0.51 0.50 0.50 0.50 003387 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003464 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 003544 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003555 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003596 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003748 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003828 A 0.22 0.00 0.12 G 0.78 1.00 0.88 0.34 0.00 0.21 003879 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004135 C 0.50 0.33 0.42 T 0.50 0.67 0.58 0.50 0.44 0.49 005238 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005256 * 005265 C 0.42 0.54 0.48 T 0.58 0.46 0.52 0.49 0.50 0.50 005333 T 0.46 0.52 0.49 C 0.54 0.48 0.51 0.50 0.50 0.50 005365 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005415 T 0.40 0.55 0.47 A 0.60 0.45 0.53 0.48 0.50 0.50 006139 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 006142 A 0.05 0.04 0.05 G 0.95 0.96 0.95 0.09 0.08 0.09 006321 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 006347 A 0.53 0.43 0.48 G 0.47 0.57 0.52 0.50 0.49 0.50 006531 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 006667 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 008108 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008129 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008344 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008478 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008609 G 0.08 0.30 0.19 C 0.92 0.70 0.81 0.15 0.42 0.31 008681 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008731 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008821 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009003 C 0.14 0.00 0.07 T 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 009007 T 0.22 0.00 0.11 C 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 009088 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 009364 T 0.20 0.00 0.10 C 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 009475 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 009551 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 009578 T 0.20 0.00 0.10 A 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 009780 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 009814 + 0.20 0.00 0.10 - 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 009883 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010309 G 0.16 0.00 0.08 A 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 010377 A 0.16 0.00 0.08 T 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 010525 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010609 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010948 T 0.23 0.19 0.21 C 0.77 0.81 0.79 0.35 0.31 0.33 011340 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011452 A 0.30 0.00 0.15 G 0.70 1.00 0.85 0.42 0.00 0.26 011472 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011854 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011902 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012049 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 012377 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012651 G 0.08 0.39 0.23 A 0.92 0.61 0.77 0.15 0.48 0.36 012806 A 0.00 0.11 0.05 T 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 014809 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015185 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015452 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015502 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 015584 G 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 015610 A 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 015751 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016095 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 016171 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 016780 + 0.56 0.32 0.45 - 0.44 0.68 0.55 0.49 0.43 0.49 016846 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016951 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 017007 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 017170 A 0.56 0.28 0.43 G 0.44 0.72 0.57 0.49 0.41 0.49 017264 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017371 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 017796 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 017802 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017851 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 018131 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 019910 G 0.00 0.17 0.09 A 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.16 020465 T 0.09 0.00 0.05 C 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 021511 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021554 C 0.55 0.29 0.44 A 0.45 0.71 0.56 0.50 0.42 0.49 021975 G 0.10 0.35 0.23 A 0.90 0.65 0.77 0.17 0.45 0.35 022592 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022594 G 0.11 0.00 0.06 A 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 022880 - 0.11 0.00 0.06 + 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 023398 C 0.15 0.00 0.08 T 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 023749 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 024633 G 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 024664 A 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 024769 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024925 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025460 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026211 G 0.35 0.22 0.28 C 0.65 0.78 0.72 0.45 0.34 0.41 026273 A 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 026750 C 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 026793 G 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 026892 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 027151 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 027214 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027226 C 0.28 0.24 0.26 T 0.72 0.76 0.74 0.40 0.36 0.38 027306 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 027501 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 027517 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027842 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028158 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 028410 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028427 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028585 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 028671 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 029064 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029144 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029287 C 0.12 0.22 0.17 G 0.88 0.78 0.83 0.22 0.34 0.28 029317 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029436 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029548 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029552 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029555 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029617 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029766 T 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 029816 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 030191 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 030197 C 0.33 0.22 0.27 T 0.68 0.78 0.73 0.44 0.34 0.39 030564 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030634 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 030662 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030893 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 031089 C 0.25 0.18 0.22 T 0.75 0.82 0.78 0.38 0.30 0.34 031168 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031206 G 0.25 0.18 0.22 A 0.75 0.82 0.78 0.38 0.30 0.34 031922 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 032113 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032922 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033403 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 033614 A 0.33 0.18 0.26 G 0.67 0.82 0.74 0.44 0.30 0.39 034508 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034569 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 035124 G 0.20 0.09 0.14 C 0.80 0.91 0.86 0.31 0.17 0.25 035243 G 0.20 0.09 0.14 C 0.80 0.91 0.86 0.31 0.17 0.25 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006139: A 006531: CA 009814: CAAA 010525: A 015185: tagt 016780: T 018131: AAT 022880: A 029436: A 031168: A Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 002113 T 0.00 0.02 0.01 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 0.98 0.97 005256 G 0.00 0.04 0.02 A 0.42 0.50 0.46 C 0.58 0.46 0.52