************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 fact8.phase.inp fact8.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST fact8.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates fact8.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual fact8.phase.out_recom : estimates of recombination parameters fact8.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 46 Positions of loci: 1263 2289 2290 2621 25167 26489 27257 27636 27892 28997 55941 59122 60320 69308 70739 71159 95826 95910 118673 120679 122021 123888 125247 125317 125413 127121 127376 127386 127609 130120 130670 161767 161952 162270 163006 163682 163685 165145 165293 187661 187828 188288 189931 190119 190196 190426 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file fact8.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CGGGGGATCGCGCGGGCAGATTACCAGADGTCCIGTGGAGACATTA 32.000000 2 CGGGGGATCGCGCGGGCAGATTACCAGADGTCCIGTGGAAACATTA 4.000000 3 CGGGGGATCGCGCGGGCAGATTACTAGADGTCCIGTGGAAACATTA 1.000000 4 CGGGGGATCGCGCGGGCAGAACTCCAGADATCCIGTGGGGACGGCG 2.000000 5 CGGGGGATCGCGCGGGCAGGTTACCAGADGTCCIGTGGAGACATTA 4.000000 6 CGGGGGATCGCGCAGGCAGATTACCAGADGTCCIGTGTAGACATTA 2.000000 7 CGGGGGATCGGGCGGGCAGAACACCAGADATCCIGTGGGGACGGCG 1.000000 8 CGGGGGATCGGGCGGGCAGAACTCCGGADGTCCIGTGGAGACGTTG 2.000000 9 CGGGGGATCGGGCGGGCCGAACTCCGGADGTCCIGTGGAGACGTTG 4.000000 10 CGGGGGATCGGGCGGGGAGAACTCCAGADGCTTIGGGGAGGTGTTG 1.000000 11 CGGGGGATCGGACGGAGAGAACTCTAGADGTCCIGTGGAGACGTTG 1.000000 12 CGGGGGATCGGACGAAGAGAACACTAGADGTCCIGTGGAGACGTTG 1.000000 13 CGGGGGATCGGACGAAGAGAACTCTAGADGTCCIGTGGAGACGTTG 14.000000 14 CGGGGGATCCGACGAAGAGAACTCTAGADGTCCIGTGGAGACGTTG 3.000000 15 CGGGGGCTCGCGCGGGCAGATTACCAGADGTCCIGTGGAGACATTA 3.000000 16 CGGGGTATCGGGCGGGGAGAACACCAGADGTCCIGTGGAGACGTTA 1.000000 17 CGGGGTATCGGGCGGGGAGAACTCCAGADGTCCIGTGGAGACGTTA 1.000000 18 CGGGAGATCGGGCGGGGAGAACTCCAGADGCTTIGGGGAGGTGTTG 1.000000 19 CGGGAGATCGGGCGGGGAGAACTGCAGAIGTCCDATGGAGACGTTG 3.000000 20 CGGAGGATCGGGCGGGGAGAACTCTAGADGTCCIGTGGAGACGTTG 2.000000 21 CAAGGGATCGGGCGGGGACAACACCAGADATCCIGTGGGGACGGCG 1.000000 22 CAAGGGATCGGGCGGGGACAACTCCAGADATCCIGTGGGGACGGCG 4.000000 23 TGGGGGACTGGGGGAAGAGAACACCAGADGCTTIGGGGAGGTGTTG 1.000000 24 TGGGGGACTGGGGGAAGAGAACTCTAAGDGTCCIGTAGAGACGTTA 5.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,1) D002: (4,4) D003: (13,13) D004: (13,13) D005: (9,9) D006: (24,24) D007: (1,1) D008: (22,22) D009: (13,13) D010: (13,18) D011: (1,1) D012: (9,24) D013: (10,20) D014: (8,8) D015: (13,13) D016: (22,22) D033: (20,24) D034: (1,7) D035: (13,24) D036: (2,5) D037: (1,21) D038: (11,17) D039: (1,16) D040: (1,23) E001: (13,13) E002: (1,1) E003: (19,19) E004: (1,1) E005: (13,13) E006: (1,1) E007: (1,1) E008: (5,5) E009: (1,1) E010: (15,15) E011: (14,14) E012: (2,2) E013: (1,15) E014: (1,6) E015: (3,12) E016: (1,9) E017: (1,2) E018: (6,14) E019: (1,1) E020: (1,1) E021: (1,1) E022: (1,5) E023: (1,19) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 D002 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A A C T C C A G A D A T C C I G T G G G G A C G G C G C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A A C T C C A G A D A T C C I G T G G G G A C G G C G 0 D003 C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 D004 C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 D005 C G G G G G A T C G G G C G G G C C G A A C T C C G G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G G A T C G G G C G G G C C G A A C T C C G G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 D006 T G G G G G A C T G G G G G A A G A G A A C T C T A A G D G T C C I G T A G A G A C G T T A T G G G G G A C T G G G G G A A G A G A A C T C T A A G D G T C C I G T A G A G A C G T T A 0 D007 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 D008 C A A G G G A T C G G G C G G G G A C A A C T C C A G A D [A] T C C [I] G T G G G G A C G G C G C A A G G G A T C G G G C G G G G A C A A C T C C A G A D [A] T C C [I] G T G G G G A C G G C G 0 D009 C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 D010 C G G G (G) G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G (A) G A T C G G G C G G G G A G A A C T C C A G A D G C T T I G G G G A G G T G T T G 0 D011 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 D012 C G G G G G A T C G G G C G G G C C G A A C T C C G G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G T G G G G G A C T G G G G G A A G A G A A C T C T A A G D G T C C I G T A G A G A C G T T A 0 D013 C G G G G G A T C G G G C G G G G A G A A C T C C A G A D G C T T I G G G G A G G T G T T G C G G A G G A T C G G G C G G G G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 D014 C G G G G G A T C G G G C G G G C A G A A C T C C G G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G G A T C G G G C G G G C A G A A C T C C G G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 D015 C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 D016 C A A G G G A T C G G G C G G G G A C A A C T C C A G A D [A] T C C [I] G T G G G G A C G G C G C A A G G G A T C G G G C G G G G A C A A C T C C A G A D [A] T C C [I] G T G G G G A C G G C G 0 D033 C G G A G G A T C G G G C G G G G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G T G G G G G A C T G G G G G A A G A G A A C T C T A A G D G T C C I G T A G A G A C G T T A 0 D034 C G G G G G A T C G (C) G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G (G) G C G G G C A G A A C A C C A G A D A T C C I G T G G G G A C G G C G 0 D035 C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G T G G G G G A C T G G G G G A A G A G A A C T C T A A G D G T C C I G T A G A G A C G T T A 0 D036 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A A A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G G T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 D037 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C A A G G G A T C G G G C G G G G A C A A C A C C A G A D A T C C I G T G G G G A C G G C G 0 D038 C G G G G G A T C G G A C G G A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G T A T C G G G C G G G G A G A A C T C C A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T A 0 D039 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G T A T C G G G C G G G G A G A A C A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T A 0 D040 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A T G G G G G A C T G G G G G A A G A G A A C A C C A G A D G C T T I G G G G A G G T G T T G 0 E001 C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 E002 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E003 C G G G A G A T C G G G C G G G G A G A A C T G C A G A I G T C C D A T G G A G A C G T T G C G G G A G A T C G G G C G G G G A G A A C T G C A G A I G T C C D A T G G A G A C G T T G 0 E004 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E005 C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 E006 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E007 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E008 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G G T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G G T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E009 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E010 C G G G G G C T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G C T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E011 C G G G G G A T C C G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G C G G G G G A T C C G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 E012 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A A A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A A A C A T T A 0 E013 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G C T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E014 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C A G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G T A G A C A T T A 0 E015 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C T A G A D G T C C I G T G G A A A C A T T A C G G G G G A T C G G A C G A A G A G A A C A C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 E016 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G G G C G G G C C G A A C T C C G G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 E017 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A A A C A T T A 0 E018 C G G G G G A T C G C G C A G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G T A G A C A T T A C G G G G G A T C C G A C G A A G A G A A C T C T A G A D G T C C I G T G G A G A C G T T G 0 E019 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E020 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E021 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E022 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G G G A T C G C G C G G G C A G G T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A 0 E023 C G G G G G A T C G C G C G G G C A G A T T A C C A G A D G T C C I G T G G A G A C A T T A C G G G A G A T C G G G C G G G G A G A A C T G C A G A I G T C C D A T G G A G A C G T T G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 D002 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = 0 D003 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 D004 = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D005 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 D006 = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D008 = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = ? = = = = = = = 0 D009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D010 = = = ? (G) = = = = = = A = = A A = = = = = = = = T = = = = = T C C = = T = = = = A C = = = = = = = ? (A) = = = = = = G = = G G = = = = = = = = C = = = = = C T T = = G = = = = G T = = = = 0 D011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 C = = = = = = T C = = = C = G G C C = = = = = = C G G A = = = = = = = = G = = = = = = = = G T = = = = = = C T = = = G = A A G A = = = = = = T A A G = = = = = = = = A = = = = = = = = A 0 D013 = = = G = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = C = = = = = C T T = = G = = = = G T = = = = = = = A = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = T = = = = = T C C = = T = = = = A C = = = = 0 D014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 D015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D016 = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 D033 C = = A = = = T C = = = C = G G = = = = = = = = = = G A = = = = = = = = G = = = = = = = = G T = = G = = = C T = = = G = A A = = = = = = = = = = A G = = = = = = = = A = = = = = = = = A 0 D034 = = = ? = = = = = = (C) = = = = = = = = = T T = = = = = = = G = = = = = = = = A = = = A T T A = = = ? = = = = = = (G) = = = = = = = = = A C = = = = = = = A = = = = = = = = G = = = G G C G 0 D035 C = = = = = = T C = = A C = = = = = = = = = = = = = G A = = = = = = = = G = = = = = = = = G T = = = = = = C T = = G G = = = = = = = = = = = = = A G = = = = = = = = A = = = = = = = = A 0 D036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = 0 D037 = G G = = = = = = = C = ? = = = C = G = T T = = = = = = = G = = = = = = = = A = = = A T T A = A A = = = = = = = G = ? = = = G = C = A C = = = = = = = A = = = = = = = = G = = = G G C G 0 D038 = = = = = G = = = = = A = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = T = = = = = G = = = G = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A 0 D039 = = = = = G = = = = C = = = = = C = = = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = T = = = = G = = = = = G = = = A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = 0 D040 C = = = = = = T C = ? ? C ? G G C = = = T T = = = = ? ? ? = T C C = = T = = = = A C A = = A T = = = = = = C T = ? ? G ? A A G = = = A C = = = = ? ? ? = C T T = = G = = = = G T G = = G 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = 0 E015 = = = = = = = = = = C G = = G G C = = = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = A = = = = = = = = = = G A = = A A G = = = A C = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? = = G 0 E016 = = = = = = ? = = = ? ? = ? = = = A = = T ? A = = A = = = = = = = = = = = ? = = = = A ? = A = = = = = = ? = = = ? ? = ? = = = C = = A ? T = = G = = = = = = = = = = = ? = = = = G ? = G 0 E017 ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = 0 E018 = = = = = = = = = G C G = A G G C = = = T T A = C = = = = = = = = = = = = T = = = = A = = A = = = = = = = = = C G A = G A A G = = = A C T = T = = = = = = = = = = = = G = = = = G = = G 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = 0 E022 = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 E023 = = = = G = ? = = = ? ? = ? = = C = = = T T A C = = = = D = = = = I G = = ? = ? ? = A ? = A = = = = A = ? = = = ? ? = ? = = G = = = A C T G = = = = I = = = = D A = = ? = ? ? = G ? = G END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0.57 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 0.99 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.99 0.99 = = = = = = = 0.99 = ? = = = 0.99 = 0.99 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = ? = = 1.00 = = = = = = ? = = = ? ? = ? = = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 ? = 1.00 ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = ? ? = ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = ? = ? ? = 1.00 ? = 1.00 END PHASEPROBS