************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 fct02.phase.inp fct02.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST fct02.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates fct02.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual fct02.phase.out_recom : estimates of recombination parameters fct02.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 60 Positions of loci: 1335 1959 2372 2713 2890 2953 3599 3696 3711 3798 3896 4821 4832 4833 4934 4992 5389 5453 5467 6146 6325 6722 7081 7120 7530 8444 9707 9719 9807 10121 10297 10537 10998 11111 11292 11975 12043 12232 12324 13135 13434 14168 15001 15124 15940 16129 16270 17668 18520 18521 18650 18867 19366 20054 20117 20603 20745 20949 21239 21988 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file fct02.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCCTGATCTTGGCGGTGCCCCGGICTGTTGACGCTDAITGTTCTATCGCGTCCAACCTGC 1.000000 2 GCCTGATCTTGGCGGTGCCCCGGICTGTTGACGCTIGITGTTCCATCGTGTCCGACCTGC 3.000000 3 GCCTGATCTTGGTGGTCCCCCGGICTGTTGACGTTDGITGTTCCATCGCGTCCAACCTAC 1.000000 4 GCCTGATCTTGGTGGTCCCCCGGICTGTTGACGTTDGITGTTCCATCGCGTCCAACCTGC 10.000000 5 GCCTGATCTTGGTGGTCCCCCGGICTGTTGACGTTDGITGTTCCATCGCGTCCAACCGGC 1.000000 6 GCCTGATCTTGGTGGTCCCCCGGICTGTTGACGTTDGITGTTCCATCGCGTCCAATCTAC 26.000000 7 GCCTGATCTTGGTGGTCCCCCGGICTGTTGACGTTDGITGTTCCATCGCGTCCAATCTGC 3.000000 8 GCCTGATCTTGGTGGTGCCCCGGICTGTTGACGCTDGITGTTCCATCGCGTCCAACCTGC 1.000000 9 GCCTGATCTTGGTGGTGCCCCGGICTGTTGACGCTIGITGTTGCATCGCGTCCGACCTGC 2.000000 10 GCCTGATCTTGGTGGTGTCTCGGICTGTTGACGCCIGITGTCCCATTGCGTCCGACCTGC 3.000000 11 GCCTGATCTTGGTGGTGTCTCGGICTGTTGACGCCIGITGTCCCATTACGTCCGACCTGC 5.000000 12 GCCTGATCTTGGTGGTGTCTCGGICTGTTGGCGCCIGITGTCCCATTACGTCCGACCTGC 3.000000 13 GCCTGATTTTGGTGGTCCCCCGGICTGTTGACATTDGITGTTCCATCGCGTCCAATCTGC 4.000000 14 GCCTAATCTTGGTGGTGCCCCGGICTGTTGACGCTDAITGTTCTATCGCGTCCAGCCTGC 3.000000 15 GCCTAATCTTGGTGGTGCCCCGGICTGTTGACGCTDAITGTTCTATCGCGTCCGGCTTGC 3.000000 16 GCCTAATCTTGGTGGTGCCCAGGICTGTTGACGCCIGITGTTCCATTGCGTCCGACCTGC 7.000000 17 GCACGGCCTCAACAGCGCCCCGGICTACAAAGGCTIGDGTCTCCGACGCATTTGACCTGC 8.000000 18 GTCTGATCCTGGCGACGCTCCCADGCGTTGACGCTDGITGTTCCATCGCGTCCAACCTGC 1.000000 19 GTCTGATCCTGGCGACGCTCCCADGCGTTGACGCTDGITGTTCCATCGCGTCCGACCTGC 4.000000 20 GTCTGATCTTGGTGGTCCCCCGGICTGTTGACGTTDGITGTTCCATCGCGTCCAATCTAC 1.000000 21 ACCTGATCTTGGTGGTGCCCCGGICTGTTGACGTTDGITGTTCCATCGCGCCCAACCGGT 4.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (6,19) D002: (1,14) D003: (4,18) D004: (2,20) D005: (11,21) D006: (9,16) D007: (10,15) D008: (7,15) D009: (2,16) D010: (7,11) D011: (6,9) D012: (11,12) D013: (5,21) D014: (16,17) D015: (7,21) D016: (4,6) D033: (14,14) D034: (2,15) D035: (4,10) D036: (8,12) D037: (10,17) D038: (6,21) D039: (11,17) D040: (11,12) E001: (16,16) E002: (4,19) E003: (6,19) E004: (4,17) E005: (6,6) E006: (6,6) E007: (4,6) E008: (6,6) E009: (4,19) E010: (6,6) E011: (3,17) E012: (4,6) E013: (6,13) E014: (4,6) E015: (6,13) E016: (6,17) E017: (6,13) E018: (6,17) E019: (4,6) E020: (6,6) E021: (16,17) E022: (6,6) E023: (13,16) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G T C T G A T C C T G G C G A C G C T C C C A D G C G T T G A C G C T D G I T G T T C C A T C G C G T C C [G] A C C T G C 0 D002 G C C T G A T C T T G G C G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T D A I T G T T C T A T C G C G T C C A (A) C C T G C G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T D A I T G T T C T A T C G C G T C C A (G) C C T G C 0 D003 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G T C T G A T C C T G G C G A C G C T C C C A D G C G T T G A C G C T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C 0 D004 G (C) C T G A T C T T G G C G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T I G I T G T T C C A T C G T G T C C G A C C T G C G (T) C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A [T] C T [A] C 0 D005 G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T C C C A T T A C G T C C G A C C T G C A C C T G A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G C C C A A C C G G T 0 D006 G C C T G A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T I G I T G T T G C A T C G C G T C C G A C C T G C G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C A G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T T C C A T T G C G T C C G A C C T G C 0 D007 G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T C C C A T T G C G T C C G A C C T G C G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T D A I T G T T C T A T C G C G T C C G G C T T G C 0 D008 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T G C G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T D A I T G T T C T A T C G C G T C C G G C T T G C 0 D009 G C C T G A T C T T G G C G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T I G I T G T T C C A T C G T G T C C G A C C T G C G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C A G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T T C C A T T G C G T C C G A C C T G C 0 D010 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T C C C A T T A C G T C C G A C C T G C 0 D011 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T I G I T G T T G C A T C G C G T C C G A C C T G C 0 D012 G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T C C C A T T [A] C G T C C G A C C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G G C G C C I G I T G T C C C A T T A C G T C C G A C C T G C 0 D013 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C G G C A C C T G A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G C C C A A C C G G T 0 D014 G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C A G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T T C C A T T G C G T C C G A C C T G C G C A C G G C C T C A A C A G C G C C C C G G I C T A C A A A G G C T I G D G T C T C C G A C G C A T T T G A C C T G C 0 D015 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T G C A C C T G A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G C C C A A C C G G T 0 D016 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 D033 G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T D A I T G T T C T A T C G C G T C C A G C C T G C G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T D A I T G T T C T A T C G C G T C C A G C C T G C 0 D034 G C C T G A T C T T G G C G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T I G I T G T T C C A T C G T G T C C G A C C T G C G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T D A I T G T T C T A T C G C G T C C G G C T T G C 0 D035 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T C C C A T T G C G T C C G A C C T G C 0 D036 G C C T G A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G C T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G G C G C C I G I T G T C C C A T T A C G T C C G A C C T G C 0 D037 G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T C C C A T T G C G T C C G A C C T G C G C A C G G C C T C A A C A G C G C C C C G G I C T A C A A A G G C T I G D G T C T C C G A C G C A T T T G A C C T G C 0 D038 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C A C C T G A T C T T G G T G G T G C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G C C C A A C C G G T 0 D039 G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T C C C A T T A C G T C C G A C C T G C G C A C G G C C T C A A C A G C G C C C C G G I C T A C A A A G G C T I G D G T C T C C G A C G C A T T T G A C C T G C 0 D040 G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T C C C A T T A C G T C C G A C C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T G T C T C G G I C T G T T G G C G C C I G I T G T C C C A T T A C G T C C G A C C T G C 0 E001 G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C A G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T T C C A T T G C G T C C G A C C T G C G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C A G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T T C C A T T G C G T C C G A C C T G C 0 E002 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G T C T G A T C C T G G C G A C G C T C C C A D G C G T T G A C G C T D G I T G T T C C A T C G C G T C C G A C C T G C 0 E003 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G T C T G A T C C T G G C G A C G C T C C C A D G C G T T G A C G C T D G I T G T T C C A T C G C G T C C G A C C T G C 0 E004 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G C A C G G C C T C A A C A G C G C C C C G G I C T A C A A A G G C T I G D G T C T C C G A C G C A T T T G A C C T G C 0 E005 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E006 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E007 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E008 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E009 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G T C T G A T C C T G G C G A C G C T C C C A D G C G T T G A C G C T D G I T G T T C C A T C G C G T C C G A C C T G C 0 E010 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E011 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T (A) C G C A C G G C C T C A A C A G C G C C C C G G I C T A C A A A G G C T I G D G T C T C C G A C G C A T T T G A C C T (G) C 0 E012 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E013 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T T T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C A T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T G C 0 E014 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E015 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T T T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C A T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T G C 0 E016 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C A C G G C C T C A A C A G C G C C C C G G I C T A C A A A G G C T I G D G T C T C C G A C G C A T T T G A C C T G C 0 E017 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T T T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C A T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T G C 0 E018 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C A C G G C C T C A A C A G C G C C C C G G I C T A C A A A G G C T I G D G T C T C C G A C G C A T T T G A C C T G C 0 E019 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A C C T G C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E020 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E021 G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C A G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T T C C A T T G C G T C C G A C C T G C G C A C G G C C T C A A C A G C G C C C C G G I C T A C A A A G G C T I G D G T C T C C G A C G C A T T T G A C C T G C 0 E022 G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C G C C T G A T C T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C G T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T A C 0 E023 G C C T G A T T T T G G T G G T C C C C C G G I C T G T T G A C A T T D G I T G T T C C A T C G C G T C C A A T C T G C G C C T A A T C T T G G T G G T G C C C A G G I C T G T T G A C G C C I G I T G T T C C A T T G C G T C C G A C C T G C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = C = = = = = = T = = = T = G T C = C = = G G I C T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? T = = A = = T = = = = = = C = = = C = A C G = T = = C A D G C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? C = = G = 0 D002 = = = = G = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = (A) = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = (G) = = = = = 0 D003 = C = = = = = = T = = = T = G T C = C = = G G I C T = = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = C = = = C = A C G = T = = C A D G C = = = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D004 = (C) = = = = = = = = = = C = = ? G = = = = = = = = = = = = = = = = C = I = = = = = = = = = = = = ? ? = = = G = ? = = ? ? = (T) = = = = = = = = = = T = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = T = D = = = = = = = = = = = = ? ? = = = A = ? = = ? ? 0 D005 G = = = = = = = = = = = = = = = = T = T = = = = = = = = = = = = = C C I = = = = = C = = = = T A ? ? T = = G = = = T = C A = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = = = = = = = T T D = = = = = T = = = = C G ? ? C = = A = = = G = T 0 D006 = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = = = = = ? = C = = = T = = = = = = = = = = = = = 0 D007 = = = = G = = = = = = = = = = = = T = T = = = = = = = = = = = = ? = C I ? ? ? = ? C = C = = T = ? ? = = = = A = C = ? = = = = = A = = = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = = = = = = ? = T D ? ? ? = ? T = T = = C = ? ? = = = = G = T = ? = 0 D008 = = = = G = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = ? T = = G ? ? = = = = C = = = = ? ? ? = = A A T C = = ? = = = = A = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = ? C = = A ? ? = = = = T = = = = ? ? ? = = G G C T = = ? 0 D009 = = = = ? = = = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = C = T = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = T = C = = = ? = = = = = = = 0 D010 = = = = = = = = = = = = = = = = C C = C = = = = = = = = = = = = = ? T D = = = = ? T ? = = = C G = = = = = A = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T = T = = = = = = = = = = = = = ? C I = = = = ? C ? = = = T A = = = = = G = C = = = = 0 D011 = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = T = D = = = = = = C = = = = = = = = = = A = T = = A = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = ? = = = = = = = = = C = I = = = = = = G = = = = = = = = = = G = C = = G = 0 D012 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 D013 G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C A = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = T 0 D014 = = C T A A T = = T ? G ? G = T = = = = A = = = = = G T T G = ? = = C = = I T G T = = = A T T = = G = C C = = = = = = = = = A C G G C = = C ? A ? A = C = = = = C = = = = = A C A A = ? = = T = = D G T C = = = G A C = = A = T T = = = = = = = 0 D015 G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = T = T = C A = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = C = G = T 0 D016 = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? = 0 D033 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 D034 = = = = G = = = = = ? = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = I G = = = = = = C = = = = T = = = = = A = C = = = = = = = A = = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = D A = = = = = = T = = = = C = = = = = G = T = = = 0 D035 = = = = = = = = = = = = = = = = C C = C = = = = = = = = = ? = = = T T D = = = = = T ? = = = C = = = = = = A = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G T = T = = = = = = = = = ? = = = C C I = = = = = C ? = = = T = = = = = = G = = = = = ? 0 D036 = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = = = = ? = = = = = A = = = T D = = = = ? T ? = = = C G = = = = ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = T = = = = ? = = = = = G = = = C I = = = = ? C ? = = = T A = = = = ? G = = = = = = 0 D037 = = C T = A T = = T ? G T G = T = T = T = = = = = = G T T ? = ? = = C ? ? ? ? G T C ? = A T T = = G = C C = = = = = = ? = = A C = G C = = C ? A C A = C = C = C = = = = = = A C A ? = ? = = T ? ? ? ? T C T ? = G A C = = A = T T = = = = = = ? 0 D038 G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = T = = = = ? = T A C A = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = C = = = = ? = G G T 0 D039 = = C T = A T = = T ? G T G = T = T = T = = = = = = G T T G = C = = C = = I T G T C = = A T T A = G = C C = = = = = = = = = A C = G C = = C ? A C A = C = C = C = = = = = = A C A A = G = = T = = D G T C T = = G A C G = A = T T = = = = = = = 0 D040 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = C = = = = = = T = = = T = G T C = C = = G G I C T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = C = = = C = A C G = T = = C A D G C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = 0 E003 = C = = = = = = T = = = T = G T C = C = = G G I C T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = A = T = = A = = T = = = = = = C = = = C = A C G = T = = C A D G C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = G = C = = G = 0 E004 = = C T = A ? = = T ? G T G = ? C = = = = = = = = = G T T G = ? = T = D ? I T G T = = = A T ? = = G ? ? C A = = = = = = = = A C = G ? = = C ? A C A = ? G = = = = = = = = = A C A A = ? = C = I ? D G T C = = = G A ? = = A ? ? T G = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = G ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = A ? 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = ? ? ? = = = = = 0 E009 = C = = = = = = T = ? = T = ? T C = C = = G G I C T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = C = ? = C = ? C G = T = = C A D G C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 E011 = = C T = A T = = T G G T G = ? C = = = = = = = = = G T T G = C = T = D ? I T G T = ? = A T = = = G = C C A = = = = (A) = = = A C = G C = = C A A C A = ? G = = = = = = = = = A C A A = G = C = I ? D G T C = ? = G A = = = A = T T G = = = = (G) = 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = A = 0 E013 = = = = = = = C = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = T = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = 0 E014 = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = C = = G = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = T = = A = 0 E015 = = = = = = = C = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = ? = ? = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = ? = ? = = = G = 0 E016 = = C T = A T = = T G ? T G = T C = = = = = = = = = G T T G = C = T = D ? I T G T = = = A T = = = G = C C A = T = = A = = = A C = G C = = C A ? C A = C G = = = = = = = = = A C A A = G = C = I ? D G T C = = = G A = = = A = T T G = C = = G = 0 E017 = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = 0 E018 = = C T = ? ? = = T G ? ? ? ? T C = = = = = = = ? = G T T G = C = T = D ? I T ? ? = = = A T = = = G ? ? C ? ? T = = A = = = A C = ? ? = = C A ? ? ? ? C G = = = = = = = ? = A C A A = G = C = I ? D G ? ? = = = G A = = = A ? ? T ? ? C = = G = 0 E019 = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = C = = G = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = T = = A = 0 E020 = = = = = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = C T A A ? = = T ? ? ? ? ? ? = = = = A = = = = = G T T G = ? = = C = = I T G ? = = = A T ? = ? ? ? ? C = = = = = = = = = A C G G ? = = C ? ? ? ? ? ? = = = = C = = = = = A C A A = ? = = T = = D G T ? = = = G A ? = ? ? ? ? T = = = = = = = 0 E022 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = = G = = T = = = ? ? ? = = C = = = C = = = = = = = = = = = A T T D = = = = = = = = = = C = = = = = = A = T = = = = = = = = A = = C = = = ? ? ? = = G = = = A = = = = = = = = = = = G C C I = = = = = = = = = = T = = = = = = G = C = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.98 = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = 0.52 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = = = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = ? = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 ? ? ? = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = 1.00 = = = = ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 0.99 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = ? = = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = 0.99 ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.77 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = 0.98 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = ? = ? = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 0.99 = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? = = 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? 1.00 ? ? 1.00 = = 0.99 = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0.98 = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 ? = ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = END PHASEPROBS