Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000212 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 001335 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 001959 CC 21 20 41 CT 3 3 6 TT 0 0 0 0.107 0.112 0.218 002372 AA 0 0 0 AC 3 5 8 CC 21 18 39 0.107 0.342 0.407 002713 CC 0 0 0 CT 3 5 8 TT 21 18 39 0.107 0.342 0.407 002890 AA 1 1 2 AG 6 2 8 GG 15 20 35 0.153 4.707 2.396 002953 AA 20 17 37 AG 3 4 7 GG 0 0 0 0.112 0.233 0.329 003035 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003507 AA 23 18 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003599 CC 0 0 0 CT 3 2 5 TT 21 16 37 0.107 0.062 0.168 003605 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 19 42 0.011 0.000 0.006 003696 CC 24 19 43 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.118 0.052 003711 CC 0 0 0 CT 2 3 5 TT 22 19 41 0.045 0.118 0.152 003783 AA 23 22 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003798 CC 0 0 0 CT 3 5 8 TT 21 17 38 0.107 0.362 0.417 003896 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 19 16 35 0.000 0.140 0.064 003905 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 19 39 0.012 0.000 0.006 003926 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 18 20 38 0.014 0.000 0.007 004821 AA 0 0 0 AG 3 2 5 GG 20 16 36 0.112 0.062 0.173 004832 CC 0 0 0 CT 8 6 14 TT 15 12 27 1.019 0.720 1.738 004833 AA 0 0 0 AG 3 3 6 GG 21 15 36 0.107 0.149 0.249 004934 AA 0 0 0 AG 2 2 4 GG 21 14 35 0.048 0.071 0.114 004992 CC 0 0 0 CT 5 5 10 TT 18 8 26 0.342 0.737 0.937 005080 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 21 45 0.000 0.012 0.006 005389 CC 1 13 14 CG 10 8 18 GG 13 2 15 0.296 0.221 2.567 005453 CC 15 23 38 CT 7 0 7 TT 2 0 2 0.730 0.000 3.666 005467 CC 22 20 42 CT 2 3 5 TT 0 0 0 0.045 0.112 0.148 005552 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006146 CC 15 23 38 CT 7 0 7 TT 2 0 2 0.730 0.000 3.666 006325 AA 0 1 1 AC 3 2 5 CC 21 19 40 0.107 4.455 2.368 006722 CC 0 0 0 CG 2 3 5 GG 21 20 41 0.048 0.112 0.152 007081 AA 0 0 0 AG 2 3 5 GG 22 20 42 0.045 0.112 0.148 007120 -- 0 0 0 +- 2 3 5 ++ 21 19 40 0.048 0.118 0.156 007530 CC 21 19 40 CG 2 3 5 GG 0 0 0 0.048 0.118 0.156 007834 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 008444 CC 0 0 0 CT 2 3 5 TT 22 20 42 0.045 0.112 0.148 008494 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 008660 -- 24 22 46 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.011 0.005 009117 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 009389 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 009602 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 21 43 0.011 0.000 0.006 009707 AA 0 0 0 AG 3 5 8 GG 21 16 37 0.107 0.383 0.428 009719 CC 0 0 0 CT 3 5 8 TT 21 16 37 0.107 0.383 0.428 009807 AA 0 0 0 AT 3 5 8 TT 21 18 39 0.107 0.342 0.407 010121 AA 0 0 0 AG 2 5 7 GG 20 17 37 0.050 0.362 0.329 010297 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 010537 CC 21 17 38 CG 1 3 4 GG 0 0 0 0.012 0.131 0.105 010998 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 21 19 40 0.000 0.209 0.100 011111 CC 12 2 14 CT 7 8 15 TT 3 13 16 1.223 0.221 4.960 011292 CC 2 1 3 CT 10 2 12 TT 12 20 32 0.002 4.707 1.447 011874 CC 0 0 0 CT 2 2 4 TT 21 19 40 0.048 0.053 0.100 011975 -- 9 15 24 +- 8 5 13 ++ 6 2 8 1.965 2.001 5.160 011986 AA 21 18 39 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012043 AA 2 0 2 AG 2 0 2 GG 18 18 36 8.295 0.000 16.366 012232 -- 0 0 0 +- 2 5 7 ++ 19 17 36 0.053 0.362 0.338 012324 GG 0 0 0 GT 2 5 7 TT 19 18 37 0.053 0.342 0.329 013135 GG 21 16 37 GT 3 4 7 TT 0 0 0 0.107 0.247 0.329 013434 CC 0 0 0 CT 3 3 6 TT 15 16 31 0.149 0.140 0.288 013799 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 014168 CC 2 0 2 CT 7 0 7 TT 15 23 38 0.730 0.000 3.666 014818 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 20 21 41 0.000 0.012 0.006 015001 CC 17 20 37 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.059 0.000 0.027 015124 CC 19 23 42 CT 3 0 3 TT 2 0 2 5.958 0.000 13.551 015354 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015940 AA 21 18 39 AG 3 5 8 GG 0 0 0 0.107 0.342 0.407 016061 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016129 AA 0 0 0 AT 3 5 8 TT 21 18 39 0.107 0.342 0.407 016270 CC 12 15 27 CT 10 1 11 TT 2 1 3 0.002 6.842 1.384 017668 AA 1 0 1 AG 4 0 4 GG 17 23 40 1.144 0.000 3.673 017726 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 017796 AA 20 22 42 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 018247 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 23 21 44 0.000 0.012 0.006 018288 -- 21 22 43 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.012 0.000 0.006 018390 CC 22 21 43 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 018403 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 018520 CC 18 21 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 018521 AA 0 0 0 AG 3 4 7 GG 16 17 33 0.140 0.233 0.368 018650 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 18 15 33 0.220 0.000 0.121 018762 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 15 37 0.011 0.000 0.007 018774 AA 0 0 0 AG 2 1 3 GG 22 13 35 0.045 0.019 0.064 018867 CC 21 16 37 CT 3 2 5 TT 0 0 0 0.107 0.062 0.168 018984 GG 22 17 39 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019215 GG 20 22 42 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 019350 AA 19 21 40 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.053 0.000 0.025 019366 CC 18 16 34 CT 3 5 8 TT 0 0 0 0.124 0.383 0.465 019392 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 20 41 0.000 0.012 0.006 020054 AA 7 12 19 AG 7 7 14 GG 9 2 11 3.439 0.399 5.143 020078 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 20 40 0.050 0.000 0.025 020117 AA 18 20 38 AG 4 0 4 GG 1 0 1 1.252 0.000 3.452 020192 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 15 37 0.011 0.000 0.007 020274 CC 21 17 38 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.026 020292 AA 22 18 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 020399 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 020603 CC 16 6 22 CT 6 7 13 TT 0 9 9 0.548 2.719 5.470 020745 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 020946 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020949 GG 1 0 1 GT 3 0 3 TT 20 23 43 2.617 0.000 6.306 020970 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 021239 AA 0 6 6 AG 3 11 14 GG 18 6 24 0.124 0.043 2.445 021396 CC 21 21 42 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 021629 AA 20 23 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 021732 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 20 22 42 0.012 0.000 0.006 021988 CC 16 22 38 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.247 0.000 0.105 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 007120: TG 008660: GAGGGGAT 011975: AGG 012232: AGG 018247: AATCAATC 018288: CTTTATC