************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 fc13b.phase.inp fc13b.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST fc13b.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates fc13b.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual fc13b.phase.out_recom : estimates of recombination parameters fc13b.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 46 Number of Loci: 77 Positions of loci: 673 891 1103 1472 2802 3514 4416 4418 5124 5218 5297 5995 6676 7319 7511 7708 8023 8102 8139 8627 8995 9706 10175 10734 11120 11225 11445 11494 11668 12536 13697 14523 14933 15188 15296 15576 15723 16247 17111 17155 17686 18025 19289 19946 20368 20380 20389 20703 20871 21053 21066 21084 21388 21543 21774 22066 22480 22550 24884 24905 25150 25213 26156 26239 26714 26773 27555 27612 27875 28552 28842 29294 29477 29759 29991 30877 31127 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file fc13b.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CCATAATTCCTGGATATIGICTTCCTGACACTAGCCGIGGACGATIIGGGIDCGGTTCGAACACTAGDCTGATTACC 1.000000 2 CCATGATTCCTGGGTATIGICTTCCTGACACTAGCCGIGGACGATIIGAGDDTGGTTCGAACACTAGDCTGATTACC 1.000000 3 CCGTGATTCCTCGATATIGICTTCCTGTCGTTCGCCADAGATGATDDGAGDDTAGCGCGTCCGCTAADCTCGTTACC 20.000000 4 CCGTGCTTCCTGGATACDGITTTCCTGACGTTCGTCGIGGACAACIIGGGIICAGTTTAACCACTAGICCCATTGTT 1.000000 5 CCGTGCTTCCTGGATACDGITTTCCTGACGTTCGTTGDGGACGGTDDGAGDDTAGTTCGAACGCCTGDTCCATGGCC 1.000000 6 CCGTGCTTCCTGGATACDGITTTCCTGACGTTCGTTGDGGCCGGTDDGAGDDTAGTTCGAACGTCTGDTCCATGGCC 28.000000 7 CCGTGCTTCCTGGATACDGITTTCCTGACGTTCGTTGDGGCCGGTDDGAGDDTAGTTCGAATGTCTGDTCCATGGCC 2.000000 8 CCGTGCTTCCTGGATACDGITTTCCTGACGTTCGTTGDGGCCGGTDDGAGDDTAGTTCGAATGTCTGDTCGATGGCC 1.000000 9 CCGTGCTTCCTGGATACDGITTTCCTGACGTTCGTTGDGGCCGGTDDGAGDDTAGTTCGACCGTCTGDTCCATGGCC 1.000000 10 CCGTGCTTCCTGGATATIGICTTCCTGACACTCGCCGDGGACGATDDGAGDITAGTTCGAACGCTAGDCTCATTGCC 1.000000 11 CCGTGCTTCCTGGAAACDGITCTCCTGACGTTCGTTGDGAACGGTDDGAGDDTAGTTCGAACGCCTGDTCGATGGCC 6.000000 12 CCGTGCTTCCTGGAAACDGITCTCCTGACGTTCGTTGDGAACGGTDDGAGDDTAGTTCGAACGCCTGDTCGATGGCT 1.000000 13 CCGTGCTTCCTGGAAACDGITCTCCTGACGTTCGTTGDGAACGGTDDGAGDDTAGTTCGACCGCCTGDTCGATGGCC 3.000000 14 TCATAATTAGCGAGTTTIGDCTTCCTGACGTTCGTCGDGGACGGTDDGAGDDTAGTTCGAACGCCTGDTCCATTGCC 1.000000 15 TCATGATTAGCGAGTTTIGDCTTCCTGACGCTAGCCGIGGACAACIIGGGDICAGTTTGAACACTAGICTCATTGTC 2.000000 16 TTACAATTCCCGAGTATIAICTTCCTGACGTTCGCCGDGGACGATDDGAGDDTAGTTCGAACGCTAGDCTCATTGCC 1.000000 17 TTACAATTCCCGAGTATIAICTTCCTTACGCTAGCCGIGGACAACIIGGGDDCAGTTTAAACACTAGICTCATTGTC 1.000000 18 TTACAATTCCCGAGTATIAICTTTGATATGCTAACCGIGGACAACIIGGGDDCAGTTTAAACACTAGICTCATTGTC 6.000000 19 TTACAATTCCCGAGTATIAICTTTGATATGCTAACCGIGGACAACIIGGGDDCAGTTTAACCACTAGICTCATTGTC 2.000000 20 TTACAATTCCCGAGTATIAICTTTGTTATGCTAACCGIGGACAACIIGGGDDCAGTTTAAACACTAGICTCATTGTC 2.000000 21 TTACAATTCCCGAGTATIAICTTTGTTATGCTAACCGIGGACAACIIGGGDDCAGTTTAAACACTAGDCTCATTGTC 1.000000 22 TTACAATTCCCGAGTATIAICTTTGTTATGCTAACCGIGGACAACIIGGGDDCAGTTTAACCACTAGICTCATTGTC 4.000000 23 TTACAAGGCCCGAGTATIAICTGCGTTACGCCAGCCGIGGACAACIITGTDDCAATTTAACCACTAGICTCACTGTC 3.000000 24 TTACGATTCCCGAGTATIAICTTCGTTACGCTAACCGIGGACAACIIGGGIICAGTTTAACCACTAGICCGATTGTT 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D002: (6,18) D003: (3,15) D004: (6,18) D005: (4,18) D006: (6,18) D007: (3,23) D008: (10,19) D009: (6,11) D010: (15,21) D011: (1,24) D012: (3,9) D013: (14,24) D014: (6,22) D015: (18,23) D016: (20,23) D033: (3,12) D034: (3,18) D035: (6,19) D036: (6,16) D037: (5,20) D038: (3,17) D039: (6,22) D040: (2,6) E001: (6,11) E002: (6,11) E003: (3,6) E004: (11,13) E005: (3,6) E006: (6,6) E007: (3,6) E008: (3,6) E009: (6,7) E010: (7,22) E011: (3,3) E012: (3,6) E013: (6,8) E014: (3,6) E015: (6,22) E016: (3,3) E017: (11,13) E018: (3,6) E019: (3,6) E020: (6,6) E021: (6,13) E022: (3,6) E023: (3,11) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D002 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G A T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D003 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C T C A T G A T T A G C G A G T T T I G D C T T C C T G A C G C T A G C C G I G G A C A A C I I G G G D I C A G T T T G A A C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D004 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G A T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D005 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T C G I G G A C A A C I I G G G I I C A G T T T A A C C A C T A G I C C C A T T G T T T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G A T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D006 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G A T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D007 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C T T A C A A G G C C C G A G T A T I A I C T G C G T T A C G C C A G C C G I G G A C A A C I I T G T D D C A A T T T A A C C A C T A G I C T C A C T G T C 0 D008 C C G T G [C] T T C C T G G [A] T A T I G I C T T C C T G A C [A] C T C G C C G D G G A C G A T D D G A G D I T A G T T C G A A C G C T A G D C T C A T T G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G A T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A C C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D009 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C C T G D T C G A T G G C C 0 D010 T C A T G A T T A G C G A G T T T I G D C T T C C T G A C G C T A G C C G I G G A C A A C I I G G G D I C A G T T T G A A C A C T A G (I) C T C A T T G T C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G T T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G (D) C T C A T T G T C 0 D011 C C A T A A T T C C T G G A T A T I G I C T T C C T G A C A C T A G C C G I G G A C G A T I I G G G I D C G G T T C G A A C A C T A G D C [T] [G] A T T A C C T T A C G A T T C C C G A G T A T I A I C T T C G T T A C G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G I I C A G T T T A A C C A C T A G I C C [G] A T T G T T 0 D012 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A C C G T C T G D T C C A T G G C C 0 D013 T [C] A [T] A A T T A G C G A G T T T I G D C T T C C T G A C G T T C G T C G D G G A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C C T G D T C C A T T G C C T T A C G A T T C C C G A G T A T I A I C T T C G T T A C G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G I I C A G T T T A A C C A C T A G I C C [G] A T T G T T 0 D014 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G T T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A C C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D015 T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G A T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G I C T C A T T G T C T T A C A A G G C C C G A G T A T I A I C T G C G T T A C G C C A G C C G I G G A C A A C I I T G T D D C A A T T T A A C C A C T A G I C T C A C T G T C 0 D016 T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G T T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G I C T C A T T G T C T T A C A A G G C C C G A G T A T I A I C T G C G T T A C G C C A G C C G I G G A C A A C I I T G T D D C A A T T T A A C C A C T A G I C T C A C T G T C 0 D033 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C (C) C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C C T G D T C G A T G G C (T) 0 D034 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G A T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D035 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A (A) C G T C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G A T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A (C) C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D036 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T C C T G A C G T T C G C C G D G G A C G A T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C T A G D C T C A T T G C C 0 D037 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G T T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D038 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T (G) T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T C C T (T) A C G C T A G C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A A C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D039 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G T T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A C C A C T A G I C T C A T T G T C 0 D040 C C A T G A T T C C T G G (G) T A T I G I C T T C C T G A C A C T A G C C G I G G A C G A T I I G A G D D T G G T T C G A A C A C T A G D C [T] [G] A T T A C C C C G T G C T T C C T G G (A) T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E001 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C C T G D T C G A T G G C C 0 E002 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C C T G D T C G A T G G C C 0 E003 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E004 C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C C T G D T C G A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A C C G C C T G D T C G A T G G C C 0 E005 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E006 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E007 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E008 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E009 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A T G T C T G D T C C A T G G C C 0 E010 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A T G T C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G T T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A C C A C T A G I C T C A T T G T C 0 E011 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C 0 E012 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E013 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A (C) G T C T G D T C C A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A (T) G T C T G D T C G A T G G C C 0 E014 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E015 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C T T A C A A T T C C C G A G T A T I A I C T T T G T T A T G C T A A C C G I G G A C A A C I I G G G D D C A G T T T A A C C A C T A G I C T C A T T G T C 0 E016 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C 0 E017 C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C C T G D T C G A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A C C G C C T G D T C G A T G G C C 0 E018 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E019 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E020 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E021 C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A (A) C G T C T G D T C C A T G G C C C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A (C) C G C C T G D T C G A T G G C C 0 E022 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A T A C D G I T T T C C T G A C G T T C G T T G D G G C C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G T C T G D T C C A T G G C C 0 E023 C C G T G A T T C C T C G A T A T I G I C T T C C T G T C G T T C G C C A D A G A T G A T D D G A G D D T A G C G C G T C C G C T A A D C T C G T T A C C C C G T G C T T C C T G G A A A C D G I T C T C C T G A C G T T C G T T G D G A A C G G T D D G A G D D T A G T T C G A A C G C C T G D T C G A T G G C C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D002 C C G T G C = = = = T = G A = = C D G = T = = C C T G = C = T = C G T T = D = = C = G G T D D = A = = = T = = = = C G = = = G T C T = D T C = = = G = C = T T A C A A = = = = C = A G = = T I A = C = = T G A T = T = C = A A C C = I = = A = A A C I I = G = = = C = = = = T A = = = A C T A = I C T = = = T = T = 0 D003 C = G = = = = = ? ? ? C G A = A = = = I = = = = = = = T = = T = C = = = A D A = = T G = T D D = A = = D T = = C G C = T C = G = = = A D = ? = G = = A C = T = A = = = = = ? ? ? G A G = T = = = D = = = = = = = A = = C = A = = = G I G = = C A = C I I = G = = I C = = T T T = A A = A = = = G I = ? = A = = G T = 0 D004 C C G T G C = = = = T = G A = = C D G = T = = C C T G = C = T = C G T T = D = = C = G G T D D = A = = = T = = = = C G = = = G T C T = D T C = = = G = C = T T A C A A = = = = C = A G = = T I A = C = = T G A T = T = C = A A C C = I = = A = A A C I I = G = = = C = = = = T A = = = A C T A = I C T = = = T = T = 0 D005 C C G T G C = = = = T = G A = = C D G = T = = C C T G = C = T = C G T = = = = = = = = = = = = = = = I I = = = = = = = = C = = = = = = = = ? = = = = = = T T T A C A A = = = = C = A G = = T I A = C = = T G A T = T = C = A A C = = = = = = = = = = = = = = = D D = = = = = = = = A = = = = = = = = ? = = = = = = C 0 D006 C C G T G C = = ? ? ? = G A = = C D G = T = = C C T G = C = T = C G T T = D = = C = G G T D D = A = = = T = = = = C G = = = G T C T = D T C = = = G = C = T T A C A A = = ? ? ? = A G = = T I A = C = = T G A T = T = C = A A C C = I = = A = A A C I I = G = = = C = = = = T A = = = A C T A = I C T = = = T = T = 0 D007 C C G T G ? T T = = T C G A = = = = G = = = T = C = G T = = T T C = = = A ? A = = T G = T D D G A G = = T = G C G C G T = = G = = = A D = = = G T = A C = T T A C A ? G G = = C G A G = = = = A = = = G = G = T A = = C C A = = = G ? G = = C A = C I I T G T = = C = A T T T A A = = A = = = G I = = = A C = G T = 0 D008 C C G T G ? = = = = T = G ? ? ? = = G = = = = C C T G = C ? = = C G = = = D = = = = G = T D D = A = = I T = = = = C G = A = G = = = = D = = = = = = = C = T T A C A ? = = = = C = A ? ? ? = = A = = = = T G A T = T ? = = A A = = = I = = = = A = C I I = G = = D C = = = = T A = C = A = = = = I = = = = = = = T = 0 D009 = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = ? G = = = = = = 0 D010 = C = T G = = = A G = ? = = = T = = G D = = = C C = G = C = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = G = = = ? = = = = (I) = = = = = = = = = = T = C A = = = C C = ? = = = A = = A I = = = T G = T = T = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = A = = = ? = = = = (D) = = = = = = = = = 0 D011 C C = T A = = = = = T = G A = = = = G = = = = = C = G = = A = = = G = = = ? = = = = G = T = = = = = = D = G = = = C G = A = = = = = = D = ? ? = = = A C C T T = C G = = = = = C = A G = = = = A = = = = = G = T = = G = = = A = = = ? = = = = A = C = = = = = = I = A = = = T A = C = = = = = = I = ? ? = = = G T T 0 D012 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = = = = = = C C A ? A = A T = A = = = = = = = = = = = C G = = T = = = C T A A = C T = G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = = = = = = T T G ? G = C C = G = = = = = = = = = = = T T = = A = = = T C T G = T C = A = G G = = 0 D013 = ? ? ? A = = = A G = ? = = = T = = G D = = = = C = G = = = T = C G T = = D = = = = G ? T D ? = A = D D T ? = = = C G = A = G = C T = D T ? ? = = = = C C = ? ? ? G = = = C C = ? = = = A = = A I = = = = G = T = = = C = A A C = = I = = = = A ? C I ? = G = I I C ? = = = T A = C = A = T A = I C ? ? = = = = T T 0 D014 C C G T G C = = = = T = G A = = C D G = T = = C C = G = C = T = C G T T = D = = C = G G T D D = A = = = T ? = = = C G = A = G T C T = D T C = = = G = C = T T A C A A = = = = C = A G = = T I A = C = = T G = T = T = C = A A C C = I = = A = A A C I I = G = = = C ? = = = T A = C = A C T A = I C T = = = T = T = 0 D015 = = = = = = T T = = = = = = = = = = = = = ? T T = A = = T = = T = A = = = = = = = = = = = = = G = G = = = ? G = = = = = A = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = ? G C = T = = C = = C = G = = = = = = = = = = = = = T = T = = = ? A = = = = = C = = = = = = = = = = = C = = = = 0 D016 = = = = = = T T = = = = = = = = = = = = = = T T = = = = T = = T = A = = = ? = = = = = = = = = G = G = = = = G = = = = = A = = = = = = = = ? ? = T = = = = = = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = C = = C = G = = = ? = = = = = = = = = T = T = = = = A = = = = = C = = = = = = = = ? ? = C = = = = 0 D033 = = = = ? A = = = = = C = = T = T I = = C T = = = = = T = = = = = = C C A = A G = T = A = = = = = = = = = = = C G = = T C = = = ? A A = C T C G = T A = (C) = = = = ? C = = = = = G = = A = C D = = T C = = = = = A = = = = = = T T G = G A = C = G = = = = = = = = = = = T T = = A A = = = ? T G = T C G A = G G = (T) 0 D034 C C G T G = = = = = T C G A = = = = G = = = = C C T G T C = T = C G = = A D A = = T G = T D D = A = = = T = = C G C G T C = G = = = A D = = = G = = A C = T T A C A = = = = = C G A G = = = = A = = = = T G A T A T = C = A A = = G I G = = C A = C I I = G = = = C = = T T T A A A = A = = = G I = = = A = = G T = 0 D035 C C G T G C = = = = T = G A = = C D G = T = = C C T G = C = T = C G T T ? D = = C = G G T D D = A = = = T = = = = C G = (A) = G T C T = D T C = = = G = C = T T A C A A = = = = C = A G = = T I A = C = = T G A T = T = C = A A C C ? I = = A = A A C I I = G = = = C = = = = T A = (C) = A C T A = I C T = = = T = T = 0 D036 C C G T G C = = = = T = G A = = C D G = T = = = = = = = = = = = = = T T = = = = ? = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T C T = = T C = = = G = = = T T A C A A = = = = C = A G = = T I A = C = = = = = = = = = = = = = C C = = = = ? = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T A = = C T = = = T = = = 0 D037 C C G T G C = = ? ? ? = G A = = C D G = T = = C C = G = C ? T = C G T T = D = = = = G G T D D = A = = = T = = = = C G = = = ? = C T = D T C = = = G = C = T T A C A A = = ? ? ? = A G = = T I A = C = = T G = T = T ? C = A A C C = I = = = = A A C I I = G = = = C = = = = T A = = = ? = T A = I C T = = = T = T = 0 D038 C C G T G = = = = = T C G A = = = = G = = = = = = = (G) T = = T = C = = = A D A = = T G = T D D = A = = = T = = C G C G T C = G = = = A D = = = G = = A C = T T A C A = = = = = C G A G = = = = A = = = = = = = (T) A = = C = A = = = G I G = = C A = C I I = G = = = C = = T T T A A A = A = = = G I = = = A = = G T = 0 D039 C C G T G C = = = = T = G A = = C D G = T = = C C = G = C ? T = C G T T = D = = C = G G T D D = A = = = T ? = = = C G = A = G T C T = D T C = = = G = C = T T A C A A = = = = C = A G = = T I A = C = = T G = T = T ? C = A A C C = I = = A = A A C I I = G = = = C ? = = = T A = C = A C T A = I C T = = = T = T = 0 D040 = = A = = A = = = = = = = (G) = = T I = = C = = = = = = = = A C = A = C C = I = = A = = A = I I = = = = = = G = = = = = = = = A C T A = = C ? ? = = T A = = = = G = = C = = = = = = = (A) = = C D = = T = = = = = = = = G T = C = T T = D = = C = = G = D D = = = = = = A = = = = = = = = G T C T = = T ? ? = = G G = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = T ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = G = = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = = G = = = = = = 0 E003 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = = = = = = C C A = A = ? T = A = = = = = = = = = = = C G = = T C = = C T A A = C T = G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = = = = = = T T G = G = ? C = G = = = = = = = = = = = T T = = A A = = T C T G = T C = A = G G = = 0 E004 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = ? = = = = C C A = A = A T = A = = = = = = = = = = = C G = = T C = = C T A A = C T = G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = ? = = = = T T G = G = C C = G = = = = = = = = = = = T T = = A A = = T C T G = T C = A = G G = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = = = = = = C C A = A = ? T = A = = = = = = = = = ? = C G = = T C = = C T A A = C T = G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = = = = = = T T G = G = ? C = G = = = = = = = = = ? = T T = = A A = = T C T G = T C = A = G G = = 0 E008 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = = = = = = C C A = A = A T = A = = = = = = = = = = = C G = = T C = = C T A A = ? T = G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = = = = = = T T G = G = C C = G = = = = = = = = = = = T T = = A A = = T C T G = ? C = A = G G = = 0 E009 = = = = = = ? ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = ? = 0 E010 C C G T G C = = = = T = G A = = C D G = T = = C C = G = C = T = C G T T = D = = C = G G T D D = A = = = T = = = = C G = A T G T C T = D T C = = = G = C = T T A C A A = = = = C = A G = = T I A = C = = T G = T = T = C = A A C C = I = = A = A A C I I = G = = = C = = = = T A = C C A C T A = I C T = = = T = T = 0 E011 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = = = = = = C C A = A = A T = A = = = = = = = = = = = C G = = T C = = C T A A = C T = G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = = = = = = T T G = G = C C = G = = = = = = = = = = = T T = = A A = = T C T G = T C = A = G G = = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = (C) = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = (T) = = = = = = = = G = = = = = = 0 E014 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = = = = = = C C A = A = A T = A = = = ? = = = ? = ? = C G = = T C = = C T A A = C T = G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = = = = = = T T G = G = C C = G = = = ? = = = ? = ? = T T = = A A = = T C T G = T C = A = G G = = 0 E015 C C G T G C = = = = T = G A = = C D G = T = = C C = G = C ? T = C G T T = D = = ? = G G T D D = A = = = T = = = = C G = A = G T C T = D T C = = = G = C = T T A C A A = = = = C = A G = = T I A = C = = T G = T = T ? C = A A C C = I = = ? = A A C I I = G = = = C = = = = T A = C = A C T A = I C T = = = T = T = 0 E016 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = ? = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = = = = = = C C A = A = A T = A = = = = = = = = = = = C G = = T C = = C ? ? A = C T = G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = = = = = = T T G = G = C C = G = = = = = = = = = = = T T = = A A = = T ? ? G = T C = A = G G = = 0 E019 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = = = = = = C C A = A = A T = A = = = = = = = = = = = C G = ? ? ? ? = C T A A = C T = G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = = = = = = T T G = G = C C = G = = = = = = = = = = = T T = ? ? ? ? = T C T G = T C = A = G G = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = T = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = C = = = = = = G = = = = = = 0 E022 = = = = = A = = = = = C = = = = T I = = C = = = = = = T = = = = = = C C A = A = A T = A = = = = = = = = = ? = C G = = T C = = C ? ? A = C T = G = T ? ? = = = = = = C = = = = = G = = = = C D = = T = = = = = = A = = = = = = T T G = G = C C = G = = = = = = = = = ? = T T = = A A = = T ? ? G = T C = A = G ? ? = 0 E023 = = = = = A = = = = = C = = T = T I = = C T = = = = = T = = = = = = C C A = A G = T = A = = = = = = = = = = = C G = = T C = = = T A A = C T C G = T A = = = = = = = C = = = = = G = = A = C D = = T C = = = = = A = = = = = = T T G = G A = C = G = = = = = = = = = = = T T = = A A = = = C T G = T C G A = G G = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = 0.50 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = 0.94 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 0.50 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 0.77 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 0.57 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = 0.94 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 0.84 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 0.96 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = = = ? = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 0.94 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.84 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = END PHASEPROBS