************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 fac11.phase.inp fac11.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST fac11.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates fac11.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual fac11.phase.out_recom : estimates of recombination parameters fac11.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 78 Positions of loci: 198 764 1490 1491 1735 1927 1938 2047 2262 2388 2518 2952 3450 3483 3532 3543 4197 4376 4685 5798 6201 6266 6515 6703 6783 7178 7675 7872 8069 8699 9249 10076 10541 10942 11001 11187 11598 11901 11971 12151 12552 13334 13385 14396 14501 14888 15279 16234 16392 16602 16918 17515 17645 18184 18367 20327 20392 20423 20691 21319 21570 21639 21647 22744 22771 22925 24453 24616 24618 24950 25093 25424 25455 25481 25638 26011 26260 26380 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file fac11.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GAATCIADCGCGTTIAGTTGGAGAGGTTTTGTCATTAGCCCACTCGGCGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 1.000000 2 GAATCIADCGCGTTIAGTTGGAGAGGTTTTGTCATTAGCCCTCTCGACGGGCCGGGCACCACACCGDAGAGACGTATT 2.000000 3 GAATCIADCGCGTTIAGTTAAAAGGGGCCTGCCATTAACCCATTCGACAAGCCAGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 1.000000 4 GAATCIADCGCGTTIAGTTAAAAGGAGCCTGCTATTTGCCCACTCGACGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 3.000000 5 GAATCIADCGCGTTIAGTTAAGAGGGGCCTGCCATTAACCCATTCGACAAGCCAGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 1.000000 6 GAATCIADCGCGTTDAGTTGAAGAGGTTTAGCCTTTAGCCCACTCGGCGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 2.000000 7 GAATCIADCGCGTTDAGTTGAAGAGGTTTAGCCTTTAGCCCACTCGACAAGCCGGACATTGCACCGDGGAGAGGAGCC 4.000000 8 GAATCIADCGCGTTDAGTTGAAGAGGTTTAGCCTTTAGCCCACCCAACAAGCCGGACATTGCACCGDGGAGAGGAGCC 3.000000 9 GAATCIADCGCGTGDAGTTGAAGAGGTTTAGCCTTTAGCCCACTCAACAAGCCGGACATTGCACCGDGGAGAGGAGCC 1.000000 10 GAATCIADCTCGTTIAGTAAAAGAGGTTTTGTCATTAACCCATCCGACAAGCCGGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 1.000000 11 GAATCIADCTCGTTIAGTAAAAGAGGTCTTGCTACCAGCCCACTAGACGGGCTGGGGACCACACCGDAGAGACGTATT 1.000000 12 GAATCIADCTGGTTICGTAGAAGAGATTTTGTCATTAGCTCACTCGAGGAGACGAGCATCACTTCTIAGGTACATGTT 8.000000 13 GAATCIADCTGGTTICGTAGAAGAGATCTTGCCATTAACCCATTCGACAAGCCGGGCATCGCACCGDGGAGAGGAGCC 11.000000 14 GAATCIADCTGGTTICGTAGAAGAGATCTTGCCATTAACCAATTCGACAAGCCGGGCATCGCACCGDGGAGAGGAGCC 3.000000 15 GAATCIADCTGGTTICGTAGAAGAGATCTTGCCTTTAGCCCACTCGGCGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 1.000000 16 GAATCIADCTGGTTICGTAGAAGAGATCTTGCTACCAGCCCACTAGACGGTCTGGGCACCACACCGDAGAGACGTATT 6.000000 17 GAATCDADCGCGTTIAGTTGGAGAGGTTTTGTCATTAGCCCTCTCGACGGGCCGGGCACCACACCGDAGAGACGTATT 1.000000 18 GAATCDCDCGCGTTIAGTTGGAGAGGTTTTGTCATTAGCCCACTCGGCGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 1.000000 19 GAATCDCDCGCGCTIAGTTGAAGAGGTTTTGTCATTAGCCCACTCGGCGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 1.000000 20 GAATCDCDCGCGCTIAGTTGGAGAGGTTTTGTCATTAGCCCACTCGGCGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 7.000000 21 GAATCDCDCGCGCTIAGTTGGAGAGGTTTTGTCATTAGCCCACCCGGCGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 1.000000 22 GAATCDCDCGCGCTIAGTTGGAGAGGTTTTGTCATTAGCCCACCCGACAAGCCGGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 1.000000 23 GAATCDCDCGCGCTIAGTTGGAGAGGTTTTGTCATTAGCCCTCTCGACGGGCCGGGCACCACACCGDAGAGACGTATT 1.000000 24 GAATCDCDCGCGCTIAGTTGGAGAGGTCTTGCTACCAGCCCACTAGACGGGCCGGGCACCACACCGDAGAGACGTATT 1.000000 25 GAATCDCDCGCGCTIAGGTGGAGAGGTTTTGTCATTAGCCCACTCGGCGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 1.000000 26 GAATCDCDCGCGCTICGGAGAAGAGATCTTGCCATTAACCCATTCGACAAGCCGGGCATCGCACCGDGGAGAGGAGCC 1.000000 27 GTATCIADCGCGTTDAGTTGAAGAGGTTTAGCCTTTAGCCCACTCAACAAGCCGGACATTGCACCGDGGAGAGGAGCC 1.000000 28 GTATCIADCGCATTICGTAGAAGAGATCTTGCTATTAACCCATTCGACGAGCCGGGCATCACACCGDAAAGAGATGCC 2.000000 29 GTATGIADCGCATTICGTAGAAGAGATCTTGCCATTAACCCATTCGACAAGCCAGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 4.000000 30 GTGTCIADCGCATGICGTAGAAGAGATCTTGCCATTAACCCATTCGACAAGCCGGGCATCGCACCGDGGAGAGGAGCC 1.000000 31 GTGTCIADCGCATGICGTAGAAGAGATCTTGCCATTAATCCATCCGACAAGCCGGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 11.000000 32 GTGTCIADTGCATGICGTAGAAGATATCTTACCATTAACCCATCCGACAAGCCGGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 3.000000 33 GTGTCIADTGCATGICGTAGAAGATATCTTACCATTAATCCATCCGACAAGCCGGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 1.000000 34 GTGGCIADCGCGTGICGTAGAAGAGATCTTGCCATTAATCCATCCGACAAGCCGGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 1.000000 35 GTGGCIADTGCATGICTTAGAAGATATCTTACCATTAACCCATCCGACAAGCCGGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 2.000000 36 CTATGDAICGCATTICGTTGAGAGGAGCCTGCTATTTGCCCACTCGACAAGCCAGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 1.000000 37 CTATGDAICGCATTICGTTAAGAGGAGCCTGCTATTTGCCCACTCGACAAGCCAGGCATCGAACTGDGGAGAGGAGCC 1.000000 38 CTATGDCICGCATTICGTTAAGAGGAGCCTGCTATTTGCCCACTCGACGAGCCGGGGGTCACACCGDAAAGGCGTGTT 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,6) D002: (7,29) D003: (15,29) D004: (20,36) D005: (10,12) D006: (14,29) D007: (13,29) D008: (16,38) D009: (12,12) D010: (11,12) D011: (4,13) D012: (4,28) D013: (5,16) D014: (2,31) D015: (6,16) D016: (12,14) D033: (12,30) D034: (12,16) D035: (3,19) D036: (12,31) D037: (14,16) D038: (7,28) D039: (7,37) D040: (4,16) E001: (20,31) E002: (20,31) E003: (2,7) E004: (8,31) E005: (8,31) E006: (13,18) E007: (13,20) E008: (32,35) E009: (13,13) E010: (21,31) E011: (32,35) E012: (20,33) E013: (13,32) E014: (13,26) E015: (24,31) E016: (8,25) E017: (9,13) E018: (22,31) E019: (31,34) E020: (13,31) E021: (17,20) E022: (23,27) E023: (13,20) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G A A T C I A D C G C G T T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G A A T C I A D C G C G T T D A G T T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T 0 D002 G A A T C I A D C G C G T T D A G T T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C T C G A C A A G C C G G A C A T T G C A C C G D G G A G A G G A G C C G T A T G I A D C G C A T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C A G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 D003 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C T T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G T A T G I A D C G C A T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C A G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 D004 G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T C T A T G D A I C G C A T T I C G T T G A G A G G A G C C T G C T A T T T G C C C A C T C G A C A A G C C A G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 D005 G A A T C I A D C T C G T T I A G T A A A A G A G G T T T T G T C A T T A A C C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T T T T G T C A T T A G C T C A C T C G A G G A G A C G A G C A T C A C T T C T I A G G T A C A T G T T 0 D006 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C A A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G T A T G I A D C G C A T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C A G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 D007 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G T A T G I A D C G C A T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C A G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 D008 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C [T] A C C A G C C C A C T A G A C G G T C T G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T C T A T G D C I C G C A T T I C G T T A A G A G G A G C C T G C T A T T T G C C C A C T C G A C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T 0 D009 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T T T T G T C A T T A G C T C A C T C G A G G A G A C G A G C A T C A C T T C T I A G G T A C A T G T T G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T T T T G T C A T T A G C T C A C T C G A G G A G A C G A G C A T C A C T T C T I A G G T A C A T G T T 0 D010 G A A T C I A D C T C G T T I A G T A A A A G A G G T C T T G C [T] A C C A G C C C A C T A G A C G G G C T G G G (G) A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T T T T G T C A T T A G C T C A C T C G A G G A G A C G A G (C) A T C A C T T C T I A G G T A C A T G T T 0 D011 G A A T C I A D C G C G T T I A G T T A A A A G G A G C C T G C T A T T T G C C C A C T C G A C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C 0 D012 G A A T C I A D C G C G T T I A G T T A A A A G G A G C C T G C T A T T T G C C C A C T C G A C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G T A T C I A D C G C A T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C T A T T A A C C C A T T C G A C G A G C C G G G C A T C A C A C C G D A A A G A G A T G C C 0 D013 G A A T C I A D C G C G T T I A G T T A A (G) A G G G G C C T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C A G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A (A) G A G A T C T T G C [T] A C C A G C C C A C T A G A C G G T C T G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T 0 D014 G A A T C [I] A D C G C G T T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C T C T C G A C G G G C C G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 D015 G A A T C I A D C G C G T T D A G T T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C [T] A C C A G C C C A C T A G A C G G T C T G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T 0 D016 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T T T T G T C A T T A G C T C A C T C G A G G A G A C G A G C A T C A C T T C T I A G G T A C A T G T T G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C A A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C 0 D033 G (A) (A) T C I A D C (T) (G) (G) T (T) I C G T A G A A G A G A T T T T G T C A T T A G C T C A C T C G A G G A G A C G A G C A T C A C T T C T I A G G T A C A T G T T G (T) (G) T C I A D C (G) (C) (A) T (G) I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C 0 D034 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T T T T G T C A T T A G C T C A C T C G A G G A G A C G A G C A T C A C T T C T I A G G T A C A T G T T G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C [T] A C C A G C C C A C T A G A C G G T C T G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T 0 D035 G A A T C I A D C G C G T T I A G T T A A A A G G G G C C T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C A G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G A A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T 0 D036 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T T T T G T C A T T A G C T C A C T C G A G G A G A C G A G C A T C A C T T C T I A G G T A C A T G T T G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 D037 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C A A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C [T] A C C A G C C C A C T A G A C G G T C T G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T 0 D038 G A A T C I A D C G C G T T D A G T T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C T C G A C A A G C C G G A C A T T G C A C C G D G G A G A G G A G C C G T A T C I A D C G C A T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C T A T T A A C C C A T T C G A C G A G C C G G G C A T C A C A C C G D A A A G A G A T G C C 0 D039 G A A T C I A D C G C G T T D A G T T (G) A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C T C G A C A A G C C G G A C A T T G C A C C G D G G A G A G G A G C C C T A T G D A I C G C A T T I C G T T (A) A G A G G A G C C T G C T A T T T G C C C A C T C G A C A A G C C A G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 D040 G A A T C I A D C G C G T T I A G T T A A A A G G A G C C T G C T A T T T G C C C A C T C G A C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C [T] A C C A G C C C A C T A G A C G G T C T G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T 0 E001 G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E002 G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E003 G A A T C I A D C G C G T T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C T C T C G A C G G G C C G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T G A A T C I A D C G C G T T D A G T T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C T C G A C A A G C C G G A C A T T G C A C C G D G G A G A G G A G C C 0 E004 G A A T C I A D C G C G T T D A G T T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C C C A A C A A G C C G G A C A T T G C A C C G D G G A G A G G A G C C G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E005 G A A T C I A D C G C G T T D A G T T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C C C A A C A A G C C G G A C A T T G C A C C G D G G A G A G G A G C C G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E006 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G A A T C D C D C G C G T T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T 0 E007 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T 0 E008 G T G T C I A D T G C A T G I C G T A G A A G A T A T C T T A C C A T T A A C C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C G T G G C I A D T G C A T G I C T T A G A A G A T A T C T T A C C A T T A A C C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E009 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C 0 E010 G A A T C D C D C G C G C T I A G [T] T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C C C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E011 G T G T C I A D T G C A T G I C G T A G A A G A T A T C T T A C C A T T A A C C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C G T G G C I A D T G C A T G I C T T A G A A G A T A T C T T A C C A T T A A C C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E012 G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T G T G T C I A D T G C A T G I C G T A G A A G A T A T C T T A C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E013 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G T G T C I A D T G C A T G I C G T A G A A G A T A T C T T A C C A T T A A C C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E014 G A A T C I A D C T G G T T I C G (T) A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G A A T C D C D C G C G C T I C G (G) A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C 0 E015 G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T C T T G C [T] A C C A G C C C A C T [A] G A C G G G C C G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E016 G A A T C I A D C G C G T T D A G (T) T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C [C] C A A C A A G C C G G A C A T T G C A C C G D G G A G A G G A G C C G A A T C D C D C G C G C T I A G (G) T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C [T] C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T 0 E017 G A A T C I A D C G C G T (G) D A G T T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C T C A A C A A G C C G G A C A T T G C A C C G D G G A G A G G A G C C G A A T C I A D C T G G T (T) I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C 0 E018 G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E019 G T G (T) C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C G T G (G) C I A D C G C G T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E020 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G T G T C I A D C G C A T G I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A T C C A T C C G A C A A G C C G G G C A T C G A A C T G D G G A G A G G A G C C 0 E021 G A A T C D A D C G C G T T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C T C T C G A C G G G C C G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T 0 E022 G (A) A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C T C T C G A C G G G C C G G G C A C C A C A C C G D A G A G A C G T A T T G (T) A T C I A D C G C G T T D A G T T G A A G A G G T T T A G C C T T T A G C C C A C T C A A C A A G C C G G A C A T T G C A C C G D G G A G A G G A G C C 0 E023 G A A T C I A D C T G G T T I C G T A G A A G A G A T C T T G C C A T T A A C C C A T T C G A C A A G C C G G G C A T C G C A C C G D G G A G A G G A G C C G A A T C D C D C G C G C T I A G T T G G A G A G G T T T T G T C A T T A G C C C A C T C G G C G A G C C G G G G G T C A C A C C G D A A A G G C G T G T T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = G = = = = = = = = T = T = A = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = A = = = = = = = = A = C = T = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 D002 ? A = = C = = = = = = G = = D A = = T = = = = = = G = T = A = = = T = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = G = A = = = T = C = = C = = = = = = = = = = = = = ? T = = G = = = = = = A = = I C = = A = = = = = = A = C = T = = = A = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = A = G = = = C = A = = T = = = = = = = = = = = = = 0 D003 = A = = C = = = = T G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = G = = = = C = = = G = G = = ? = G = = G G = = A C = = C = = A A = = G C = T = T T = T = = G = = = = G C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = A = = = = T = = = A = A = = ? = A = = C A = = G A = = T = = G G = = A G = A = C C 0 D004 G A = = C ? C D ? ? ? G C = = A = = = = G A G A = G T T T = = T C = = = A = = = = ? ? = = = G = G = = = = G = = G G = = A C = = C = = A A = = G C = T = T T C T = = G ? A I ? ? ? A T = = C = = = = A G A G = A G C C = = C T = = = T = = = = ? ? = = = A = A = = = = A = = C A = = G A = = T = = G G = = A G = A = C C 0 D005 = = = = = ? ? ? = = C = = = = A = = = A = = = = = G = = = = = = = = ? ? ? A = C = = T C = = = C A ? ? C = = G = = = = = G A A C T G D G ? A G = G G A = C C = = = = = ? ? ? = = G = = = = C = = = G = = = = = A = = = = = = = = ? ? ? G = T = = C T = = = G G ? ? A = = A = = = = = A C T T C T I A ? G T = C A T = T T 0 D006 ? A = = C = = = = T G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = A ? ? = = = = = = ? = = = G = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = ? T = = G = = = = G C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C ? ? = = = = = = ? = = = A = = = = = = = A = = T = = = = = = = = = = = = = 0 D007 = A = = C = = = = T G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = G = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = T = = G = = = = G C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = A = = = = = = = A = = T = = = = = = = = = = = = = 0 D008 G A = = C ? A D = T G G = = = = = = A G = A G A = = T = T = = = ? = C C A = = = = = = = A = = = = ? ? = T = = = C A C = = = = = = = = = G = = A = = = A = = C T = = G ? C I = G C A = = = = = = T A = G A G = = G = C = = = ? = T T T = = = = = = = C = = = = ? ? = C = = = G G T = = = = = = = = = A = = G = = = G = = 0 D009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? 0 D010 = = = = = = = = ? = C = = = = A = = = A = = = = = G = C = = = C ? = C C = = = C = ? ? = A = = C = G = C T = G = (G) = C = = = A ? ? ? D = ? A G = = G = A = = = = = = = = = = ? = G = = = = C = = = G = = = = = A = T = = = T ? = T T = = = T = ? ? = C = = G = A = A C = A = (C) = T = = = T ? ? ? I = ? G T = = A = G = = 0 D011 = = = = = = = = = G C = = = = A = = T A = = A G = = G = C = = = T = = = T G = = = = C = = = = = G = = = = = = = G G = = A = = = = = = A A = = G C = T = T T = = = = = = = = = T G = = = = C = = A G = = G A = = T = T = = = C = = = A A = = = = T = = = = = A = = = = = = = C A = = G = = = = = = G G = = A G = A = C C 0 D012 = A = = = ? = = = = = G = = = A = = T A = = A G = = G = C = = = = = = = T G = = = = C = = = = = = ? = = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = G C G = = T T = T = = = ? = = = = = A = = = C = = A G = = G A = = T = T = = = = = = = A A = = = = T = = = = = = ? = = = = = = C A = = = = = = = = = = = = = A G A = = C C 0 D013 = = = = = = = = = G C = = = = A = = T A = (G) A G = G G = C = = = ? = T T = A = = = = T = C = = = A A G = C A = = = = T = G A = = T = = G = = = = G = A ? C C = = = = = = = = = T G = = = = C = = A G = (A) G A = A T = T = = = ? = C C = G = = = = C = A = = = G G T = T G = = = = C = A C = = C = = A = = = = C = T ? T T 0 D014 = A A ? ? ? ? = = = = G = T = A = = T = G = = = = G = T = = = T = = = = = ? ? ? = T C T = = = = G G = = = = = = = = C = A C = = C = = A = = = = C = T A T T = T G ? ? ? ? = = = = A = G = C = = A = A = = = = A = C = = = C = = = = = ? ? ? = A T C = = = = A A = = = = = = = = T = G A = = T = = G = = = = G = A G C C 0 D015 = = = = = = = = = G C = = = D A = = T = = = = = = G = T = A = = ? T T T = = = = = = = = C = G = = A G = C = = = G G T = = = = = = = = = A = = G = = = G = = = = = = = = = = = T G = = = I C = = A = = = = = = A = C = T = = ? A C C = = = = = = = = A = A = = G T = T = = = C A C = = = = = = = = = G = = A = = = A = = 0 D016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = T = = = = = G = T C = C = = = = G G = = A = = A = = = = = A = T T = T I A ? G T = C A T = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = C = = = = = A = C A = T = = = = C A = = C = = G = = = = = G = A C = G D G ? A G = G G A = C C 0 D033 = (A) (A) = = = = = ? (T) (G) (G) = (T) = = = = = = = = = = = = = T = = ? T = = = = = G = ? = ? ? = = = = G G ? ? A = = A = = = = = A = T T = T ? ? ? ? ? ? ? ? T = ? ? = (T) (G) = = = = = ? (G) (C) (A) = (G) = = = = = = = = = = = = = C = = ? C = = = = = A = ? = ? ? = = = = C A ? ? C = = G = = = = = G = A C = G ? ? ? ? ? ? ? ? A = ? ? 0 D034 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = T ? = T T = = = T = ? ? = C = = G = ? ? A C = A = = = T = = = T T = T I = ? G T = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = C ? = C C = = = C = ? ? = A = = C = ? ? C T = G = = = C = = = A C = G D = ? A G = = G = A = = 0 D035 = = = = = I A = = = = = T = = = = = = A = = A G = = G C C = = C = = = = = A = = = = T = = = A = A = = = = A = = C A = = G A = = T = = G G = = A G = A = C C = = = = = D C = = = = = C = = = = = = G = = G A = = T T T = = T = = = = = G = = = = C = = = G = G = = = = G = = G G = = A C = = C = = A A = = G C = T = T T 0 D036 = A A = = ? ? ? = T G G = T = = ? = = = = = = = = = = T = = = T = = = = = G C T = = C T = = = G G = ? A = = A = = = = = A C T T C T I A = G T = C A T = T T = T G = = ? ? ? = G C A = G = = ? = = = = = = = = = = C = = = C = = = = = A T C = = T C = = = C A = ? C = = G = = = = = G A A C T G D G = A G = G G A = C C 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T T = A = = A = T = C = = = A ? ? = C = = = = = T = G = = = = = = G = = = = G = A G C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C C = G = = C = C = A = = = G ? ? = T = = = = = C = A = = = = = = A = = = = C = T A T T 0 D038 = A = = = = = = = = = G = = D A = = T = = = = = = G = T = A = = C T = = = G = = = = C = = = = = A ? ? = = = = A = = = T G = = = = = = G G = = = = G A = = = = T = = = = = = = = = A = = I C = = A = = = = = = A = C = T = = T A = = = A = = = = T = = = = = G ? ? = = = = G = = = C A = = = = = = A A = = = = A T = = = 0 D039 G A = = C ? = D = = = G = = D A = = = (G) = A G A = G T T T A = = C T = = A = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = T = C = = C = = = = = = = = = = = = = C T = = G ? = I = = = A = = I C = = = (A) = G A G = A G C C T = = T A = = T = = = = = = = = = = = = = = = = A = G = = = C = A = = T = = = = = = = = = = = = = 0 D040 = = = = = = = = ? G C = = = = A = = T A = = A G = = G = C = = = ? = T T T = = = = = = = C = = = = A ? = C = = = G G T = = = = = = = = = A = = G = = = G = = = = = = = = = = ? T G = = = = C = = A G = = G A = = T = T = = = ? = C C A = = = = = = = A = = = = G ? = T = = = C A C = = = = = = = = = G = = A = = = A = = 0 E001 = A A = = D C = = = = G C T = A = = T = G = = = = G = T = = = T = = = = = G C = = = C T = = G = G = = = = = = = G G = = A C = = C = = A A = ? ? ? ? T = ? ? = T G = = I A = = = = A T G = C = = A = A = = = = A = C = = = C = = = = = A T = = = T C = = A = A = = = = = = = C A = = G A = = T = = G G = ? ? ? ? A = ? ? 0 E002 = A A = = D C = = = = G C T = A = = T = G = = = = G = T = = = T = = = = = G C = = ? ? T = = G = G ? = ? = = = = G G = ? A C = = C = = A A = ? G C = T = T T = T G = = I A = = = = A T G = C = = A = A = = = = A = C = = = C = = = = = A T = = ? ? C = = A = A ? = ? = = = = C A = ? G A = = T = = G G = ? A G = A = C C 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = G = = = = = = = = T = T = A = = = = = = = T = = = = = = G G = = = = = G = = C C A = = = = = = A = = = = C = T A T T = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = A = = = = = = = = A = C = T = = = = = = = A = = = = = = A A = = = = = A = = T T G = = = = = = G = = = = G = A G C C 0 E004 = A A = = = = = = = = G = T D A = = T = = = = = = G = T = A = = = T = = = G C = = = C = = A = = = = = = = = = A = = = T = C = = C = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = = = = = A = G I C = = A = = = = = = A = C = T = = = A = = = A T = = = T = = G = = = = = = = = = G = = = C = A = = T = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = A A = = = = = = = = G = T D A = = T = = = = = = G = T = A = = = T = = = G C = = = C = = A = = = = = = = = = A = = = T = C = = C = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = = = = = A = G I C = = A = = = = = = A = C = T = = = A = = = A T = = = T = = G = = = = = = = = = G = = = C = A = = T = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = I A = = T G = = = = C = = A = A = = = = A = C = = = C = = = = = A = = = = T = = = A = A = = = = = = = C A = = G = = = = = = G G = = A G = A = C C = = = = = D C = = G C = = = = A = = T = G = = = = G = T = = = T = = = = = G = = = = C = = = G = G = = = = = = = G G = = A = = = = = = A A = = G C = T = T T 0 E007 = = = = = I A = = T G = T = = C = = A = A = = = = A = C = = = C = = = = = A = = = = T = = = A = A = = = = = = = C A = = G = = = = = = G G = = A G = A = C C = = = = = D C = = G C = C = = A = = T = G = = = = G = T = = = T = = = = = G = = = = C = = = G = G = = = = = = = G G = = A = = = = = = A A = = G C = T = T T 0 E008 = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = 0 E010 = A A = = D C = = = = G C T = A = ? T = G = = = = G = T = = = T = = = = = G C = = = C = ? = G = G = = = = = = = G G = = A C = = C = = A A = = G C = T = T T = T G = = I A = = = = A T G = C = ? A = A = = = = A = C = = = C = = = = = A T = = = T = ? = A = A = = = = = = = C A = = G A = = T = = G G = = A G = A = C C 0 E011 = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = A A = = D C = C = = G C T = A = = T = G = = = G G = T = = G T = = = = = G C = = = C ? ? = G = G = = = = = = = G G = = A C = = C = = A A = = G C = T = T T = T G = = I A = T = = A T G = C = = A = A = = = T A = C = = A C = = = = = A T = = = T ? ? = A = A = = = = = = = C A = = G A = = T = = G G = = A G = A = C C 0 E013 = A A = = = = = C T G G = T = = ? ? = = = = = = G = = = = = G = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = = T G C A = G = = ? ? = = = = = = T = = = = = A = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = A = = T = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = I A = = T G = T = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D C = = G C = C = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = A A = = D C = = = = G C T = A ? ? T = G = = = = G = = = = = = ? = C C = G C = = = C T ? = = = G G = = = = = = = = C = A C = = C = = A = = = = C = T A T T = T G = = I A = = = = A T G = C ? ? A = A = = = = A = = = = = = ? = T T = A T = = = T C ? = = = A A = = = = = = = = T = G A = = T = = G = = = = G = A G C C 0 E016 = = = = = I A = = = = = T = D = = (T) = = A = = = = = = = = A = C = T = = = = = = = = = ? ? A A = A = = = = = = A C A = T G = = = = = = G G = = A G = A = C C = = = = = D C = = = = = C = I = = (G) = = G = = = = = = = = T = T = A = = = = = = = = = ? ? G G = G = = = = = = G G G = C A = = = = = = A A = = G C = T = T T 0 E017 = = = = ? = = = = G C = = (G) D A = = T = = = = = = G = T = A = = = T = = = G = = = = C = = A = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = T G = = (T) I C = = A = = = = = = A = C = T = = = A = = = A = = = = T = = G = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 0 E018 = A A = = D C = = = = G C T = A = = T = G = = = = G = T = = = T = = = = = G C = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T G = = I A = = = = A T G = C = = A = A = = = = A = C = = = C = = = = = A T = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = = (T) = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = A A = = = = = = T G G = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = = = G C A = G = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = T = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = = = = = A = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = T = = = = A = = G = = = = = = C A C = = = = = = = = = G = = A = = = A = = = = = = = = C = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = A = = = = G = = A = = = = = = G G T = = = = = = = = = A = = G = = = G = = 0 E022 = (A) = = = D C = = = = = C = I = = = = = G = = = = = = = = T = T = A = = = = = = = T = = = G = = G G = = = = = G = = C C A = = = = = = A = = = = C = T A T T = (T) = = = I A = = = = = T = D = = = = = A = = = = = = = = A = C = T = = = = = = = A = = = A = = A A = = = = = A = = T T G = = = = = = G = = = = G = A G C C 0 E023 = = = = = I A = = T G = T = = C = = A = A = = = = A = C = = = C = = = = = A = = = = T = = = A = A = = = = = = = C A = = G = = = = = = G G = = A G = A = C C = = = = = D C = = G C = C = = A = = T = G = = = = G = T = = = T = = = = = G = = = = C = = = G = G = = = = = = = G G = = A = = = = = = A A = = G C = T = T T END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = 0.99 = = = = 0.99 0.99 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 0.85 = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 0.50 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 0.68 0.68 = = = = = ? 0.68 0.68 0.68 = 0.68 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 = = = = = 1.00 = ? = ? ? = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? = 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 0.56 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = ? = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 0.98 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 0.99 = = = = 0.54 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 0.69 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = = 0.54 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.66 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 0.53 = = = 0.95 0.95 = = = = = 0.95 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 END PHASEPROBS