Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000198 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 19 23 42 0.118 0.000 0.054 000386 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 19 23 42 0.053 0.000 0.024 000461 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 000497 CC 20 22 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 000688 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 23 43 0.050 0.000 0.023 000696 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 000721 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 000764 AA 12 9 21 AT 12 11 23 TT 0 3 3 2.667 0.016 1.015 001428 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001490 AA 21 10 31 AG 3 10 13 GG 0 3 3 0.107 0.040 0.954 001491 GG 0 0 0 GT 0 3 3 TT 23 20 43 0.000 0.112 0.052 001522 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 001580 CC 21 22 43 CG 1 1 2 GG 0 0 0 0.012 0.011 0.023 001735 CC 16 22 38 CG 7 0 7 GG 0 0 0 0.741 0.000 0.320 001751 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 22 22 44 0.011 0.011 0.023 001909 CC 19 23 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 001927 -- 0 1 1 +- 1 12 13 ++ 16 10 26 0.016 1.239 0.178 001938 AA 18 10 28 AC 3 13 16 CC 0 0 0 0.124 3.569 2.173 002047 -- 19 23 42 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.118 0.000 0.054 002262 CC 20 19 39 CT 0 2 2 TT 0 2 2 0.000 8.746 17.705 002388 GG 7 15 22 GT 10 7 17 TT 6 1 7 0.381 0.025 1.376 002518 CC 7 15 22 CG 12 7 19 GG 4 1 5 0.087 0.025 0.086 002780 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 002952 AA 0 2 2 AG 12 11 23 GG 12 10 22 2.667 0.179 1.790 003213 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 20 20 40 0.000 0.012 0.006 003428 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003450 CC 0 0 0 CT 2 12 14 TT 22 11 33 0.045 2.865 1.439 003483 GG 0 3 3 GT 3 11 14 TT 21 9 30 0.107 0.016 0.577 003532 -- 0 0 0 +- 5 6 11 ++ 19 17 36 0.324 0.517 0.826 003543 AA 2 4 6 AC 12 12 24 CC 10 7 17 0.375 0.087 0.304 004138 CC 22 20 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.024 004197 GG 23 18 41 GT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.055 0.024 004333 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 18 42 0.000 0.014 0.006 004376 GG 0 0 0 GT 0 2 2 TT 24 17 41 0.000 0.059 0.024 004685 AA 11 7 18 AT 9 12 21 TT 4 4 8 0.780 0.087 0.193 004686 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004717 AA 23 22 45 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.011 0.011 0.022 004925 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 004937 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005090 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005096 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005131 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005785 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005798 AA 0 0 0 AG 9 0 9 GG 15 23 38 1.278 0.000 0.527 006012 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 006039 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006117 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 006201 AA 21 10 31 AG 3 12 15 GG 0 1 1 0.107 1.239 0.280 006266 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 006515 AA 0 0 0 AG 8 0 8 GG 16 23 39 0.960 0.000 0.407 006675 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 006703 AA 16 23 39 AG 8 0 8 GG 0 0 0 0.960 0.000 0.407 006783 GG 24 19 43 GT 0 2 2 TT 0 2 2 0.000 8.746 19.489 007178 AA 13 6 19 AG 9 12 21 GG 2 4 6 0.061 0.220 0.003 007393 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 007675 GG 0 0 0 GT 8 0 8 TT 16 23 39 0.960 0.000 0.407 007872 CC 9 8 17 CT 12 11 23 TT 3 4 7 0.107 0.004 0.030 008069 CC 0 0 0 CT 8 0 8 TT 16 23 39 0.960 0.000 0.407 008699 AA 0 0 0 AT 5 6 11 TT 19 17 36 0.324 0.517 0.826 008706 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008720 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 009249 AA 0 2 2 AG 0 2 2 GG 23 19 42 0.000 8.746 19.043 010076 CC 13 11 24 CT 9 11 20 TT 1 1 2 0.130 0.741 0.747 010350 CC 15 22 37 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.017 0.000 0.007 010541 CC 11 22 33 CT 4 0 4 TT 1 0 1 0.515 0.000 2.899 010942 AA 18 17 35 AT 6 6 12 TT 0 0 0 0.490 0.517 1.007 011001 CC 0 0 0 CT 7 1 8 TT 15 21 36 0.787 0.012 0.440 011187 CC 0 0 0 CT 7 1 8 TT 16 21 37 0.741 0.012 0.428 011233 * 011598 AA 17 22 39 AT 6 0 6 TT 0 0 0 0.517 0.000 0.230 011809 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 011901 AA 2 7 9 AG 11 12 23 GG 9 4 13 0.279 0.087 0.041 011971 CC 21 13 34 CT 1 9 10 TT 0 1 1 0.012 0.130 0.067 012151 CC 16 23 39 CT 5 0 5 TT 1 0 1 0.499 0.000 2.288 012244 CC 0 0 0 CT 1 2 3 TT 20 21 41 0.012 0.048 0.055 012552 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 20 22 42 0.112 0.000 0.054 013334 AA 14 18 32 AT 1 3 4 TT 0 0 0 0.018 0.124 0.125 013385 CC 4 4 8 CT 11 11 22 TT 0 6 6 5.028 0.069 1.839 014205 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 19 41 0.045 0.000 0.024 014396 CC 0 6 6 CT 3 4 7 TT 21 7 28 0.107 4.735 11.106 014501 AA 0 0 0 AC 7 0 7 CC 17 15 32 0.700 0.000 0.379 014888 AA 0 0 0 AG 0 5 5 GG 24 18 42 0.000 0.342 0.148 015151 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015279 AA 19 14 33 AG 4 9 13 GG 1 0 1 1.361 1.361 0.046 015895 CC 23 22 45 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 016234 CC 17 23 40 CG 6 0 6 GG 1 0 1 0.240 0.000 1.527 016392 AA 4 11 15 AG 12 11 23 GG 8 1 9 0.020 0.741 0.001 016602 AA 10 18 28 AG 5 4 9 GG 0 0 0 0.600 0.220 0.709 016918 GG 13 22 35 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.077 0.000 0.029 017515 AA 1 0 1 AC 6 0 6 CC 16 22 38 0.195 0.000 1.407 017645 CC 17 23 40 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.304 017794 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 018184 AA 0 0 0 AG 8 0 8 GG 16 23 39 0.960 0.000 0.407 018290 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 21 44 0.011 0.000 0.006 018367 AA 1 0 1 AG 6 0 6 GG 17 23 40 0.240 0.000 1.527 018490 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 21 40 0.053 0.000 0.025 019109 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019400 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019404 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019642 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020157 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 020276 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020327 AA 0 0 0 AG 3 6 9 GG 21 17 38 0.107 0.517 0.527 020392 CC 14 14 28 CG 9 9 18 GG 1 0 1 0.091 1.361 0.964 020423 AA 15 14 29 AG 8 9 17 GG 1 0 1 0.003 1.361 0.693 020691 CC 0 0 0 CT 8 4 12 TT 16 19 35 0.960 0.209 1.007 021102 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 021319 CC 21 16 37 CT 3 6 9 TT 0 0 0 0.107 0.548 0.541 021570 AA 8 1 9 AG 12 11 23 GG 4 11 15 0.020 0.741 0.001 021639 AA 0 4 4 AC 11 9 20 CC 13 10 23 2.121 0.591 0.014 021647 AA 17 23 40 AT 6 0 6 TT 1 0 1 0.240 0.000 1.527 021708 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 022173 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 022454 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 022744 CC 17 23 40 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.156 022771 CC 11 10 21 CT 11 9 20 TT 0 4 4 2.444 0.591 0.061 022925 GG 17 23 40 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.156 024250 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 20 39 0.053 0.000 0.026 024358 CC 19 21 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.025 024453 -- 16 21 37 +- 5 0 5 ++ 0 0 0 0.383 0.000 0.168 024616 AA 6 1 7 AG 11 11 22 GG 4 9 13 0.069 1.068 0.203 024618 AA 1 0 1 AG 8 9 17 GG 8 12 20 0.302 1.562 1.415 024660 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 21 41 0.012 0.000 0.006 024950 AA 16 22 38 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.383 0.000 0.164 025093 GG 16 20 36 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.383 0.000 0.173 025245 CC 20 21 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 025424 AA 13 13 26 AG 8 8 16 GG 0 0 0 1.163 1.163 2.325 025455 CC 5 1 6 CG 11 10 21 GG 5 10 15 0.048 0.583 0.097 025481 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 14 21 35 0.840 0.000 0.347 025638 AA 4 11 15 AT 12 11 23 TT 7 1 8 0.087 0.741 0.026 026011 AA 0 0 0 AG 7 4 11 GG 15 19 34 0.787 0.209 0.872 026044 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 22 43 0.000 0.011 0.006 026260 CC 5 11 16 CT 11 10 21 TT 5 1 6 0.048 0.468 0.046 026380 CC 5 11 16 CT 11 10 21 TT 5 1 6 0.048 0.468 0.046 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001927: TAGTCCCAGCT 002047: AAAG 003213: CA 003428: AGGAGGG 003532: TA 011233: AAA 024453: T Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 011233 -- 0 0 0 011233 +- 0 0 0 011233 +- 0 1 1 011233 ++ 1 0 1 011233 ++ 0 0 0 011233 ++ 22 21 43