Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000463 AA 23 18 41 AG 0 5 5 GG 0 0 0 0.000 0.342 0.152 000696 CC 2 0 2 CT 8 9 17 TT 13 14 27 0.221 1.361 0.110 001427 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 22 46 0.000 0.011 0.005 001431 CC 0 0 0 CT 6 0 6 TT 18 23 41 0.490 0.000 0.218 001720 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 001891 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 22 23 45 0.045 0.000 0.022 002145 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002505 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002582 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 002714 -- 0 0 0 +- 0 6 6 ++ 18 16 34 0.000 0.548 0.263 003346 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 17 22 39 0.015 0.000 0.006 004307 AA 21 20 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.024 005098 AA 0 0 0 AG 0 5 5 GG 19 14 33 0.000 0.436 0.188 005400 CC 18 23 41 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 005725 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006477 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 006777 AA 8 0 8 AG 7 8 15 GG 8 15 23 3.522 1.019 3.359 006789 CC 18 23 41 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.342 0.000 0.152 006832 CC 21 18 39 CT 2 5 7 TT 0 0 0 0.048 0.342 0.312 006854 CC 23 15 38 CT 0 8 8 TT 0 0 0 0.000 1.019 0.417 007013 GG 12 6 18 GT 8 14 22 TT 3 3 6 0.733 1.308 0.032 007231 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 007741 GG 0 0 0 GT 0 9 9 TT 22 12 34 0.000 1.562 0.587 008237 AA 17 15 32 AT 5 7 12 TT 2 0 2 2.400 0.787 0.390 008324 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 008438 CC 1 0 1 CT 3 6 9 TT 20 17 37 2.617 0.517 0.253 008607 AA 1 0 1 AG 1 0 1 GG 22 22 44 9.967 0.000 19.761 008726 CC 5 6 11 CT 8 11 19 TT 11 6 17 2.003 0.043 1.491 008735 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008790 CC 20 23 43 CG 3 0 3 GG 1 0 1 2.617 0.000 6.306 008853 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008937 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 009022 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 009119 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009313 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 18 23 41 0.055 0.000 0.024 009467 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 18 23 41 0.055 0.000 0.024 009497 CC 19 23 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 009530 CC 17 20 37 CT 3 3 6 TT 0 0 0 0.131 0.112 0.242 010494 CC 8 12 20 CT 11 8 19 TT 5 3 8 0.114 0.733 0.858 010612 -- 0 0 0 +- 8 0 8 ++ 16 23 39 0.960 0.000 0.407 010912 CC 0 0 0 CT 8 3 11 TT 14 20 34 1.086 0.112 0.872 011245 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 011252 CC 21 23 44 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 011322 CC 8 13 21 CT 10 10 20 TT 5 0 5 0.306 1.775 0.005 011540 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 011580 CC 2 0 2 CG 6 8 14 GG 16 15 31 1.407 1.019 0.068 011584 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 011681 -- 4 8 12 +- 14 12 26 ++ 6 3 9 0.734 0.209 0.578 012113 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 19 20 39 0.000 0.112 0.058 012152 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 17 23 40 0.059 0.000 0.025 012706 CC 19 22 41 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 012834 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 012908 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 013050 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 013174 AA 20 14 34 AT 3 8 11 TT 0 0 0 0.112 1.086 0.872 013630 CC 11 5 16 CG 10 17 27 GG 2 1 3 0.017 6.324 3.499 013775 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014024 CC 0 0 0 CG 2 7 9 GG 21 16 37 0.048 0.741 0.541 014074 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 014195 AA 0 0 0 AG 6 9 15 GG 17 12 29 0.517 1.562 1.858 014239 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 18 21 39 0.342 0.000 0.160 014632 CC 19 23 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 014700 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 23 42 0.053 0.000 0.024 014733 CC 19 23 42 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.054 014746 CC 19 23 42 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.054 014833 AA 18 23 41 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.220 0.000 0.097 014895 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 19 23 42 0.118 0.000 0.054 014936 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 015027 AA 0 0 0 AC 3 6 9 CC 19 17 36 0.118 0.517 0.556 015284 CC 21 22 43 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 015300 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 015580 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 22 42 0.112 0.000 0.054 015660 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 015679 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 015805 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 016069 -- 0 0 0 +- 2 9 11 ++ 22 14 36 0.045 1.361 0.826 016412 AA 0 0 0 AG 7 10 17 GG 17 12 29 0.700 1.903 2.363 016787 AA 0 0 0 AG 6 8 14 GG 15 14 29 0.583 1.086 1.626 017159 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017681 AA 22 21 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 017839 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 22 43 0.048 0.000 0.023 018291 AA 0 0 0 AG 9 10 19 GG 14 13 27 1.361 1.775 3.116 018483 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 018813 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 018909 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 018922 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 019022 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019826 AA 19 23 42 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 019868 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 019890 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 020026 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 020043 -- 4 2 6 +- 12 12 24 ++ 8 9 17 0.020 0.517 0.304 020208 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 020502 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020625 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020685 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 020849 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020987 AA 19 23 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.118 0.000 0.054 021089 AA 19 23 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.118 0.000 0.054 021299 AA 19 16 35 AG 3 7 10 GG 0 0 0 0.118 0.741 0.703 021443 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 021639 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 22 46 0.000 0.011 0.005 021642 CC 0 0 0 CT 7 11 18 TT 17 12 29 0.700 2.272 2.636 021707 GG 0 0 0 GT 7 11 18 TT 17 11 28 0.700 2.444 2.722 021757 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 021825 AA 20 16 36 AG 4 6 10 GG 0 0 0 0.198 0.548 0.684 022223 AA 19 16 35 AG 5 5 10 GG 0 0 0 0.324 0.383 0.703 022225 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022254 -- 24 21 45 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.012 0.006 022454 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022586 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 022818 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022827 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 023168 CC 0 0 0 CG 2 8 10 GG 22 14 36 0.045 1.086 0.684 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001427: attgt 001891: ag 002505: at 002714: T 010612: c 011681: cc 012152: C 016069: aaca 020043: t 021639: atata 022254: a