************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 ephb6.phase.inp ephb6.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ephb6.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ephb6.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ephb6.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ephb6.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 62 Positions of loci: 1726 2077 2460 2500 2674 2873 3003 3369 3916 4272 4405 4554 4750 4753 4972 5378 6551 6565 6761 7038 7119 7314 8265 8482 9118 9234 9291 9533 10317 10833 10914 10924 11423 11809 12143 12185 12868 12980 13385 13676 14242 14289 14649 14986 15403 15517 15779 15797 15875 15908 16295 16503 16733 16773 16817 17360 18076 18652 18907 19012 19068 19497 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ephb6.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 IICAGCGCTAACATGGCTGICTTGGDGAACGATTCCCGTGCCTAGGGAAGGCACICGAIGCI 1.000000 2 IICAGCGCTAGCATCACTGICTTGGDGACGAGCTCCCATCCCTAGGAGGGGCACICGGDGTI 1.000000 3 IICAGCGCTAGCATCACTGICTTGGDGACGAGCTCCCATCCCTAGGAGGGGCACICGGDGCI 2.000000 4 IICAGCGCTAGTAACGCTGICTTGGDCACGGACTCCCGTCCTTAGGGGGGGTACICGGIGTD 2.000000 5 IICAGCGCCAGCATCGCTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGGCGCDCAGIATI 1.000000 6 IICAGCGCCGGCATCGCTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGCCGCDCAGIATI 1.000000 7 IICAGCGCCGGCATCGCTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGGCGCDCAGIATI 9.000000 8 IICAGTGCCGGCATCGCTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGGCGCDCAGIATI 1.000000 9 IICAACGCTAGCATCACTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGCCGCDCAAIATI 1.000000 10 IICAACGCTAGCATCACTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGCCGCDCAGIATI 30.000000 11 IICAACGCTAGCATCACTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGGCGCDCAGIATI 12.000000 12 IICAACGCTAGCATCACTADCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGCCGCDCAGIATI 1.000000 13 IICAACGCTAGCGTCGCTGDCCCAGIGCCGGACTCCCGTCTCTAGGAGGGGCACICGGDGCI 1.000000 14 IICAACGTTAACATGGCTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGGCGCDCAGIATI 1.000000 15 IICCGCGCTAGCGTCGTTGICTTGGDGACGGACTCCCGTCCCTGGGGGGGGCGCDCGGIATI 1.000000 16 IICCGCGTTAACATGGCTGICTCAGIGCCGGACGCCCGGCCTTGGAGGGAGTGGICGGIATI 2.000000 17 IICCGCGTTAACATGGCTGICTTGGDGAACGATTCCCGTGCCTAGGGAAGGCACICGAIGCI 2.000000 18 IICCGCGTTAACATGGCTGICTTGGDGAACGATTCCCGTGCCTAGGGAAGGCACICGADGTI 1.000000 19 IICCGCGTTAACATGGCTGICTTGGDGAACGATTCCCGTGCCTAGGGAAGGCACICGADGCI 1.000000 20 IICCGCGTTAACATGGCTGICTTGADGAACGATTCCCGTGCCTAGGGAAGGCACICGAIGCI 1.000000 21 IICCGCGTTAACATGGCTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGGCGCDCAGIATI 6.000000 22 IICCGCGTTAACATGGCCGICTTGGDCACGGACTCCCGTCCTTAGGGGGGGTACICGGDGTD 1.000000 23 IICCGCGTTAGCATCGCTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGGCGCDCAGIATI 1.000000 24 IICCGCGTTAGCGTCGTTGICTTGGDGACCGACTCCCGTCCCTAAGGGGGGCACICGGIGCI 2.000000 25 IITAGCACTAGCATCGCTGDCCCAGIGCCGGACTCCCGTCTCTAGGAGGGGCACICGGDGCI 2.000000 26 IITAGTACTAGCATCACTGDCTCAGIGCCGGACTCCTGTCCCTGGGGGGGCCGCDCAGIATI 2.000000 27 IDCAGCGCCAGCATCGCTGIGTTGADGACGGACTCCCGTCCCGAGGGGGGGCGGICGGIGTI 1.000000 28 IDCAGCGCCAGCATCGCTGIGTTGADGACGGACTCCCGTCCCGAGGGGGGGCGGICGGDGTI 2.000000 29 DICAGCGCTAGTAACGCTADCTCAGIGCCGGACGTCCGGGCCTGGGGGGGGCGGITGGIGCI 1.000000 30 DICAGCGCTAGTAACGCTADCTCAGIGCCGGACGTACGGGCCTGGGGGGGGCGGITGGIGCI 2.000000 31 DICAGCGCTAGTAACGCCGICTTGGDCACGGACTCCCGTCCTTAGGGGGGGTACICGGDGTD 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (18,26) D002: (12,13) D003: (2,21) D004: (17,24) D005: (10,31) D006: (20,27) D007: (7,16) D008: (10,21) D009: (16,28) D010: (11,21) D011: (10,23) D012: (3,21) D013: (1,4) D014: (6,22) D015: (21,31) D016: (10,19) D033: (15,21) D034: (11,25) D035: (10,11) D036: (4,17) D037: (3,10) D038: (24,30) D039: (5,28) D040: (29,30) E001: (11,11) E002: (7,10) E003: (10,11) E004: (7,10) E005: (10,10) E006: (7,10) E007: (7,10) E008: (10,10) E009: (11,11) E010: (10,11) E011: (10,14) E012: (8,25) E013: (10,11) E014: (10,10) E015: (7,10) E016: (7,7) E017: (10,11) E018: (7,10) E019: (9,10) E020: (10,10) E021: (10,11) E022: (10,26) E023: (10,10) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 I I C C G C G T T A A C A T G G C T G I C T T G G D G A A C G A T T C C C G T G C C T A G G G A A G G C A C I C G A D G T I I I T A G T A C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I 0 D002 I I C A A C G C T A G C (A) T C A C T (A) D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C (G) T C G C T (G) D C C C A G I G C C G G A C T C C C G T C T C T A G G A G G G G C A C I C G G D G C I 0 D003 I I C A G C G C T A G C A T C A C T G I C T T G G D G A C G A G C T C C C A T C C C T A G G A G G G G C A C I C G G D G T I I I C C G C G T T A A C A T G G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 D004 I I C C G C G T T A A C A T G G C T G I C T T G G D G A A C G A T T C C C G T G C C T A G G G A A G G C A C I C G A I G C I I I C C G C G T T A G C G T C G T T G I C T T G G D G A C C G A C T C C C G T C C C T A A G G G G G G C A C I C G G I G C I 0 D005 (I) I C A (A) C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I (D) I C A (G) C G C T A G T A A C G C C G I C T T G G D C A C G G A C T C C C G T C C T T A G G G G G G G T A C I C G G D G T D 0 D006 I I C C G C G T T A A C A T G G C T G I C T T G A D G A A C G A T T C C C G T G C C T A G G G A A G G C A C I C G A I G C I I D C A G C G C C A G C A T C G C T G I G T T G A D G A C G G A C T C C C G T C C C G A G G G G G G G C G G I C G G I G T I 0 D007 I I C A G C G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G [G] C G C D C A G I A T I I I C C G C G T T A A C A T G G C T G I C T C A G I G C C G G A C G C C C G G C C T T G G A G G G A G T G G I C G G I A T I 0 D008 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G [C] C G C D C A G I A T I I I C C G C G T T A A C A T [G] G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G [G] C G C D C A G I A T I 0 D009 I I C C G C G T T A A C A T G G C T G I C T C A G I G C C G G A C G C C C G G C C T T G G A G G G A G T G G I C G G I A T I I D C A G C G C C A G C A T C G C T G I G T T G A D G A C G G A C T C C C G T C C C G A G G G G G G G C G G I C G G D G T I 0 D010 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I I I C [C] G C G T T A A C A T G G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 D011 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (C) C G C D C A G I A T I I I C [C] G C G T T A G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (G) C G C D C A G I A T I 0 D012 I I C A [G] C G C T A G C A T C A C T G I C T T G G D G A C G A G C T C C C A T C C C T A G G A G G G G C A C I C G G D G C I I I C [C] G C G T T A A C A T G G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 D013 [I] I C A G C G C T A A C A T G G C T G I C T T G G D G A A C G A T T C C C G T G C C T A G G G A A G G C A C I C G A I G C I I I C A G C G C T A G T A A C G C T G I C T T G G D C A C G G A C T C C C G T C C T T A G G G G G G G T A C I C G G I G T D 0 D014 I I C A G C G (C) (C) (G) (G) C A T (C) G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C [C] G C G (T) (T) (A) (A) C A T (G) G C C G I C T T G G D C A C G G A C T C C C G T C C T T A G G G G G G G T A C I C G G D G T D 0 D015 I I C [C] G C G T T A A C A T G G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I [D] I C A G C G C T A G T A A C G C C G I C T T G G D C A C G G A C T C C C G T C C T T A G G G G G G G T A C I C G G D G T D 0 D016 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C C G C G T T A A C A T G G C T G I C T T G G D G A A C G A T T C C C G T G C C T A G G G A A G G C A C I C G A D G C I 0 D033 I I C C G C G C T A G C G T C G [T] T G I C T T G G [D] G A C G G A C T C C C G T C C C T G G G G G G G G C G C D C G G I A T I I I C C G C G T T A A C A T G G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 D034 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I I I T A G C A C T A G C A T C G C T G D C C C A G I G C C G G A C T C C C G T C T C T A G G A G G G G C A C I C G G D G C I 0 D035 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 D036 I I C A G C G C T A G T A A C G C T G I C T T G G D C A C G G A C T C C C G T C C T T A G G G G G G G T A C I C G G I G T D I I C C G C G T T A A C A T G G C T G I C T T G G D G A A C G A T T C C C G T G C C T A G G G A A G G C A C I C G A I G C I 0 D037 I I C A (G) C G C T A G C A T C A C T G I C T T G G D G A C G A G C T C C C A T C C C T A G G A G G G G C A C I C G G D G C I I I C A (A) C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I 0 D038 I I C C G C G T T A G C G T C G T T G I C T T G G D G A C C G A C T C C C G T C C C T A A G G G G G G C A C I C G G I G C I D I C A G C G C T A G T A A C G C T A D C T C A G I G C C G G A C G T A C G G G C C T G G G G G G G G C G G I T G G I G C I 0 D039 I I C A G C G C C A G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I I D C A G C G C C A G C A T C G C T G I G T T G A D G A C G G A C T C C C G T C C C G A G G G G G G G C G G I C G G D G T I 0 D040 D I C A G C G C T A G T A A C G C T A D C T C A G I G C C G G A C G T C C G G G C C T G G G G G G G G C G G I T G G I G C I D I C A G C G C T A G T A A C G C T A D C T C A G I G C C G G A C G T A C G G G C C T G G G G G G G G C G G I T G G I G C I 0 E001 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 E002 I I C A G C G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (G) C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (C) C G C D C A G I A T I 0 E003 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 E004 I I C A G C G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (G) C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (C) C G C D C A G I A T I 0 E005 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I 0 E006 I I C A G C G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (G) C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (C) C G C D C A G I A T I 0 E007 I I C A G C G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (G) C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (C) C G C D C A G I A T I 0 E008 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I 0 E009 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 E010 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 E011 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G [C] C G C D C A G I A T I I I C A A C G [T] T A A C A T G G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G [G] C G C D C A G I A T I 0 E012 I I C A G (T) G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G [G] C G C D C A G I A T I I I T A G (C) A C T A G C A T C G C T G D C C C A G I G C C G G A C T C C C G T C T C T A G G A G G G G C A C I C G G D G C I 0 E013 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 E014 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I 0 E015 I I C A G C G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (G) C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (C) C G C D C A G I A T I 0 E016 I I C A G C G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I I I C A G C G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 E017 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 E018 I I C A G C G C C G G C A T C G C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (G) C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G (C) C G C D C A G I A T I 0 E019 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A A I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I 0 E020 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I 0 E021 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G G C G C D C A G I A T I 0 E022 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I T A G T A C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I 0 E023 I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I I I C A A C G C T A G C A T C A C T G D C T C A G I G C C G G A C T C C T G T C C C T G G G G G G G C C G C D C A G I A T I END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = C C = C G T = = A = = = G G = = = I = = T G = D = A A C = = ? = = = C = = G = = = A = = = A A = G = A = I = G A D G = = = = T A = T A C = = G = = = C A = = = D = = C A = I = C C G = = ? = = = T = = C = = = G = = = G G = C = G = D = A G I A = = 0 D002 = = = = = = = = = = = = (A) = = A = = (A) = = T = = = = = = = = = = = = = = T = = = C = = G = = G = = = C = G = D = A = I A T = = = = = = = = = = = = = (G) = = G = = (G) = = C = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = = A = = A = = = G = A = I = G = D G C = 0 D003 = = = A = = = C = = G = = = C A ? ? = I = = T G = D = A = = A G = = ? ? C A = = = = = A = = A = = = = = A = I = G = D G = = = = = C = = = T = = A = = = G G ? ? = D = = C A = I = C = = G A = = ? ? T G = = = = = G = = G = = = = = G = D = A = I A = = 0 D004 = = = = = = = = = = A = A = G = C = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = G = = = = G = = A A = ? ? = = ? = = A = = = = = = = = = = = = = = G = G = C = T = = = = = = = = = = = C = = = C = = = = = = C = = = = A = = G G = ? ? = = ? = = G = = = = 0 D005 (I) = = = (A) = = = = = = C = T = A = T = ? ? ? C A = I G C = = = = = = = = T = = = = C = G = = = = = = C C G = D = A = I A = I (D) = = = (G) = = = = = = T = A = G = C = ? ? ? T G = D C A = = = = = = = = C = = = = T = A = = = = = = G T A = I = G = D G = D 0 D006 = I = C = = = T T = A = = = G = = = = = C = = = = = = = A C = = T = = = = = = G = = T = = = = A A = = = A C = = = A = = C = = D = A = = = C C = G = = = C = = = = = G = = = = = = = C G = = C = = = = = = C = = G = = = = G G = = = G G = = = G = = T = 0 D007 = = = A = ? = C C G G = = = C = = = = D = = = = = = = = = = = = ? T = = T = T ? ? ? = = = G = = = G ? ? = C D = A = = = = = = = = C = ? = T T A A = = = G = = = = I = = = = = = = = = = = = ? G = = C = G ? ? ? = = = A = = = A ? ? = G I = G = = = = = 0 D008 = = = A A ? = ? ? ? ? ? ? ? ? A = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? = = = C G ? = ? ? ? ? ? ? ? ? G = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? 0 D009 = I = C = = = T T = A = = = G = ? ? = = C = C A G I = C = = = = = G ? ? = = G ? ? ? T G = A = = = A ? ? = = = = = = I A = = = D = A = = = C C = G = = = C = ? ? = = G = T G A D = A = = = = = T ? ? = = T ? ? ? G A = G = = = G ? ? = = = = = = D G = = 0 D010 = = ? ? ? ? ? C = = G = = = C A = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? T = = A = = = G G = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 0 D011 = = ? ? ? ? ? C = = = = = = = A ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? T = = = = = = = G ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = 0 D012 = = ? ? ? ? ? C = = G = = = C A = = = I = = T G = D ? ? = = A G = = = = C A = = = = = A = = A = = = = = A = I = G = D G C = = = ? ? ? ? ? T = = A = = = G G = = = D = = C A = I ? ? = = G A = = = = T G = = = = = G = = G = = = = = G = D = A = I A T = 0 D013 ? = = = = = = = = = A C = T G = = = = = = = = = = = G = A C = = T ? = = = = = G = C = = ? ? ? ? ? ? = C = = = = = A = = C I ? = = = = = = = = = G T = A C = = = = = = = = = = = C = C G = = C ? = = = = = C = T = = ? ? ? ? ? ? = T = = = = = G = = T D 0 D014 = = ? ? ? ? ? (C) (C) (G) (G) = = = (C) = = T = ? ? = C A = I G C = = = = = = = = T = = = = C = G = = = = = = C C G = D = A = I A = I = = ? ? ? ? ? (T) (T) (A) (A) = = = (G) = = C = ? ? = T G = D C A = = = = = = = = C = = = = T = A = = = = = = G T A = I = G = D G = D 0 D015 ? = ? ? ? ? = T = = A C = T G = = T = D = = C A ? ? ? ? = = = = = = ? ? T = = = = C = G = = = = = = = C G = D = A = I A = I ? = ? ? ? ? = C = = G T = A C = = C = I = = T G ? ? ? ? = = = = = = ? ? C = = = = T = A = = = = = = = T A = I = G = D G = D 0 D016 = = ? ? ? ? ? C = = G = = = C A = = = D = ? C A ? ? ? ? C ? ? ? ? = ? ? ? ? ? C = = = G ? ? ? ? ? ? C = G = D = A G I A T = = = ? ? ? ? ? T = = A = = = G G = = = I = ? T G ? ? ? ? A ? ? ? ? = ? ? ? ? ? G = = = A ? ? ? ? ? ? G = A = I = G A D G C = 0 D033 = = = = = = = C = = G = G = C = ? ? ? I = = T G ? ? ? ? = = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G ? ? = = = = = = = = = = T = = A = A = G = ? ? ? D = = C A ? ? ? ? = = = = = = = ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? ? = = = 0 D034 = = C = A = G = = = = = = = = A = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = T = = = C = = G = = G = = = = = G = D = A = I A T = = = T = G = A = = = = = = = = G = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = C = = = T = = A = = A = = = = = A = I = G = D G C = 0 D035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = = = C = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = = = G = = = = = = ? ? = = = 0 D036 ? = = A = = = C = = G T = A C = = = = = = ? = = = = C = C G = = C = = = = = = C = T = = = = = G G = = T = = = = = G = = T D ? = = C = = = T = = A C = T G = = = = = = ? = = = = G = A C = = T = = = = = = G = C = = = = = A A = = C = = = = = A = = C I 0 D037 = = = = (G) = = = = = = = = = ? ? = = = I = = T G ? D = A ? = A G = = = = C A = = = = = A = = A = = = G = A = I = G = D G C = = = = = (A) = = = = = = = = = ? ? = = = D = = C A ? I = C ? = G A = = = = T G = = = = = G = = G = = = C = G = D = A = I A T = 0 D038 ? = = C = = = T = = = C G T = = T = G ? ? ? T G = D = A = C = = = T C C = = T ? ? ? = A A = = = = = = = A C = C = = = = = = ? = = A = = = C = = = T A A = = C = A ? ? ? C A = I = C = G = = = G T A = = G ? ? ? = G G = = = = = = = G G = T = = = = = = 0 D039 = I = = = = = = = = = = = = = = = = ? D ? = C A G I = C ? = = = = = = = T = = = = = T G = = = = = = = = = C D = A = I A = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = ? I ? = T G A D = A ? = = = = = = = C = = = = = G A = = = = = = = = = G I = G = D G = = 0 D040 = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = C = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = A = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? 0 E001 = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = = G = = = C G = = = = = G ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T A = = = = = A ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = G = = = C G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T A = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = G = = = C G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T A = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = G = = = C G = = = = = G = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T A = = = = = A = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = ? ? = G = = = C A = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = A = = = G G = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? 0 E012 = = C = = (T) G ? C G = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = T = = = C = = G = = G = = = ? ? G = D = A = I A T = = = T = = (C) A ? T A = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = = A = = A = = = ? ? A = I = G = D G C = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 E014 = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = ? ? ? ? = = C G = = = = = G = = = ? ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = (G) = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? = = T A = = = = = A = = = ? ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = (C) = ? ? ? = = = = = = = 0 E016 = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 E018 = = ? ? ? ? = = C G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = T A = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = 0 E019 = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 E022 = = C = A C G = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = G T A = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 0.98 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.54 = = 1.00 = = 0.50 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.97 = = = 0.98 = = 0.98 = = = 0.98 0.98 ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? = = ? = = 1.00 = = = = 0.77 = = = 0.79 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 0.99 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 ? = ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? = 0.99 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? 0.97 = = = = = = = 0.98 ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0.85 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? 0.97 = = 0.97 = = = 0.97 0.97 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? ? 0.88 0.88 0.88 0.88 = = = 0.88 = = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? ? = = = = = = ? ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 ? ? ? ? = ? ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? ? = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = ? = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 0.68 = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 0.96 = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.85 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.85 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = 0.51 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0.84 = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.85 = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS