Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000063 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 000067 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 000473 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 000607 AA 13 18 31 AG 7 5 12 GG 4 0 4 2.476 0.342 2.659 000835 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 000877 AA 17 20 37 AC 7 3 10 CC 0 0 0 0.700 0.112 0.666 001266 AA 12 17 29 AG 8 5 13 GG 4 0 4 1.500 0.362 1.801 001726 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002026 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002192 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002363 CC 17 20 37 CT 7 3 10 TT 0 0 0 0.700 0.112 0.666 002845 CC 5 0 5 CT 8 5 13 TT 11 18 29 2.003 0.342 2.977 002885 CC 17 20 37 CT 7 3 10 TT 0 0 0 0.700 0.112 0.666 003231 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 003233 CC 10 0 10 CT 11 8 19 TT 2 15 17 0.179 1.019 1.096 003766 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 004072 CC 10 0 10 CT 10 8 18 TT 2 15 17 0.050 1.019 1.461 004079 AA 10 18 28 AG 8 5 13 GG 4 0 4 1.010 0.342 1.668 004180 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 004248 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004320 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004628 CC 22 21 43 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.012 0.023 004896 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004970 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 17 23 40 0.700 0.000 0.304 005123 AA 22 21 43 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 005255 GG 21 23 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 005597 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 005600 AA 12 18 30 AG 9 5 14 GG 3 0 3 0.389 0.342 0.577 005924 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006319 GG 3 0 3 GT 8 5 13 TT 12 17 29 0.733 0.362 0.792 006525 CC 0 0 0 CT 7 3 10 TT 17 20 37 0.700 0.112 0.666 006601 GG 11 0 11 GT 10 8 18 TT 3 15 18 0.094 1.019 2.206 006766 GG 3 0 3 GT 8 5 13 TT 13 18 31 0.897 0.342 0.954 007079 CC 13 0 13 CT 7 9 16 TT 3 14 17 1.431 1.361 4.114 007461 CC 4 0 4 CG 10 6 16 GG 7 14 21 0.016 0.623 0.135 007605 AA 3 14 17 AC 8 9 17 CC 13 0 13 0.897 1.361 3.460 007888 CC 19 22 41 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.152 008115 CC 16 23 39 CT 8 0 8 TT 0 0 0 0.960 0.000 0.407 008198 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008259 CC 0 0 0 CG 7 3 10 GG 17 20 37 0.700 0.112 0.666 008376 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008443 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008539 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 008622 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 008930 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 008969 AA 4 13 17 AG 12 9 21 GG 7 0 7 0.087 1.455 0.015 009067 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 009145 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 009236 AA 13 17 30 AG 7 5 12 GG 4 0 4 2.476 0.362 2.504 009240 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009255 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 009658 -- 0 0 0 +- 0 2 2 ++ 21 18 39 0.000 0.055 0.026 010038 CC 21 22 43 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.011 0.093 010076 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 010085 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 010446 CC 12 16 28 CT 8 6 14 TT 3 0 3 0.733 0.548 0.450 010545 GG 21 22 43 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 010632 AA 22 22 44 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 010688 AA 11 16 27 AC 9 6 15 CC 4 0 4 0.780 0.548 0.783 010852 AA 12 0 12 AC 9 6 15 CC 3 16 19 0.389 0.548 5.081 011272 AA 11 17 28 AG 9 6 15 GG 4 0 4 0.780 0.517 0.876 011346 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 011466 AA 14 0 14 AC 8 6 14 CC 2 17 19 0.296 0.517 7.424 011496 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 011625 CC 12 17 29 CT 10 6 16 TT 2 0 2 0.002 0.517 0.012 011626 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 013204 AA 18 23 41 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 013245 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 013307 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 013512 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 013599 AA 4 0 4 AG 9 6 15 GG 10 17 27 0.591 0.517 0.783 013636 GG 17 21 38 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.233 0.000 0.105 014061 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 014119 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 014153 AA 17 23 40 AC 7 0 7 CC 0 0 0 0.700 0.000 0.304 014279 AA 21 21 42 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.054 014335 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014833 CC 22 21 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 014845 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014981 AA 24 20 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 015052 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 015339 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 015532 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 015852 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016577 CC 12 7 19 CT 10 9 19 TT 0 7 7 1.903 1.087 0.372 016689 CC 15 23 38 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.787 0.000 0.320 016755 CC 8 17 25 CT 9 6 15 TT 5 0 5 0.609 0.517 1.289 016861 AA 1 13 14 AG 9 8 17 GG 12 2 14 0.182 0.221 2.689 017144 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 017152 AA 22 22 44 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.006 017244 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 017380 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 017389 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 017409 AA 12 0 12 AG 9 6 15 GG 3 17 20 0.389 0.517 5.518 017501 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 017528 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 017708 AA 0 6 6 AG 4 9 13 GG 20 8 28 0.198 1.028 3.996 018559 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 22 42 0.050 0.000 0.024 019057 AA 0 0 0 AG 0 5 5 GG 23 17 40 0.000 0.362 0.156 019335 AA 21 22 43 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.048 0.000 0.023 019759 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019899 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 21 44 0.011 0.000 0.006 020091 CC 3 18 21 CT 12 5 17 TT 8 0 8 0.209 0.342 1.780 020469 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 22 40 0.490 0.000 0.224 020715 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 020754 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 020802 AA 21 23 44 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 020890 CC 24 10 34 CT 0 9 9 TT 0 4 4 0.000 0.591 5.880 022917 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 17 21 38 0.131 0.000 0.059 023347 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 023764 AA 0 3 3 AC 0 7 7 CC 24 13 37 0.000 1.431 6.614 023782 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023899 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 027070 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 027654 CC 14 23 37 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.071 0.000 0.027 027912 CC 9 13 22 CG 9 7 16 GG 4 3 7 0.414 1.431 1.800 027944 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 028183 CC 23 18 41 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.011 0.055 0.055 028324 AA 23 20 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 029141 AA 23 16 39 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 029162 AA 0 3 3 AG 3 5 8 GG 21 8 29 0.107 1.512 3.779 029670 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 029705 CC 21 23 44 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 030463 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 030848 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 030926 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 031316 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 031996 AA 13 20 33 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.171 0.000 0.068 032093 AA 0 0 0 AT 0 2 2 TT 17 18 35 0.000 0.055 0.029 032360 CC 16 23 39 CT 2 0 2 TT 1 0 1 3.698 0.000 9.476 032922 CC 24 10 34 CG 0 13 13 GG 0 0 0 0.000 3.569 1.211 033500 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 033569 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 033844 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 033986 AA 15 21 36 AG 5 2 7 GG 4 0 4 5.359 0.048 9.296 034098 AA 23 21 44 AG 1 2 3 GG 0 0 0 0.011 0.048 0.051 034181 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 034203 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 034320 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 034495 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 036594 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 037210 AA 16 21 37 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.140 0.000 0.061 037294 CC 17 4 21 CT 5 12 17 TT 0 7 7 0.362 0.087 1.203 038742 GG 19 21 40 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.056 038924 AA 9 8 17 AG 9 12 21 GG 6 3 9 1.361 0.209 0.299 038935 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 039113 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 23 43 0.112 0.000 0.052 039207 CC 6 3 9 CG 8 12 20 GG 9 8 17 1.965 0.209 0.491 039361 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 039378 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 039418 AA 0 3 3 AG 0 8 8 GG 24 12 36 0.000 0.733 5.074 039817 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 040195 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 040199 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 040392 CC 18 23 41 CT 3 0 3 TT 2 0 2 5.624 0.000 13.222 040613 CC 5 3 8 CT 7 12 19 TT 12 8 20 3.153 0.209 0.858 040737 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 041376 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 041521 -- 0 0 0 +- 1 2 3 ++ 23 19 42 0.011 0.053 0.054 041992 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 22 42 0.050 0.000 0.024 042049 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 18 15 33 0.014 0.000 0.008 042163 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 042230 CC 19 23 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 042241 CC 0 3 3 CT 3 9 12 TT 20 11 31 0.112 0.277 1.348 042407 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 042420 GG 4 3 7 GT 7 9 16 TT 12 11 23 2.175 0.277 2.002 042505 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 19 23 42 0.209 0.000 0.095 042541 CC 16 23 39 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.741 0.000 0.312 042626 CC 21 22 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 042691 -- 3 0 3 +- 2 0 2 ++ 16 20 36 10.032 0.000 21.430 042916 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 042942 AA 9 11 20 AG 10 9 19 GG 5 3 8 0.490 0.277 0.858 043597 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 18 23 41 0.014 0.000 0.006 043658 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 17 23 40 0.131 0.000 0.056 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 009658: agag 041521: aact 042049: tgtgactgtaggc 042691: AA