Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000063 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000067 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000473 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000607 G 0.31 0.11 0.21 A 0.69 0.89 0.79 0.43 0.19 0.33 000835 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000877 C 0.15 0.07 0.11 A 0.85 0.93 0.89 0.25 0.12 0.19 001266 G 0.33 0.11 0.23 A 0.67 0.89 0.77 0.44 0.20 0.35 001726 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002026 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002192 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002363 T 0.15 0.07 0.11 C 0.85 0.93 0.89 0.25 0.12 0.19 002845 C 0.38 0.11 0.24 T 0.62 0.89 0.76 0.47 0.19 0.37 002885 T 0.15 0.07 0.11 C 0.85 0.93 0.89 0.25 0.12 0.19 003231 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003233 C 0.67 0.17 0.42 T 0.33 0.83 0.58 0.44 0.29 0.49 003766 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004072 C 0.68 0.17 0.42 T 0.32 0.83 0.58 0.43 0.29 0.49 004079 G 0.36 0.11 0.23 A 0.64 0.89 0.77 0.46 0.19 0.36 004180 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004248 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004320 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004628 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 004896 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004970 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 005123 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005255 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005597 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005600 G 0.31 0.11 0.21 A 0.69 0.89 0.79 0.43 0.19 0.33 005924 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006319 G 0.30 0.11 0.21 T 0.70 0.89 0.79 0.42 0.20 0.33 006525 C 0.15 0.07 0.11 T 0.85 0.93 0.89 0.25 0.12 0.19 006601 G 0.67 0.17 0.43 T 0.33 0.83 0.57 0.44 0.29 0.49 006766 G 0.29 0.11 0.20 T 0.71 0.89 0.80 0.41 0.19 0.32 007079 C 0.72 0.20 0.46 T 0.28 0.80 0.54 0.41 0.31 0.50 007461 C 0.43 0.15 0.29 G 0.57 0.85 0.71 0.49 0.26 0.41 007605 C 0.71 0.20 0.46 A 0.29 0.80 0.54 0.41 0.31 0.50 007888 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008115 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 008198 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008259 C 0.15 0.07 0.11 G 0.85 0.93 0.89 0.25 0.12 0.19 008376 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008443 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008539 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008622 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008930 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008969 G 0.57 0.20 0.39 A 0.43 0.80 0.61 0.49 0.33 0.48 009067 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009145 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009236 G 0.31 0.11 0.22 A 0.69 0.89 0.78 0.43 0.20 0.34 009240 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009255 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009658 - 0.00 0.05 0.02 + 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 010038 T 0.06 0.02 0.04 C 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 010076 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010085 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010446 T 0.30 0.14 0.22 C 0.70 0.86 0.78 0.42 0.24 0.35 010545 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010632 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010688 C 0.35 0.14 0.25 A 0.65 0.86 0.75 0.46 0.24 0.38 010852 A 0.69 0.14 0.42 C 0.31 0.86 0.58 0.43 0.24 0.49 011272 G 0.35 0.13 0.24 A 0.65 0.87 0.76 0.46 0.23 0.37 011346 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 011466 A 0.75 0.13 0.45 C 0.25 0.87 0.55 0.38 0.23 0.49 011496 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011625 T 0.29 0.13 0.21 C 0.71 0.87 0.79 0.41 0.23 0.33 011626 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013204 G 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 013245 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013307 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013512 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013599 A 0.37 0.13 0.25 G 0.63 0.87 0.75 0.47 0.23 0.38 013636 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 014061 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014119 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014153 C 0.15 0.00 0.07 A 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 014279 T 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014335 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014833 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014845 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014981 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 015052 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015339 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015532 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 015852 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016577 T 0.23 0.50 0.37 C 0.77 0.50 0.63 0.35 0.50 0.46 016689 T 0.16 0.00 0.08 C 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 016755 T 0.43 0.13 0.28 C 0.57 0.87 0.72 0.49 0.23 0.40 016861 A 0.25 0.74 0.50 G 0.75 0.26 0.50 0.38 0.39 0.50 017144 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017152 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017244 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017380 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017389 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 017409 A 0.69 0.13 0.41 G 0.31 0.87 0.59 0.43 0.23 0.49 017501 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 017528 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017708 A 0.08 0.46 0.27 G 0.92 0.54 0.73 0.15 0.50 0.39 018559 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 019057 A 0.00 0.11 0.06 G 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.10 019335 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019759 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019899 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020091 T 0.61 0.11 0.36 C 0.39 0.89 0.64 0.48 0.19 0.46 020469 A 0.12 0.00 0.07 G 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 020715 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 020754 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 020802 T 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 020890 T 0.00 0.37 0.18 C 1.00 0.63 0.82 0.00 0.47 0.30 022917 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 023347 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023764 A 0.00 0.28 0.14 C 1.00 0.72 0.86 0.00 0.41 0.24 023782 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023899 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027070 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 027654 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.05 027912 G 0.39 0.28 0.33 C 0.61 0.72 0.67 0.47 0.41 0.44 027944 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 028183 T 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.10 0.07 028324 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029141 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029162 A 0.06 0.34 0.17 G 0.94 0.66 0.82 0.12 0.45 0.29 029670 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029705 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 030463 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030848 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 030926 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 031316 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031996 T 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 032093 A 0.00 0.05 0.03 T 1.00 0.95 0.97 0.00 0.10 0.05 032360 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 032922 G 0.00 0.28 0.14 C 1.00 0.72 0.86 0.00 0.41 0.24 033500 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033569 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033844 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033986 G 0.27 0.04 0.16 A 0.73 0.96 0.84 0.39 0.08 0.27 034098 G 0.02 0.04 0.03 A 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 034181 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 034203 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034320 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034495 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 036594 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 037210 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 037294 T 0.11 0.57 0.34 C 0.89 0.43 0.66 0.20 0.49 0.45 038742 T 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 038924 G 0.44 0.39 0.41 A 0.56 0.61 0.59 0.49 0.48 0.49 038935 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 039113 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 039207 C 0.43 0.39 0.41 G 0.57 0.61 0.59 0.49 0.48 0.48 039361 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 039378 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 039418 A 0.00 0.30 0.15 G 1.00 0.70 0.85 0.00 0.42 0.25 039817 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 040195 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 040199 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 040392 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 040613 C 0.35 0.39 0.37 T 0.65 0.61 0.63 0.46 0.48 0.47 040737 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 041376 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 041521 - 0.02 0.05 0.03 + 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 041992 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 042049 - 0.03 0.00 0.01 + 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 042163 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042230 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 042241 C 0.07 0.33 0.20 T 0.93 0.67 0.80 0.12 0.44 0.31 042407 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042420 G 0.33 0.33 0.33 T 0.67 0.67 0.67 0.44 0.44 0.44 042505 G 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 042541 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 042626 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 042691 - 0.19 0.00 0.10 + 0.81 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 042916 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042942 G 0.42 0.33 0.37 A 0.58 0.67 0.63 0.49 0.44 0.47 043597 C 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 043658 A 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.14 0.00 0.07 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 009658: agag 041521: aact 042049: tgtgactgtaggc 042691: AA