Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000135 G 0.29 0.16 0.23 A 0.71 0.84 0.77 0.41 0.27 0.35 000171 A 0.23 0.00 0.12 C 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 000400 - 0.23 0.00 0.12 + 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 000461 C 0.25 0.00 0.13 T 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.23 000801 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 000832 G 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 000846 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000944 T 0.11 0.24 0.17 C 0.89 0.76 0.83 0.19 0.36 0.29 001015 A 0.22 0.00 0.11 G 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 001325 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 002357 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002491 A 0.10 0.23 0.16 G 0.90 0.77 0.84 0.19 0.35 0.27 002608 T 0.27 0.00 0.13 G 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 002721 A 0.24 0.00 0.12 G 0.76 1.00 0.88 0.36 0.00 0.21 002757 T 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 002766 T 0.16 0.00 0.08 C 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 002944 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003592 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 003828 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004086 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004152 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 004788 + 0.10 0.00 0.05 - 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 004929 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005183 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005266 G 0.24 0.24 0.24 A 0.76 0.76 0.76 0.36 0.36 0.36 006983 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 007135 C 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 007218 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007741 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007976 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008471 C 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008723 A 0.00 0.08 0.04 C 1.00 0.92 0.96 0.00 0.15 0.08 009207 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009323 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 010442 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011148 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011157 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 011617 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 011740 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 012339 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012388 A 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 012432 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012954 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012998 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013451 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013676 A 0.00 0.15 0.08 G 1.00 0.85 0.92 0.00 0.26 0.15 013886 G 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 013891 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 013951 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 014106 T 0.04 0.15 0.10 G 0.96 0.85 0.90 0.08 0.26 0.17 014253 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014268 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 014500 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 014753 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 014861 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016327 A 0.00 0.13 0.07 G 1.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.12 016732 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 016983 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017007 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017067 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017178 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 018383 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019004 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 019737 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021870 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025733 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026287 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 028154 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 028646 T 0.10 0.24 0.17 C 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 029664 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 030191 A 0.11 0.24 0.18 G 0.89 0.76 0.82 0.20 0.36 0.29 030259 C 0.14 0.15 0.15 T 0.86 0.85 0.85 0.24 0.26 0.25 031527 C 0.32 0.48 0.40 T 0.68 0.52 0.60 0.43 0.50 0.48 031683 G 0.32 0.00 0.16 A 0.68 1.00 0.84 0.43 0.00 0.26 032274 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032296 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032805 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 032971 C 0.31 0.15 0.23 T 0.69 0.85 0.77 0.43 0.26 0.36 033311 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 033759 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 033880 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034302 C 0.02 0.09 0.05 G 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 034462 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034504 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034585 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 035252 A 0.20 0.12 0.15 G 0.80 0.88 0.85 0.32 0.21 0.26 035713 C 0.07 0.11 0.09 T 0.93 0.89 0.91 0.12 0.19 0.16 035726 T 0.07 0.13 0.10 C 0.93 0.87 0.90 0.12 0.23 0.18 036700 T 0.09 0.00 0.05 C 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 040282 A 0.00 0.12 0.06 G 1.00 0.88 0.94 0.00 0.22 0.11 040505 T 0.13 0.09 0.11 C 0.87 0.91 0.89 0.23 0.16 0.19 041898 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 041999 G 0.25 0.00 0.13 A 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.22 042098 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 042178 G 0.15 0.09 0.12 A 0.85 0.91 0.88 0.25 0.16 0.21 042435 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 042679 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 043009 + 0.38 0.24 0.31 - 0.62 0.76 0.69 0.47 0.36 0.43 043167 C 0.41 0.09 0.25 G 0.59 0.91 0.75 0.48 0.17 0.38 043702 G 0.20 0.00 0.06 A 0.80 1.00 0.94 0.32 0.00 0.12 044142 T 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000400: aatgcctgcatttgacc 004788: t 043009: a