************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 edarx.phase.inp edarx.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST edarx.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates edarx.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual edarx.phase.out_recom : estimates of recombination parameters edarx.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 94 Number of Loci: 44 Positions of loci: 173 429 1158 1663 2531 60382 62374 67394 67517 67656 67776 67777 68000 68048 77249 77729 78598 79140 80343 83855 84259 84392 84682 84710 85291 85411 93027 93032 93299 93386 93435 93706 93838 93891 94886 95064 95258 95727 96021 96284 96563 97351 97449 97831 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file edarx.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GGDTGACCGCGCTTGCCACGAADCTAATGTCTCTTTATIICGGI 3.000000 2 GGDTGACCGCGCTTGCCACGCCDCTGATGTCTCTTTATIICGGI 1.000000 3 GGDTGACCATGCTCGCCACGAADCTAGTGCATCTTCATIICGGD 1.000000 4 GGDTGACCATGCTCGCCACGAADCTAGTGCATCTTCATIDCGGD 2.000000 5 GGDTGACCATGCTCGTCACGAADCTAGTGCATCTTCATIDCGGD 1.000000 6 GGDTGACGGCACCTGCTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDCATI 6.000000 7 GGDTGACGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDTATI 1.000000 8 GGDTGACGGCATCTGCCGCGCCICCGATGCATCTTCATIDCGGD 1.000000 9 GGDTGACGGCATCTGCCGCGCCDCTGGTACCTTTTCGTIDCATI 1.000000 10 GGDTGACGGCATCTGCCGCGCCDTTGGTACCTTTTCGTIDCGGD 1.000000 11 GGDTGACGGCATCTGTTATGCAITTGGTACCTTCTCGCIDTATI 1.000000 12 GGDTGACGGCATCTGTTATGCAITTGGTACCATCTCGCIDTATI 68.000000 13 GGDTGATCGCGCTTGCCACGAADCTAATGTCTCTTTATIICGGI 1.000000 14 GGDTGATGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDCATI 3.000000 15 GGDTGGCCGCACTTGCCACGACDCCGAAGTCTCTCTATDICGGI 1.000000 16 GGDTGGTCGTGCCCACCGCCCAITTGGTACCATTTCGCIDCATI 1.000000 17 GGDTGGTGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDTATI 1.000000 18 GGITGACGGCATCTGTTATGCAITTGGTACCATCTCGCIDTATI 1.000000 19 AGDTAGTCATGCTCACCGCCACDCCGAAGTCTCTCTATDICGGI 1.000000 20 AGDCAACCGCACTCGCCGCGCCDCTGATGCATCTTCATIDCGGD 1.000000 21 AGDCAACCGCACTCGCCGCCCCDCTGAAGTCTCTCTATDICGGI 1.000000 22 AGDCAACCGCGCTTGCCACGAADCTGATGTCTCTTTATIICGGI 2.000000 23 AGDCAACCGCGCTTGCCACGACDCCGAAGTCTCTCTATDICGGI 1.000000 24 AGDCAACCATGCTCACCGCCACDCCGAAGTCTCTCTATDICGGI 1.000000 25 AGDCAACGGCACCTGCTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDCATI 2.000000 26 AGDCAACGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDCATI 2.000000 27 AGDCAACGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDTATI 6.000000 28 AGDCAACGGCATCTGCCGCGCCICCGATGCATCTTCATIDCGGD 2.000000 29 AGDCAACGGCATCTGTTATGCAITTGGTACCATCTCGCIDTATI 1.000000 30 AGDCAGCCATGCTCACCGCCACDCCGAAGTCTCTCTATDICGGI 1.000000 31 AGDCAGCGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDTATI 1.000000 32 AGDCAGCGGCATCTGCCGCGCCICCGATGCATCTTCATIDCGGD 1.000000 33 AGDCAGTGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCTTTTCGCIDTATI 2.000000 34 AGDCAGTGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDTATI 8.000000 35 AGDCAGTGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATCTCGCIDTATI 1.000000 36 AGICAACGGCACCTGTCGCCACDCCGAAGTCTCTCTATDICGGI 1.000000 37 AGICAACGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDCATI 1.000000 38 AGICAACGGCATCTGTTATGCAITTGGTACCATCTCGCIDTATI 1.000000 39 AGICAACGGCGCCTGCCGCGCCDCTGGTACCTTTTCGTIDCATI 1.000000 40 AGICAGCCGCGCTTGCCACGAADCTAATGTCTCTTTATIICGGI 3.000000 41 ATDCAGTGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDTATI 1.000000 42 ATICAACCATGCTCGCCACGCAICTGGTACCTCTTCGTIICGGI 1.000000 43 ATICAACGGCACCTGCTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDCATI 6.000000 44 ATICAACGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDTATI 1.000000 45 ATICAACGGCATCTGCCGCGCCICCGATGCATCTTCATIDCGGD 1.000000 46 ATICAACGGCATCTGTTATGCAITTGGTACCATCTCGCIDTATI 3.000000 47 ATICAGTCATGCTCACCGCCACDCCGAAGTCTCTCTATDICGGI 1.000000 48 ATICAGTCATGCTCACCGCCCAICTGAAGTCTCTCTATDICGGI 3.000000 49 ATICAGTGGCACCTGCTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDCATI 2.000000 50 ATICAGTGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDCATI 1.000000 51 ATICAGTGGCACCTGTTATGCAITTGGTACCATTTCGCIDTATI 28.000000 52 ATICAGTGGCACCTACCGCCACDCCGAAGTCTCTCTATDICGGI 2.000000 53 ATICAGTGGCATCTGCCGCGCCICCGATGCATCTTCATIDCGGD 1.000000 54 ATICAGTGGCATCTGTTATGCAITTGGTACCATCTCGCIDTATI 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,8) D002: (1,6) D003: (12,21) D004: (6,48) D005: (1,25) D006: (6,15) D007: (7,22) D008: (36,40) D009: (4,20) D010: (22,26) D011: (10,40) D012: (4,32) D013: (5,37) D014: (2,47) D015: (6,48) D016: (24,51) D033: (12,44) D034: (6,51) D035: (30,39) D036: (27,48) D037: (6,26) D038: (12,25) D039: (23,40) D040: (3,13) E001: (31,52) E002: (34,34) E003: (34,42) E004: (27,43) E005: (27,51) E006: (34,51) E007: (34,49) E008: (17,33) E009: (27,51) E010: (33,51) E011: (51,51) E012: (27,51) E013: (51,51) E014: (41,43) E015: (51,51) E016: (43,51) E017: (34,51) E018: (51,53) E019: (14,16) E020: (51,51) E021: (51,51) E022: (35,51) E023: (34,52) E024: (43,43) H101: (12,34) H102: (12,12) H103: (12,12) H104: (45,51) H105: (12,19) H106: (12,46) H107: (12,43) H108: (12,14) H109: (12,12) H110: (12,51) H111: (12,46) H112: (49,51) H113: (11,12) H114: (12,51) H115: (50,51) H116: (12,51) H117: (12,28) H118: (12,12) H119: (12,12) H120: (14,51) H121: (12,27) H122: (28,38) X125: (12,12) X126: (12,54) X127: (12,12) X128: (12,12) X129: (12,12) X130: (12,12) X131: (12,12) X132: (12,12) X133: (12,12) X134: (12,12) X135: (12,12) X136: (9,12) X137: (12,12) X138: (12,29) X139: (12,12) X140: (12,12) X141: (12,12) X142: (12,46) X143: (12,12) X144: (12,18) X145: (12,12) X146: (12,12) X147: (12,12) X148: (12,12) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G G D T G A C C G C G C T T G C C A C G A A D C T A A T G T C T C T T T A T I I C G G I G G D T G A C G G C A T C T G C C G C G C C I C C G A T G C A T C T T C A T I D C G G D 0 D002 G G D T G A C C G C G C T T G C C A C G A A D C T A A T G T C T C T T T A T I I C G G I G G D T G A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 D003 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A G D C A A C C G C A C T C G C C G C C [C] C D C T G A A G T C T C T C T A T D I C G G I 0 D004 (G) G (D) (T) (G) A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I (A) [T] (I) (C) (A) G T C A T G C T C A C C G C C C A I C T G A A G T C T C T C T A T D I C G G I 0 D005 (G) G D (T) (G) A C C G C G C T T G C C A C G A A D C T A A T G T C T C T T T A T I I C G G I (A) G D (C) (A) A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 D006 G G D T G (A) C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I G G D T G (G) C C G C A C T T G C C A C G A C D C C G A A G T C T C T C T A T D I C G G I 0 D007 (G) G D (T) (G) A C G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I (A) G D (C) (A) A C C G C G C T T G C C A C G A A D C T G A T G T C T C T T T A T I I C G G I 0 D008 A G I C A A C G G C A C C T G T C G C C A C D C C G A A G T C T C T C T A T D I C G G I A G I C A [G] C C G C G C T T G C C A C G A A D C T A A T G T C T C T T T A T I I C G G I 0 D009 G G D T G A C C A T G C T C G C C A C G A A D C T A G T G C A T C T T C A T I [D] C G G D A G D C A A C C G C A C T C G C C G C G C C D C T G A T G C A T C T T C A T I D C G G D 0 D010 A G D C A A C C G C G C T T G C C A C G A A D C T G A T G T C T C T T T A T I I C G G I A G D C A A C G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 D011 G G D T G A C G G C A T C T G C C G C G C C D (T) T G G T A C C T T T T C G T I D C G G D A G I C A [G] C C G C G C T T G C C A C G A A D (C) T A A T G T C T C T T T A T I I C G G I 0 D012 (G) G D (T) (G) (A) C C A T G C T C G C C A C G A A D C T A G T G C A T C T T C A T I D C G G D (A) G D (C) (A) (G) C G G C A T C T G C C G C G C C I C C G A T G C A T C T T C A T I D C G G D 0 D013 (G) G (D) (T) (G) A C C A T G C T C G T C A C G A A D C T A G T G C A T C T T C A T I D C G G D (A) G (I) (C) (A) A C G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 D014 (G) (G) (D) (T) (G) A (C) C G C G C T T G C C A C G (C) C D C T G A T G T C T C T T T A T I I C G G I (A) (T) (I) (C) (A) [G] (T) C A T G C T C A C C G C C (A) C D C C G A A G T C T C T C T A T D I C G G I 0 D015 (G) G (D) (T) (G) A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I (A) [T] (I) (C) (A) G T C A T G C T C A C C G C C C A I C T G A A G T C T C T C T A T D I C G G I 0 D016 A (G) (D) C A [A] C C A T G C T C A C C G C C A C D C C G A A G T C T C T C T A T D I C G G I A (T) (I) C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 D033 G G D T G A C G G C A (T) C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T (C) T C G C I D T A T I A T I C A A C G G C A (C) C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T (T) T C G C I D [T] A T I 0 D034 G G D T G A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 D035 A G (D) C A (G) C C A T G C T C A C C G C C A C D C C G A A G T C T C T C T A T D I C G G I A G (I) C A (A) C G G C G C C T G C C G C G C C D C T G G T A C C T T T T C G T I D C A T I 0 D036 A (G) (D) C A (A) (C) G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A (T) (I) C A (G) (T) C A T G C T C A C C G C C C A I C T G A A G T C T C T C T A T D I C G G I 0 D037 G G D T G A C G G C A C C T G (C) T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I A G D C A A C G G C A C C T G (T) T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 D038 (G) G D (T) (G) A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I (A) G D (C) (A) A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 D039 A G (D) C A (A) C C G C G C T T G C C A C G A C D C C G A A G T C T C T C T A T D I C G G I A G (I) C A (G) C C G C G C T T G C C A C G A A D C T A A T G T C T C T T T A T I I C G G I 0 D040 G G D T G A (C) C A T G C T C G C C A C G A A D C T A G T G C A T C T T C A T I I C G G D G G D T G A (T) C G C G C T T G C C A C G A A D C T A A T G T C T C T T T A T I I C G G I 0 E001 A (G) (D) C A G (C) G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D [T] A T I A (T) (I) C A G (T) G G C A C C T A C C G C C A C D C C G A A G T C T C T C T A T D I C G G I 0 E002 A G D C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A G D C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E003 A (G) (D) C A [G] (T) G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C (A) (T) T T C G (C) I [D] [T] (A) (T) I A (T) (I) C A [A] (C) C A T G C T C G C C A C G C A I C T G G T A C C (T) (C) T T C G (T) I [I] C (G) (G) I 0 E004 A (G) (D) C A A C G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A (T) (I) C A A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 E005 A G D C A A C G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E006 A G D C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E007 A (G) (D) C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A (T) (I) C A G T G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 E008 G G D T G [G] T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C (A) T T T C G C I D T A T I A G D C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C (T) T T T C G C I D T A T I 0 E009 A G D C A A C G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E010 A G D C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C (T) T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C (A) T T T C G C I D T A T I 0 E011 A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E012 A (G) (D) C A A C G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A (T) (I) C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E013 A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D [T] A T I 0 E014 A T (D) C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T (I) C A A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 E015 A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E016 A T I C A A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E017 A G D C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E018 A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A T C T G C C G C G C C I C C G A T G C A T C T T C A T I D C G G D 0 E019 G G D T G A T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I G G D T G [G] T C G T G C C C A C C G C C C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 E020 A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E021 A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 E022 A G D C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T (C) T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T (T) T C G C I D T A T I 0 E023 A (G) (D) C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I A (T) (I) C A G T G G C A C C T A C C G C C A C D C C G A A G T C T C T C T A T D I C G G I 0 E024 A T I C A A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I A T I C A A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 H101 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A G D C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 H102 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 H103 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 H104 A T I C A (A) (C) G G C A T C T G C C G C G C C I C C G A T G C A T C T T C A T I D C G G D A T I C A (G) (T) G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 H105 (G) G D T (G) (A) (C) G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I (A) G D T (A) (G) (T) C A T G C T C A C C G C C A C D C C G A A G T C T C T C T A T D I C G G I 0 H106 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A T I C A A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 H107 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A T I C A A C G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 H108 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I 0 H109 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 H110 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 H111 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A T I C A A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 H112 A T I C A G T G G C A C C T G C T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 H113 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C T T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 H114 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 H115 A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 H116 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 H117 G G D (T) (G) A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I [A] G D (C) (A) A C G G C A T C T G C C G C G C C I C C G A T G C A T C T T C A T I D C G G D 0 H118 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 H119 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 H120 G G D T G A [T] G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D C A T I A T I C A G T G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 H121 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A G D C A A C G G C A C C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T T T C G C I D T A T I 0 H122 A G (D) C A [A] C G G C A T C T G C C G C G C C I C C G A T G C A T C T T C A T I D C G G D A G (I) C A A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X125 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X126 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A T I C A G T G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X127 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X128 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X129 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X130 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X131 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X132 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X133 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X134 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X135 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X136 G G D T G A C G G C A T C T G C C G C G C C D C T G G T A C C T T T T C G T I D C A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X137 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X138 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A G [D] C A A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X139 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X140 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X141 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X142 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I A T I C A A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X143 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X144 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G I T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X145 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X146 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X147 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I 0 X148 G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I G G D T G A C G G C A T C T G T T A T G C A I T T G G T A C C A T C T C G C I D T A T I END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = ? = C = = G C T = = = = A = = A A D = T A ? ? = T C = = = = T = = ? I ? = = I = = = = = ? = G = = A T C = = = = G = = C C I = C G ? ? = C A = = = = C = = ? D ? = = D 0 D002 = = = = = ? = C = = G = T = = = C = C = A = D C = ? A = G T = T C = = T A T = I = G G = = = = = = ? = G = = A = C = = = T = T = C = I T = ? G = A C = A T = = C G C = D = A T = 0 D003 ? = = T G ? = G = = = T C T = T T A T G ? A I T = = G T A C = A T C T C G C I D ? ? ? = ? = = C A ? = C = = = C T C = C C G C C ? C D C = = A A G T = T C T C T A T D I ? ? ? = 0 D004 (G) ? (D) (T) (G) ? C G G C A = C T G = T A T G = = = T = = G T A C = A T = T C G C I ? ? A T = (A) ? (I) (C) (A) ? T C A T G = T C A = C G C C = = = C = = A A G T = T C = C T A T D ? ? G G = 0 D005 (G) = = (T) (G) ? = C = = G = T = = = C = C = A = D C = A A = G T = T C = = T A T = I = G G = (A) = = (C) (A) ? = G = = A = C = = = T = T = C = I T = G G = A C = A T = = C G C = D = A T = 0 D006 = = = = = (A) = G = = = = C = = = T = T = C A I T T = G T A C = A T = T C G C I D = A T = = = = = = (G) = C = = = = T = = = C = C = A C D C C = A A G T = T C = C T A T D I = G G = 0 D007 (G) = = (T) (G) ? = G = = A = C = = T ? = T = ? = I T = = G = A C = A T = = C G C = D T A T = (A) = = (C) (A) ? = C = = G = T = = C ? = C = ? = D C = = A = G T = T C = = T A T = I C G G = 0 D008 = = = = = ? = G ? ? A = C = ? T = G = C = C = = C G = A = = = = = = C = = = D = ? = = = = = = = = ? = C ? ? G = T = ? C = A = G = A = = T A = T = = = = = = T = = = I = ? = = = 0 D009 G = = T G ? = = A T ? ? = = ? = = A = = A A = = = A G = = = = = = = = = = = ? ? = = = = A = = C A ? = = G C ? ? = = ? = = G = = C C = = = G A = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 D010 = = = = = ? = C = = G = T = = C ? = C ? A = D C = = A = G T = T C = = T A T ? I = G G = = = = = = ? = G = = A = C = = T ? = T ? C = I T = = G = A C = A T = = C G C ? D = A T = 0 D011 G = D T G ? = G = = A T C = = = = G = = C C = (T) = G G = A C = = T = = C G = = D = = = D A = I C A ? = C = = G C T = = = = A = = A A = (C) = A A = G T = = C = = T A = = I = = = I 0 D012 (G) = = (T) (G) (A) = C ? ? G C T C = = = A = = A A D = T A G = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = (C) (A) (G) = G ? ? A T C T = = = G = = C C I = C G A = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D013 (G) = (D) (T) (G) = = C A T G = T C = = C = C = A = D C = A = = G = A T C = = = A T = = = G G D (A) = (I) (C) (A) = = G G C A = C T = = T = T = C = I T = G = = A = C A T = = = G C = = = A T I 0 D014 (G) (G) (D) (T) (G) ? (C) = ? ? = = = T G = = A = G (C) = = = T = = T = = = = = = T = = = ? = = = = = (A) (T) (I) (C) (A) ? (T) = ? ? = = = C A = = G = C (A) = = = C = = A = = = = = = C = = = ? = = = = = 0 D015 (G) ? (D) (T) (G) A C G G C A = C T ? = T A T G = = = T = = G T A C = A T = T C G C I D = A T = (A) ? (I) (C) (A) G T C A T G = T C ? = C G C C = = = C = = A A G T = T C = C T A T D I = G G = 0 D016 ? (G) (D) = = ? C C ? ? G = T C ? C C G C C A C D C C = A A G T = T C = C T A T ? ? C G G = ? (T) (I) = = ? T G ? ? A = C T ? T T A T G C A I T T = G T A C = A T = T C G C ? ? T A T = 0 D033 G G D T G ? = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = ? = ? = = = A T I C A ? = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = ? = ? = = = 0 D034 G G D T G ? C = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = A T I C A ? T = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = 0 D035 = = (D) = = (G) = C A T = = T C A = = = = C A = = = C = A A G T = = C = C T A = D I = G G = = = (I) = = (A) = G G C = = C T G = = = = G C = = = T = G T A C = = T = T C G = I D = A T = 0 D036 = (G) (D) = = (A) (C) G G C A = C T G T T A T ? = = = T = = G T A C = A T = T C G C I D T A T = = (T) (I) = = (G) (T) C A T G = T C A C C G C ? = = = C = = A A G T = T C = C T A T D I C G G = 0 D037 G = = T G = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = C A = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D038 (G) = = (T) (G) = = ? = = = T = = = T = = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = = (A) = = (C) (A) = = ? = = = C = = = C = = = ? = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = 0 D039 = = (D) = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = C = = C G = A = = = = = = C = = = ? ? = = = = = = (I) = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = A = = T A = T = = = = = = T = = = ? ? = = = = 0 D040 = ? = = = ? (C) = A T = = = C ? = = = = = = = = = = = G = = C A = = = = C = = = = ? = = D = ? = = = ? (T) = G C = = = T ? = = = = = = = = = = = A = = T C = = = = T = = = = ? = = I 0 E001 = (G) (D) = = = (C) = = = = = = = G T T A T G C A I T T = G T A C = A T = T C G C ? ? ? A T = = (T) (I) = = = (T) = = = = = = = A C C G C C A C D C C = A A G T = T C = C T A T ? ? ? G G = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = (G) (D) = = ? (T) ? ? ? A = C T = T T = T = = = = T = = = = = = = (A) (T) = = = = (C) = ? ? (A) (T) = = (T) (I) = = ? (C) ? ? ? G = T C = C C = C = = = = C = = = = = = = (T) (C) = = = = (T) = ? ? (G) (G) = 0 E004 = (G) (D) = = = = = = = = = = = = T ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = (T) (I) = = = = = = = = = = = = C ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = 0 E005 = G D = = A C = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I = = G T = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = (G) (D) = = ? = = = = = = = = ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = (T) (I) = = ? = = = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 0 E008 G = = T G ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = A = = C A ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = 0 E009 = G D = = ? C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = T I = = ? T = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = 0 E010 = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = T I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 = (G) (D) = = A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) (I) = = G T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = 0 E014 = = (D) = = G T = ? ? = = = = = T = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = (I) = = A C = ? ? = = = = = C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = 0 E015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = = = ? C = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = ? T = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = 0 E017 = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = T I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 0 E018 = = = = = = = = = = = C = = = T T A T = = A = T T = G = A = C A T = = = G C = = T A T I = = = = = = = = = = = T = = = C C G C = = C = C C = A = G = A T C = = = A T = = C G G D 0 E019 = = = = = ? = G = C A = = T G T T A T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = T G = = C A C C G C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = T I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = 0 E023 = (G) (D) = = = = = = = = = = = G T T A T G C A I T T = G T A C = A T = T C G C I D T A T = = (T) (I) = = = = = = = = = = = A C C G C C A C D C C = A A G T = T C = C T A T D I C G G = 0 E024 = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H101 G = = T G ? C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? = ? = = = A = = C A ? T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? = ? = = = 0 H102 = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H103 = = = = = ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 H104 = = = = = (A) (C) = = = = T = = = C C G C = = C = C C = A = G = A T C ? = = A T = = C G G D = = = = = (G) (T) = = = = C = = = T T A T = = A = T T = G = A = C A T ? = = G C = = T A T I 0 H105 (G) = = = (G) (A) (C) G G C A T C T G T T A T G C A I T T = G T A C = A T C T C G C I D T A T = (A) = = = (A) (G) (T) C A T G C T C A C C G C C A C D C C = A A G T = T C T C T A T D I C G G = 0 H106 G G D T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A T I C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 H107 G G D T G = = = = = = T = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = T = = = A T I C A = = = = = = C = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = C = = = 0 H108 = = = = = ? C = = = = T = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? = T = = = = = = = = ? T = = = = C = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? = C = = = 0 H109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 0 H110 G G D T G A C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A T I C A G T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = 0 H111 G G D T G = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T I C A = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H112 = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 0 H113 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = 0 H114 G G D T G ? C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A T I C A ? T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = 0 H115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = T = = = 0 H116 G G D T G ? C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A T I C A ? T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = 0 H117 ? = = (T) (G) = = ? ? ? ? ? = = = T T A T = = A ? T T ? G = A = C A T C = ? G ? = = ? A T I ? = = (C) (A) = = ? ? ? ? ? = = = C C G C = = C ? C C ? A = G = A T C T = ? A ? = = ? G G D 0 H118 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 H119 = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H120 G G D T G ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = A T I C A ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = 0 H121 G = = T G ? = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = C = = = = = ? = = = = A = = C A ? = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? = = = = 0 H122 = = (D) = = ? = = = = ? ? = = = C C G C = = C = C C = A = ? = A T C T = ? A T ? = ? G ? D = = (I) = = ? = = = = ? ? = = = T T A T = = A = T T = G = ? = C A T C = ? G C ? = ? A ? I 0 X125 = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 X126 G G D T G ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = A T I C A ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 X127 = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = = 0 X128 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X129 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X130 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X131 ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X132 = = = = = ? = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = 0 X133 = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? 0 X134 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 X135 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X136 = = = = = = = = ? = = = = = ? C C G C = = C D C = = = = = = = T = T = = = T = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? T T A T = = A I T = = = = = = = A = C = = = C = = ? = = = 0 X137 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 0 X138 G = ? T G = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? A = ? C A = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? 0 X139 ? = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = ? 0 X140 ? = = = = ? = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X141 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 0 X142 G G D ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T I ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X143 = = = = = ? = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = 0 X144 = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X145 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X146 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 0 X147 ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X148 = = = = = ? = = ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = ? 1.00 ? = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = 0.96 0.96 ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 0.78 ? 0.78 0.78 0.78 ? 0.97 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 0.71 = = 0.71 0.71 ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 0.80 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 0.74 = = 0.74 0.74 ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = 0.94 = = 0.94 0.94 ? = = 1.00 1.00 ? ? = = ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 0.99 = 0.99 0.99 0.99 ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 0.56 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 0.85 = = 0.85 0.85 0.75 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.77 = 0.62 0.77 0.77 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 0.76 0.76 0.76 0.76 0.76 ? 0.74 = ? ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 0.90 = = = 0.90 = = 0.90 = = = = = = 0.90 = = = ? = = = = = 0.79 ? 0.79 0.79 0.79 0.97 0.97 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 0.86 0.81 = = ? 0.96 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = 0.78 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.78 = = = = ? = ? = = = 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 ? 0.98 = = = = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = 0.75 = = 0.53 = 0.93 0.93 0.93 = = 0.93 0.93 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 0.85 0.85 = = 0.82 0.82 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 0.65 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.80 = = 0.80 0.80 = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = 0.83 = = 0.69 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = ? = = = ? 0.57 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? = = 1.00 = 0.54 0.54 = = = 0.74 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.78 0.78 = = ? 0.58 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 0.81 0.81 = = = = 0.81 = ? ? 0.81 0.81 = = 0.89 0.89 = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 0.91 0.91 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.81 0.81 = = ? = = = = = = = = ? 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0.69 = = = = = = = = = = = = = 0.91 0.91 = = ? 0.98 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.90 0.90 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = 0.55 = = 0.96 0.96 = ? ? = = = = = 0.99 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.53 = = = = = = = = = = = 0.60 0.60 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = 0.99 0.99 ? 0.99 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0.61 0.61 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 0.86 = = = 0.89 0.84 0.80 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 0.92 = = = 0.92 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.92 = = = = = = 0.92 = = = = = = = = ? 0.99 = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = ? = = 0.75 0.75 = = ? ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 ? = = ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = ? = = = = = = 0.90 = = ? = = = = ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 ? = ? 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = ? ? = = = = ? = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = END PHASEPROBS