************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 decrn.phase.inp decrn.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST decrn.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates decrn.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual decrn.phase.out_recom : estimates of recombination parameters decrn.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 117 Positions of loci: 100 1171 1185 1187 1909 2313 2371 2785 2800 3026 3079 4405 4802 5171 5334 5500 5698 5819 5830 6367 6398 7148 7628 7901 9447 9939 10327 10360 10434 10473 11648 11738 12146 12199 12504 12542 12709 12893 12996 13317 13738 13755 13884 13960 15035 15430 16143 16189 16242 17069 17452 17699 17954 18190 18193 19037 19199 19810 20222 20227 20477 20940 20963 21156 21169 21330 21502 21689 21918 22475 23135 23505 23689 24062 24743 24966 25077 25211 26936 27403 27779 27969 28395 28717 29163 29366 29585 30104 30252 30542 30799 31002 31208 31248 31322 31648 31725 32744 33291 33328 33630 34426 34434 34589 34607 34608 35725 35730 36245 36859 36870 37311 37319 38154 38582 38742 39263 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file decrn.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGTICAAGTTATCCCCTTTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 9.000000 2 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGTICAAGTTATCCCCTTTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CTG 3.000000 3 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGTICAAGTTATCCCCTTTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGG 1 CCG 1.000000 4 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGTICAAGTTATCCCCCCTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 8.000000 5 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGTDCAAGTTATCCCCTTTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 16.000000 6 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGTDCAAGTTATCCCCTTTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 4 CCG 3.000000 7 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGTDCAAGTTATCCCCTCTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 1.000000 8 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGTDCAAGTTATCCCCCCTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 2.000000 9 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGAICAAGTTATCCCCTTTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 1.000000 10 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGAICAAGTTATCCCCCCTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 2.000000 11 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGTCCCGTICAAGTTATCTCCTTTGATTGGCATATTGCAGGTAGAGTGCCGCATITAAAACCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 6.000000 12 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGTCCGGTICAAGTTATCTCCTTTGATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 7.000000 13 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGTCCGGTICAAGTTATCTCCTTTGATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 TATGA 1 CCG 2.000000 14 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGTCCGGTICAAGTTATCTCCTTTGATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 4 CATGA 1 CCG 1.000000 15 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGTCCGGTICAAGTTATCTCCCCTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 1.000000 16 CCTGIGACAAGDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGTCCGGTICAGGTTATCTCCTTTGATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 3.000000 17 CCTGIGCCAATDTGACCGTTITGTTTTAGCIAIGDAACGCCCGGTDCAAGTTATCCCCTTTAATTGGCATATTGTAGGTAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 CCG 1.000000 18 CCTGIGCCAATITGACCGTAITATTTCAACIAIGDAATGTCCGGTICAAGTTATTTCCTTTGATTAGCACATTGTAGGTAGAGTGCCGAATICAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 3 CCG 2.000000 19 CCTGICAGTTTITCATCATAITGTCTCAATIAIGDGACGTCCGGTICAAGTTATCTCCTTTGATTGGCATATTGTAGATAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 TCG 2.000000 20 CCTGICAGTTTITCATCATAITGTCTCAATIAIGDGACGTCCGGTICAAGTTATCTCCTTTGATTGGCATATAGTAGATAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 TCG 5.000000 21 CCTGICAGTTTITCATCATAITGTCTCAATIAIGDGCCGTCCGGTICAAGTTATCTCCTTTGATTGGCATATTGTAGATAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 TCG 2.000000 22 CCTGICAGTTTITCATCATAITGTCTCAATIAIGDGCCGTCCGGTICAAGTTATCTCCCCTGATTGGCATATTGTAGATAGAGTGCCGCATITAAATCCGTAATGCT 1 CATGA 1 TCG 2.000000 23 CCTGDGACAAGDTGACCGTTITATTTCAGCIAIGDAATGTTTGGTIGGAATTTTTTCCCTTGATTGGCACATTGTAGGTAGAAGGCCGCATICGAATCCAGAACGCT 3 CGTGG 3 CCA 1.000000 24 CCTGDGACAAGDTGACCGTTITATTTCAGCIAIGDAATGTTTGGTIGGAATTTTTTCCCTTGCTTGGCACATTGTAGGTAGAAGGCCGCATICGAATCCAGAACGCT 3 CGTGG 3 CCA 1.000000 25 CCTGDGACAAGDTGACCGTTITATTTCAGCIAIGDAATGTTTGGTIGGAATTTTTTCCCTAGCTTGGCACATTGTAGGTAGGAGGCCGCATICGAATCCAGAACGCT 3 CGTTG 3 CCA 2.000000 26 CCTGDGACAAGDTGACCGTTITATTTCAGCIAIGDAATGTTTGGTIGGAATTTTTTCCCTAGCTTGGCACATTGTAGGTAGGAGGCCGCATICGAGTCCAGAACGCT 3 CGTTG 3 CCA 1.000000 27 CTCADCAGTTTITCATCATAITGTCTCGACIADGDGACGTCCGCTICAAATTAGTTCCTCTGCTCGCCACATTGTAGGTAGAAGGTCGCATICGCATCCAGAACTTC 3 CATGA 3 CCA 1.000000 28 CTCADCAGTTTITCATCATAITGTCTCGACIADGDGACGTCCGCTICAAACTAGTTCCTCTGCTCGCCACATTGTAGGTAGAAGGTCGCATICGCATCCAGAACTTC 3 CATGA 3 CCA 3.000000 29 TCTGIGCCAATICGGTTATADCGCTACAACDCIAIAATATCCGGTICAAATAATTTTTTTAGACTGGGGCTCTATGAGCGAAAGACAACGCDCAAGTTTGGCGCGCT 3 CAGGA 3 CCG 1.000000 30 TCTGIGCCAATICGGTTAGADCGCTACAACDCIAIAATATCCGGTICAAGTAATTTTTTTAGACTGGGGCTCTATGAGCGAAAGACAACGCDCAAGTTTGGCGCGCT 3 CAGGA 3 CCG 3.000000 31 TCTGIGCCAATICGGTTAGADCGCTACAACDCIAIAATATCCGGTICAAATAATTTTTTTAGACTGGGGCTCTATGAGCGAAAGACAACGCDCAAGTTTGGCGCGCT 3 CAGGA 3 CCG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (5,11) D002: (5,20) D003: (20,28) D004: (2,28) D005: (19,25) D006: (18,30) D007: (11,21) D008: (5,24) D009: (17,29) D010: (20,31) D011: (2,21) D012: (4,22) D013: (2,11) D014: (5,11) D015: (5,30) D016: (5,11) D033: (6,12) D034: (26,30) D035: (20,20) D036: (14,18) D037: (23,28) D038: (1,19) D039: (1,11) D040: (25,27) E001: (1,6) E002: (12,16) E003: (1,7) E004: (4,5) E005: (4,12) E006: (4,5) E007: (5,9) E008: (4,6) E009: (4,12) E010: (5,8) E011: (1,1) E012: (1,5) E013: (3,22) E014: (4,13) E015: (4,5) E016: (10,13) E017: (5,12) E018: (15,16) E019: (1,16) E020: (5,10) E021: (12,12) E022: (1,5) E023: (5,8) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T [D] C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C C G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G C A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A A C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 D002 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T [T] T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I A I G D G A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T A G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G 0 D003 C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I A I G D G A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T A G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G C T C A D C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C G A C I A D G D G A C G T C C G C T I C A A A C T A G T T C C T C T G C T C G C C A C A T T G T A G G T A G A A G G T C G C A T I C G C A T C C A G A A C T T C 3 C A T G A 3 C C A 0 D004 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C T G C T C A D C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C G A C I A D G D G A C G T C C G C T I C A A A C T A G T T C C T C T G C T C G C C A C A T T G T A G G T A G A A G G T C G C A T I C G C A T C C A G A A C T T C 3 C A T G A 3 C C A 0 D005 C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I A I G D G A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G C C T G D G A C A A G D T G A C C G T T I T A T T T C A G C I A I G D A A T G T T T G G T I G G A A T T T T T T C C C T [A] G C T T G G C A C A T T G T A G G T A G G A G G C C G C A T I C G A A T C C A G A A C G C T 3 C G T T G 3 C C A 0 D006 C C T G I G C C [A] [A] T I T G A C C G T A I T [A] [T] T T C A A C I A I G D A A T G T C C G G T I C A A G T T A T T T C C T T T G A T T A G C A C A T T G T A G G T A G A G T G C C G A A T I C A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 3 C C G T C T G I G C C A A T I C G G T T A G A D C G C T A C A A C D C I A I A [A] T A T C C G G T I C A A [G] T A A T T T T T T T A G A C T G G G G C T C T A T G A G C G A A A G A C A A C G C D C A A G T T T G G C G C G C T 3 C A G G A 3 C C G 0 D007 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C C G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G C A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A A C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I [A] I G D G C C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G 0 D008 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C [T] [T] T A (A) T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G D G A C A A G D T G A C C G T T I T A T T T C A G C I A I G D A A T G T T T G G T I G G A A T T T T T T C C C T T G (C) T T G G C A C A T T G T A G G T A G A A G G C C G C A T I C G A A T C C A G A A C G C T 3 C G T G G 3 C C A 0 D009 C C T G I G C C A A T D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G T C T G I G C C A A T I C G G T T A T A D C G C T A C A A C D C I A I A [A] T A T C C G G T I C A A A T A A T T T T T T T A G A C T G G G G C T C T A T G A G C G A A A G A C A A C G C D C A A G T T T G G C G C G C T 3 C A G G A 3 C C G 0 D010 C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I A I G D G A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T A G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G T C T G I G C C A A T I C G G T T A G A D C G C T A C A A C D C I A I A [A] T A T C C G G T I C A A A T A A T T T T T T T A G A C T G G G G C T C T A T G A G C G A A A G A C A A C G C D C A A G T T T G G C G C G C T 3 C A G G A 3 C C G 0 D011 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C T G C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I [A] I G D G C C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G 0 D012 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T [I] C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I A I G D G C C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C C C T G A T T G G C A T A T T G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G 0 D013 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C T G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C C G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G C A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A A C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 D014 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C C G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G C A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A A C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 D015 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T [T] T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G T C T G I G C C A A T I C G G T T A G A D C G C T A C A A C D C I A I A [A] T A T C C G G T I C A A [G] T A A T T T T T T T A G A C T G G G G C T C T A T G A G C G A A A G A C A A C G C D C A A G T T T G G C G C G C T 3 C A G G A 3 C C G 0 D016 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C C G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G C A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A A C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 D033 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 4 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 D034 C C T G D G A C A A G D T G A C C G T T I T A T T T C A G C I A I G D A A T G T T T G G T I G G A A T T T T T T C C C T [A] G C T T G G C A C A T T G T A G G T A G G A G G C C G C A T I C G A G T C C A G A A C G C T 3 C G T T G 3 C C A T C T G I G C C A A T I C G G T T A G A D C G C T A C A A C D C I A I A A T A T C C G G T I C A A G T A A T T T T T T T A G A C T G G G G C T C T A T G A G C G A A A G A C A A C G C D C A A G T T T G G C G C G C T 3 C A G G A 3 C C G 0 D035 C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I A I G D G A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T A G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I A I G D G A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T A G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G 0 D036 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 4 C A T G A 1 C C G C C T G I G C C [A] [A] T I T G A C C G T A I T [A] [T] T T C A A C I A I G D A A T G T C C G G T I C A A G T T A T T T C C T T T G A T T A G C A C A T T G T A G G T A G A G T G C C G A A T I C A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 3 C C G 0 D037 C C T G D G A C A A G D T G A C C G T T I T A T T T C A G C I A I G D A A T G T T T G G T I G G A A T T T T T T C C C T T G A T T G G C A C A T T G T A G G T A G A A G G C C G C A T I C G A A T C C A G A A C G C T 3 C G T G G 3 C C A C T C A D C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C G A C I A D G D G A C G T C C G C T I C A A A C T A G T T C C T C T G C T C G C C A C A T T G T A G G T A G A A G G T C G C A T I C G C A T C C A G A A C T T C 3 C A T G A 3 C C A 0 D038 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I A I G D G A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 T C G 0 D039 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C C G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G C A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A A C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 D040 C C T G D G A C A A G D T G A C C G T T I T A T T T C A G C I A I G D A A T G T T T G G T I G G A A T T T T T T C C C T [A] G C T T G G C A C A T T G T A G G T A G G A G G C C G C A T I C G A A T C C A G A A C G C T 3 C G T T G 3 C C A C T C A D C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C G A C I A D G D G A C G T C C G C T I C A A A T T A G T T C C T C T G C T C G C C A C A T T G T A G G T A G A A G G T C G C A T I C G C A T C C A G A A C T T C 3 C A T G A 3 C C A 0 E001 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 4 C C G 0 E002 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A G G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E003 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E004 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T (I) C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T (D) C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E005 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E006 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T (I) C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T (D) C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E007 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G (T) D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G (A) I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E008 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T [I] C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 4 C C G 0 E009 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E010 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E011 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E012 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E013 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C (T) (T) T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G (G) 1 C C G C C T G I C A G T T T I T C A T C A T A I T G T C T C A A T I A I G D G C C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C (C) (C) T G A T T G G C A T A T T G T A G A T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G (A) 1 T C G 0 E014 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 T A T G A 1 C C G 0 E015 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T (I) C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T (D) C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E016 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G A I C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 T A T G A 1 C C G 0 E017 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E018 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C [C] C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A G G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E019 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A G G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E020 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G (T) (D) C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G (A) (I) C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E021 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G T C C G G T I C A A G T T A T C T C C T T T G A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E022 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T I C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G 0 E023 C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C T T T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G C C T G I G A C A A G D T G A C C G T T I T G T T T T A G C I A I G D A A C G C C C G G T D C A A G T T A T C C C C C C T A A T T G G C A T A T T G T A G G T A G A G T G C C G C A T I T A A A T C C G T A A T G C T 1 C A T G A 1 C C G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? ? ? ? = = = C = = G = ? ? = = = = = = = = = C = = = = = A = = = = = = = ? ? = = = T = = = ? = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? ? ? ? = = = T = = C = ? ? = = = = = = = = = T = = = = = G = = = = = = = ? ? = = = C = = = ? = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D002 = = = = = ? = C A A G ? = G = C ? G = T = = = = T = T = G C = = = = = A = = = C = = = = ? D = = = = = = = = = C = = ? ? = A = = = = = = = = = = T = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = C = = = = = = = ? = G T T T ? = C = T ? A = A = = = = C = C = A T = = = = = G = = = T = = = = ? I = = = = = = = = = T = = ? ? = G = = = = = = = = = = A = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = T = = 0 D003 = C T G I = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = T = = I ? = = = = = = = = = G = = = = = G T = = T C = = = ? ? ? = A = T = G = = T = = A = = = = A = = = = ? T = C = = = = = = T A A = = = = G T = = T G C T 1 = = = = = 1 T = G = T C A D = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = G = C = = D ? = = = = = = = = = C = = = = = A C = = G T = = = ? ? ? = C = C = C = = C = = T = = = = G = = = = ? G = T = = = = = = C G C = = = = A G = = C T T C 3 = = = = = 3 C = A 0 D004 = C T G I G = C A A G D = G = ? ? G = T = = = = T = T A G = = = I ? = A = = = C = = = G = = = = = G T = = T C C = = ? ? ? A A = T = G = = T = = = = = = = = = = = = G T = C = ? = = = = T A A = = = = G T = = T G C T 1 = = = = = 1 ? T G = T C A D C = G T T T I = C = ? ? A = A = = = = C = C G A = = = D ? = G = = = T = = = C = = = = = A C = = G T T = = ? ? ? G C = C = C = = C = = = = = = = = = = = = A G = T = ? = = = = C G C = = = = A G = = C T T C 3 = = = = = 3 ? C A 0 D005 = = = = I C = G T T T I = C = T ? A = A = = G = C = = = A T ? ? = = = G = C = = ? ? ? = = = C A = G = ? ? = C = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? T = = = = = ? = A = = = A G T = = = = ? ? ? ? T A = = = = = G T = = T = = = 1 = A = G A 1 T = G = = = = D G = C A A G D = G = C ? G = T = = A = T = = = G C ? ? = = = A = T = = ? ? ? = = = G G = A = ? ? = T = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? C = = = = = ? = G = = = G A G = = = = ? ? ? ? C G = = = = = A G = = C = = = 3 = G = T G 3 C = A 0 D006 C = = = = = = ? ? ? ? ? ? = A C ? G T ? I T ? ? = T = = = = I A = G D = ? = G = = = = = = = = = = ? = T = = = = C C = = T = = T = A = C ? = A T = G = A G = T A G = G T G = C G A A T I ? ? ? A = C C = T A A T = = = 1 = = T = = = = = = T = = = = = = ? ? ? ? ? ? = G T ? A G ? D C ? ? = A = = = = D C = A I = ? = A = = = = = = = = = = ? = A = = = = T T = = A = = C = G = G ? = T C = A = G A = C G A = A G A = A A C G C D ? ? ? G = T T = G C G C = = = 3 = = G = = = = = = 0 D007 = = = = = G = C A A G D = G = C ? ? ? T = = = = T = T ? G C ? ? = = = A A = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = C = = G = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = C = G T T T I = C = T ? ? ? A = = = = C = C ? A T ? ? = = = G C = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = T = = A = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 D008 = = = = I ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = T = = = = = = = = = = C = C C C = = = D C A = G = = A = C C = = ? ? ? A (A) = = = = = = T ? = = = ? = = = = = = = G T = = = ? ? ? = = T A = = = = = ? T = = T = = = 1 = A = = A 1 ? = G = = = = D ? = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = = = = = = = = T = T T T = = = I G G = A = = T = T T = = ? ? ? G (C) = = = = = = C ? = = = ? = = = = = = = A G = = = ? ? ? = = C G = = = = = ? G = = C = = = 3 = G = = G 3 ? = A 0 D009 C = = = = = = = = = = D T = A C C G = ? I ? = T = T T = G = ? A ? ? ? ? ? C G C = = = = = D = = = G = T = ? C C C C = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? T ? T = G ? A ? = T A ? ? ? T G = C G = A ? ? ? = = A = C C = ? A A T = = = 1 = = T = = 1 = = = T = = = = = = = = = = I C = G T T A = ? D ? = C = A C = A = ? C ? ? ? ? ? T A T = = = = = I = = = A = A = ? T T T T = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? C ? C = A ? G ? = C G ? ? ? G A = A A = G ? ? ? = = G = T T = ? C G C = = = 3 = = G = = 3 = = = 0 D010 C = = = = C A G T T = = T C A = C = T = I T = T C T = = = T I A = G D G ? C G = = = = = = = = = = G = T = = C = C C = = T = = T = = = C A T A T A G = A G A T A G = G T G = C G = A T I T = = A = C C = T A A T = = = 1 = = T ? ? 1 T = = T = = = = G C C A A = = C G G = T = G = D C = C T A = = = C D C = A I A ? T A = = = = = = = = = = A = A = = T = T T = = A = = C = = = G G C T C T A = G A G C G A = A G A = A A = G C D C = = G = T T = G C G C = = = 3 = = G ? ? 3 C = = 0 D011 = = = = = G = C A A G D = G = C = G = T = = = = T = T = G C ? ? = = = A A = = C = = = = = = ? ? ? = = = = = = C = = = = = A = = = = = = = = = = = ? = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = = = = = = C = G T T T I = C = T = A = A = = = = C = C = A T ? ? = = = G C = = T = = = = = = ? ? ? = = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = ? = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T C = 0 D012 = = = = = G = C A A G D = G = C = G = T = = = = T = T = G C = = = = = A A = = C = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = ? A = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = C = G T T T I = C = T = A = A = = = = C = C = A T = = = = = G C = = T = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = ? G = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 D013 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C ? ? ? = = = = = = = = = = = = C = = ? ? ? A = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T ? ? ? = = = = = = = = = = = = T = = ? ? ? G = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? C = 0 D014 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = G = = D = = = = = = = = = C = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = T = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = I = = = = = = = = = T = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = C = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D015 C = = = = = A = = = G ? T = A C C G T T I T = T = T T = G = I A = G D = ? C G C = = = = = D = = = ? = T = = C C C C ? ? T A = T = = = C A T A T = G = A G = T A ? = G T G = C G = A T I T = = ? ? C ? ? T A A T = = = 1 = = T = = 1 = = = T = = = = = C = = = T ? C = G T T A G A D C = C = A C = A = D C = A I = ? T A T = = = = = I = = = ? = A = = T T T T ? ? A G = C = = = G G C T C = A = G A = C G ? = A G A = A A = G C D C = = ? ? T ? ? G C G C = = = 3 = = G = = 3 = = = 0 D016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = G = = D = = = = = = = = = C = = = ? = A = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = I = = = = = = = = = T = = = ? = G = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D033 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = C = = = = = D = = = = = = = = = C = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = ? = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 4 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = T = = = = = I = = = = = = = = = T = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = ? = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = 0 D034 C = = = D = A = = = G D ? = A C C G T T I T A T = T = = G = I A = G D = ? = G = T T = = = = G G = A ? T T = = = C C ? ? ? = C T = = = C A = A T = G = A G = T ? G G = = G = C G = A T I = G = = = C C A = ? A = = = = = = G T T G = = = A T = = = I = C = = = T I ? = G T T A G A D C G C = A = = A = D C = A I = ? = A = C C = = = = C A = G ? A A = = = T T ? ? ? = A C = = = G G = T C = A = G A = C ? A A = = A = A A = G C D = A = = = T T G = ? G = = = = = = A G G A = = = G 0 D035 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 D036 = = = = = = A ? ? ? ? D = = = = = = = T = = ? ? = = T = G = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = = = = = = = = = = = = = = 4 = = = = = ? = = = = = = = = = C ? ? ? ? I = = = = = = = A = = ? ? = = C = A = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = A = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = C = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = ? = = = 0 D037 = C T G = G = C A A G D = G = C = G = T = = A = T = = A G = = = I ? = A = T = = ? ? ? G = = G G = = T = T T = = = = C T = = A = T = G = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = C = = = = = = = = A = = = = = = = = = G C T = = G = = G = = = = = T C A = C = G T T T I = C = T = A = A = = G = C = = G A = = = D ? = G = C = = ? ? ? C = = C A = = C = A G = = = = T C = = C = C = C = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = T = = = = = = = = C = = = = = = = = = T T C = = A = = A = = = = 0 D038 = = = = = G = C A A G D = G = C = G = T = = = = T = T = G C = = = = = A = = = C = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = C = G T T T I = C = T = A = A = = = = C = C = A T = = = = = G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 D039 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = G = = = = = = = = = = = = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D040 ? C T G = G = C A A G D = G = C = G = T = = A = T = = A G = = = I ? = A = T = = T T = G = ? G G = = = = T T = = = = C T ? = = = T = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = A = = = = = ? = = = G C T = = G = T G = = = = ? T C A = C = G T T T I = C = T = A = A = = G = C = = G A = = = D ? = G = C = = C C = C = ? C A = = = = A G = = = = T C ? = = = C = C = = = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = = C = = = = = ? = = = T T C = = A = G A = = = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 4 = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = ? = T = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = ? ? ? = = = C C ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = ? ? ? = = = T T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = C ? ? = = ? = = = = = = = = = = C = = C C = A = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = T ? ? = = ? = = = = = = = = = = T = = T T = G = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = = = = = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) D = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) I = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? C C ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? T T ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 4 = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = C = = C C ? A = = = = = = = = ? = = = ? = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = T T ? G = = = = = = = = ? = = = ? = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = T T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = C C ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 E012 = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = = = G = C A A G D = G = C = G = T = = = = T = T = G C = ? ? = = A A = = C ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = (T) (T) = A = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = C = = = = = = = C = G T T T I = C = T = A = A = = = = C = C = A T = ? ? = = G C = = T ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = (C) (C) = G = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = T = = 0 E014 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = C = = C C ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = T T ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T = = = = = = = = 0 E015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = ? ? ? = = = C C ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = ? ? ? = = = T T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = A = = = = = = = = = = C = = C C = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = C = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = T = = = = = = = = = = T = = T T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = T = = ? ? = = = = 0 E017 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = D = = = ? = = = = = C = = = = = A = = = = = = = ? ? = = = ? = ? ? = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = I = = = ? = = = = = T = = = = = G = = = = = = = ? ? = = = ? = ? ? = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = A = = = = = = = = = ? C = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = G = = = = = = = = = ? T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = C = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = T = = = = = = = = G = = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = 0 E020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = (T) (D) = = = = = = = = = = = = T T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = (A) (I) = = = = = = = = = = = = C C ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E021 = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C C = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = ? = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 0.52 = = = = = = 1.00 ? = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 0.92 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = ? = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.54 = = = = = = ? ? ? = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 ? ? = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.54 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.58 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = ? = = = ? = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = 0.69 0.69 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.53 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.53 = = = = = = ? ? ? = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 0.93 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = ? = ? ? = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0.66 0.80 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS