Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000100 CC 17 23 40 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.156 000386 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001171 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 001185 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 001187 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 001385 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 001909 -- 2 0 2 +- 5 0 5 ++ 17 23 40 2.400 0.000 6.989 001933 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002248 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 002313 CC 2 0 2 CG 9 1 10 GG 11 22 33 0.007 0.011 1.069 002371 AA 18 23 41 AC 4 0 4 CC 2 0 2 3.840 0.000 9.666 002474 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002785 CC 10 20 30 CG 10 1 11 GG 2 0 2 0.050 0.012 0.537 002800 AA 10 20 30 AT 10 1 11 TT 2 0 2 0.050 0.012 0.537 002820 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 21 42 0.012 0.000 0.006 003026 AA 10 21 31 AT 10 1 11 TT 2 0 2 0.050 0.012 0.592 003079 GG 7 21 28 GT 11 1 12 TT 4 0 4 0.008 0.012 2.198 004405 -- 7 19 26 +- 11 1 12 ++ 2 0 2 0.601 0.013 0.156 004802 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 19 23 42 0.118 0.000 0.054 004890 GG 21 23 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 005171 CC 2 0 2 CG 10 1 11 GG 12 21 33 0.002 0.012 0.705 005334 AA 19 23 42 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 005427 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 22 44 0.011 0.000 0.006 005500 CC 8 21 29 CT 12 1 13 TT 3 0 3 0.209 0.012 0.792 005698 CC 11 17 28 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.355 0.000 0.142 005819 AA 3 0 3 AG 12 1 13 GG 8 20 28 0.209 0.012 0.714 005830 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 19 20 39 0.209 0.000 0.102 006367 AA 3 0 3 AT 12 1 13 TT 6 22 28 0.583 0.011 0.714 006398 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 18 23 41 0.342 0.000 0.152 006975 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 19 21 40 0.053 0.000 0.025 007148 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 17 21 38 0.233 0.000 0.105 007628 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 17 21 38 0.362 0.000 0.164 007901 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 17 19 36 0.233 0.000 0.111 008022 AA 22 22 44 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.023 009447 CC 2 0 2 CT 10 1 11 TT 12 22 34 0.002 0.011 0.763 009454 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 009939 AA 0 0 0 AT 5 0 5 TT 18 23 41 0.342 0.000 0.152 010327 CC 8 0 8 CT 10 1 11 TT 4 22 26 0.079 0.011 7.862 010360 AA 17 23 40 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.233 0.000 0.100 010434 AA 4 0 4 AG 13 1 14 GG 6 22 28 0.445 0.011 1.232 010473 CC 14 22 36 CT 8 1 9 TT 1 0 1 0.011 0.011 0.230 011648 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 15 23 38 0.263 0.000 0.105 011738 AA 15 19 34 AC 5 0 5 CC 0 0 0 0.408 0.000 0.183 011985 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 21 22 43 0.012 0.011 0.023 012146 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 18 19 37 0.220 0.000 0.108 012199 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 14 20 34 0.281 0.000 0.117 012504 -- 18 21 39 +- 4 0 4 ++ 0 0 0 0.220 0.000 0.102 012542 AA 10 20 30 AG 10 1 11 GG 2 0 2 0.050 0.012 0.537 012709 AA 16 22 38 AC 3 1 4 CC 0 0 0 0.140 0.011 0.105 012893 CC 14 23 37 CT 8 0 8 TT 2 0 2 0.296 0.000 2.613 012996 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 013314 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 013317 CC 0 13 13 CT 14 6 20 TT 10 3 13 4.069 2.148 0.783 013684 CC 19 21 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.025 013738 CC 18 21 39 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.058 013755 CC 18 21 39 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.058 013884 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 16 22 38 0.383 0.000 0.164 013913 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013960 CC 0 0 0 CG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 014176 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 18 19 37 0.014 0.000 0.007 015035 AA 0 0 0 AT 0 3 3 TT 22 18 40 0.000 0.124 0.056 015118 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 20 22 42 0.012 0.000 0.006 015430 -- 0 2 2 +- 7 10 17 ++ 14 10 24 0.840 0.050 0.217 015461 AA 19 21 40 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.053 0.000 0.025 015749 AA 21 23 44 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 016143 CC 18 23 41 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 016189 AA 18 23 41 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 016242 AA 23 20 43 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.112 0.052 016329 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 016532 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 23 21 44 0.000 0.012 0.006 016633 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016723 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 017069 AA 2 0 2 AG 7 0 7 GG 13 22 35 0.505 0.000 3.273 017334 AA 21 23 44 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 017452 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 23 43 0.112 0.000 0.052 017699 AA 0 0 0 AT 5 0 5 TT 18 23 41 0.342 0.000 0.152 017954 AA 19 21 40 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.100 018105 AA 24 19 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.013 0.006 018190 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 19 19 38 0.209 0.000 0.105 018193 CC 12 19 31 CT 8 0 8 TT 4 0 4 1.500 0.000 6.397 018377 CC 23 20 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 018563 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 18 37 0.053 0.000 0.027 018874 AA 23 19 42 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.013 0.006 019037 CC 0 13 13 CT 14 6 20 TT 10 3 13 4.069 2.148 0.783 019199 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 019326 GG 22 22 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019567 AA 22 23 45 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019810 CC 18 20 38 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.342 0.000 0.164 020222 CC 1 0 1 CT 2 12 14 TT 13 9 22 2.939 3.360 0.501 020227 CC 1 0 1 CT 2 14 16 TT 12 8 20 2.685 4.791 1.128 020306 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 15 21 36 0.000 0.012 0.007 020477 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 12 16 28 0.185 0.000 0.080 020940 AA 0 13 13 AG 11 8 19 GG 7 2 9 3.485 0.221 0.169 020963 AA 12 22 34 AC 5 0 5 CC 1 0 1 0.231 0.000 1.887 021156 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 14 22 36 0.281 0.000 0.111 021169 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 14 22 36 0.281 0.000 0.111 021330 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 16 22 38 0.062 0.000 0.026 021502 CC 0 0 0 CG 4 0 4 GG 14 21 35 0.281 0.000 0.114 021504 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 17 21 38 0.015 0.000 0.007 021587 GG 18 20 38 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.007 021689 CC 15 21 36 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.263 0.000 0.111 021766 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 18 21 39 0.014 0.000 0.006 021797 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 19 20 39 0.000 0.012 0.006 021918 AA 16 21 37 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.140 0.000 0.061 022475 CC 4 0 4 CT 8 0 8 TT 11 21 32 1.252 0.000 6.654 023099 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 20 20 40 0.000 0.012 0.006 023135 AA 16 21 37 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.247 0.000 0.108 023505 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 023647 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 023689 AA 1 0 1 AT 3 0 3 TT 20 23 43 2.617 0.000 6.306 024062 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 23 41 0.342 0.000 0.152 024743 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 15 20 35 0.408 0.000 0.178 024966 AA 18 23 41 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 025077 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 18 20 38 0.220 0.000 0.105 025211 AA 1 0 1 AG 7 1 8 GG 15 19 34 0.025 0.013 0.386 025363 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 18 14 32 0.014 0.018 0.031 026320 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 026576 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026691 AA 21 23 44 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.048 0.000 0.023 026725 CC 22 22 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 026936 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 18 23 41 0.342 0.000 0.152 027403 AA 18 18 36 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.220 0.000 0.111 027779 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 15 12 27 0.149 0.000 0.083 027798 CC 17 12 29 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.015 0.000 0.009 027969 AA 19 23 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.118 0.000 0.054 028054 AA 21 23 44 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.048 0.000 0.023 028395 AA 3 0 3 AG 6 0 6 GG 11 22 33 1.633 0.000 7.292 028717 GG 3 0 3 GT 8 0 8 TT 13 22 35 0.897 0.000 4.889 029163 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 22 40 0.342 0.000 0.156 029366 CC 19 21 40 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.100 029585 AA 0 0 0 AC 5 0 5 CC 19 22 41 0.324 0.000 0.152 030104 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 15 23 38 0.408 0.000 0.164 030252 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 18 23 41 0.055 0.000 0.024 030451 GG 20 22 42 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 030542 AA 15 23 38 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.408 0.000 0.164 030555 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 20 22 42 0.000 0.011 0.006 030799 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 18 22 40 0.220 0.000 0.100 030895 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 22 42 0.012 0.000 0.006 031002 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 18 22 40 0.220 0.000 0.100 031062 AA 19 23 42 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.053 0.000 0.024 031208 CC 3 0 3 CT 7 0 7 TT 12 22 34 1.223 0.000 5.965 031248 AA 16 22 38 AG 5 0 5 GG 2 0 2 2.200 0.000 6.591 031322 AA 19 22 41 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.209 0.000 0.097 031408 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 031648 AA 18 22 40 AG 3 0 3 GG 1 0 1 2.296 0.000 5.825 031725 AA 0 0 0 AT 5 0 5 TT 17 23 40 0.362 0.000 0.156 032479 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 032744 CC 19 20 39 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.160 033291 CC 19 23 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 033328 AA 2 0 2 AG 4 0 4 GG 16 23 39 3.327 0.000 9.162 033379 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 033617 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 22 42 0.050 0.000 0.024 033630 GG 2 0 2 GT 7 0 7 TT 13 22 35 0.505 0.000 3.273 034036 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 034426 AA 19 23 42 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.209 0.000 0.095 034434 AA 19 23 42 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 034589 CC 3 0 3 CT 8 0 8 TT 13 22 35 0.897 0.000 4.889 034607 GG 20 22 42 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.095 034608 CC 20 22 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.095 035725 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 035730 * 036245 CC 23 18 41 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.055 0.024 036262 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 21 20 41 0.048 0.000 0.024 036859 AA 18 23 41 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 036870 GG 0 0 0 GT 5 0 5 TT 18 23 41 0.342 0.000 0.152 037085 AA 18 21 39 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 037093 CC 19 20 39 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 037311 GG 19 18 37 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.061 037319 AA 17 17 34 AG 5 1 6 GG 0 0 0 0.362 0.015 0.263 037825 GG 19 19 38 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.026 038154 * 038473 AA 21 21 42 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.024 038582 CC 12 22 34 CT 8 1 9 TT 1 0 1 0.053 0.011 0.186 038612 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 038742 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 039263 AA 2 0 2 AG 5 0 5 GG 17 23 40 2.400 0.000 6.989 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001909: a 004405: T 005427: CAAAATAATTGTGGTAGGAT 006398: TCT 011648: CTTTGTAGACT 012146: A 012504: A 015430: ATTA 031002: TCT Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 035730 AA 12 23 35 035730 AG 8 0 8 035730 AT 1 0 1 035730 GG 3 0 3 035730 GT 0 0 0 035730 TT 0 0 0 038154 AA 11 21 32 038154 AG 7 0 7 038154 AT 1 2 3 038154 GG 4 0 4 038154 GT 0 0 0 038154 TT 0 0 0