Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000100 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 000386 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001171 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 001185 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 001187 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 001385 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001909 - 0.19 0.00 0.10 + 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 001933 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002248 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002313 C 0.30 0.02 0.16 G 0.70 0.98 0.84 0.42 0.04 0.26 002371 C 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 002474 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002785 G 0.32 0.02 0.17 C 0.68 0.98 0.83 0.43 0.05 0.29 002800 T 0.32 0.02 0.17 A 0.68 0.98 0.83 0.43 0.05 0.29 002820 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003026 T 0.32 0.02 0.17 A 0.68 0.98 0.83 0.43 0.04 0.28 003079 T 0.43 0.02 0.23 G 0.57 0.98 0.77 0.49 0.04 0.35 004405 + 0.38 0.03 0.20 - 0.62 0.97 0.80 0.47 0.05 0.32 004802 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 004890 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005171 C 0.29 0.02 0.16 G 0.71 0.98 0.84 0.41 0.04 0.27 005334 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 005427 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005500 T 0.39 0.02 0.21 C 0.61 0.98 0.79 0.48 0.04 0.33 005698 T 0.13 0.00 0.06 C 0.87 1.00 0.94 0.23 0.00 0.12 005819 A 0.39 0.02 0.22 G 0.61 0.98 0.78 0.48 0.05 0.34 005830 G 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 006367 A 0.43 0.02 0.22 T 0.57 0.98 0.78 0.49 0.04 0.34 006398 - 0.11 0.00 0.05 + 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006975 G 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 007148 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 007628 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 007901 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 008022 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009447 C 0.29 0.02 0.16 T 0.71 0.98 0.84 0.41 0.04 0.27 009454 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009939 A 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 010327 C 0.59 0.02 0.30 T 0.41 0.98 0.70 0.48 0.04 0.42 010360 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 010434 A 0.46 0.02 0.24 G 0.54 0.98 0.76 0.50 0.04 0.36 010473 T 0.22 0.02 0.12 C 0.78 0.98 0.88 0.34 0.04 0.21 011648 - 0.11 0.00 0.05 + 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 011738 C 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 011985 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 012146 - 0.09 0.00 0.05 + 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 012199 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.20 0.00 0.10 012504 + 0.09 0.00 0.05 - 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 012542 G 0.32 0.02 0.17 A 0.68 0.98 0.83 0.43 0.05 0.29 012709 C 0.08 0.02 0.05 A 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.09 012893 T 0.25 0.00 0.13 C 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.22 012996 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 013314 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013317 T 0.71 0.27 0.50 C 0.29 0.73 0.50 0.41 0.40 0.50 013684 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 013738 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 013755 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 013884 C 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 013913 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013960 C 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 014176 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 015035 A 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 015118 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 015430 - 0.17 0.32 0.24 + 0.83 0.68 0.76 0.28 0.43 0.37 015461 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 015749 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016143 G 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016189 G 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016242 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 016329 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016532 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016633 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016723 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017069 A 0.25 0.00 0.12 G 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.22 017334 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017452 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017699 A 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 017954 T 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 018105 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 018190 G 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 018193 T 0.33 0.00 0.19 C 0.67 1.00 0.81 0.44 0.00 0.30 018377 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018563 A 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 018874 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 019037 T 0.71 0.27 0.50 C 0.29 0.73 0.50 0.41 0.40 0.50 019199 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 019326 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019567 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019810 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 020222 C 0.12 0.29 0.22 T 0.88 0.71 0.78 0.22 0.41 0.34 020227 C 0.13 0.32 0.24 T 0.87 0.68 0.76 0.23 0.43 0.37 020306 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.03 020477 A 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 020940 G 0.69 0.26 0.45 A 0.31 0.74 0.55 0.42 0.39 0.50 020963 C 0.19 0.00 0.09 A 0.81 1.00 0.91 0.31 0.00 0.16 021156 C 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.20 0.00 0.10 021169 C 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.20 0.00 0.10 021330 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 021502 C 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.20 0.00 0.10 021504 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 021587 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.03 021689 G 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021766 C 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 021797 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 021918 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.07 022475 C 0.35 0.00 0.18 T 0.65 1.00 0.82 0.45 0.00 0.30 023099 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 023135 T 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 023505 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 023647 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023689 A 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 024062 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 024743 C 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 024966 G 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 025077 A 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 025211 A 0.20 0.03 0.12 G 0.80 0.97 0.88 0.31 0.05 0.21 025363 A 0.03 0.03 0.03 G 0.97 0.97 0.97 0.05 0.06 0.06 026320 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026576 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026691 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026725 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026936 C 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 027403 G 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 027779 A 0.08 0.00 0.05 G 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.10 027798 T 0.03 0.00 0.02 C 0.97 1.00 0.98 0.05 0.00 0.03 027969 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 028054 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028395 A 0.30 0.00 0.14 G 0.70 1.00 0.86 0.42 0.00 0.24 028717 G 0.29 0.00 0.15 T 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.26 029163 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 029366 T 0.09 0.00 0.05 C 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 029585 A 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 030104 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.11 030252 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 030451 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030542 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.11 030555 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030799 C 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 030895 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 031002 - 0.09 0.00 0.05 + 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 031062 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 031208 C 0.30 0.00 0.15 T 0.70 1.00 0.85 0.42 0.00 0.25 031248 G 0.20 0.00 0.10 A 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 031322 C 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 031408 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031648 G 0.11 0.00 0.06 A 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 031725 A 0.11 0.00 0.06 T 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 032479 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032744 T 0.10 0.00 0.06 C 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 033291 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 033328 A 0.18 0.00 0.09 G 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 033379 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033617 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 033630 G 0.25 0.00 0.12 T 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.22 034036 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034426 C 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 034434 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 034589 C 0.29 0.00 0.15 T 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.26 034607 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 034608 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 035725 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 035730 * 036245 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 036262 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 036859 G 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 036870 G 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 037085 T 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 037093 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 037311 T 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 037319 G 0.11 0.03 0.07 A 0.89 0.97 0.93 0.20 0.05 0.14 037825 T 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 038154 * 038473 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 038582 T 0.24 0.02 0.12 C 0.76 0.98 0.88 0.36 0.04 0.22 038612 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038742 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 039263 A 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001909: a 004405: T 005427: CAAAATAATTGTGGTAGGAT 006398: TCT 011648: CTTTGTAGACT 012146: A 012504: A 015430: ATTA 031002: TCT Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 035730 T 0.02 0.00 0.01 G 0.29 0.00 0.15 A 0.69 1.00 0.84 038154 T 0.02 0.04 0.03 G 0.33 0.00 0.16 A 0.65 0.96 0.80