************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 dafxx.phase.inp dafxx.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST dafxx.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates dafxx.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual dafxx.phase.out_recom : estimates of recombination parameters dafxx.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 99 Positions of loci: 2049 2124 2333 2522 3082 3786 4256 4348 4367 4553 4656 6456 6932 7024 7960 8878 9194 9533 9539 10014 10039 10201 10451 10558 10744 10875 11019 11053 11100 11389 12337 12416 12489 12942 13172 13377 13776 13997 14274 14317 15259 15296 15702 15767 15921 16162 16198 16400 16470 16620 16692 16957 17035 17469 18218 18266 20407 20710 20891 21622 21956 22018 22900 23429 23445 24034 24172 25029 25369 26671 26810 27093 27195 27196 27753 28049 28338 28461 28975 29107 30941 31167 32214 33043 33371 34266 34958 35714 35901 36132 36241 36900 37249 37401 38451 40829 41132 41597 42353 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file dafxx.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CIADGCGGAGGGCITACCCCGCATCGCIAGAADCTGTGATGACIDAIGGTGGTCGAG 1 GACAACCATGAGGGGGATTGCCCTCGAGGGGAGCTCCAGCG 1.000000 2 CIADTCGGAGGGCICATGCCGCATCGCIAGAADCTGTGATGACIDAIGGTAGTCGAG 2 GGCAGCAATGAGGGGGATCGCTCTTGGGGAGAACTCCAGCG 1.000000 3 CIADTCGGAGGGCITACCCCGCATCGCIAGAADCGGTGATGATIDAIGGTGGTCGAG 1 GACAACCATGAGGGGGTTTGCCCTCGAGGGGAGCTCCAGCG 4.000000 4 CIADTCGGAGGGCITATGCCGCATCGCIAGAAICTGTGATGACIDAIGGTAGTCGAG 2 GGCCGCAATGAGGGGGATCGCTCTTGGGGAGAACTCCAGCG 1.000000 5 CIADTCGGAGGGCITATGCCGCATCGCIAGAADCTGTGATGACIDAIGGTAGTCGAG 2 GGCAGCAATGAGGGGGATCGCCCTTGGGGAGAACTCCAGCG 2.000000 6 CIADTCGGAGGGCITATGCCGCATCGCIAGAADCTGTGATGACIDAIGGTAGTCGAG 2 GGCAGCAATGAGGGGGATCGCTCTTGGGGAGAACTCCAGCG 13.000000 7 CIADTCGGAGGGCITATGCCGCATCGCIAGAADCTGTGATGACIDAIGGTAGTCGAG 2 GGCAGCAATGTGGGGGATCGCTCTTGGGGAGAACTCCAGCG 10.000000 8 CIADTCGGAGGGCITATGCCGCATCGCIAGAADCTGTGATGACIDAIGGTAGTCGAG 2 GGCAGCCATGAGGGGGATCGCTCTTGGGGAGAACTCCAGCG 1.000000 9 CIADTCGGAGGGCITATGCCGCATCGCIAGAADCTGTGATGACIDAIGGTAGTCGAG 2 GGCCGCAATGAGGGGGATCGCTCTTGGGGAGAACTCCAGCG 2.000000 10 CIADTCGGAGGGCITATGCCGCGTCGCIAGAADCTGTGATGACIDAIGGTAGTCGAG 2 GGCAGCAATGTGGGGGATCGCTCTTGGGGAGAACTCCCGCG 2.000000 11 CIADTCGGAGGGCITTTGCCGCATCGCIAGAADCTGTGATGACIDAIGGTAGTCGAG 2 GGCAGCAATGTGGGGGATCGCTCTTGGGGAGAACTCCAGCG 1.000000 12 CIGDGCGGAGGGCITACCCCGCATCGCIAGAADTTGTGATGACIDADGGTGGTCGAG 2 GGCAGAAATCAAGGGGATCGCCCTTAGGAAGAATGCCAGCA 2.000000 13 CIGDGCGGAGGGCITACCCCGCATCGCIAGAADTTGTGATGACIDADGGTGGTCGAG 2 GGCAGAAATCAAGGGGATCGCCCTTAGGAAGAATGCCCGCA 1.000000 14 CIGDGCGGGGGGCITACCCCGCATCGCIAGAADTTGTGATGACIDADGGTGGTCGAA 2 GGCAGAAATCAAGGGGATCGCCCTTAGGAAGAATGCCAGCA 4.000000 15 CIGDGCTAAGGGCICTCCTTTAACTCADGGGCICTACTGCGGCDIAIAAAGGCCAGG 4 GGCAGCAATGAGAGGTATCGGCCTCGGGGAAGACTCTAAAG 1.000000 16 CIGDGCTAAGGGCICTCCTTTAACTGADGGGCICTACTGCGGCDIAIAAAGGCCAGG 4 GGCAGCAATGAGAGGTATCGGCCTCGGGGAAGACTCTAAAG 1.000000 17 CIGDGCTAAGTGCICTCCTTTAACTCADGGGCICTACTGCGGCDIAIAAAGGCCAGG 4 GGCAGCAATGAGAGGTATCGGCCTCGGGGAAGACTCTAAAG 1.000000 18 CIGDGTGGATGGCITACCCCGCATCGCIAGAADTTGTGATGACIDADGGTGGTCGAG 2 GGCCGAAATGAGGGGGACCGCCCTTAGGAAGAATGCCAGCA 17.000000 19 CIGDGTGGATGGCITACCCCGCATCGCIAGAADTTGTGATGACIDADGGTGGTCGAG 2 GGTCGAAATGAGGGGGACCGCCCTTAGGAAGAATGCCAGCA 3.000000 20 CIGDGTGGATGGCITACCCCGCATCGCIAGAADTTGTGATGACIDADGGTGATCGAG 2 GGTCGAAATGTGGGGGACCGCCCGTAGGAAGAATGCCAGCA 3.000000 21 CIGDGTGGATGGCITACCCCGCGTCGCIAGAADTTGTGATGACIDADGGTGGTCGAG 2 GGCCGAAATGAGGGGGACCGCCCTTAGGAAGAATGCCAGCA 2.000000 22 CIGDGTGGATGGCITTCCCCGCATCGCIAGAADTTGTGATGACIDADGGTGGTCGAG 2 GGCCGAAATGAGGGGGACCGCCCTTAGGAAGAATGCCAGCA 1.000000 23 CDAIGCGGAGGACICTCCTTTAACCCCDGGGCICTATTGCTGCDIGIAGAGGCTAGG 2 AGCAGCAGTGAGAAGTATCGCCGTTGGAGAGAACTCCAGCG 1.000000 24 CDAIGCGGAGGGCICACCTTTAACCCCDGGGCICTATTGCGGCDIAIAGAGGCCAGG 2 AGCAGCAATGAGAGGTATCGCCGTCGGGGAGAACTCCAGCG 1.000000 25 CDAIGCGGAGGGCICTCCTTTAACCCCDGGGCICTATTGCGGCDIAIAGAGGCCAGG 2 AGCAGCAATGAGAGGTATCGCCGTTGGGGAGAACTCCAGCG 1.000000 26 CDAIGCGGAGGGCICTCCTTTAACCCCDGGGCICTATTGCGGCDIGIAGAGGCTAGG 2 AGCAGCAGTGAGAGGTATCGCCCTTGGGGAGAACTCCAGCG 1.000000 27 CDAIGCTGAGGACICTCCTTTAACCCCDGGGCICTATTGCTGCDIGIAGAGGCTAGG 2 AGCAGCAGTGAGAAGTATCGCCGTTGGAGAGAACTGCAGCG 3.000000 28 CDAIGCTGAGTACICTCCTTTAACCCCDGGGCICTATTGCTGCDIGIAGAGGCTAGG 2 AGCAGCAGTGAGAAGTATCGCCGTTGGAGAGAACTGCAGCG 1.000000 29 TDADGCGGAGTGCDCTCCTTTAACCCCDGAGCICTATTGCGGCDIGIAGAGGCTAGG 2 AGCAGCAGCGAGAGATATCACCCTTGGAGAGAACTCCAGCA 6.000000 30 TDADGCGGAGTGCDCTCCTTTAACCCCDGAGCICTATTGCGGCDIGIAGAGGCTAGG 2 AGCAGCAGCGAGAGATATCACCCTTGGAGAGAACTCCAGCG 2.000000 31 TDADGCGGAGTGGDCTCCTTTAACCCCDGAGCICTATTGCGGCDIGIAGAGGCTAGG 2 AGCAGCAGCGAGAGATATCACCCTTGGAGAGAACTCCAGCA 4.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (18,27) D002: (6,18) D003: (14,21) D004: (6,14) D005: (3,18) D006: (12,16) D007: (1,6) D008: (7,26) D009: (5,24) D010: (7,27) D011: (6,18) D012: (12,29) D013: (7,18) D014: (5,7) D015: (3,7) D016: (17,28) D033: (6,29) D034: (6,14) D035: (6,27) D036: (3,6) D037: (18,23) D038: (3,18) D039: (6,15) D040: (2,25) E001: (13,21) E002: (10,14) E003: (18,29) E004: (18,30) E005: (11,22) E006: (19,31) E007: (7,31) E008: (6,19) E009: (7,29) E010: (4,18) E011: (6,18) E012: (18,18) E013: (18,29) E014: (7,31) E015: (30,31) E016: (7,10) E017: (7,8) E018: (18,18) E019: (9,20) E020: (6,20) E021: (6,20) E022: (9,19) E023: (18,29) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A C D A I G C T G A G G A C I C T C C T T T A A C C C C D G G G C I C T A T T G C T G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G T G A G A A G T A T C G C C G T T G G A G A G A A C T G C A G C G 0 D002 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 D003 C I G D G C G G G G G G C I T A C C C C G C (A) T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A A 2 G G C A G A A A T C A A G G G G A T C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C (G) T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 D004 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C [T] C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G C G G G G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A A 2 G G C A G A A A T C A A G G G G A T C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 D005 C I A D T C G G A G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D C G G T G A T G A T I D A I G G T G G T C G A G 1 G A C A A C C A T G A G G G G G T T T G C C C T C G A G G G G A G C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 D006 C I G D G C G G A G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C A G A A A T C A A G G G G A T C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A C I G D G C T A A G G G C I C T C C T T T A A C T G A D G G G C I C T A C T G C G G C D I A I A A A G G C C A G G 4 G G C A G C A A T G A G A G G T A T C G G C C T C G G G G A A G A C T C T A A A G 0 D007 C I A D (G) C G G A G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T G G T C G A G 1 G A C A A C C A T G A G G G G G A T T G C C C T C G A G G G G A G C T C C A G C G C I A D (T) C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G 0 D008 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C D A I G C G G A G G G C I C T C C T T T A A C C C C D G G G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G T G A G A G G T A T C G C C C T T G G [G] G A G A A C T C C A G C G 0 D009 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C C C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C D A I G C G G A G G G C I C A C C T T T A A C C C C D G G G C I [C] T A T T G C G G C D I A I A G A G G C C A G G 2 A G C A G C A A T G A G A G G T A T C G C C G T C G G G G A G A A C T C C A G C G 0 D010 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C D A I G C T G A G G A C I C T C C T T T A A C C C C D G G G C I C T A T T G C T G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G T G A G A A G T A T C G C C G T T G G A G A G A A C T G C A G C G 0 D011 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 D012 C I G D G C G G A G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C A G A A A T C A A G G G G A T C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A T D A D G C G G A G T G C D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A 0 D013 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 D014 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C C C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G 0 D015 C I A D T C G G A G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D C G G T G A T G A T I D A I G G T G G T C G A G 1 G A C A A C C A T G A G G G G G T T T G C C C T C G A G G G G A G C T C C A G C G C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G 0 D016 C I G D G C T A A G T G C I C T C C T T T A A C T C A D G G G C I C T A C T G C G G C D I A I A A A G G C C A G G 4 G G C A G C A A T G A G A G G T A T C G G C C T C G G G G A A G A C T C T A A A G C D A I G C T G A G T A C I C T C C T T T A A C C C C D G G G C I C T A T T G C T G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G T G A G A A G T A T C G C C G T T G G A G A G A A C T G C A G C G 0 D033 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G T D A D G C G G A G T G C D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A 0 D034 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G C G G G G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A A 2 G G C A G A A A T C A A G G G G A T C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 D035 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C D A I G C T G A G G A C I C T C C T T T A A C C C C D G G G C I C T A T T G C T G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G T G A G A A G T A T C G C C G T T G G A G A G A A C T G C A G C G 0 D036 C I A D T C G G A G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D C G G T G A T G A T I D A I G G T G G T C G A G 1 G A C A A C C A T G A G G G G G T T T G C C C T C G A G G G G A G C T C C A G C G C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G 0 D037 C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A C D A I G C G G A G G A C I C T C C T T T A A C C C C D G G G C I C T A T T G C T G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G T G A G A A G T A T C G C C [G] T T G G A G A G A A C T C C A G C [G] 0 D038 C I A D T C G G A G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D C G G T G A T G A T I D A I G G T G G T C G A G 1 G A C A A C C A T G A G G G G G T T T G C C C T C G A G G G G A G C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 D039 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G C T A A G G G C I C T C C T T T A A C T C A D G G G C I C T A C T G C G G C D I A I A A A G G C C A G G 4 G G C A G C A A T G A G A G G T A T C G G C C T C G G G G A A G A C T C T A A A G 0 D040 C I A D T C G G A G G G C I C A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C D A I G C G G A G G G C I C T C C T T T A A C C C C D G G G C I [C] T A T T G C G G C D I A I A G A G G C C A G G 2 A G C A G C A A T G A G A G G T A T C G C C [G] T T G G G G A G A A C T C C A G C G 0 E001 C I G D G C G G A G G G C I T A C C C C G C (A) T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C A G A A A T C A A G G G G A T C G C C C T T A G G A A G A A T G C C (C) G C A C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C (G) T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C (A) G C A 0 E002 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C G T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C C G C G C I G D G C G G G G G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A A 2 G G C A G A A A T C A A G G G G A T C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E003 C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A T D A D G C G G A G T G C D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A 0 E004 C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A T D A D G C G G A G T G C D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C G 0 E005 C I A D T C G G A G G G C I T T T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T T C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E006 C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G T C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A T D A D G C G G A G T G G D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A 0 E007 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G T D A D G C G G A G T G G D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A 0 E008 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G T C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E009 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G T D A D G C G G A G T G C D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A 0 E010 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A (I) C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C C G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A (D) T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E011 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E012 C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E013 C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A T D A D G C G G A G T G C D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A 0 E014 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G T D A D G C G G A G T G G D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A 0 E015 T D A D G C G G A G T G C D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C G T D A D G C G G A G T G G D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A 0 E016 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C G T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C C G C G 0 E017 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G T G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C C A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G 0 E018 C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G [C] C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E019 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C C G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G A T C G A G 2 G G T C G A A A T G T G G G G G A C C G C C C G T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E020 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G A T C G A G 2 G G T C G A A A T G T G G G G G A C C G C C C G T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E021 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A D C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C A G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G A T C G A G 2 G G T C G A A A T G T G G G G G A C C G C C C G T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E022 C I A D T C G G A G G G C I T A T G C C G C A T C G C I A G A A [D] C T G T G A T G A C I D A I G G T A G T C G A G 2 G G C C G C A A T G A G G G G G A T C G C T C T T G G G G A G A A C T C C A G C G C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G T C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A 0 E023 C I G D G T G G A T G G C I T A C C C C G C A T C G C I A G A A D T T G T G A T G A C I D A D G G T G G T C G A G 2 G G C C G A A A T G A G G G G G A C C G C C C T T A G G A A G A A T G C C A G C A T D A D G C G G A G T G C D C T C C T T T A A C C C C D G A G C I C T A T T G C G G C D I G I A G A G G C T A G G 2 A G C A G C A G C G A G A G A T A T C A C C C T T G G A G A G A A C T C C A G C A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 ? ? G D = T G = = T = G = = T A = = C C G C = T = G = I A = A A D T = G = G A T G A = I D A D G = T = = T C G A = = G = = C = A = A = = = = G G = G = C = = = = C = = A = ? A ? ? = = ? G C = = = = ? ? ? A I = C T = = G = A = = C T = = T T T A = C = C = D G = G C I C = A = T G C T G = D I G I A = A = = C T A G = = A = = A = C = G = = = = A A = T = T = = = = G = = G = ? G ? ? = = ? T G = = = = ? 0 D002 = = A = T C = = = G = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = = = = = = A = C = = = = = = = = = = = T = = = T = = = G = = G = = = = C T = = = = = G = = G = G T = = = T = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = = = = = = C = A = = = = = = = = = = = C = = = C = = = A = = A = = = = T G = = = = = A 0 D003 = = = = = C = = G G = ? = = = ? = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = A = = = = = C = A = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = A T = ? = = = ? = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = C = = = = = G = G = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D004 = = A = T = = = A = = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = G = = = = = = C = = = G = G = = = = = = = = ? ? = = = G = = G = = = = C T = = = = = ? = = G = G = = = G = = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = A = = = = = = A = = = C = A = = = = = = = = ? ? = = = A = = A = = = = T G = = = = = ? 0 D005 = = A = T C = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = = = = = T = = = I = = = = = = = = = = 1 = A = A A C C = = = = = = = = = T T T = ? ? = = C G A = G G = = G C T = = = = = G = = G = G T = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = = = = = C = = = D = = = = = = = = = = 2 = G = C G A A = = = = = = = = = A C C = ? ? = = T A G = A A = = A T G = = = = = A 0 D006 = = = = = = G G = = = = = = T A = = C C G C = T C = C I A = A A D T = G T G A T = A = I D = D G G T = = T = G A = 2 = = = = = A = = = C = A G = = G = = = = C = = = T A = = A = G A = T G = C = G C A = = = = = = T A = = = = = = C T = = T T T A = C T = A D G = G C I C = A C T G C = G = D I = I A A A = = C = A G = 4 = = = = = C = = = G = G A = = T = = = = G = = = C G = = G = A G = C T = T = A A G 0 D007 = = = = (G) = = = = = = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = 1 = A = = A = C = = = = = = = = = = = T = = C = = C = A = = G = = G = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = 2 = G = = G = A = = = = = = = = = = = C = = T = = T = G = = A = = A = = = = = = = = 0 D008 = I = D T = = = = = = = = = T A T G C C G C = T = G = I A = A ? ? = = G ? ? A T = A = I D A = G = T A = T C G A = = G = = = = = = A = = T = G = = G = = = = = T = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = D = I G = = = = = = = = = C T C C T T T A = C = C = D G = G ? ? = = A ? ? G C = G = D I G = A = A G = C T A G = = A = = = = = = G = = A = A = = T = = = = = C = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 D009 = I = D T ? = = = = = ? = = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? G = I A = A A D ? ? ? = G A T = A = I D = = G = T A = T = G A = = G = = = ? = = = = = = = ? = = G = = = = = = C = T = = ? = = = = = = = = = = = = = = D = I G ? = = = = = ? = = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? C = D G = G C I ? ? ? = T G C = G = D I = = A = A G = C = A G = = A = = = ? = = = = = = = ? = = T = = = = = = G = C = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 D010 = I = D T = G = = = = G = = T A T G C C G C ? ? ? G = I A ? A A D = = G = G A T G A = I D A = G = T A = T C G A = = G = = = = = = A = = T = G G = G = = = = = T C = = = = G = = = = = = = C = = = = = = D = I G = T = = = = A = = C T C C T T T A ? ? ? C = D G ? G C I = = A = T G C T G = D I G = A = A G = C T A G = = A = = = = = = G = = A = A A = T = = = = = C G = = = = A = = = = = = = G = = = = = 0 D011 = = A = ? C = = = G = = = = = = T G = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = = = ? = = A = C = = = = = = = = = = = T = = = T = = = G = = G = = = = C T = = = = = G = = G = ? T = = = T = = = = = = C C = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = = = ? = = C = A = = = = = = = = = = = C = = = C = = = A = = A = = = = T G = = = = = A 0 D012 C I G = = = = = = = G = = I T A = = C C G C = T = G ? ? ? ? A A D T = G = G A T = A = I D A D G = T = = T C G A = = G = = = = A = A T C = A G = G G = = = G = = = = = A = G A = = = = T G = = = = = = T D A = = = = = = = T = = D C T = = T T T A = C = C ? ? ? ? G C I C = A = T G C = G = D I G I A = A = = C T A G = = A = = = = C = G C G = G A = A T = = = A = = = = = G = A G = = = = C T = = = = = = 0 D013 = = A = T ? = = = G = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = = = = = = A = C = = = = T = = = = = = T = = = T = = = G = = G ? ? = = C T = = = = = G = = G = G ? = = = T = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = = = = = = C = A = = = = A = = = = = = C = = = C = = = A = = A ? ? = = T G = = = = = A 0 D014 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 D015 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = G = = = = = = = T = = = = = = = G = = = = = = 1 = A = = A = C = = = A = = = = = T = T = = C = = C = A = = G = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = T = = = = = = = C = = = = = = = A = = = = = = 2 = G = = G = A = = = T = = = = = A = C = = T = = T = G = = A = = A = = = = = = = = 0 D016 = I G D = = = A = = = G = = ? = = = = = = = = = T = A = = = ? ? ? = = = C = = = G = = = = A = = A = = = = C = = ? 4 G = ? ? = = = A = = = = = G = = = = = = G = C = C = = G = = A G = = = C T ? A A = = D A I = = = G = = = A = = ? = = = = = = = = = C = C = = = ? ? ? = = = T = = = T = = = = G = = G = = = = T = = ? 2 A = ? ? = = = G = = = = = A = = = = = = C = G = T = = A = = G A = = = G C ? G C = 0 D033 C I = = T = = = = = G = = I T ? T G C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A ? D = = G = G A T = A = I D A = G = T A = T C G A = = G = = = = = = A T = = = G = G G = = = G = T = = = = = G = ? ? = = = = = = = = = G T D = = G = = = = = T = = D C ? C C T ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? G ? I = = A = T G C = G = D I G = A = A G = C T A G = = A = = = = = = G C = = = A = A T = = = A = C = = = = = A = ? ? = = = = = = = = = A 0 D034 = = A = T = = = A = = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = G = = = = = = C = = = ? = G = = = = = = = = = T = = = G = = G = = = = C T = = = ? ? G = = G = G = = = G = = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = A = = = = = = A = = = ? = A = = = = = = = = = C = = = A = = A = = = = T G = = = ? ? A 0 D035 = I = D T = G = = = = ? = = T A T G C C G C = T = G ? ? ? ? A A D = = G ? ? A T G A = I D A = G = T A = T C G A = = G = = = = = = A = = = = G G = G = = = = = T C = = = = G = = = = = = = C = = ? ? = = D = I G = T = = = = ? = = C T C C T T T A = C = C ? ? ? ? G C I = = A ? ? G C T G = D I G = A = A G = C T A G = = A = = = = = = G = = = = A A = T = = = = = C G = = = = A = = = = = = = G = = ? ? = 0 D036 = = = = = = = = = = = ? = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = G = = = = = = 1 = A = = A = C = = = = = = = = = T = T = = C = = C = A = = G = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = A = = = = = = 2 = G = = G = A = = = = = = = = = A = C = = T = = T = G = = A = = A = = = = = = = = 0 D037 ? ? G D = T = = = T = ? = = T A = = C C G C = T = G = I A = A A D T = G = G A T G A = I D A D G = T = = T C G A = = G = = C = A = A = = = = G G = G ? ? ? ? = = ? ? = A = G A = = = = T G = = = = = ? ? ? A I = C = = = G = ? = = C T = = T T T A = C = C = D G = G C I C = A = T G C T G = D I G I A = A = = C T A G = = A = = A = C = G = = = = A A = T ? ? ? ? = = ? ? = G = A G = = = = C T = = = = = ? 0 D038 = = A = T C = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = = = = = T = = = I = = = = = = = = = = 1 = A = A A C C = = = = ? ? = = = T T T = = = = = C G A = G G = = G C T = = = = = G = = G = G T = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = = = = = C = = = D = = = = = = = = = = 2 = G = C G A A = = = = ? ? = = = A C C = = = = = T A G = A A = = A T G = = = = = A 0 D039 = = A = T = G G = = = = = = T A T G C C G C = T C G C I A = A A D = = G T G A T = A = I D = = G G T A = T = G A = 2 = = = = = = = = = = = ? ? = = G = = ? = C T = = T = = = = = G A = = = = C = G C = = = G = G = T A = = = = = = C T C C T T T A = C T C A D G = G C I = = A C T G C = G = D I = = A A A G = C = A G = 4 = = = = = = = = = = = ? ? = = T = = ? = G C = = C = = = = = A G = = = = T = A A = 0 D040 = I = D T = = = = = = = = = = A T G C C G C = T = G = I ? = A A ? ? ? G = G A T = A = I D = = G = T A = T = G A = = G = = = = = = = = = = = G = = G = = = = = T ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = D = I G = = = = = = = = = = T C C T T T A = C = C = D ? = G C ? ? ? A = T G C = G = D I = = A = A G = C = A G = = A = = = = = = = = = = = A = = T = = = = = C ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 E001 = = = = = C = = = G = = = = = ? ? ? ? = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = A = = = = = C = A = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = T = = = T = = = = = ? ? ? ? = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = C = = = = = G = G = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = 0 E002 = = A = T = = = A = = = = = = = T G = = = = G = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = G = = = = = = C = = = ? T G = = = = = = = = = T = = = G = = G = = = = C T = = C = = G = = G = G = = = G = = = = = = = C C = = = = A = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = A = = = = = = A = = = ? A A = = = = = = = = = C = = = A = = A = = = = T G = = A = = A 0 E003 C I G = = T = = = T G = = I T A = = C C G C ? ? ? ? ? ? ? ? A A D ? ? ? = G A T = A = I D A D G = T = = T C G A = = G = = C = A = A T = = = G = G G = C = G = = = = = A = G A = = = = T G = = = = = = T D A = = C = = = G T = = D C T = = T T T A ? ? ? ? ? ? ? ? G C I ? ? ? = T G C = G = D I G I A = A = = C T A G = = A = = A = C = G C = = = A = A T = T = A = = = = = G = A G = = = = C T = = = = = = 0 E004 C I G = = T = = = T G = = I T A = = C C G C = T = G = I A G A A D T = G = G A T = A = I D A D G = T = = T C G A = = G = = C = A = A T = = ? ? = G G = C = G = = = = = A = G A = = = = T G = = = = = A T D A = = C = = = G T = = D C T = = T T T A = C = C = D G A G C I C = A = T G C = G = D I G I A = A = = C T A G = = A = = A = C = G C = = ? ? = A T = T = A = = = = = G = A G = = = = C T = = = = = G 0 E005 = = A = T C = = = G = = = = = = T G = ? ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = = = = = = A = C = = = = T ? ? = = = = T = = ? ? = = = G = = G = = = = C T = = = = = G = = G = G T = = = T = = = = = = C C = ? ? ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = = = = = = C = A = = = = A ? ? = = = = C = = ? ? = = = A = = A = = = = T G = = = = = A 0 E006 C I G = = T = = = T G = C I T A = = C C G C = T = G = I A G A ? D T = G = G A T = A = I D A D G = T = = T C ? A = = G = T C = A = A T = = = G = G G = C = G = = = = = A = G A = = = = T G = = ? = = = T D A = = C = = = G T = G D C T = = T T T A = C = C = D G A G ? I C = A = T G C = G = D I G I A = A = = C T ? G = = A = C A = C = G C = = = A = A T = T = A = = = = = G = A G = = = = C T = = ? = = = 0 E007 C I = = T = = = = = G = C I ? A T G C C G C = T = G = I A G A A D ? ? ? ? ? ? ? = A = I D A = G = T A = T C G A = = G = = = = = = A T = T = G = G G = = = G = T = = = = = G = = = = = = = = = = ? ? G T D = = G = = = = = T = G D ? T C C T T T A = C = C = D G A G C I ? ? ? ? ? ? ? = G = D I G = A = A G = C T A G = = A = = = = = = G C = A = A = A T = = = A = C = = = = = A = = = = = = = = = = ? ? A 0 E008 = = A = T C = = = G = = = = ? = T G = = = = ? ? ? = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = = = = = C A = C = = = = = = = = = = = T = = = T ? ? = G = = G = = = = C T = = = ? ? G = = G = G T = = = T = = = = ? = C C = = = = ? ? ? = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = = = = = T C = A = = = = = = = = = = = C = = = C ? ? = A = = A = = = = T G = = = ? ? A 0 E009 C I = = T = = = = = G = = I T A T G C ? ? ? = T = G = I A G A A D = = G = G A T = A = I D A = G = T A = T C G A = = ? = = = = = = A T = T = G = G G = = = G = T = = = = = G = = = = = = = = = ? = = G T D = = G = = = = = T = = D C T C C T ? ? ? = C = C = D G A G C I = = A = T G C = G = D I G = A = A G = C T A G = = ? = = = = = = G C = A = A = A T = = = A = C = = = = = A = = = = = = = = = ? = = A 0 E010 = = A = T ? = = = G = = = = = = T G = ? ? ? = = = = = = = = = = (I) C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = T = = = T = = = G = = G = = = ? C T = = = = = G = = G = G ? = = = T = = = = = = C C = ? ? ? = = = = = = = = = = (D) T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = C = = = C = = = A = = A = = = ? T G = = = = = A 0 E011 = = A = ? C = = = G = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = = = = = = A = C = = = = = = = = = = = T = = = T = = = G = = G = = = = C T = = = = = G = = G = ? T = = = T = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = = = = = = C = A = = = = = = = = = = = C = = = C = = = A = = A = = = = T G = = = = = A 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 C I G = ? T = = = T G = = I T A = = C C G C = T = G = I A G A A D T = G = G A T = A = I D A D G = T = = T C G A = = G = = C = A = A T ? = = G = G G = C = G = = = = = A = G A = = = = T G = = = = = = T D A = ? C = = = G T = = D C T = = T T T A = C = C = D G A G C I C = A = T G C = G = D I G I A = A = = C T A G = = A = = A = C = G C ? = = A = A T = T = A = = = = = G = A G = = = = C T = = = = = = 0 E014 C I = = T = = = = = G = C I T A T G C C G C = T = G = I A G A A D = = G ? G A T = A = I D ? ? ? ? ? ? = T C G A = = G = = = = = = A T ? T = G = G G = = = G = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = G T D = = G = = = = = T = G D C T C C T T T A = C = C = D G A G C I = = A ? T G C = G = D I ? ? ? ? ? ? = C T A G = = A = = = = = = G C ? A = A = A T = = = A = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = A 0 E015 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = A = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = G = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = 0 E017 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = A = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = A = T C = = = G = = = = ? = T G = ? ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A G = = = = = = = = ? = = C = = = = A = = = = = = T = = = T = T = G = = G = = = = C T = = = = = G = = G = G T = = = T = = = = ? = C C = ? ? ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G A = = = = = = = = ? = = A = = = = T = = = = = = C = = = C = G = A = = A = = = = T G = = = = = A 0 E020 = = A = T C = = = G = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A G = = = = = = = = C A = C = = = = A = = = = = = T = = = T = T = G = = G = = = = C T = = = = = ? = = G = G T = = = T = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G A = = = = = = = = T C = A = = = = T = = = = = = C = = = C = G = A = = A = = = = T G = = = = = ? 0 E021 = = A = T C = = = G = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = I = = = A G = = = = = = = = ? A = ? ? = = = A = = = = = = T = = = T = T = G = = G = = = = C T = = = = = G = = G = G T = = = T = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = D = = = G A = = = = = = = = ? C = ? ? = = = T = = = = = = C = = = C = G = A = = A = = = = T G = = = = = A 0 E022 = = A = T C = = = G = = = = = = T G = = = = = = = = = = = = ? ? ? C = = = = = = = = = = = = I = = = A = = = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = T = = = T = = = G = = G = = = = C T = = = = = G = = G = G T = = = T = = = = = = C C = = = = = = = = = = = = ? ? ? T = = = = = = = = = = = = D = = = G = = = = = = = = = T = = A = = = = = = = = = = = C = = = C = = = A = = A = = = = T G = = = = = A 0 E023 C I G = = T ? ? ? ? G = = I T A = = C C G C = T = G = I A G A A D T = G = G A T = A = I D A D G = T = = T C G A = = G = = C = A = A T = = = G = G G = C = G = = = = = A = G A = = = = T G = = = = = = T D A = = C ? ? ? ? T = = D C T = = T T T A = C = C = D G A G C I C = A = T G C = G = D I G I A = A = = C T A G = = A = = A = C = G C = = = A = A T = T = A = = = = = G = A G = = = = C T = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 ? ? = = ? 1.00 1.00 = = = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = = ? = = = = = = 0.73 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.76 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = = ? = = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = ? ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? = = = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 0.96 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = = = 1.00 = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = 0.64 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 = ? ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = END PHASEPROBS