Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 002049 CC 20 14 34 CT 2 8 10 TT 0 1 1 0.050 0.011 0.067 002124 -- 0 1 1 +- 8 8 16 ++ 14 14 28 1.086 0.011 0.556 002333 AA 10 6 16 AG 12 14 26 GG 2 3 5 0.375 1.308 1.366 002462 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002522 -- 15 23 38 +- 8 0 8 ++ 0 0 0 1.019 0.000 0.417 002568 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002879 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003082 GG 6 8 14 GT 14 11 25 TT 3 2 5 1.308 0.416 1.522 003436 GG 22 22 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003685 -- 21 21 42 +- 1 1 2 ++ 0 0 0 0.012 0.012 0.024 003739 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 003782 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 003786 CC 15 7 22 CT 7 13 20 TT 0 2 2 0.787 1.333 0.936 004007 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 004141 AA 22 22 44 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 004256 GG 18 22 40 GT 5 0 5 TT 1 0 1 0.644 0.000 2.368 004348 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 004367 AA 21 21 42 AG 3 1 4 GG 0 0 0 0.107 0.012 0.095 004402 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 004553 GG 16 7 23 GT 8 13 21 TT 0 2 2 0.960 1.333 1.083 004646 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 23 43 0.050 0.000 0.023 004656 GG 21 14 35 GT 2 8 10 TT 1 1 2 4.959 0.011 1.214 004731 CC 19 22 41 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 004964 AA 19 22 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 005468 AA 19 21 40 AG 2 1 3 GG 0 0 0 0.053 0.012 0.056 005487 AA 19 22 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 005568 CC 19 22 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 006456 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 16 23 39 0.140 0.000 0.058 006932 CC 24 19 43 CG 0 4 4 GG 0 0 0 0.000 0.209 0.093 007024 -- 0 1 1 +- 2 8 10 ++ 22 14 36 0.045 0.011 0.094 007038 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 23 19 42 0.000 0.013 0.006 007460 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 007699 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 18 40 0.000 0.014 0.006 007960 CC 1 1 2 CT 9 7 16 TT 12 11 23 0.182 0.007 0.138 008835 CC 21 17 38 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.007 008878 AA 12 11 23 AT 9 8 17 TT 1 2 3 0.182 0.093 0.003 009182 GG 0 0 0 GT 1 2 3 TT 20 19 39 0.012 0.053 0.058 009194 CC 8 8 16 CT 13 12 25 TT 1 2 3 2.182 0.702 2.642 009533 CC 8 8 16 CG 13 12 25 GG 1 2 3 2.182 0.702 2.642 009539 CC 11 13 24 CT 10 8 18 TT 1 1 2 0.468 0.027 0.364 010014 CC 12 10 22 CT 9 7 16 TT 1 1 2 0.182 0.025 0.178 010039 GG 12 10 22 GT 9 7 16 TT 1 1 2 0.182 0.025 0.178 010201 AA 1 1 2 AC 9 7 16 CC 12 10 22 0.182 0.025 0.178 010451 AA 20 17 37 AG 1 3 4 GG 0 0 0 0.012 0.131 0.108 010558 CC 1 1 2 CT 8 7 15 TT 12 12 24 0.053 0.000 0.031 010744 CC 18 20 38 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.059 010804 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 21 19 40 0.000 0.013 0.006 010875 CC 1 1 2 CG 9 7 16 GG 12 14 26 0.182 0.011 0.055 011005 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 20 21 41 0.000 0.012 0.006 011019 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 17 22 39 0.131 0.000 0.058 011053 -- 1 1 2 +- 8 7 15 ++ 11 14 25 0.089 0.011 0.017 011100 AA 11 14 25 AG 7 7 14 GG 1 1 2 0.007 0.011 0.000 011389 AA 0 1 1 AG 0 7 7 GG 19 14 33 0.000 0.011 0.654 011650 CC 18 22 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 011714 CC 18 22 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 011865 CC 21 21 42 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012337 AA 11 12 23 AG 11 8 19 GG 0 1 1 2.444 0.053 1.670 012416 AA 11 12 23 AC 9 7 16 CC 0 1 1 1.686 0.000 0.864 012489 -- 11 10 21 +- 9 9 18 ++ 0 1 1 1.686 0.330 1.600 012806 CC 20 20 40 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 012942 CC 10 4 14 CT 11 12 23 TT 1 3 4 0.889 1.351 1.526 013172 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 18 19 37 0.220 0.000 0.108 013377 AA 1 1 2 AG 10 6 16 GG 12 12 24 0.374 0.048 0.105 013776 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 19 20 39 0.118 0.000 0.058 013997 GG 12 14 26 GT 9 7 16 TT 1 0 1 0.182 0.840 0.663 014246 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 21 44 0.011 0.000 0.006 014274 AA 12 14 26 AG 11 7 18 GG 1 0 1 0.618 0.840 1.111 014317 CC 1 0 1 CT 11 7 18 TT 12 14 26 0.618 0.840 1.111 015259 GG 19 23 42 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 015296 AA 12 14 26 AG 11 8 19 GG 1 1 2 0.618 0.011 0.413 015702 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 015767 -- 1 1 2 +- 11 8 19 ++ 12 14 26 0.618 0.011 0.413 015921 -- 12 14 26 +- 11 8 19 ++ 1 1 2 0.618 0.011 0.413 016033 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016162 AA 16 14 30 AG 8 7 15 GG 0 1 1 0.960 0.011 0.312 016198 -- 1 3 4 +- 11 14 25 ++ 12 5 17 0.618 1.766 1.512 016350 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016400 AA 1 1 2 AG 11 7 18 GG 12 14 26 0.618 0.011 0.261 016407 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016470 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 016620 AA 1 1 2 AT 11 7 18 TT 12 14 26 0.618 0.011 0.261 016692 AA 1 2 3 AG 15 11 26 GG 8 9 17 3.219 0.279 2.780 016938 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 016957 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 19 43 0.000 0.118 0.052 017035 CC 1 0 1 CT 11 8 19 TT 12 14 26 0.618 1.086 1.367 017178 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 017257 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017469 CC 16 14 30 CT 8 8 16 TT 0 0 0 0.960 1.086 2.039 017533 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 017607 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 018185 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 018218 AA 1 1 2 AG 11 7 18 GG 12 14 26 0.618 0.011 0.261 018266 AA 12 14 26 AG 11 8 19 GG 1 1 2 0.618 0.011 0.413 018530 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 18 37 0.053 0.000 0.027 018943 CC 19 20 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 020407 AA 0 0 0 AG 3 1 4 GG 20 22 42 0.112 0.011 0.095 020710 * 020891 AA 0 1 1 AG 10 7 17 GG 13 13 26 1.775 0.002 0.876 021622 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 22 41 0.324 0.000 0.152 021860 CC 0 0 0 CT 2 1 3 TT 21 19 40 0.048 0.013 0.056 021897 CC 23 21 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 021956 CC 23 16 39 CT 0 4 4 TT 0 0 0 0.000 0.247 0.102 022018 AA 15 7 22 AC 8 11 19 CC 0 5 5 1.019 0.030 0.086 022900 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 23 41 0.342 0.000 0.152 023059 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 023429 AA 1 3 4 AC 11 13 24 CC 12 6 18 0.618 0.917 1.035 023445 AA 19 21 40 AC 5 1 6 CC 0 0 0 0.324 0.012 0.224 023818 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 18 37 0.013 0.000 0.007 024033 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 024034 AA 16 14 30 AG 8 8 16 GG 0 1 1 0.960 0.011 0.465 024051 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 024172 CC 0 1 1 CT 2 8 10 TT 22 14 36 0.045 0.011 0.094 025029 CC 0 0 0 CG 4 1 5 GG 19 19 38 0.209 0.013 0.164 025302 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 025369 AA 19 13 32 AT 5 9 14 TT 0 1 1 0.324 0.130 0.140 025475 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 026671 AA 0 0 0 AG 5 2 7 GG 17 19 36 0.362 0.053 0.338 026810 AA 1 1 2 AG 9 7 16 GG 11 13 24 0.247 0.002 0.105 027063 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 027093 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 027195 AA 0 1 1 AG 2 8 10 GG 22 14 36 0.045 0.011 0.094 027196 GG 12 14 26 GT 11 8 19 TT 1 1 2 0.618 0.011 0.413 027753 AA 19 23 42 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 028049 CC 0 2 2 CT 7 14 21 TT 16 7 23 0.741 1.775 1.083 028338 CC 17 22 39 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.362 0.000 0.160 028426 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 028461 AA 0 1 1 AG 2 8 10 GG 21 13 34 0.048 0.027 0.067 028975 CC 19 22 41 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.118 0.000 0.055 029107 CC 8 9 17 CT 14 11 25 TT 0 2 2 4.791 0.279 3.594 029179 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 22 42 0.050 0.000 0.024 029252 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 21 42 0.012 0.000 0.006 030700 AA 0 0 0 AG 2 1 3 GG 20 21 41 0.050 0.012 0.055 030809 AA 22 21 43 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 030941 CC 17 22 39 CG 5 0 5 GG 0 0 0 0.362 0.000 0.160 031167 GG 0 0 0 GT 0 3 3 TT 22 19 41 0.000 0.118 0.055 031357 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 21 22 43 0.012 0.000 0.006 031525 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 031865 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 032169 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 032214 CC 0 0 0 CT 9 0 9 TT 15 23 38 1.278 0.000 0.527 033043 AA 1 3 4 AG 11 14 25 GG 12 6 18 0.618 1.308 1.317 033229 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 033371 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 033664 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 033687 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 034266 AA 0 1 1 AG 6 8 14 GG 15 12 27 0.583 0.053 0.275 034418 CC 20 21 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 034688 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 034727 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 22 44 0.011 0.000 0.006 034958 AA 1 3 4 AG 11 14 25 GG 11 6 17 0.741 1.308 1.512 035714 AA 16 23 39 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.383 0.000 0.160 035901 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 18 23 41 0.124 0.000 0.055 036132 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 036134 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 036140 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 036241 AA 19 22 41 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.152 036412 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 036695 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 036900 CC 12 6 18 CT 10 14 24 TT 1 3 4 0.374 1.308 1.035 037249 GG 1 3 4 GT 11 14 25 TT 12 6 18 0.618 1.308 1.317 037401 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 038451 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 038491 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 038496 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 038600 CC 23 21 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.023 038713 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 038879 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 038950 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 039720 AA 22 22 44 AT 2 1 3 TT 0 0 0 0.045 0.011 0.051 039959 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 040091 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 040720 AA 21 21 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 040829 AA 22 18 40 AC 0 3 3 CC 0 0 0 0.000 0.124 0.056 041043 AA 21 21 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 041132 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 21 40 0.118 0.000 0.056 041597 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 19 21 40 0.118 0.000 0.056 041937 AA 21 22 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 042135 CC 21 21 42 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.012 0.012 0.024 042353 AA 2 7 9 AG 8 13 21 GG 11 2 13 0.093 1.333 0.009 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002124: cttcccctccttccctagtta 002522: a 003685: ta 007024: aatt 007460: tataaa 011053: c 012489: CA 015767: aa 015921: tctttac 016198: tagtt 023059: t 025302: TTTCT 031357: TT 034727: AA 038491: ta Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 020710 AA 0 0 0 020710 AC 5 0 5 020710 AT 0 0 0 020710 CC 16 23 39 020710 CT 3 0 3 020710 TT 0 0 0