************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 cy4f2.phase.inp cy4f2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST cy4f2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates cy4f2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual cy4f2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters cy4f2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 102 Positions of loci: 201 771 1087 1088 1407 1626 1722 1880 1881 1887 2192 2212 2324 2507 2550 2555 2575 2585 2631 2762 2920 2984 3115 3197 3235 3249 4416 4482 4614 5412 5453 5506 5727 5731 5750 5751 5795 5842 5867 5923 6008 6024 6047 6227 6262 6489 6545 6631 6656 8371 8506 8730 9175 9287 10418 10861 13891 14121 14208 14304 14531 14546 14680 14737 14784 15021 15055 15241 15275 15620 15734 15881 15996 16105 16299 16536 16551 16597 17638 18248 18709 19114 19352 19595 20518 20597 20980 21157 21439 21574 21623 21844 21861 21988 22274 22370 22446 22608 22627 23061 23062 23291 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file cy4f2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TAGGACTCCCTDICCTATGGAAGACCGATTGCCGCCTAAGAAGGGTTCTCTGCCAADGCAG 2 ATC 3 GGGGTCCTCAAGDGCGGACGCACTATGGIATCGCGT 1.000000 2 TAGGACTCCCTDDCCCGCGGGTAGTCGATAACTAAGCAAAGAGTGTCCACCGCCAGDGCGA 3 ATT 3 GGGGACCCCAAGDGCGGGCGTACTACGGIACCGCGT 1.000000 3 TAGGACTCCCTDDCCCGCGGGTAGCCGATAACTAAGCAAAGAGTGTCCACCGCCAGDGCGA 3 ATT 3 GGGGACCCCAAGDGCGGGCGTAATGCGGIACCGCGT 1.000000 4 TAGGATTCCCGIICGCGTTGATAGTTAGCTGCCGCCTAGGAGGGCTCGTCTGCCAADGCGG 2 ATC 3 GGGTTCTTCGAADGTGGGCGTACTGCGGIATCGCGT 4.000000 5 TAGGATTCCCGIICGCGTTGATAGTTAGCTGCCGCCTAGGAGGGCTCGTCCGCCAGDGCGA 3 ATT 3 GGGGACCTCAAGDGCGGGCGTACTGCGGDGCCGCGT 1.000000 6 TAATACTCCCTDICCTATGGAAGACCGATTGCCGCCTAAGAAGGGTTCTCTGCCAADGCAG 2 ATC 2 GGGGTCCCCAAGDGCGGGCGTACTGCGGDGCCGCGT 1.000000 7 TAATACTCCCTDICCTATGGAAGACCGATAACTAAGCAAAGAGGGTCGTCCGCCAADGCAG 2 ATC 2 GGGGTCCCCAAGDGCGGGCGTACTGCGGIACCGCGT 1.000000 8 TAATATTCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGATGCCTAAGAGGGGTCGTCCGCCAGDGCGA 2 ATT 3 GGGGACCTCAAGDGCGGGCGCTCTGCGGIGTCGCGT 2.000000 9 TAATATTCCCGIITGCGTTAATAGCCAACTGCTGCCTAAGAGGGGCCGTCCGCCAGDGCGG 1 TTT 3 GGGGTCCCTAAGIGCGGGCGTACTGCGCIATCGCGT 1.000000 10 TAATATCCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGTCGTCCGATTAIGTGG 2 ATC 3 TGGGTCCTCAAGDGCGAACGCACCATGGIATCGCAT 4.000000 11 TAATATCCCCGIDTGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGTCGTCCGATTAIGCGG 2 ATC 3 TGGGTCCTCAAGDACCGGCACTCTGCGGDGTGGTGC 1.000000 12 TAATATCCCCGIDTGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGTCGTCCGATTAIGTGG 2 ATC 3 TGGGTCCTCAAGDGCGAACGCACTATGGIATCGCAT 26.000000 13 TAATATCCCCGIDTGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGTTCTCTGATTAIGTGG 2 ATC 3 TGGGTCCTCAAGDGCGAACGCACCATGGIATCGCAT 1.000000 14 TAATTTTCCAGIICGCGCGGGTAGCCGATAACTAAGCAAAGAGTGTCCACCGCCAADACGG 2 ACC 1 GAGGTTCCCAAGDGCCGGCACTCTGCGGDGTGGTGC 1.000000 15 TAATTTTCCAGIICCCGTGGGTAGCCGATAACTAAGCAAAGAGTGTCCAGCGCCAADGCGG 2 ACC 3 GAGGTTCCCAAGDGCCGGCGCTCTGCGGDATGGTGC 1.000000 16 TAATTTTCCAGIICCCGCGGGTAGCCGATAACTAAGCAAAGAGTGTCCACCGCCAADACGG 2 ACC 1 GAGGTTCCCAAGDGCCGGCACTCTGCGGDATGGTGC 1.000000 17 TAATTTTCCAGIICCCGCGGGTAGCCGATAACTAAGCAAAGAGTGTCCACCGCCAADACGG 2 ACC 1 GAGGTTCCCAAGDGCCGGCACTCTGCGGDGTGGTGC 5.000000 18 TAATTTTCCAGIICCCGCGGGTAGCCGATAACTAAGCAAAGAGTGTCCAGCGCCAADGCGG 2 ACC 3 GAGGTTCCCAAGDGCCGGCGCTCTGCGGDGTGGTGC 2.000000 19 TGATATCCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGAGGTCCTCCGATTAIGTGG 2 ATC 3 TGGGTCCTCAAGDGCGAACGCACTATGGIATCGCAT 3.000000 20 CAATACTATCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGTCGTCCAATTAIGCGG 2 ATC 3 TGGGTCCTCAAGDGCGGGCGTAATGCAGIATCGCGT 10.000000 21 CAATACTATCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGTCGTCCAATTAIGCGG 2 ATC 3 TGGGTCCTCAAGDGCCGGCACTCTGCGGDGTGGCGC 2.000000 22 CAATACTATCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGTCGTCCAATTAIGCGG 2 ATC 3 TGGGTCCTCAAGDACCGGCACTCTGCGGDGTGGTGC 2.000000 23 CAATATTCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGTTCTCTGCCAADGCAG 2 ATC 3 GGGGTCCCCAAGDGTGGGCGTACTGCGGIATCGCGT 1.000000 24 CAATATTCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGCCGTCCGCCAGDGCGG 1 TTT 3 GGGGTCCCTAAGIGCGGGCGTACTGCGCIATCGCGT 8.000000 25 CAATATTCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGCCGTCCGCCAGDGCGG 1 TTT 3 GGAGTCCCTAAGIGCGGGCGTACTGCGCIATCGCGT 1.000000 26 CAATATTCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTAAGAGGGGCCGTCCGCCAGDGCGG 1 TTT 3 GGAGTCCCTAAGIGCGGGAGTACTGCGCIATCGCGT 3.000000 27 CAATATTCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTGAGAGGGGCCGTCCGCCAGDGCGG 1 TTT 3 GGGGTCCCTAAGIGCGGGCGTACTGCGCIATCACGT 2.000000 28 CAATATTCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGCTGCCTGAGAGGGGCCGTCCGCCAGDGCGG 1 TTT 3 GGGGTCCCTATGIGCGGGCGTACTGCGCIATCACGT 4.000000 29 CAATATTCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGATGCCTAAGAGGGGTCGTCCGCCAGDGCGG 2 TTT 3 GGGGTCCCCAAGDGCGGGCGTACTGCGGIACCGCGT 1.000000 30 CAATATTCCCGIITGCGTTAATAGTCAACTGATGCCTAAGAGGGGTCGTCCGCCAGDGCGG 2 TTT 3 GGGGTCCCCAAGDGCCGGCGCTCTGCGGDGTGGTGC 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (4,4) D002: (6,21) D003: (10,23) D004: (2,12) D005: (20,20) D006: (10,28) D007: (3,20) D008: (8,12) D009: (24,26) D010: (4,10) D011: (8,20) D012: (4,19) D013: (10,24) D014: (7,13) D015: (18,26) D016: (12,20) D033: (17,19) D034: (25,26) D035: (5,15) D036: (12,19) D037: (20,21) D038: (20,29) D039: (9,16) D040: (1,18) E001: (12,24) E002: (12,24) E003: (12,12) E004: (12,12) E005: (12,20) E006: (12,17) E007: (12,28) E008: (12,30) E009: (12,27) E010: (17,28) E011: (12,12) E012: (20,24) E013: (12,17) E014: (12,12) E015: (22,24) E016: (17,27) E017: (12,12) E018: (12,14) E019: (11,12) E020: (24,30) E021: (12,20) E022: (12,24) E023: (22,28) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T A G G A T T C C C G I I C G C G T T G A T A G T T A G C T G C C G C C T A G G A G G G C T C G T C T G C C A A D G C G G 2 A T C 3 G G G T T C T T C G A A D G T G G G C G T A C T G C G G I A T C G C G T T A G G A T T C C C G I I C G C G T T G A T A G T T A G C T G C C G C C T A G G A G G G C T C G T C T G C C A A D G C G G 2 A T C 3 G G G T T C T T C G A A D G T G G G C G T A C T G C G G I A T C G C G T 0 D002 [T] A A T A C T C C C T D I C C T A T G G A A G A C C G [A] T T G C C G C C T A A G A A G G G T T C T C T G C C A A D G C A G 2 A T C 2 G G G G T C C C C A A G D G C G G G C G T A C T G C G G D G C C G C G T C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C C G G C A C T C T G C G G D G T G G C G C 0 D003 T A A T A T C C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C C A T G G I A T C G C A T [C] A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T T C T C T G C C A A D G C A G 2 A T C 3 G G G G T C C C C A A G D G T G G G C G T A C T G C G G I A T C G C G T 0 D004 T A G G A C T C C C T D [D] C C C G C G G G T A G T C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A C C G C C A G D G C G A 3 A T T 3 G G G G A C C C C A A G D G C G G G C G T A C T A C G G I A C C G C G T T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 D005 C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T 0 D006 T A A T A T C C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C C A T G G I A T C G C A T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T G A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A T G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C A C G T 0 D007 T A G G A C T C C C T D [D] C C C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A C C G C C A G D G C G A 3 A T T 3 G G G G A C C C C A A G D G C G G G C G T A A T G C G G I A C C G C G T C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T 0 D008 T A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G A T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G C C A G D G C G A 2 A T T 3 G G G G A C C T C A A G D G C G G G C G C T C T G C G G I G T C G C G T T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 D009 C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T [C] A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G A G T C C C T A A G I G C G G G A G T A C T G C G C I A T C G C G T 0 D010 T A G G A T T C C C G I I C G C G T T G A T A G T T A G C T G C C G C C T A G G A G G G C T C G T C T G C C A A D G C G G 2 A T C 3 G G G T T C T T C G A A D G T G G G C G T A C T G C G G I A T C G C G T T A A T A T C C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C C A T G G I A T C G C A T 0 D011 T A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G A T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G C C A G D G C G A 2 A T T 3 G G G G A C C T C A A G D G C G G G C G C T C T G C G G I G T C G C G T C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T 0 D012 T A G G A T T C C C G I I C G C G T T G A T A G T T A G C T G C C G C C T A G G A G G G C T C G T C T G C C A A D G C G G 2 A T C 3 G G G T T C T T C G A A D G T G G G C G T A C T G C G G I A T C G C G T T G A T A T C C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G A G G T C C T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 D013 T A A T A T C C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C C A T G G I A T C G C A T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T 0 D014 [T] A A T A C (T) C C C T D I C C T A T G G A A G A C C G A T [A] [A] C T A A G C A A A G A G G G T C G T C C G C C A A D G C A G 2 A T C 2 G G G G T C C C C A A G D G C G G G C G T A C T G C G G I A C C G C G T T A A T A T (C) C C C G I [D] T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T T C T C T G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C C A T G G I A T C G C A T 0 D015 T A A T T T T C C A G I I C C C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A G C G C C A A D G C G G 2 A C C 3 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C G C T C T G C G G D G T G G T G C C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G A G T C C C T A A G I G C G G G A G T A C T G C G C I A T C G C G T 0 D016 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T 0 D033 T A A T T T T C C A G I I C C C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A C C G C C A A D A C G G 2 A C C 1 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C A C T C T G C G G D G T G G T G C T G A T A T C C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G A G G T C C T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 D034 [C] A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G A G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T [C] A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G A G T C C C T A A G I G C G G G A G T A C T G C G C I A T C G C G T 0 D035 T A G G A T T C C C G I I C G C G T T G A T A G T T A G C T G C C G C C T A G G A G G G C T C G T C C G C C A G D G C G A 3 A T T 3 G G G G A C C T C A A G D G C G G G C G T A C T G C G G D G C C G C G T T A A T T T T C C A G I I C C C G T G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A G C G C C A A D G C G G 2 A C C 3 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C G C T C T G C G G D A T G G T G C 0 D036 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T T G A T A T C C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G A G G T C C T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 D037 C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C C G G C A C T C T G C G G D G T G G C G C 0 D038 C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G A T G C C T A A G A G G G G T C G T C [C] G C C A G D G C G G 2 T T T 3 G G G G T C C C C A A G D G C G G G C G T A C T G C G G I A C C G C G T 0 D039 T A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G C C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T T A A T T T T C C A G I I C C C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A C C G C C A A D A C G G 2 A C C 1 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C A C T C T G C G G D A T G G T G C 0 D040 T A G G A [C] T C C C [T] [D] I C C T A T G G A A G A C C G [A] T T G C C G C C T A A G A A G G G T T C T C T G C C A A D G C A G 2 A T C 3 G G G G T C C T C A A G D G C G G A C G C A C T A T G G I A T C G C G T T A A T T T T C C A G I I C C C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A G C G C C A A D G C G G 2 A C C 3 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C G C T C T G C G G D G T G G T G C 0 E001 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T 0 E002 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T 0 E003 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 E004 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 E005 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T 0 E006 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T T A A T T T T C C A G I I C C C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A C C G C C A A D A C G G 2 A C C 1 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C A C T C T G C G G D G T G G T G C 0 E007 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T G A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A T G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C A C G T 0 E008 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G A T G C C T A A G A G G G G T C G T C [C] G C C A G D G C G G 2 T T T 3 G G G G T C C C C A A G D G C C G G C G C T C T G C G G D G T G G T G C 0 E009 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T G A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C A C G T 0 E010 T A A T T T T C C A G I I C C C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A C C G C C A A D A C G G 2 A C C 1 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C A C T C T G C G G D G T G G T G C C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T G A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A T G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C A C G T 0 E011 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 E012 C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T 0 E013 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T T A A T T T T C C A G I I C C C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A C C G C C A A D A C G G 2 A C C 1 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C A C T C T G C G G D [G] T G G T G C 0 E014 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 E015 C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D A C C G G C A C T C T G C G G D G T G G T G C C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T 0 E016 T A A T T T T C C A G I I C C C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A C C G C C A A D A C G G 2 A C C 1 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C A C T C T G C G G D G T G G T G C C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T G A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C A C G T 0 E017 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 E018 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T T A A T T T T C C A G I I C G C G C G G G T A G C C G A T A A C T A A G C A A A G A G T G T C C A C C G C C A A D A C G G 2 A C C 1 G A G G T T C C C A A G D G C C G G C A C T C T G C G G D G T G G T G C 0 E019 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D A C C G G C A C T C T G C G G D G T G G T G C T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T 0 E020 C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G A T G C C T A A G A G G G G T C G T C [C] G C C A G D G C G G 2 T T T 3 G G G G T C C C C A A G D G C C G G C G C T C T G C G G D G T G G T G C 0 E021 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G G G C G T A A T G C A G I A T C G C G T 0 E022 T A A T A T C C C C G I D T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C G A T T A I G T G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D G C G A A C G C A C T A T G G I A T C G C A T C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A A G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C G C G T 0 E023 C A A T A C T A T C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T A A G A G G G G T C G T C C A A T T A I G C G G 2 A T C 3 T G G G T C C T C A A G D A C C G G C A C T C T G C G G D G T G G T G C C A A T A T T C C C G I I T G C G T T A A T A G T C A A C T G C T G C C T G A G A G G G G C C G T C C G C C A G D G C G G 1 T T T 3 G G G G T C C C T A T G I G C G G G C G T A C T G C G C I A T C A C G T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 0 D002 ? = = = = = = C C = T D ? C C T A = G G = A G A C = ? ? ? = = = C = = = = = = = = A = = = = T C = = T G C C A = D = = A = = = = = 2 G = = = = = = C = = = = = = = G = = = G T A = = = = = = = = C C = = = T ? = = = = = = A T = G I ? T G C G = T A = T A G T = ? ? ? = = = T = = = = = = = = G = = = = C G = = C A A T T = I = = G = = = = = 3 T = = = = = = T = = = = = = = C = = = A C T = = = = = = = = T G = = = C 0 D003 ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = C = A T T = ? ? ? ? ? ? ? = = = T = = = = = = T = = = = = = C = A A = = C = = C A T = = = = = = = = A = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T C = = T = C C A = ? ? ? ? ? ? ? = = = G = = = = = = C = = = = = = T = G G = = T = = T G C = = = = = = = = G = 0 D004 ? ? G G = C T = = = T D ? C C = = C G G G = = = = = G = T A A = = A A G C = = A G A = T = = = C A = = = C C A G D = C = A 3 = = T = G = = = A = = C = = = = = = = = G G = = T = = = = C = = = = C = = = G = ? ? A T = T C = = = G I ? T G = = T T A A = = = = = A = C T G = = G C C T = = G A G = G = = = G T = = = A T T A I = T = G 2 = = C = T = = = T = = T = = = = = = = = A A = = C = = = = T = = = = T = = = A = 0 D005 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 0 D006 ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = A T T A I = T = = 2 A = C = T = = = = = = T C = A = D = = ? ? ? = = C = = C A T = G = = = = G = A = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = = = C C A G D = C = = 1 T = T = G = = = = = = C T = T = I = = ? ? ? = = T = = T G C = C = = = = A = G = 0 D007 ? = G G = = = C C = T D ? C C = = C G G G = = = C = G = T A A = = A A G C = = A G A = T = = = C A = = G C C A G ? = = = A 3 = = T = G = = = A = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = C = = = = = ? = A T = = = A T = G I ? T G = = T T A A = = = T = A = C T G = = G C C T = = G A G = G = = = G T = = A A T T A ? = = = G 2 = = C = T = = = T = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T = = = = = 0 D008 ? = = = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C C A G D = C = A = = = T = G = = = A = = = = = = = = = = = G ? = = = ? ? = G C = = ? G = = = = G = ? = = = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T T A I = T = G = = = C = T = = = T = = = = = = = = = = = A ? = = = ? ? = A T = = ? A = = = = A = 0 D009 ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D010 ? = G G = = T = = = = = = C = = = = = G = = = = = T = G = = = = C = = = = = G = = = = = C = = = = = T = C C A ? D = C = = = = = = = G = = T = = T = = G = A = ? T = G G = = T = = T G C = = = = = = ? = G = ? = A T = = C = = = = = = T = = = = = A = = = = = C = A = = = = T = = = = = A = = = = = G = = = = = C = A T T ? I = T = = = = = = = T = = G = = C = = A = G = ? C = A A = = C = = C A T = = = = = = ? = A = 0 D011 ? = = = = T = C C = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C C A G D = = = A = = = T = G = = = A = = = = = = = = = = = = = ? = C T ? = = = G = = G = = = = = = ? = = = = C = A T = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A A T T A I = = = G = = = C = T = = = T = = = = = = = = = = = = = ? = T A ? = = = A = = A = = = = = = 0 D012 = A G G = = T = = = = = ? C = = = = = G = = = = = T = G = = = = C = = = = = G = = = G = C = = ? ? = T = C C A = D = C = = = = = = = G = = T = = T = = G = A = = T = ? G = = T = = = G C = = ? = = = = = G = = G A T = = C = = = = = ? T = = = = = A = = = = = C = A = = = = T = = = = = A = = = A = G = = ? ? = C = A T T = I = T = = = = = = = T = = G = = C = = A = G = = C = ? A = = C = = = A T = = ? = = = = = A = 0 D013 ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = A T T ? I = T = = 2 ? = C = T = = = = = = T C = = = D = = = A A = = C = = C A T = G = = = = = = A = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = C C A ? D = C = = 1 ? = T = G = = = = = = C T = = = I = = = G G = = T = = T G C = C = = = = = = G = 0 D014 ? = = = = C (T) = = = T D ? ? C T A = G G = A G A C = ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? = = A G A = = = = C G = = C = C C A = D = C A = = = = = 2 G = = = = = = C = = = = = ? = = G G ? ? T = = T G C = = = = C = = ? ? ? ? = = = = T (C) = = = G I ? ? G C G = T A = T A G T = ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? = = G A G = = = = T C = = T = A T T = I = T G = = = = = 3 T = = = = = = T = = = = = ? = = A A ? ? C = = C A T = = = = T = = ? ? ? 0 D015 T = = = T = = = = A = = = C C = = C G G G = = = C = G = T A A = = A A G C = = A G A = T = T = C A G = = = = = A = = = = = 2 A C C = = A G = = T = = C = = = D = = C = = C = C T ? = = = = G ? G = G = T = C C = = = A = = = = C = = = T G = = T T A A = = = T = A = C T G = = G C C T = = G A G = G = C = G T C = = = = = G = = = = = 1 T T T = = G A = = C = = T = = = I = = G = = A = T A ? = = = = C ? A = C = C = T 0 D016 T = = = = T C C C = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = C = C = A T G = = = = = = = A = C = = = = C T A T = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = T = A = G C A = = = = = = = G = 0 D033 = A = = T = T = = A = = = C C = = C G G G = = = C ? G = T A A = = A A G C = = A G A G T = = = = ? = = = C C ? = D A C = = = = C = 1 G ? ? = = T = C = = = = = = = C G ? = A = T = = G C = = D G = G = T G C = G = = A = C = = C = = = T G = = T T A A = = = T ? A = C T G = = G C C T = = G A G A G = = = = ? = = = A T ? = I G T = = = = T = 3 T ? ? = = C = T = = = = = = = G A ? = G = A = = A T = = I A = C = C A T 0 D034 ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? 0 D035 = = G G A = = = = C ? ? = = G = = = T ? ? ? ? ? ? ? A G C T G = C G C C T = G G A G = G C = = G T C = = = = = G = = = = A 3 = T T = = G = = A C = T = = = = = = = G = ? = = T ? = = = = = = = G C C = C = T = = A T T = = = = A ? ? = = C = = = G ? ? ? ? ? ? ? G A T A A = T A A G C = A A G A = T G = = C A G = = = = = A = = = = G 2 = C C = = A = = T T = C = = = = = = = C = ? = = C ? = = = = = = = A T G = T = C 0 D036 = A = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = G = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = G T A A = = = A = I A = C = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = ? = A C T C = = = G = D G = G = ? ? ? 0 D038 = = = = = C = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? A T T A I = = = = = A = C = T = = = = = = T = = = = = = = = = ? = = = = A = = = A = = = T = = = = = = = = = = T = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? C C A G D = = = = = T = T = G = = = = = = C = = = = = = = = = ? = = = = C = = = G = = = C = = = = = 0 D039 = = ? ? A = = = = C = = = T G = = T T A A = = = = = A = C T G = = G C C T = = G A G = G = C = G T = = = = = = G = G = = = 1 T T T 3 = G = = = C = = T = = = I = = G = = ? G T A = = = = = C I = = C = C = T = = ? ? T = = = = A = = = C C = = C G G G = = = = = G = T A A = = A A G C = = A G A = T = T = C A = = = = = = A = A = = = 2 A C C 1 = A = = = T = = C = = = D = = C = = ? A C T = = = = = G D = = G = T = C 0 D040 = = G G A ? ? ? ? ? ? ? = = = T A T = = A A G A = = ? ? ? T G = C G C C T = = G A = = G = = T = T C T = = = = = = = = A = = = T = = = G = = = C = T = = = = = = = G = A = = ? ? = = A T = = I A = C = C = T = = A T T ? ? ? ? ? ? ? = = = C G C = = G T A G = = ? ? ? A A = T A A G C = = A G = = T = = C = A G C = = = = = = = = G = = = C = = = A = = = T = C = = = = = = = C = G = = ? ? = = G C = = D G = G = T = C 0 E001 T = = = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = A T T A I = T = = 2 A = C = T = = = = = = T C = = = D = ? = A ? = = C = = = A T = G = = ? ? ? = A = C = = = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = C C A G D = C = = 1 T = T = G = = = = = = C T = = = I = ? = G ? = = T = = = G C = C = = ? ? ? = G = 0 E002 T = = = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = A T T A I = T = = 2 A = C = T = = = = = = T C = = = D = = = A ? = = C = = ? ? T = G = = = = = = A = C = = = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = C C A G D = C = = 1 T = T = G = = = = = = C T = = = I = = = G ? = = T = = ? ? C = C = = = = = = G = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 T = ? ? = T C C C = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = C = C = A T G = = = = = = = A = C = ? ? = C T A T = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = T = A = G C A = = = = = = = G = 0 E006 = = = = A = C = = C = = D T G = = T T A A = = = T = A = C T G = = G C C T = = G A G = G = = = G T = = = A T T = I G T = = = = T = 3 T G = = = C = T = = = = = = = G A A = G = A = = A T = ? I A = C = C A T = = = = T = T = = A = = I C C = = C G G G = = = C = G = T A A = = A A G C = = A G A = T = = = C A = = = C C A = D A C = = = = C = 1 G A = = = T = C = = = = = = = C G G = A = T = = G C = ? D G = G = T G C 0 E007 T = = = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = A T T A I = T = = 2 A = C = T = = = = = = T C = A = D = = = A ? = = C = ? = A T = G = = = = G = A = C = = = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = = = C C A G D = C = = 1 T = T = G = = = = = = C T = T = I = = = G ? = = T = ? = G C = C = = = = A = G = 0 E008 T = = = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? A T T A I = T = = = A = C = T = = = = = = ? = = = = = = = G A ? = = = A = = A T = = I A = C = C A T C = = = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? C C A G D = C = = = T = T = G = = = = = = ? = = = = = = = C G ? = = = T = = G C = = D G = G = T G C 0 E009 ? = = = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = A T T A I = T = = 2 ? = C = T = = = = = = T C = = = D = = = A A = = C = = = A T = G = = = = G = A = ? = = = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = = = C C A G D = C = = 1 ? = T = G = = = = = = C T = = = I = = = G G = = T = = = G C = C = = = = A = G = 0 E010 T = = = T = = = = A = = = C C = = C G G G = = = C = G = T A A = = A A G C A = A G A = T = T = C A = = = = = = A ? A = = = 2 A C C 1 = A = = = T = = C = A = D = = C = = = A C T = = = = = G D G = G G T = C C = = = A = = = = C = = = T G = = T T A A = = = T = A = C T G = = G C C T G = G A G = G = C = G T = = = = = = G ? G = = = 1 T T T 3 = G = = = C = = T = T = I = = G = = = G T A = = = = = C I A = C A C = T 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? 0 E012 = = = = = C = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = ? = = = ? A T T A I = = = = 2 ? = C = T = = = = = = T C = = = D = = = = = ? = = = A = = = A G = = = = = = = = = = = = = T = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = ? = = = ? C C A G D = = = = 1 ? = T = G = = = = = = C T = = = I = = = = = ? = = = C = = = G C = = = = = = = = 0 E013 = = = = A = C = = C = = D T G = = T T A A ? = = T = A = C T G = = G C C T = = G A G = G = = = G T = = = A T T = I G T = = = = T = 3 T G = = = C = T = = = = = = = G A A = G = ? ? = A T = = I ? = C = C A T = = = = T = T = = A = = I C C = = C G G G ? = = C = G = T A A = = A A G C = = A G A = T = = = C A = = = C C A = D A C = = = = C = 1 G A = = = T = C = = = = = = = C G G = A = ? ? = G C = = D ? = G = T G C 0 E014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = = = = C = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = A A T T A I = = = = 2 A = C = T = = = = = = T C = = = D A = C = = = A C T = = = = = G D G = G = T = C = = = = = T = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = G C C A G D = = = = 1 T = T = G = = = = = = C T = = = I G = G = = = G T A = = = = = C I A = C = C = T 0 E016 T = ? = T = = = = A = = = C C = = C G G G = = = C = G = T A A = = A A G C A = ? G A = T = T = C A = = = = = = ? = A = = = 2 ? C C 1 = A = = = T = = C = = = D = = ? = = = A C T = = = = = G D G = G G ? ? ? C = ? = A = = = = C = = = T G = = T T A A = = = T = A = C T G = = G C C T G = ? A G = G = C = G T = = = = = = ? = G = = = 1 ? T T 3 = G = = = C = = T = = = I = = ? = = = G T A = = = = = C I A = C A ? ? ? 0 E017 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = 0 E018 ? = = = A ? ? = = C = = D ? = = = T T A ? = = = T = A = C T G = = G C C T = = G A G = G = = = G T = = = A T ? = I G T = = = = T = 3 T ? ? = = C = T = = = = = = = G A A = G = A = = A T = = I A = C = ? ? T ? = = = T ? ? = = A = = I ? = = = C G G ? = = = C = G = T A A = = A A G C = = A G A = T = = = C A = = = C C ? = D A C = = = = C = 1 G ? ? = = T = C = = = = = = = C G G = A = T = = G C = = D G = G = ? ? C 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C G G = A = T = = G C = = D ? = G = T G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = G A A = G = A = = A T = = I ? = C = C A T 0 E020 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? ? = = ? = = = = = = 1 = = = = = = = = = = = = T = = = I = = G = = ? = T A = = = = = C I A = C = C = T = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? ? = = ? = = = = = = 2 = = = = = = = = = = = = C = = = D = = C = = ? = C T = = = = = G D G = G = T = C 0 E021 T ? = = = T C ? ? = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = A A = = C = C = A T G = = = = = = = A = C ? = = = C T ? ? = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = G G = = T = A = G C A = = = = = = = G = 0 E022 T = = = = = C = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = A T T A I = T = = 2 A = C = T = = = = = = T C = = = D ? ? = A A = = ? = = = A T = G = = = = = = A = C = = = = = T = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = C C A G D = C = = 1 T = T = G = = = = = = C T = = = I ? ? = G G = = ? = = = G C = C = = = = = = G = 0 E023 = = = = = C = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = A ? T T A I = = = = 2 A = C = T = = = = = = T C = A = D A = C = = = A C T = = = = = G D G = G G T = C = = = = = T = C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = = G ? C A G D = = = = 1 T = T = G = = = = = = C T = T = I G = G = = = G T A = = = = = C I A = C A C = T END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 0.99 = = 0.99 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = ? ? = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = = 1.00 = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = 1.00 = ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? = = = = = 1.00 = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 0.85 = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = ? ? ? 0.94 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? = = 1.00 ? = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = 1.00 ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 ? = = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 0.93 = ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = 1.00 ? ? = = 1.00 = = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 END PHASEPROBS