Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000201 CC 2 4 6 CT 2 9 11 TT 6 8 14 2.744 0.257 1.781 000527 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 17 22 39 0.015 0.000 0.006 000771 AA 20 22 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.054 001087 AA 16 20 36 AG 6 0 6 GG 1 0 1 0.195 0.000 1.288 001088 GG 1 0 1 GT 6 0 6 TT 16 21 37 0.195 0.000 1.348 001407 AA 19 18 37 AT 5 5 10 TT 0 0 0 0.324 0.342 0.666 001487 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 001626 CC 4 0 4 CT 5 5 10 TT 12 17 29 4.121 0.362 3.803 001722 CC 1 6 7 CT 10 10 20 TT 10 6 16 0.583 0.182 0.032 001880 AA 2 0 2 AC 5 4 9 CC 15 18 33 2.001 0.220 1.550 001881 CC 15 18 33 CT 5 4 9 TT 2 0 2 2.001 0.220 1.550 001887 AA 0 0 0 AC 4 5 9 CC 19 18 37 0.209 0.342 0.541 002151 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 002153 CC 19 23 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 002192 GG 17 23 40 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.233 0.000 0.100 002212 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 17 22 39 0.233 0.000 0.102 002324 -- 0 6 6 +- 3 11 14 ++ 15 6 21 0.149 0.043 1.835 002507 CC 3 0 3 CT 8 4 12 TT 11 18 29 0.577 0.220 1.153 002521 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 22 42 0.050 0.000 0.024 002550 CC 1 0 1 CG 8 4 12 GG 15 19 34 0.003 0.209 0.002 002555 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 002575 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 002585 CC 0 0 0 CT 6 5 11 TT 18 18 36 0.490 0.342 0.826 002617 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002631 GG 1 0 1 GT 8 5 13 TT 15 18 33 0.003 0.342 0.046 002762 AA 12 18 30 AG 9 5 14 GG 2 0 2 0.028 0.342 0.050 002920 AA 17 17 34 AG 6 4 10 GG 0 0 0 0.517 0.233 0.723 002984 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 19 22 41 0.118 0.000 0.055 003115 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.052 003197 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 003235 CC 2 0 2 CT 5 5 10 TT 16 18 34 2.200 0.342 1.141 003249 CC 19 23 42 CT 2 0 2 TT 1 0 1 4.455 0.000 10.228 004416 AA 15 17 32 AG 6 5 11 GG 0 0 0 0.583 0.362 0.925 004482 AA 17 22 39 AG 3 0 3 GG 1 0 1 2.136 0.000 5.665 004614 CC 15 17 32 CT 6 5 11 TT 0 0 0 0.583 0.362 0.925 005412 AA 0 0 0 AT 7 5 12 TT 16 17 33 0.741 0.362 1.065 005453 AA 0 0 0 AG 7 5 12 GG 16 18 34 0.741 0.342 1.035 005503 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005506 AA 0 0 0 AC 3 2 5 CC 21 21 42 0.107 0.048 0.148 005624 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005679 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005727 CC 1 0 1 CT 5 0 5 TT 17 23 40 0.571 0.000 2.368 005731 AA 0 0 0 AG 7 5 12 GG 16 18 34 0.741 0.342 1.035 005750 AA 0 0 0 AC 7 5 12 CC 16 18 34 0.741 0.342 1.035 005751 CC 16 18 34 CG 7 5 12 GG 0 0 0 0.741 0.342 1.035 005785 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 005795 CC 0 0 0 CT 7 5 12 TT 16 18 34 0.741 0.342 1.035 005831 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005842 AA 23 18 41 AG 1 5 6 GG 0 0 0 0.011 0.342 0.218 005867 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 1 0 1 2.617 0.000 6.306 005904 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005923 AA 0 0 0 AG 8 4 12 GG 16 18 34 0.960 0.220 1.035 006008 AA 14 17 31 AG 8 5 13 GG 0 0 0 1.086 0.362 1.322 006024 AA 1 0 1 AG 8 5 13 GG 13 17 30 0.027 0.362 0.088 006047 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 22 41 0.118 0.000 0.055 006227 GG 17 17 34 GT 7 5 12 TT 0 0 0 0.700 0.362 1.035 006262 CC 1 0 1 CG 3 0 3 GG 20 22 42 2.617 0.000 6.146 006489 CC 2 0 2 CT 4 11 15 TT 18 11 29 3.840 2.444 0.001 006545 CC 19 22 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.097 006598 CC 19 22 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 006631 CC 2 0 2 CG 8 5 13 GG 10 17 27 0.045 0.362 0.072 006656 AA 0 0 0 AT 6 5 11 TT 13 18 31 0.668 0.342 0.954 007639 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008104 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008207 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 008371 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 008425 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008490 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 008506 CC 16 21 37 CT 6 0 6 TT 1 0 1 0.195 0.000 1.348 008523 CC 22 19 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 008665 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 20 42 0.011 0.000 0.006 008730 AA 2 0 2 AG 4 4 8 GG 17 16 33 3.584 0.247 2.181 009175 AA 4 8 12 AC 13 11 24 CC 7 3 10 0.243 0.065 0.095 009217 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 009237 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 009287 CC 7 3 10 CT 13 12 25 TT 4 8 12 0.243 0.209 0.203 009293 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 009398 CC 22 20 42 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.011 0.050 0.054 009428 CC 21 20 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 009549 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 22 44 0.011 0.000 0.006 009638 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 009643 GG 0 0 0 GT 0 2 2 TT 23 21 44 0.000 0.048 0.023 009812 GG 23 21 44 GT 1 2 3 TT 0 0 0 0.011 0.048 0.051 009986 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 20 23 43 0.050 0.000 0.023 010003 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 010418 AA 7 2 9 AT 12 11 23 TT 3 6 9 0.362 0.851 0.610 010517 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 22 18 40 0.000 0.014 0.006 010707 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 19 21 40 0.013 0.000 0.006 010861 AA 10 10 20 AG 9 10 19 GG 2 1 3 0.000 0.583 0.283 013891 -- 6 2 8 +- 11 12 23 ++ 2 8 10 0.851 0.702 0.637 014121 AA 0 0 0 AG 2 5 7 GG 20 18 38 0.050 0.342 0.320 014208 CC 13 6 19 CT 9 12 21 TT 1 5 6 0.130 0.048 0.003 014304 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 014348 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 014443 AA 0 0 0 AC 0 2 2 CC 23 21 44 0.000 0.048 0.023 014531 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 17 23 40 0.362 0.000 0.156 014546 * 014596 AA 19 21 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 014680 AA 15 11 26 AT 4 8 12 TT 2 1 3 3.070 0.089 0.872 014737 CC 0 0 0 CT 5 5 10 TT 19 18 37 0.324 0.342 0.666 014784 CC 12 11 23 CT 10 11 21 TT 2 1 3 0.002 0.741 0.391 015021 * 015055 GG 7 3 10 GT 13 12 25 TT 4 8 12 0.243 0.209 0.203 015101 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 015127 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 015180 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 015241 AA 0 0 0 AG 4 4 8 GG 19 17 36 0.209 0.233 0.440 015275 AA 1 0 1 AG 2 0 2 GG 20 21 41 4.707 0.000 9.977 015581 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 22 23 45 0.045 0.000 0.022 015620 GG 21 23 44 GT 2 0 2 TT 1 0 1 4.959 0.000 10.729 015734 AA 0 0 0 AT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 015790 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 015793 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 015881 CC 19 18 37 CT 5 5 10 TT 0 0 0 0.324 0.342 0.666 015996 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 1 0 1 4.959 0.000 10.729 016105 CC 4 3 7 CT 11 11 22 TT 9 8 17 0.042 0.065 0.001 016283 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 016299 CC 18 12 30 CT 4 11 15 TT 2 0 2 3.840 2.272 0.005 016358 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016536 AA 21 23 44 AG 2 0 2 GG 1 0 1 4.959 0.000 10.729 016551 AA 23 20 43 AT 1 3 4 TT 0 0 0 0.011 0.112 0.093 016597 AA 1 0 1 AG 2 0 2 GG 21 23 44 4.959 0.000 10.729 017040 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 21 19 40 0.000 0.053 0.025 017074 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 21 41 0.012 0.000 0.006 017429 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 20 43 0.000 0.012 0.006 017638 -- 18 12 30 +- 4 11 15 ++ 2 0 2 3.840 2.272 0.005 018248 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 22 18 40 0.000 0.124 0.056 018354 AA 21 21 42 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 018709 CC 20 21 41 CT 3 0 3 TT 1 0 1 2.617 0.000 5.985 019114 CC 0 0 0 CG 7 9 16 GG 16 13 29 0.741 1.455 2.104 019352 AA 1 5 6 AG 8 12 20 GG 13 6 19 0.027 0.048 0.041 019508 GG 22 21 43 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 019595 AA 1 3 4 AG 8 8 16 GG 8 6 14 0.302 0.014 0.031 020518 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 18 21 39 0.124 0.000 0.058 020597 AA 0 0 0 AG 4 8 12 GG 19 15 34 0.209 1.019 1.035 020900 AA 22 23 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 020980 CC 3 10 13 CT 14 11 25 TT 6 1 7 1.308 0.889 0.775 021157 AA 15 12 27 AT 6 9 15 TT 0 0 0 0.583 1.562 1.985 021439 AA 2 0 2 AC 3 3 6 CC 16 18 34 4.954 0.124 4.272 021574 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 22 41 0.324 0.000 0.152 021623 AA 2 5 7 AG 10 11 21 GG 11 6 17 0.017 0.000 0.015 021844 CC 12 6 18 CT 11 12 23 TT 1 5 6 0.618 0.048 0.104 021861 AA 1 0 1 AG 5 3 8 GG 18 20 38 0.644 0.112 0.516 021988 CC 2 0 2 CG 4 11 15 GG 18 11 29 3.840 2.444 0.001 022274 -- 2 0 2 +- 4 10 14 ++ 15 13 28 3.070 1.775 0.022 022370 AA 15 13 28 AG 7 8 15 GG 1 0 1 0.025 1.163 0.386 022446 CC 0 0 0 CT 6 0 6 TT 16 22 38 0.548 0.000 0.236 022608 CC 15 11 26 CG 7 10 17 GG 0 0 0 0.787 2.051 2.610 022627 AA 0 0 0 AG 1 5 6 GG 20 16 36 0.012 0.383 0.249 023061 CC 15 12 27 CT 5 8 13 TT 0 0 0 0.408 1.250 1.506 023062 AA 1 4 5 AG 9 11 20 GG 10 5 15 0.330 0.211 0.178 023087 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 21 40 0.013 0.000 0.006 023091 CC 19 21 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 023123 CC 20 21 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 023291 CC 0 0 0 CT 6 9 15 TT 15 12 27 0.583 1.562 1.985 023331 AA 20 21 41 AG 0 0 0 GG 1 0 1 21.000 0.000 42.000 023421 CC 21 21 42 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002212: G 002324: CA 009549: AG 009986: A 010003: GGA 013891: G 014546: C 015581: A 017638: atatatattagaggtacaatgtgatgttatgatgtatgtatacaacctgaaattattaaatcaaggtaatgaacaaatccatcacttcatatatttatcatttttatgttgagaacat 022274: AA Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 014546 -- 2 0 2 014546 +- 4 11 15 014546 +- 0 0 0 014546 ++ 13 12 25 014546 ++ 3 0 3 014546 ++ 0 0 0 015021 AA 0 0 0 015021 AC 0 0 0 015021 AG 2 5 7 015021 CC 0 0 0 015021 CG 2 0 2 015021 GG 20 18 38