Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000201 C 0.30 0.40 0.37 T 0.70 0.60 0.63 0.42 0.48 0.47 000527 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000771 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001087 G 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.17 001088 G 0.17 0.00 0.09 T 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.17 001407 T 0.10 0.11 0.11 A 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 001487 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001626 C 0.31 0.11 0.21 T 0.69 0.89 0.79 0.43 0.20 0.33 001722 C 0.29 0.50 0.40 T 0.71 0.50 0.60 0.41 0.50 0.48 001880 A 0.20 0.09 0.15 C 0.80 0.91 0.85 0.33 0.17 0.25 001881 T 0.20 0.09 0.15 C 0.80 0.91 0.85 0.33 0.17 0.25 001887 A 0.09 0.11 0.10 C 0.91 0.89 0.90 0.16 0.19 0.18 002151 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 002153 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 002192 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 002212 - 0.10 0.00 0.05 + 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 002324 - 0.08 0.50 0.32 + 0.92 0.50 0.68 0.15 0.50 0.43 002507 C 0.32 0.09 0.20 T 0.68 0.91 0.80 0.43 0.17 0.33 002521 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 002550 C 0.21 0.09 0.15 G 0.79 0.91 0.85 0.33 0.16 0.25 002555 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002575 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002585 C 0.12 0.11 0.12 T 0.88 0.89 0.88 0.22 0.19 0.21 002617 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002631 G 0.21 0.11 0.16 T 0.79 0.89 0.84 0.33 0.19 0.27 002762 G 0.28 0.11 0.20 A 0.72 0.89 0.80 0.41 0.19 0.31 002920 G 0.13 0.10 0.11 A 0.87 0.90 0.89 0.23 0.17 0.20 002984 A 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 003115 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003197 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003235 C 0.20 0.11 0.15 T 0.80 0.89 0.85 0.31 0.19 0.26 003249 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 004416 G 0.14 0.11 0.13 A 0.86 0.89 0.87 0.24 0.20 0.22 004482 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 004614 T 0.14 0.11 0.13 C 0.86 0.89 0.87 0.24 0.20 0.22 005412 A 0.15 0.11 0.13 T 0.85 0.89 0.87 0.26 0.20 0.23 005453 A 0.15 0.11 0.13 G 0.85 0.89 0.87 0.26 0.19 0.23 005503 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005506 A 0.06 0.04 0.05 C 0.94 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 005624 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005679 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005727 C 0.15 0.00 0.08 T 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 005731 A 0.15 0.11 0.13 G 0.85 0.89 0.87 0.26 0.19 0.23 005750 A 0.15 0.11 0.13 C 0.85 0.89 0.87 0.26 0.19 0.23 005751 G 0.15 0.11 0.13 C 0.85 0.89 0.87 0.26 0.19 0.23 005785 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005795 C 0.15 0.11 0.13 T 0.85 0.89 0.87 0.26 0.19 0.23 005831 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005842 G 0.02 0.11 0.06 A 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 005867 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 005904 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005923 A 0.17 0.09 0.13 G 0.83 0.91 0.87 0.28 0.17 0.23 006008 G 0.18 0.11 0.15 A 0.82 0.89 0.85 0.30 0.20 0.25 006024 A 0.23 0.11 0.17 G 0.77 0.89 0.83 0.35 0.20 0.28 006047 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 006227 T 0.15 0.11 0.13 G 0.85 0.89 0.87 0.25 0.20 0.23 006262 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006489 C 0.17 0.25 0.21 T 0.83 0.75 0.79 0.28 0.38 0.33 006545 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 006598 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 006631 C 0.30 0.11 0.20 G 0.70 0.89 0.80 0.42 0.20 0.32 006656 A 0.16 0.11 0.13 T 0.84 0.89 0.87 0.27 0.19 0.23 007639 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008104 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008207 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008371 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008425 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008490 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008506 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.17 008523 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008665 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008730 A 0.17 0.10 0.14 G 0.83 0.90 0.86 0.29 0.18 0.24 009175 C 0.56 0.39 0.48 A 0.44 0.61 0.52 0.49 0.47 0.50 009217 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009237 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009287 C 0.56 0.39 0.48 T 0.44 0.61 0.52 0.49 0.48 0.50 009293 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009398 T 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 009428 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009549 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009638 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009643 G 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 009812 T 0.02 0.04 0.03 G 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 009986 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 010003 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010418 A 0.59 0.39 0.50 T 0.41 0.61 0.50 0.48 0.48 0.50 010517 A 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 010707 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 010861 G 0.31 0.29 0.30 A 0.69 0.71 0.70 0.43 0.41 0.42 013891 - 0.61 0.36 0.48 + 0.39 0.64 0.52 0.48 0.46 0.50 014121 A 0.05 0.11 0.08 G 0.95 0.89 0.92 0.09 0.19 0.14 014208 T 0.24 0.48 0.36 C 0.76 0.52 0.64 0.36 0.50 0.46 014304 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014348 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014443 A 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 014531 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 014546 * 014596 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 014680 T 0.19 0.25 0.22 A 0.81 0.75 0.78 0.31 0.38 0.34 014737 C 0.10 0.11 0.11 T 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 014784 T 0.29 0.28 0.29 C 0.71 0.72 0.71 0.41 0.41 0.41 015021 * 015055 G 0.56 0.39 0.48 T 0.44 0.61 0.52 0.49 0.48 0.50 015101 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015127 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 015180 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015241 A 0.09 0.10 0.09 G 0.91 0.90 0.91 0.16 0.17 0.17 015275 A 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 015581 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015620 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 015734 A 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 015790 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015793 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015881 T 0.10 0.11 0.11 C 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 015996 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 016105 C 0.40 0.39 0.39 T 0.60 0.61 0.61 0.48 0.47 0.48 016283 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016299 T 0.17 0.24 0.20 C 0.83 0.76 0.80 0.28 0.36 0.32 016358 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016536 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 016551 T 0.02 0.07 0.04 A 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 016597 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 017040 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 017074 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017429 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 017638 + 0.17 0.24 0.20 - 0.83 0.76 0.80 0.28 0.36 0.32 018248 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 018354 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018709 T 0.10 0.00 0.06 C 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 019114 C 0.15 0.20 0.18 G 0.85 0.80 0.82 0.26 0.33 0.29 019352 A 0.23 0.48 0.36 G 0.77 0.52 0.64 0.35 0.50 0.46 019508 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019595 A 0.29 0.41 0.35 G 0.71 0.59 0.65 0.42 0.48 0.46 020518 A 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 020597 A 0.09 0.17 0.13 G 0.91 0.83 0.87 0.16 0.29 0.23 020900 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020980 T 0.57 0.30 0.43 C 0.43 0.70 0.57 0.49 0.42 0.49 021157 T 0.14 0.21 0.18 A 0.86 0.79 0.82 0.24 0.34 0.29 021439 A 0.17 0.07 0.12 C 0.83 0.93 0.88 0.28 0.13 0.21 021574 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021623 A 0.30 0.48 0.39 G 0.70 0.52 0.61 0.42 0.50 0.48 021844 T 0.27 0.48 0.37 C 0.73 0.52 0.63 0.39 0.50 0.47 021861 A 0.15 0.07 0.11 G 0.85 0.93 0.89 0.25 0.12 0.19 021988 C 0.17 0.25 0.21 G 0.83 0.75 0.79 0.28 0.38 0.33 022274 - 0.19 0.22 0.20 + 0.81 0.78 0.80 0.31 0.34 0.33 022370 G 0.20 0.19 0.19 A 0.80 0.81 0.81 0.31 0.31 0.31 022446 C 0.14 0.00 0.07 T 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 022608 G 0.16 0.24 0.20 C 0.84 0.76 0.80 0.27 0.36 0.32 022627 A 0.02 0.12 0.07 G 0.98 0.88 0.93 0.05 0.21 0.13 023061 T 0.12 0.20 0.16 C 0.88 0.80 0.84 0.22 0.32 0.27 023062 A 0.28 0.47 0.38 G 0.72 0.53 0.62 0.40 0.50 0.47 023087 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 023091 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 023123 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 023291 C 0.14 0.21 0.18 T 0.86 0.79 0.82 0.24 0.34 0.29 023331 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 023421 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002212: G 002324: CA 009549: AG 009986: A 010003: GGA 013891: G 014546: C 015581: A 017638: atatatattagaggtacaatgtgatgttatgatgtatgtatacaacctgaaattattaaatcaaggtaatgaacaaatccatcacttcatatatttatcatttttatgttgagaacat 022274: AA Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 014546 + 0.07 0.00 0.03 - 0.18 0.24 0.21 + 0.75 0.76 0.76 015021 C 0.04 0.00 0.02 A 0.04 0.11 0.07 G 0.92 0.89 0.90