************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /net/nickerson/lims/bin/phase/PHASE2 -d1 cb5r4.phase.inp cb5r4.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST cb5r4.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates cb5r4.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual cb5r4.phase.out_recom : estimates of recombination parameters cb5r4.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 110 Positions of loci: 79 215 229 753 1478 2497 3215 3728 3772 4401 5571 5671 7208 7444 8443 10581 14011 14417 14480 14645 18305 19194 19201 20865 23641 23755 24232 24494 25078 25826 26080 26199 26369 27104 27206 27730 28417 28418 28446 28478 28486 29030 29073 29428 29472 29537 30721 31077 31548 31642 31745 31791 31901 31906 33579 34360 34549 35434 35783 35979 36314 51030 51136 51751 52696 57404 57452 57600 58351 60058 60389 62723 62946 63345 63792 64321 64410 64417 64540 64731 65800 66113 68077 68917 69537 69625 71349 72301 72383 73817 76208 77024 77879 78684 79005 80064 80576 81008 81457 82577 82947 84045 95116 95297 95381 97962 99563 100585 101207 102305 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file cb5r4.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 AGGTACACTGCTGGTAAACCTGGAGAAGATCCIGTTCGGCAGAACAC 2 ACGTCCTATGCAACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAAGCCTCGCGTGTGICGAGGAA 1.000000 2 AGGTACACTGCTGGTAAACCTGGAGAAGATCCIGTTCGGCAGAACAC 2 ACGTCCTATGCAACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAAGCCTCGCGTGTGICAAGGAA 2.000000 3 AGGTACACTGCTGGTAAACCTGGAGACGATCCIGTTCGGCAGAACAC 2 ACGTCCTATGCAACCGACGCTAAAATTACGACAGAGAATGAAGCCACGCGCGTGICAAGGAA 4.000000 4 AGGTACACTGCTGGTAAGCGTGGAAAAGATCCITTTCAGCAGAACAC 2 ACGTCCTATGTAACCGACACTAGAACCGCGGCGACGAGGAGAGCTTTGTATGTAICGGGAAA 1.000000 5 AGGTACACTGCTGGTAAGCGTGGAAAAGATCCITTTCGGCAGAACAC 2 ACGTCCTATGTAACCGACACTAGAACCGCGGCGACGAGGAGAGCTTTGTATGTAICGGGAAA 7.000000 6 AGGTACACTGCTGGTAAGCGTGGAAAAGATCCITTTCGGCAGAACAC 2 ACGTCCTATGTAACCGACACTAGAACCGCGGCGACGAGGAGAGCTTTGTATGTAICGGGAAG 3.000000 7 AGATACACTGCTGGTAAACCTGAAGAACATCCITTTCAGCAGAACAT 4 ACGTCCTATGTGACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAGGCCTCGCGTGGGITAAGGAA 1.000000 8 AGATACACTGCTGGTAAACCTGAAGAACATCCITCTCAGCAGAACAT 4 ACGTCCTATGTGACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAGGCCTCGCGTGGGITAAGGAA 12.000000 9 AGATACACTCCTGGTAAACCTGAAGAACATCGITTTCAGCAGAACAT 4 ACGTCCTATGTGACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAGGCCTCGCGTGGGICGAGGTA 1.000000 10 AGATACACTCCTGGTAAACCTGAAGAACATCGITTTCAGCAGAACAT 4 ACGTCCTATGTGACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAGGCCTCGCGTGGGITAAGGAA 17.000000 11 AGATACACTCCTGGTAAACCTGAAGAACATCGITTTCAGCAGAACAT 4 ACGTCCTATGTGACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAGGCCTCGCGTGGGDTAAGGAA 4.000000 12 AGATACACTCCTGGTAAACCTGAAGAACATCGITTTCAGCAGAACAT 4 ACGTCCTATGTGACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAGGCCTCGCGTTGGDTAAGGAA 9.000000 13 AGATACACTCCTGGTAAACCTGAAGAACACCGITTTCAGCAGAACAT 4 ACGTCCTATGTGACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAGGCCTCGCGTGGGITAAGGAA 7.000000 14 AGATACACTCCTGGTAAACCTAAAGAACATCGITTTCAGCAGAACAT 4 ACGTCCTATGTGACCGACGCTAAAACTACGACAGAGAATGAGGCCTCGCGTGGGITAAGGAA 1.000000 15 CTGCGCACTGCTGGTAAACCTGGAGACGATCCIGTTCGGCAGAACAC 2 ACGTCCTATGCAACCGACGCTAAAATTACGACAGAGAATGAAGCCACGCGCGTGICAAGGAA 1.000000 16 CTGCGCGCCGTTCGCGAAGCTAGGGACGATCCDGTTCGCCGGAACAC 2 ACGTCCTATGTAACCGACGCTAAAATTACGACAGAGAATGAGGCCACGCGCGGGICAAGGAA 1.000000 17 CTGCGCGCCGTTCGCGAAGCTAGGGACGATCCDGTTCGCCGGATCGC 2 ACGTCTTGTGTAACCGACGCTAATACTGGAATAGAAAATGAGGCCTCGCGTGGGICAAGGAA 4.000000 18 CTGCGCGCCGTTCGCGAAGCTAGGGACGATCCDGTTCGCCGGATCGC 2 ACGTCTTGTGTAACCGACGCTAATACTGGAATAGAAAATGAGGCCTCGCGTGGGICAAGGAG 2.000000 19 CTGCGGGGTGTCGCTAGACCAGGGGGCGCTGCIGTCTGGTGATTTAC 3 GAAGGCCACACAGTGCGCGTTGGACCCACAGCGGCGAGGGAAATCTTACGTGTAICGAAGAA 1.000000 20 CTGCGGGGCGTCGCTAGACCAGGGGGCGCTGCIGTCTAGTGATTTAC 4 GAAGGCCATACAGTCCGCGTTAAAACCACGACAGAGAGTGAAGCCTTGCGTGTGICGAAGAA 1.000000 21 CTGCGGGGCGTCGCTAGACCAGGGGGCGCTGCIGTCTAGTGATTTAC 4 GAAGGCCATACAGTCCGCGTTGGACCCACAGCGGCGAGGGAAATCTTACGTGTAICGAAGTG 2.000000 22 CTGCGGGGCGTCGCTAGACCAGGGGGCGCTGCIGTCTAGTGATTTAC 4 GAAGGCCACACAGTCCGGGTTGGACCCAGGGCGGCGCGGGAAGCCTTACGTGTAICGAAGTA 1.000000 23 CTGCGGGGCGTCGCTAGACCAGGGGGCGCTGCIGTCTAGTGATTTAC 4 GAAGGCCACACAGTCCGGGTCGGACCCAGGGCGGCGCGGGAAGCCTTACGTGTAICGAAGTA 1.000000 24 CTGCGGGGCGTCGCTAGACCAGGGGGCGCTGCIGTCTGGTGATTTAC 3 GAAGGCCATACAGTCCGCGTTGGACCCACAGCGGCGAGGGAAATCTTACGTGTAICGAAGTA 1.000000 25 CTGCGGGGCGTCGCTAGACCAGGGGGCGCTGCIGTCTGGTGATTTAC 3 GAAGGCCACACAGTCCGGGTCGGACCCAGGGCGGCGCGGGAAGCCTTACGTGTAICGAAGTA 6.000000 26 CTGCGGGGCGTCGCTAGACCAGGGGGCGCTGCIGTCTGGTGATTTAC 3 GAAGGCCACACAGTGCGCGTTGGACCCACAGCGGCGAGGGAAATCTTACGTGTAICGAAGTG 1.000000 27 CTGCGGGGCGTCGCTAGACCAGGGGGCGCTGCIGTCTGGTGATTTAC 4 GAAGGCCACACAGTGCGCGTTGGACCCACAGCGGCGAGGGAAATCTTACGTGTAICGAAGTA 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY DY01: (1,5) DY02: (8,17) DY03: (19,25) DY04: (5,22) DY05: (3,17) DY06: (7,17) DY07: (6,21) DY08: (8,18) DY09: (2,6) DY10: (5,5) DY11: (3,23) DY12: (2,15) DY13: (25,26) DY14: (5,10) DY15: (6,27) DY16: (17,27) DY17: (4,25) DY18: (5,20) DY19: (3,10) DY20: (16,21) DY21: (3,5) DY22: (8,25) DY23: (14,18) DY24: (8,24) E101: (12,13) E102: (10,12) E103: (12,13) E104: (10,10) E105: (10,13) E106: (8,10) E107: (10,13) E108: (12,12) E109: (8,10) E110: (12,25) E111: (8,25) E112: (10,10) E113: (8,10) E114: (10,11) E115: (10,11) E116: (8,10) E117: (8,12) E118: (12,13) E119: (10,13) E120: (11,12) E121: (8,8) E122: (9,13) E123: (10,11) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 DY01 A G G T A C A C T G C T G G T A A A C C T G G A G A A G A T C C I G T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G C A A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A A G C C T C G C G T G T G I C G A G G A A A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C [G] G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A A 0 DY02 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A C T G C G C G C C G T T C G C G A A G C T A G G G A C G A T C C D G T T C G C C G G A T C G C 2 A C G T C T T G T G T A A C C G A C G C T A A T A C T G G A A T A G A A A A T G A G G C C T C G C G T G G G I C A A G G A A 0 DY03 C T G C G G G G (T) G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 3 G A A G G C C A C A C A G T G C G C G T T G G A C C C A C A G C G G C G A G G G A A A T C T T A C G T G T A I C G A A G A A C T G C G G G G (C) G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 3 G A A G G C C A C A C A G T C C G G G T C G G A C C C A G G G C G G C G C G G G A A G C C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 DY04 A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T A G T G A T T T A C 4 G A A G G C C A C A C A G T C C G G G T T G G A C C C A G G G C G G C G C G G G A A G C C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 DY05 A G G T A C A C T G C T G G T A A A C C T G G A G A C G A T C C I G T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G C A A C C G A C G C T A A A A T T A C G A C A G A G A A T G A A G C C A C G C G C G T G I C A A G G A A C T G C G C G C C G T T C G C G A A G C T A G G G A C G A T C C D G T T C G C C G G A T C G C 2 A C G T C T T G T G T A A C C G A C G C T A A T A C T G G A A T A G A A A A T G A G G C C T C G C G T G G G I C A A G G A A 0 DY06 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A C T G C G C G C C G T T C G C G A A G C T A G G G A C G A T C C D G T T C G C C G G A T C G C 2 A C G T C T T G T G T A A C C G A C G C T A A T A C T G G A A T A G A A A A T G A G G C C T C G C G T G G G I C A A G G A A 0 DY07 A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A G C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T A G T G A T T T A C 4 G A A G G C C A T A C A G T C C G C G T T G G A C C C A C A G C G G C G A G G G A A A T C T T A C G T G T A I C G A A G T G 0 DY08 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A C T G C G C G C C G T T C G C G A A G C T A G G G A C G A T C C D G T T C G C C G G A T C G C 2 A C G T C T T G T G T A A C C G A C G C T A A T A C T G G [A] A T A G A A A A T G A G G C C T C G C G T G G G I C A A G G A G 0 DY09 A G G T A C A C T G C T G G T A A A C C T G G A G A A G A T C C I G T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G C A A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A A G C C T C G C G T G T G I C A A G G A A A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A G 0 DY10 A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A A A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A A 0 DY11 A G G T A C A C T G C T G G T A A A C C T G G A G A C G A T C C I G T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G C A A C C G A C G C T A A A A T T A C G A C A G A G A A T G A A G C C A C G C G C G T G I C A A G G A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T A G T G A T T T A C 4 G A A G G C C A C A C A G T C C G G G T C G G A C C C A G G G C G G C G C G G G A A G C C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 DY12 (A) (G) G (T) (A) C A C T G C T G G T A A A C C T G G A G A A G A T C C I G T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G C A A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A A G C C T C G C G T G T G I C A A G G A A (C) (T) G (C) (G) C A C T G C T G G T A A A C C T G G A G A C G A T C C I G T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G C A A C C G A C G C T A A A A T T A C G A C A G A G A A T G A A G C C A C G C G C G T G I C A A G G A A 0 DY13 C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 3 G A A G G C C A C A C A G T C C G G G T C G G A C C C A G G G C G G C G C G G G A A G C C T T A C G T G T A I C G A A G T A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 3 G A A G G C C A C A C A G T G C G C G T T G G A C C C A C A G C G G C G A G G G A A A T C T T A C G T G T A I C G A A G T G 0 DY14 A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T [G] G G [I] T A A G G A A 0 DY15 A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A G C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 4 G A A G G C C A C A C A G T G C G C G T T G G A C C C A C A G C G G C G A G G G A A A T C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 DY16 C T G C G C G C C G T T C G C G A A G C T A G G G A C G A T C C D G T T C G C C G G A T C G C 2 A C G T C T T G T G T A A C C G A C G C T A A T A C T G G A A T A G A A A A T G A G G C C T C G C G T G G G I C A A G G A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 4 G A A G G C C A C A C A G T G C G C G T T G G A C C C A C A G C G G C G A G G G A A A T C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 DY17 A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C A G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 3 G A A G G C C A C A C A G T C C G G G T C G G A C C C A G G G C G G C G C G G G A A G C C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 DY18 A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T A G T G A T T T A C 4 G A A G G C C A T A C A G T C C G C G T T A A A A C C A C G A C A G A G A G T G A A G C C T T G C G T G T [G] I C G A A G [A] A 0 DY19 A G G T A C A C T G C T G G T A A A C C T G G A G A C G A T C C I G T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G C A A C C G A C G C T A A A A T T A C G A C A G A G A A T G A A G C C A C G C G C G T G I C A A G G A A A G A T A C A C T [C] C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C [G] I T [T] T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 DY20 C T G C G C G C C G T T C G C G A A G C T A G G G A C G A T C C D G T T C G [C] C [G] G A [A] C [A] C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C G C T A A A A T T A C G A C A G A G A A T G A G G C C A C G C G C G G G I C A A G G A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T A G T G A T T T A C 4 G A A G G C C A T A C A G T C C G C G T T G G A C C C A C A G C G G C G A G G G A A A T C T T A C G T G T A I C G A A G T G 0 DY21 A G G T A C A C T G C T G G T A A A C C T G G A G A C G A T C C I G T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G C A A C C G A C G C T A A A A T T A C G A C A G A G A A T G A A G C C A C G C G C G T G I C A A G G A A A G G T A C A C T G C T G G T A A G C G T G G A A A A G A T C C I T T T C G G C A G A A C A C 2 A C G T C C T A T G T A A C C G A C A C T A G A A C C G C G G C G A C G A G G A G A G C T T T G T A T G T A I C G G G A A A 0 DY22 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 3 G A A G G C C A C A C A G T C C G G G T C G G A C C C A G G G C G G C G C G G G A A G C C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 DY23 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T A A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A C T G C G C G C C G T T C G C G A A G C T A G G G A C G A T C C D G T T C G C C G G A T C G C 2 A C G T C T T G T G T A A C C G A C G C T A A T A C T G G [A] A T A G A A A A T G A G G C C T C G C G T G G G I C A A G G A G 0 DY24 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 3 G A A G G C C A T A C A G T C C G C G T T G G A C C C A C A G C G G C G A G G G A A A T C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 E101 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T T G G D T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A C C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E102 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T T G G D T A A G G A A 0 E103 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T T G G D T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A C C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E104 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E105 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A C C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E106 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A [T] C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E107 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A C C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E108 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T T G G D T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T T G G D T A A G G A A 0 E109 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E110 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T T G G D T A A G G A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 3 G A A G G C C A C A C A G T C C G G G T C G G A C C C A G G G C G G C G C G G G A A G C C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 E111 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A C T G C G G G G C G T C G C T A G A C C A G G G G G C G C T G C I G T C T G G T G A T T T A C 3 G A A G G C C A C A C A G T C C G G G T C G G A C C C A G G G C G G C G C G G G A A G C C T T A C G T G T A I C G A A G T A 0 E112 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E113 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E114 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G D T A A G G A A 0 E115 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G D T A A G G A A 0 E116 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E117 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T T G G D T A A G G A A 0 E118 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T T G G D T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A C C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E119 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A C C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E120 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G D T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T T G G D T A A G G A A 0 E121 A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T G C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C C I T C T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E122 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A (T) C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I C G A G G T A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A (C) C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A 0 E123 A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G I T A A G G A A A G A T A C A C T C C T G G T A A A C C T G A A G A A C A T C G I T T T C A G C A G A A C A T 4 A C G T C C T A T G T G A C C G A C G C T A A A A C T A C G A C A G A G A A T G A G G C C T C G C G T G G G D T A A G G A A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 DY01 = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = = G = = = = = = = = G = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = A = = = T A = = A = A G A = = A T G A = = = C = ? = C ? ? = = G = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = G = = = = A = = = = = = = = T = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = G = = = C G = = G = G A C = = G G A G = = = T = ? = T ? ? = = A = = = G = A = = 0 DY02 A G A T A = ? = T = C = G = T A = = C = = G A A = = A C = = = = I T ? = = A G = A = = A = A T 4 = = = = = C ? A = = = G = = ? = = = = = = = = A = = = ? ? ? ? C = = = G = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = T = = = = = = C T G C G = ? = C = T = C = C G = = G = = A G G = = C G = = = = D G ? = = G C = G = = T = G C 2 = = = = = T ? G = = = A = = ? = = = = = = = = T = = = ? ? ? ? T = = = A = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = C = = = = = = 0 DY03 = = = = = = = ? (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = C = = T = = = = = = = C A = = = = = = A = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = ? (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = G = = C = = = = = = = G G = = = = = = C = = = = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = T = 0 DY04 A G = T A C A C ? = C T = G = = A G = ? T = = A A A A = A = C = = T = T C G = C A G A A C = = 2 A C G T C = T = T G T = A C = G A C A C = A = = A = = G C = = = = A = = A = = A G = = = T = = G T A = = = = = = = G G A A = C T = C G G G G ? = T C = C = = G A = ? A = = G G G C = C = G = = G = C T A = T G A T T T = = 4 G A A G G = C = C A C = G T = C G G G T = G = = C = = A G = = = = G = = C = = G A = = = C = = A C G = = = = = = = A A G T = 0 DY05 A G = T A = ? = T = C = G = T A = = C = = G = A = = = = = = = = I = = = = = G = A = = A = A = = = = = = = C = A = = C = = = = = = = = = = = = A = T = ? ? ? ? C = = = G = = = = = A = = = A = = = = C = T = = = = = = = = = C T = C G = ? = C = T = C = C G = = G = = A = G = = = = = = = = D = = = = = C = G = = T = G = = = = = = = T = G = = T = = = = = = = = = = = = T = C = ? ? ? ? T = = = A = = = = = G = = = T = = = = T = G = = = = = = = = = 0 DY06 A G A T A = ? = T = C = G = T A = = C = = G A A = = A C = = = = I T = = = A G = A = = A = A T 4 = = = = = C ? A = = = G = = = = = = = = = = = A = = = ? ? ? ? C = = = G = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = T = = = = = = C T G C G = ? = C = T = C = C G = = G = = A G G = = C G = = = = D G = = = G C = G = = T = G C 2 = = = = = T ? G = = = A = = = = = = = = = = = T = = = ? ? ? ? T = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = C = = = = = = 0 DY07 A G = T A C A C T = C T = G = = A G = G T = = A A A A = A = C = = T = T C G = C A G A A C = = 2 A C G T C = T = = G T = A C = G ? = A C = A = = A = = G = G = = = A = = = = = A G = G C T = = G T ? ? = = = = = = G G A A = C T = C G G G G C = T C = C = = G A = C A = = G G G C = C = G = = G = C T A = T G A T T T = = 4 G A A G G = C = = A C = G T = C ? = G T = G = = C = = A = A = = = G = = = = = G A = A T C = = A C ? ? = = = = = = A A G T = 0 DY08 A G A T ? = A = T = C = G = T A = = C = = G A A = = A C = = = = I T C = = A G = A = = A = A T 4 = = = = = C = A = = = G = = = = = = = = = = = A = = = ? ? ? ? C = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = A C T G C ? = G = C = T = C = C G = = G = = A G G = = C G = = = = D G T = = G C = G = = T = G C 2 = = = = = T = G = = = A = = = = = = = = = = = T = = = ? ? ? ? T = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = G 0 DY09 = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = C = = = = G = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = A = = = T A = = A = A G A = = A T G A = = = C = C = C G = = = G = = A A = G = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = G = G = = = = A = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = G = = = C G = = G = G A C = = G G A G = = = T = T = T A = = = A = = G G = A = G 0 DY10 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY11 A G = T A C A C T = ? T = G = = A = = = T = = A ? ? = = A = C = = = = T C G = C A G A A C = = 2 A C G T C = T = T G = = A C = G A C = C T A A = A T T = C = A = A = A = A A T = = = = = = A C G = = C = ? G = = A = G = A = C T = C G G G G C = ? C = C = = G = = = A = = G ? ? = = C = G = = = = C T A = T G A T T T = = 4 G A A G G = C = C A = = G T = C G G = T C G G = C C C = G = G = G = C = C G G = = = = = = T T A = = T = ? A = = G = A = T = 0 DY12 (A) (G) = (T) (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = T = = = = = = = = = = = (C) (T) = (C) (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = C = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = C = = = = = = = = = = = 0 DY13 ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = C = = G = = C = = = = = = = G G = = = = = = C = = = = = G C = = = = ? = = = = = = = = = = = = A ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = G = = C = = T = = = = = = = C A = = = = = = A = = = = = A T = = = = ? = = = = = = = = = = = = G 0 DY14 = = G ? ? = = = = G ? = = = ? = = G = G = = G = A = = G = = = C = = = = = G = = = = = = = = C 2 = = = = = = = ? ? = = A = = = = = = A = = = G = = = C G = = G = G A C = = G G A G A = = T = T = T A = ? T A ? C G G = A ? = = = A ? ? = = = = C ? = = = ? = = A = C = = A = G = = C = = = G = = = = = A = = = = = = = = T 4 = = = = = = = ? ? = = G = = = = = = G = = = A = = = T A = = A = A G A = = A T G A G = = C = C = C G = ? G G ? T A A = G ? = 0 DY15 ? ? ? T A C A C T = C T = G = = A G = G T = = A A A A = A = C = = T = T C = = C A G A A C = = 2 A C G T C = T = T G T = A C C G A = A C = A = = A = = G = G = = = A = = = = = A G = G C T = = G T A = = ? = = = = G G A A G ? ? ? C G G G G C = T C = C = = G A = C A = = G G G C = C = G = = G = C T = = T G A T T T = = 4 G A A G G = C = C A C = G T G C G = G T = G = = C = = A = A = = = G = = = = = G A = A T C = = A C G = = ? = = = = A A G T A 0 DY16 = = = = ? C ? C = = ? T C G C G A = G = T A = ? = A = ? A = C ? D ? ? T C = C C = G A = C G = 2 A C G T C T T G T G T = A C C G A = = C = A A T A = T ? ? ? ? T A = A A = A T = = G G C = = C G = = = = G G = = A = G = A = = = = = ? G ? G = = ? C G C T A G = C = A G = ? = G = ? C = G ? I ? ? C T = G T = A T = T A = 4 G A A G G C C A C A C = G T G C G = = T = G G A C = C ? ? ? ? C G = C G = G G = = A A T = = T A = = = = T A = = G = A = T = 0 DY17 A G = T A C A C T = C T = G ? = A G = G T = = A ? ? A = A = C = = ? ? T C A = C A G A A C = = 2 A C G T C = T = T G T = A C = G A C A C T A = = A = = G C = = = = A = = ? = = A G = = = T = = G T A = = ? ? = = = G G A A = C T = C G G G G C = T C = C ? = G A = C A = = G ? ? C = C = G = = ? ? C T G = T G A T T T = = 3 G A A G G = C = C A C = G T = C G G G T C G = = C = = A G = = = = G = = ? = = G A = = = C = = A C G = = ? ? = = = A A G T = 0 DY18 ? ? ? T A C A C T = C T = G = = A G = G T = = A A A A = A = C = = T = T C G = C A G A A C = = 2 A C G T C = T = = G T = A C = G A = A C = = G = = = = G = = G = G A C = = = G A G = = = T = = = T A = = = ? ? = = G G A ? = ? ? ? C G G G G C = T C = C = = G A = C A = = G G G C = C = G = = G = C T A = T G A T T T = = 4 G A A G G = C = = A C = G T = C G = G T = = A = = = = A = = A = A G A = = = T G A = = = C = = = C G = = = ? ? = = A A G ? = 0 DY19 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = C = T = = C = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = T = G = = T = = = = = = 0 DY20 ? ? ? = = C = C = = = T C G C G A = G = T A = = = A = = A = C = D = = T ? ? ? ? ? G A ? ? ? = 2 A C G T C = ? = = G T = A C ? G A = = C = A A = A T T = = G A = A = A = = A T = = G G C = A C G = = C = G G = = A = G = A ? ? ? ? = = G = G = = = C G C T A G = C = A G = = = G = = C = G = I = = C ? ? ? ? ? A T ? ? ? = 4 G A A G G = ? = = A C = G T ? C G = = T = G G = C C C = = A G = G = C = = G G = = A A T = T T A = = T = T A = = G = A = T ? 0 DY21 = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = C = = = = G = C = = = = = = G = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? = = = C = = = = = = = G = = = A = = T T A = = A = A G A = = A T G A = = = C A C = C G C = ? G ? = A A ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = G = G = = = = A = A = = = = = = T = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? = = = T = = = = = = = A = = = G = = C C G = = G = G A C = = G G A G = = = T T T = T A T = ? A ? = G G ? ? = = 0 DY22 A G A T A C A C T = C T = G = = A = = = T = A A = A A C A = C = = T C T C A = C A G A A C = T 4 A C G T C = T = T G T G A C = G A C = C T A A = A = T = C = A = A = A = A A T = = G = = = = C G = = = = G G = T A = G = A = C T G C G G G G C = T C = C = = G = = = A = G G = G C G C = G = = G T C T G = T G A T T T = C 3 G A A G G = C = C A C A G T = C G G = T C G G = C = C = G = G = G = C = C G G = = A = = = = T A = = = = T A = C G = A = T = 0 DY23 A G A T A = A = T C C = G = T A = = C = = = ? A = = A C = = = G I T = = = A G = A = = ? ? ? T 4 = = = = = C = A = = = G = = ? = = = = = = = = A = = = ? ? ? ? C = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = A C T G C G = G = C G T = C = C G = = G = = = ? G = = C G = = = C D G = = = G C = G = = ? ? ? C 2 = = = = = T = G = = = A = = ? = = = = = = = = T = = = ? ? ? ? T = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = G 0 DY24 A G A T ? C A C T = C T = G = = A = = = T = A A = A A C A = C = = T C T C A = C A G A A C = T 4 A C G T C = T = = G T G A C = G A = = C = A A = A = T = = G A = A = ? = = A T = = G G C = = C G = = = = G G = T A = G = A = C T G C ? G G G C = T C = C = = G = = = A = G G = G C G C = G = = G T C T G = T G A T T T = C 3 G A A G G = C = = A C A G T = C G = = T = G G = C = C = = A G = G = ? = = G G = = A A T = = T A = = = = T A = C G = A = T = 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = 0 E102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = D = = = = = = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = D = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = I = = = ? = = = 0 E104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E105 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E106 = = = = ? = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E107 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E108 = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E109 = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E110 A G A T A C A C T ? C T = G = = A = = = T = A A = A A C ? = C G = T = T C A = C A G A A C = T 4 ? ? ? ? ? ? ? = T G T G A C = G A ? ? ? T A A = A = T = C = A = A = A = A A T = = G = = = = C G = = = T G G D T A = G = A = C T G C G G G G C ? T C = C = = G = = = A = G G = G C G ? = G C = G = C T G = T G A T T T = C 3 ? ? ? ? ? ? ? = C A C A G T = C G ? ? ? C G G = C = C = G = G = G = C = C G G = = A = = = = T A = = = G T A I C G = A = T = 0 E111 A G A T A C A C T = C T = G = = A = = = T = A A = A A C A = C = = T C T C A = C A G A A C = T 4 A C G T C = T = T G T G A C ? G A C = C T A A = A = T = C = A = A = A = A A T = = G = = = = C G = = = = G G = T A = G = ? = C T G C G G G G C = T C = C = = G = = = A = G G = G C G C = G = = G T C T G = T G A T T T = C 3 G A A G G = C = C A C A G T ? C G G = T C G G = C = C = G = G = G = C = C G G = = A = = = = T A = = = = T A = C G = A = ? = 0 E112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E113 = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = 0 E114 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = ? 0 E115 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = 0 E116 = = = = ? = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = 0 E117 = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = C = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = G = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = D = = = = = = = 0 E118 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = 0 E119 ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = T = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = C = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = 0 E121 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = C G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = T A = = = A = 0 E123 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = 1.00 ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 0.53 0.53 = 0.53 0.53 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = 1.00 ? = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 ? 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 ? = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.55 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = 0.91 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = END PHASEPROBS