************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 csf3r.phase.inp csf3r.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST csf3r.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates csf3r.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual csf3r.phase.out_recom : estimates of recombination parameters csf3r.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 67 Positions of loci: 94 462 848 1964 2010 2013 2997 3309 3917 4188 4248 4342 4593 5120 5439 5600 5603 5840 5847 5985 6246 6417 6679 6760 6837 6914 6959 7133 7166 7668 7686 7834 8150 8362 8668 9091 9172 9182 9287 9328 9694 9843 10062 11148 11201 11238 11300 11633 12201 12288 12406 12488 12510 12837 12843 12963 13240 13301 13874 14183 14774 15097 15573 16585 16806 17399 18529 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file csf3r.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGCCGACTTGCAAGGTDCGGGACTGCGAGTTACCCATTGATGGCGTAGGA 1.000000 2 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGCCGACTTGCAAGGTDCGGGACTGCGAGTTACCCATTGATAGCGTGAGG 1.000000 3 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGCCGACTTGCAAGGTDCGGGAGTGCGAGTTACCCATCGATGGCGTGGGG 1.000000 4 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGCCGACTTGCAAGGTDCGGCAGTGCGAGTTACCAATCGGTGGCGTGGGG 1.000000 5 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGCCGACTTGCACGGTDCGGGAGTGCGAGTTACCCATCGATGGCGTGAGG 1.000000 6 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGCCGACTTGCACGGTDCGGGAGTGCGAGTTACCCATCGATGGCGTGGGG 1.000000 7 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGCCGACTTGCACGGTDCGGGAGTGCGAGTTACCAATCGGTGGCGTGAGG 1.000000 8 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGCCGTCCCGTCATGTDCAAGACCACGGGCCGTTCGTCGATGGCGTGAGG 3.000000 9 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGGCAACTTGCAAGGTDCGGGAGTGCGAGTTACCCATCGATGGTGTGAGG 1.000000 10 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGGCAACTTGCACGGCDCGGGAGTGCGAGTTACCAATCGGTGGCGTGAGG 1.000000 11 GCGGCCCTTGCCIGTTTGGGCAACTTGCACGGCDCGGGAGTGCGAGTTACCAATCGGTGGCGTAAGG 2.000000 12 GCGGCCCTTGCCIGTTTGACTGACTTGCACGGTDCGGGACTGCGATTTACCCACCGATGGTGTGAGG 1.000000 13 GCGGCCCTTGCCIGTGGGGGCGATTTGCAAGGTDCGGGACTGCGAGTTACCCATTGATGGCGTGAGG 18.000000 14 GCGGCCCTTGCCIGTGGGGGCGATTTGCAAGGTDCGGGACTGCGATTTACCCACCGACGGTGTGAGG 1.000000 15 GCGGCCCTTGCCIGTGGGGGCGATTTGCAAGGTDCGGGGCTGCGAGTTACCCATTGATGGCGTGAGG 1.000000 16 GCGGCCCTTGCCIGTGGGGGCGATTTGCACGGTICGGGACTGCGATTTACCCACCGACGGTGTGAGG 2.000000 17 GCGGCCCTTGCCIGTGGAGGCGATTTGCAAGGTDCGGGACTGCGAGTTACCCATTGATGGCGTGGGA 4.000000 18 GCGGCCCTTGCTIGTTTGGCCGACTTGCAAGGTICGGGAGTGCGAGTTACCCGTCGATGGCGCGAGG 1.000000 19 GCGGCCCTTGTTIGTTTGACTGACTTGCACGGTICGGGACTGCGATTTACCCACCGATGGTGCGAGG 2.000000 20 GCGGCCCTTGTTDGTTTGACTGACTTGCAAGGTDCGGGACTGCGAGTTACCCATTGATGGCGTGAGG 1.000000 21 GCGGCCCTTGTTDGTTTGACTGACTTGCAAGGTICGGGAGTGCGAGTTACCCGTCGATGGCGCGAGG 1.000000 22 GCGGCCCTTGTTDGTTTGACTGACTTGCACGGTICGGGACTGCGATTTACCCACCGATGGTGTGAGG 1.000000 23 GCGGCCCTTGTTDGTTTGACTGACTTGCACGGTICGGGACTGCGATTTACCCACCGACGGTGTGAGG 17.000000 24 GCGGCCCTTGTTDGTTTGACTGACTTGCACGGTICGGGAGTGCGAGTTACCCGTCGATGGCGCGAGG 1.000000 25 GCGGCCCTTGTTDGTTTGACTGACTTGCACGGCDCGGCAGTGCGAGTTACCCGTCGATGGCGCGAGG 1.000000 26 GCGGCCCCTGCCIATTTGGCCGACTTGCACGGTDCGGGAGTGCGAGTTACCAATCGGTGGCGTGAGG 1.000000 27 GCGGCCCCTGCCIATTTGGCCGACTTGCACGGTICGGGGCTGGCAGTTACCCGTCAATAACCCGGAG 2.000000 28 GCGGCCGTCGCCIGTTTGGGCGACTTACAAGATDAGGGGCTGGCAGTTACCCGTCAATAACCCGAGG 1.000000 29 GCGGCCGTCGCCIGTTTGGGCGACTTACAAGATDAGGGGCTGGCAGTTACCCGTCAATAACCCGGAG 2.000000 30 GCGGCTGTCGCCIGTTTGGGCGACTTACAAGATDAGGGGCTGGCAGTTACCCGTCAATAACCCGGAG 1.000000 31 GCGGTCCTTGCCIGTTTGGCCGACTTGCACGGTDCGGGAGTGCGAGTTACCCATCGATGGCGTGAGG 1.000000 32 GCGGTCCTTGCCIGTTTGGCCGTCCCGTCATGTDCGGGACTGCGATTTACCCACCGATGGTGTGAGG 2.000000 33 GTGGCCCTTGCCIGCTTGGCCGACTTGCACGGCDCGGGACTGCGAGTTACCCGTCGATGGCGCGAGG 2.000000 34 GTGGCCCTTGCCIGCTTGGCCGACTTGCACGGCDCGGCACTGCGATTTACCCACCGACGGTGTGAGG 1.000000 35 GTGGCCCTTGCCIGCTTGGCCGACTTGCACGGCDCGGCAGTGCGAGTTACCCATTGATGGCGTGAGG 1.000000 36 GTGGCCCTTGCCIGCTTGGCCGACTTGCACGGCDCGGCAGTGCGAGTTACCCGTCGATGGCGCGAGG 5.000000 37 ACGGCTCTTACCIGTTTGGGCGACTTGCACGGTDCGGGGCTGCGAGTTACCCATTGATGGCGTGAGG 1.000000 38 ACGACTCTTACCIGTTTGGGCGACTTGCACGGTDCGGGGCTGCGAGTTACCCATTGATGGCGTGAGG 1.000000 39 ACGACTCTTACCIGTTGGGGCGACTTGCACGGTDCGGGGCTGGCAGTTACCCGTCAATAACCCGGAG 1.000000 40 ACAACTCTTACCIGTTTGGGCGACTTGCACGGTDCGGGGCTGCGAGTTACCCATTGATGGCGTGAGG 1.000000 41 ACAACTCTTACCIGTTTGGGCGACTTGCACGGTDCGGGGCTGGCAGTTACCCGTCAATAACCCGGAG 5.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (9,32) D002: (8,41) D003: (12,29) D004: (18,41) D005: (29,38) D006: (4,6) D007: (8,23) D008: (3,26) D009: (31,32) D010: (22,39) D011: (19,23) D012: (17,19) D013: (30,41) D014: (5,16) D015: (1,11) D016: (23,37) D033: (8,13) D034: (27,41) D035: (13,17) D036: (24,28) D037: (7,13) D038: (2,11) D039: (15,41) D040: (27,40) E001: (20,23) E002: (23,33) E003: (13,23) E004: (13,36) E005: (13,23) E006: (13,14) E007: (23,23) E008: (13,13) E009: (23,36) E010: (10,21) E011: (13,17) E012: (23,23) E013: (13,25) E014: (16,36) E015: (23,33) E016: (13,13) E017: (13,23) E018: (13,13) E019: (35,36) E020: (13,23) E021: (23,34) E022: (17,36) E023: (13,23) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G G C A A C T T G C A A G G T D C G G G A [G] T G C G A G T T A C C C A T C G A T G G T G T G A G G G C G G T C C T T G C C I G T T T G G C C G [T] C C C G T C A T G T D C G G G A C T G C G A T [T] T A C C C A C C G A T G G T G T G A G G 0 D002 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G C C G T C C C G T C A T G T D C A A G A C C A C G G G C C G T T C G T C G A T G G C G T G A G G A C A A C T C T T A C C I G T T T G G G C G A C T T G C A C G G T D C G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G 0 D003 G C G G C C C T T G C C I G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T D C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A T G G T G T G A G G G C G G C C G T C G C C I G T T T G G G C G A C T T A C A A G A T D A G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G 0 D004 G C G G C C C T T G C (T) I G T T T G G C C G A C T T G C A A G G T I C G G G A G T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G A C A A C T C T T A C (C) I G T T T G G G C G A C T T G C A C G G T D C G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G 0 D005 G C G G C C G T C G C C I G T T T G G G C G A C T T A C A A G A T D A G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G A C G A C T C T T A C C I G T T T G G G C G A C T T G C A C G G T D C G G G G C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G 0 D006 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G C C G A C T T G C A (A) G G T D C G G (C) A G T G C G A G T T A C C A A T C G [G] T G G C G T G G G G G C G G C C C T T G C C I G T T T G G C C G A C T T G C A (C) G G T D C G G (G) A G T G C G A G T T A C C C A T C G A T G G C G T G G G G 0 D007 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G C C G T C C C G T C A T G T D C A A G A C C A C G G G C C G T T C G T C G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 D008 G C G G C C C (T) T G C C I (G) T T T G G C C G A C T T G C A (A) G G T D C G G G A G T G C G A G T T A C C (C) A T C G (A) T G G C G T G (G) G G G C G G C C C (C) T G C C I (A) T T T G G C C G A C T T G C A (C) G G T D C G G G A G T G C G A G T T A C C (A) A T C G (G) T G G C G T G (A) G G 0 D009 G C G G T C C T T G C C I G T T T G G C C G A C T T G C A C G G T D C G G G A G T G C G A G T T A C C C A T C G A T G G C G T G A G G G C G G T C C T T G C C I G T T T G G C C G [T] C C C G T C A T G T D C G G G A C T G C G A T [T] T A C C C A C C G A T G G T G T G A G G 0 D010 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A T G G T G [T] G A G G A C G A C T C T T A C C I G T T G G G G C G A C T T G C A C G G T D C G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G 0 D011 G C G G C C C T T G T T I G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A T G G T G C G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 D012 G C G G C C C T T G C C I G T G G A G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G G G A G C G G C C C T T G T T I G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A T G G T G C G A G G 0 D013 G C G G C T G T C G C C I G T T T G G G C G A C T T A C A A G A T D A G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G A C A A C T C T T A C C I G T T T G G G C G A C T T G C A C G G T D C G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G 0 D014 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G C C G A C T T G C A C G G T D C G G G A G T G C G A G T T A C C C A T C G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 D015 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G C C G A C T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T A [G] G A G C G G C C C T T G C C I G T T T G G G C A A C T T G C A C G G C D C G G G A G T G C G A G T T A C C A A T C G G T G G C G T A A G G 0 D016 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G A C G G C T C T T A C C I G T T T G G G C G A C T T G C A C G G T D C G G G G C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G 0 D033 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G C C G T C C C G T C A T G T D C A A G A C C A C G G G C C G T T C G T C G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G 0 D034 G C G G C C C C T G C C I A T T T G G C C G A C T T G C A C G G T I C G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G A C A A C T C T T A C C I G T T T G G G C G A C T T G C A C G G T D C G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G 0 D035 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T G G A G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G G G A 0 D036 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A G T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G G C G G C C G T C G C C I G T T T G G G C G A C T T A C A A G A T D A G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G A G G 0 D037 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G C C [G] A C T T G C A C G G T D C G G G A G T G C G A G T T A C C A A T C G [G] T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G 0 D038 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G C C G A C T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T (A) G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T T T G G G C A A C T T G C A C G G C D C G G G A G T G C G A G T T A C C A A T C G G T (G) G C G T A A G G 0 D039 (G) C (G) (G) C (C) C T T (G) C C I G T (G) (G) G G G C G A (T) T T G C A (A) G G T D C G G G G C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G (A) C (A) (A) C (T) C T T (A) C C I G T (T) (T) G G G C G A (C) T T G C A (C) G G T D C G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G 0 D040 G C G G C C C C T G C C I A T T T G G C C G A C T T G C A C G G T I C G G G G C T G G C A G T T A C C C G T C A A T A A C C C G G A G A C A A C T C T T A C C I G T T T G G G C G A C T T G C A C G G T D C G G G G C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G 0 E001 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 E002 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G G T G G C C C T T G C C I G C T T G G C C G A C T T G C A C G G C D C G G G A C T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G 0 E003 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 E004 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G T G G C C C T T G C C I G C T T G G C C G A C T T G C A C G G C D C G G C A G T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G 0 E005 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 E006 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 E007 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 E008 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G 0 E009 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G G T G G C C C T T G C C I G C T T G G C C G A C T T G C A C G G C D C G G C A G T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G 0 E010 G C G G C C C T T G C C I G T T T G G G C A A C T T G C A (C) G G C D C G G G A G T G C G A G T T A C C A A T C G G T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A (A) G G T I C G G G A G T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G 0 E011 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T G G A G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G G G A 0 E012 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 E013 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G C D C G G C A G T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G 0 E014 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G G T G G C C C T T G C C I G C T T G G C C G A C T T G C A C G G C D C G G C A G T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G 0 E015 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G G T G G C C C T T G C C I G C T T G G C C G A C T T G C A C G G C D C G G G A C T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G 0 E016 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G 0 E017 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 E018 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G 0 E019 G T G G C C C T T G C C I G C T T G G C C G A C T T G C A C G G C D C G G C A G T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G T G G C C C T T G C C I G C T T G G C C G A C T T G C A C G G C D C G G C A G T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G 0 E020 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 E021 G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G G T G G C C C T T G C C I G C T T G G C C G A C T T G C A C G G C D C G G C A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G 0 E022 G C G G C C C T T G C C I G T G G A G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G G G A G T G G C C C T T G C C I G C T T G G C C G A C T T G C A C G G C D C G G C A G T G C G A G T T A C C C G T C G A T G G C G C G A G G 0 E023 G C G G C C C T T G C C I G T G G G G G C G A T T T G C A A G G T D C G G G A C T G C G A G T T A C C C A T T G A T G G C G T G A G G G C G G C C C T T G T T D G T T T G A C T G A C T T G C A C G G T I C G G G A C T G C G A T T T A C C C A C C G A C G G T G T G A G G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = C = = = = ? ? ? ? = = = = = = G = A ? ? ? ? ? C A = G = ? ? = = = ? ? ? = ? ? = = G ? = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? ? ? ? = = = = = = C = G ? ? ? ? ? T C = T = ? ? = = = ? ? ? = ? ? = = T ? = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = 0 D002 G ? G G = C = = = G = = = = = = = = = C = = T = C C = T C A T = = = = A A = ? = C A C G G = C C G T T = = = = G = = G G = G T = A G = A ? A A = T = = = A = = = = = = = = = G = = A = T T = C A C G = = = = G G = ? = T G G C A = T T A C C = = = = A = = A A = C C = G A = 0 D003 = = = = = = C = T = = = = = = = = = A C T = = = = = G = = C = G = = C = = = A = = = C G = T = = = = = = A C = G = = G G T G T = A G = = = = = = = G = C = = = = = = = = = G G C = = = = = A = = A = A = = A = = = G = = = G C = G = = = = = = G T = A = = A A C C C = G A = 0 D004 G = ? G = C = = ? G = (T) = = ? = = = = C = = = = = = = = = A = = = I = = = = A G = = C G = = = = = = = = = = = G = = G G = G = = A G = A = ? A = T = = ? A = (C) = = ? = = = = G = = = = = = = = = C = = = D = = = = G C = = G C = = = = = = = = = = = A = = A A = C = = G A = 0 D005 G = = G = C G = C G = = = = = = = = = = = = = = = = A = = A = A = = A = = = = = = = G C = = = = = = = = G = C A = = A A = C C = G A = A = = A = T C = T A = = = = = = = = = = = = = = = = G = = C = G = = C = = = = = = = C G = = = = = = = = A = T G = = G G = G T = A G = 0 D006 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = = = = = = 0 D007 = = = = = = = = = = C C I = = = = = G = C = T = C C = T C A T = = D = A A = = = C A = = G G C C G T T = G T = = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T T D = = = = = A = T = A = T T = C A C G = = I = G G = = = T G = = A T T T A C C = A C = = = C = = T = = = = = = 0 D008 = = = = = = = (T) ? = = = = (G) ? = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = (C) = = = = (A) = = = = = = = (G) = = = = = = = = = (C) ? = = = = (A) ? = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = (A) = = = = (G) = = = = = = = (A) = = 0 D009 = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = T T = C A C G = = = = = = = = G = = = ? ? ? ? = = = = = = T = = ? ? = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = C C = T C A T = = = = = = = = C = = = ? ? ? ? = = = = = = C = = ? ? = = T = = = = = = 0 D010 G ? = G = C = = = G T T D = = = T ? ? ? T = = = = = = = = = = = = I = = = = A = = = C G = T = = = = = = A C = G = = ? G T G ? = A G = A ? = A = T = = = A C C I = = = G ? ? ? C = = = = = = = = = = = = D = = = = G = = = G C = G = = = = = = G T = A = = ? A C C ? = G A = 0 D011 = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = = 0 D012 = = = = = = = = = = C C = = = G G A G G C = = T = = = = = A = = = D = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T T = = = = = C = T = G ? A = = = = = = = = = = T T = = = T T G A C T = = C = = = = = C = = = I = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C C = = = = = T = C = A ? G 0 D013 G = G G = = G = C G = = = = = = = ? ? ? = = = = = = A = = A = A = = A = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = A A = = C = T A = = = = = = = ? ? ? = = = = = = G = = C = G = = C = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D014 = = = = = = = = = = = = = = = T T = = C = = = C = = = = = = = = = D = = = = = G = = = = = G = = = = = = = T = = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = G = = = T = = = = = = = = = I = = = = = C = = = = = T = = = = = = = C = = = C = = T = = = = = = 0 D015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = G = = = = = = = A = = T = = = = = = C = = = = = = = = = = = C = = T = A = = = = = = = ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = = = = = C = = C = = = = = = G = = = = = = = = = = = A = = C = G = = = = = = = ? = G 0 D016 G = = = = C = = = G T T D = = = = = A C T = = = = = = = = = = = = I = = = = A = = = = = = T = = = = = = = C C = = C = = T = = = = = = A = = = = T = = = A C C I = = = = = G G C = = = = = = = = = = = = D = = = = G = = = = = = G = = = = = = = T T = = T = = C = = = = = = 0 D033 = = = = = = = = = = = = = = = T T = = C = = T C C C = T C = T = = = = A A = ? ? C A ? = G = C C G T T = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = G = = A T T T = C A = G = = = = G G = ? ? T G ? = A = T T A C C = A = T = = = = = = = = = = = = 0 D034 G = G G = C = C = G = = = A = = = = = C = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = A A = T = T = A = = = G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D035 = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A 0 D036 = = = = = = C = T = T T D = = = = = A C T = = = = = G = = C = G = I C = = = A G = = C G = = = = = = = = = = = G = = G G = G = = = = = = = = = = = G = C = C C I = = = = = G G C = = = = = A = = A = A = D A = = = G C = = G C = = = = = = = = = = = A = = A A = C = = = = = 0 D037 ? ? = = = = = = = = = = = ? = T T ? ? ? ? ? = C = = = = = C = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = A = = C = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = G G ? ? ? ? ? = T = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = C = = T = ? ? = = = = = = = = = 0 D038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = G = = = = = = = A = = T = = = = = = C = = = = = = = = = = = C = = T = A = (A) = = = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = = = = = C = = C = = = = = = G = = = = = = = = = = = A = = C = G = (G) = = = = A ? = = 0 D039 (G) = (G) (G) = (C) = = = (G) = = = = = (G) (G) = = = = = = (T) = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = C G = = = = = = = = A = T G = = G G = G T = A G = (A) = (A) (A) = (T) = = = (A) = = = = = (T) (T) = = = = = = (C) = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = G = C A = = A A = C C = G A = 0 D040 G = G G = C = C = G = = = A = = = = = C = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = G C = = = = = = = = G = C A = = A A = C C = G A = A = A A = T = T = A = = = G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = C G = = = = = = = = A = T G = = G G = G T = A G = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = D = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T T = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = I = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C C = = C = = T = = = = = = 0 E002 = C = = = = = = = = T T D = T = = = A = T = = = = = = = = = = = T I = = = = = = = = = = = T = = = = = = A C = = = C = = T = T = = = = = T = = = = = = = = C C I = C = = = G = C = = = = = = = = = = = C D = = = = = = = = = = = G = = = = = = G T = = = T = = C = C = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = C C I = = G G = G G C = = T = = = = = A = = = D = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T T = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T T D = = T T = A C T = = C = = = = = C = = = I = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C C = = C = = T = = = = = = 0 E004 = C = = = = = = = = = = ? = T G G = = G = = = T = = = = = A = = T = = = = G = C = = = = = = = = = = = = A = T = = = = = = = T = = = = = T = = = = = = = = = = ? = C T T = = C = = = C = = = = = C = = C = = = = C = G = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = C = = = = 0 E005 = = = = = = = = = = C C I = = G G = G G C = = T = = = = = A = = = ? = = = = ? ? = = ? = = G = = = = = = = T T = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T T D = = T T = A C T = = C = = = = = C = = = ? = = = = ? ? = = ? = = T = = = = = = = C C = = C = = T = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T T = = T = = C = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C C = = C = = T = = = ? = = 0 E007 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E009 = C = = = = = = = = T T D = T = = = A = T = = = = = = = = = = = T I = = = G = C = = = = = T = = = = = = A C = = = C = = T = T = = = = = T = = = = = = = = C C I = C = = = G = C = = = = = = = = = = = C D = = = C = G = = = = = G = = = = = = G T = = = T = = C = C = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = C C I = = = = = G G C A = = = = = = = (C) = = C D = = = = = = = = = = = = = = = = = A A = = = G = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = T T D = = = = = A C T G = = = = = = = (A) = = T I = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = A = = = = = C = = = = 0 E011 = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A = G = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = G = A 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 E013 = = = = = = = = = = C C I = = G G = G G C = = T = = = = = A = = T = = = = G = C = = = = = = = = = = = = A = T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = T T D = = T T = A C T = = C = = = = = C = = C = = = = C = G = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = C = = = = 0 E014 = C = = = = = = = = = = = = T G G = = G = = = T = = = = = = = = T I = = = G = C = = = = = T = = = = = = A C = = = C = = T = T = = = = = T = = = = = = = = = = = = C T T = = C = = = C = = = = = = = = C D = = = C = G = = = = = G = = = = = = G T = = = T = = C = C = = = = 0 E015 = C = = = = = = = = T T D = T = = = A = T = = = = = = = = = = = T I = = = = = = = = = = = T = = = = = = A C = = = C = = T = T = = = = = T = = = = = = = = C C I = C = = = G = C = = = = = = = = = = = C D = = = = = = = = = = = G = = = = = = G T = = = T = = C = C = = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = = = = = = C C I = = G G = G G C = = T = = = = = A = = = D = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T T = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T T D = = T T = A C T = = C = = = = = C = = = I = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C C = = C = = T = = = = = = 0 E018 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = C = = = = 0 E020 = = = = = = = = = = C C I = = G G = G G C = = T = = = = = A = = = D = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T T = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T T D = = T T = A C T = = C = = = = = C = = = I = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C C = = C = = T = = = = = = 0 E021 = C = = = = = = = = T T D = T = = = A = T = = = = = = = = = = = T I = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C C I = C = = = G = C = = = = = = = = = = = C D = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = C ? = = = = = = = = = = = T G G A = G = = = T = = = = = A = = T = = = = G = C = = = = = = = = = = = = A = T = = = = = = = T = G = A = T ? = = = = = = = = = = = C T T G = C = = = C = = = = = C = = C = = = = C = G = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = C = A = G 0 E023 = = = = = = = = = = C C I = = G G = G G C = = T = = = = = A = = = D = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T T = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T T D = = T T = A C T = = C = = = = = C = = = I = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C C = = C = = T = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = 1.00 = = = = ? ? ? ? = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? = = = ? ? ? = ? ? = = 1.00 ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = 0.53 = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 0.99 = = 0.99 = 0.99 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.55 = = = = = = = 0.83 = = = = = = = = = = = = = 0.93 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 0.72 ? = = = = 0.72 ? = = = = = = = = = = = = = = 0.63 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 0.88 = = = = 0.88 = = = = = = = 0.80 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? = = = = = = 1.00 = = ? ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? = 1.00 0.99 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 0.94 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 0.52 = = = = 1.00 ? = = 0.76 = 0.76 0.76 = 0.76 = = = 0.76 = = = = = 0.76 0.76 = = = = = = 0.76 = = = = = 0.76 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.99 = = = 0.99 = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = 0.99 0.99 = = 0.99 = = 0.99 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.99 = = = ? = = = = ? ? = = ? = = 0.99 = = = = = = = 0.99 0.99 = = 0.99 = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 0.98 = = = = = 0.98 = = = = = = 0.98 0.98 = = = 0.98 = = 0.98 = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 0.80 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.96 = = 0.96 = = = = 0.96 = 0.96 = = = = = = = = = = = = 0.96 = 0.96 = = = = = = = 0.96 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.99 = = = 0.99 = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = 0.99 0.99 = = 0.99 = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.99 = = = 0.99 = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = 0.99 0.99 = = 0.99 = = 0.99 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.99 = = = 0.99 = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = 0.99 0.99 = = 0.99 = = 0.99 = = = = = = END PHASEPROBS