Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000094 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 000275 A 0.04 0.02 0.03 G 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 000462 T 0.00 0.20 0.10 C 1.00 0.80 0.90 0.00 0.33 0.19 000666 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000694 C 0.04 0.02 0.03 T 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 000848 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 001358 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001964 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 001978 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002010 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002013 T 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 002088 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002705 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002890 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002997 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 003037 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003172 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003309 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003512 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003917 C 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 004106 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 004188 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.33 0.00 0.18 004220 T 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 004248 T 0.16 0.39 0.27 C 0.84 0.61 0.73 0.27 0.47 0.40 004342 T 0.18 0.39 0.28 C 0.82 0.61 0.72 0.30 0.47 0.41 004593 - 0.11 0.40 0.26 + 0.89 0.60 0.74 0.20 0.48 0.38 005119 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005120 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 005439 C 0.00 0.20 0.10 T 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.18 005600 G 0.15 0.41 0.28 T 0.85 0.59 0.72 0.25 0.48 0.40 005603 G 0.17 0.41 0.29 T 0.83 0.59 0.71 0.28 0.48 0.41 005840 A 0.05 0.04 0.05 G 0.95 0.96 0.95 0.10 0.08 0.09 005847 A 0.17 0.37 0.28 G 0.82 0.63 0.72 0.29 0.47 0.40 005985 G 0.47 0.43 0.45 C 0.53 0.57 0.55 0.50 0.49 0.50 006246 T 0.18 0.37 0.28 C 0.82 0.63 0.72 0.30 0.47 0.40 006417 A 0.07 0.02 0.04 G 0.93 0.98 0.96 0.13 0.04 0.08 006593 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006679 T 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 006760 T 0.15 0.41 0.28 C 0.85 0.59 0.72 0.26 0.48 0.41 006761 A 0.04 0.02 0.03 G 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 006837 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 006914 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 006959 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 007019 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007133 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007166 C 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007668 A 0.44 0.43 0.44 C 0.56 0.57 0.56 0.49 0.49 0.49 007686 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007834 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 007916 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007971 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008150 C 0.04 0.24 0.14 T 0.96 0.76 0.86 0.08 0.36 0.24 008238 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008362 + 0.24 0.34 0.29 - 0.76 0.66 0.71 0.36 0.45 0.41 008369 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008668 A 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 008671 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008985 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009091 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009172 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009182 C 0.02 0.17 0.10 G 0.98 0.83 0.90 0.04 0.29 0.18 009287 G 0.33 0.00 0.16 A 0.68 1.00 0.84 0.44 0.00 0.27 009328 G 0.26 0.21 0.24 C 0.74 0.79 0.76 0.39 0.34 0.36 009694 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009843 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009959 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009999 C 0.05 0.02 0.03 A 0.95 0.98 0.97 0.09 0.04 0.07 010062 G 0.24 0.00 0.12 C 0.76 1.00 0.88 0.36 0.00 0.21 010159 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 010225 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010286 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010343 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011045 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011081 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011148 C 0.27 0.00 0.13 G 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 011201 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 011238 T 0.20 0.37 0.29 G 0.80 0.63 0.71 0.33 0.47 0.41 011293 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011300 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 011530 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011633 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011667 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012024 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012201 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012267 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012288 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012406 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012488 A 0.10 0.02 0.06 C 0.90 0.98 0.94 0.19 0.04 0.12 012510 G 0.35 0.20 0.28 A 0.65 0.80 0.72 0.46 0.31 0.40 012796 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012837 C 0.21 0.37 0.29 T 0.79 0.63 0.71 0.33 0.47 0.41 012843 T 0.23 0.41 0.32 C 0.77 0.59 0.68 0.35 0.48 0.43 012963 A 0.25 0.00 0.13 G 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.22 013240 G 0.07 0.02 0.05 A 0.93 0.98 0.95 0.13 0.04 0.09 013301 C 0.09 0.37 0.23 T 0.91 0.63 0.77 0.17 0.47 0.36 013874 A 0.26 0.00 0.14 G 0.74 1.00 0.86 0.39 0.00 0.24 014001 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014183 A 0.25 0.00 0.13 G 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.22 014494 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014585 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 014774 T 0.23 0.37 0.30 C 0.77 0.63 0.70 0.35 0.47 0.42 014926 A 0.04 0.04 0.04 G 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 015097 C 0.25 0.00 0.13 G 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.22 015235 G 0.04 0.02 0.03 A 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 015569 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015573 C 0.33 0.20 0.27 T 0.67 0.80 0.73 0.44 0.33 0.39 015778 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015790 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016187 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016362 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016409 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016585 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016806 G 0.36 0.05 0.20 A 0.64 0.95 0.80 0.46 0.09 0.33 017399 A 0.24 0.00 0.12 G 0.76 1.00 0.88 0.36 0.00 0.21 017444 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 017972 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018529 A 0.06 0.04 0.05 G 0.94 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004593: c 008238: aca 008362: A