Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 001194 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 001203 A 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 G 0.98 0.98 0.98 1.00 0.98 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 001233 A 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.96 1.00 1.00 0.99 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 001277 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 005561 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 006335 - 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 + 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 006400 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 007941 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 007949 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 008344 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 008360 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 008438 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 008749 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009361 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 009430 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009504 T 0.21 0.02 0.07 0.07 0.09 C 0.79 0.98 0.93 0.93 0.91 0.33 0.04 0.13 0.13 0.17 009876 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 010710 A 0.35 0.96 0.52 0.17 0.50 G 0.65 0.04 0.48 0.83 0.50 0.46 0.08 0.50 0.28 0.50 017006 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 017008 A 0.20 0.02 0.07 0.07 0.09 G 0.80 0.98 0.93 0.93 0.91 0.31 0.04 0.13 0.12 0.16 017022 T 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 C 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 017023 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 017099 - 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: deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006335: t 017099: a 017341: T 032997: gaa