Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000251 AA 13 23 36 AT 7 0 7 TT 1 0 1 0.002 0.000 0.786 000957 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 001029 AA 20 23 43 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 001225 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001475 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 001501 AA 12 23 35 AG 10 0 10 GG 2 0 2 0.002 0.000 1.214 001555 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001738 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 21 23 44 0.107 0.000 0.051 001783 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 001866 AA 0 1 1 AG 3 2 5 GG 21 20 41 0.107 4.707 2.448 001888 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001927 AA 2 0 2 AC 10 0 10 CC 11 18 29 0.017 0.000 0.788 002359 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 14 37 0.000 0.018 0.007 002999 CC 1 0 1 CT 9 0 9 TT 14 22 36 0.091 0.000 0.230 003029 -- 14 22 36 +- 9 0 9 ++ 1 0 1 0.091 0.000 0.230 003097 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003434 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 19 22 41 0.324 0.000 0.152 003479 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 003743 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 003912 AA 22 4 26 AG 2 14 16 GG 0 5 5 0.045 1.110 1.048 003975 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004211 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004319 AA 0 0 0 AG 10 0 10 GG 14 23 37 1.662 0.000 0.666 004324 AA 5 20 25 AC 14 2 16 CC 5 1 6 0.667 4.707 1.629 004346 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 004759 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 005190 CC 24 20 44 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 005323 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 005428 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 005744 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 006165 AA 22 21 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006174 CC 21 19 40 CT 2 1 3 TT 0 1 1 0.048 8.629 5.825 006292 AA 5 1 6 AG 13 1 14 GG 5 19 24 0.391 8.629 2.445 006393 CC 21 21 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.024 007206 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 007966 CC 21 3 24 CT 3 14 17 TT 0 5 5 0.107 1.766 0.545 008542 CC 21 22 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 008882 AA 21 23 44 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.107 0.000 0.051 009320 CC 0 0 0 CT 10 0 10 TT 14 23 37 1.662 0.000 0.666 009363 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 009700 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 009783 AA 22 20 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 010226 AA 0 5 5 AG 3 13 16 GG 20 3 23 0.112 1.307 0.705 010465 GG 20 18 38 GT 3 2 5 TT 0 1 1 0.112 4.203 2.207 010643 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 010657 AA 0 0 0 AG 10 0 10 GG 14 22 36 1.662 0.000 0.684 010672 GG 0 0 0 GT 10 0 10 TT 14 22 36 1.662 0.000 0.684 010791 GG 22 22 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 010808 -- 4 19 23 +- 13 2 15 ++ 7 1 8 0.243 4.455 3.359 010886 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 010921 CC 20 21 41 CT 2 0 2 TT 2 0 2 9.197 0.000 18.597 011068 AA 23 21 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011244 -- 0 1 1 +- 3 2 5 ++ 21 18 39 0.107 4.203 2.288 011314 CC 23 21 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011459 AA 17 21 38 AG 6 0 6 GG 1 0 1 0.240 0.000 1.407 011898 AA 23 18 41 AG 0 2 2 GG 0 1 1 0.000 4.203 9.977 011962 AA 23 17 40 AG 0 4 4 GG 0 0 0 0.000 0.233 0.100 012127 AA 13 21 34 AG 9 0 9 GG 1 0 1 0.130 0.000 0.186 012184 CC 18 21 39 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.342 0.000 0.160 012538 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012694 GG 1 0 1 GT 8 0 8 TT 15 23 38 0.003 0.000 0.516 013009 CC 14 23 37 CT 10 0 10 TT 0 0 0 1.662 0.000 0.666 013179 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 013497 AA 11 7 18 AG 8 13 21 GG 3 2 5 0.577 1.333 0.092 014018 AA 0 1 1 AG 3 2 5 GG 21 20 41 0.107 4.707 2.448 014635 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 014883 CC 21 3 24 CG 3 14 17 GG 0 5 5 0.107 1.766 0.545 014972 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 015239 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 015498 AA 0 0 0 AC 5 0 5 CC 19 22 41 0.324 0.000 0.152 015762 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015958 CC 1 0 1 CT 9 0 9 TT 14 23 37 0.091 0.000 0.253 015994 CC 14 23 37 CT 10 0 10 TT 0 0 0 1.662 0.000 0.666 016008 CC 21 20 41 CT 3 2 5 TT 0 1 1 0.107 4.707 2.448 016979 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 21 21 42 0.048 0.000 0.024 019006 AA 4 2 6 AG 10 14 24 GG 10 7 17 0.296 1.775 0.304 019096 AA 20 22 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.095 019912 AA 22 22 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.023 019992 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 020381 -- 0 0 0 +- 10 0 10 ++ 14 22 36 1.662 0.000 0.684 020387 CC 9 7 16 CT 13 14 27 TT 2 2 4 0.813 1.775 2.466 020454 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020563 CC 14 23 37 CT 9 0 9 TT 1 0 1 0.091 0.000 0.253 021350 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 22 41 0.324 0.000 0.152 021573 CC 20 19 39 CT 3 2 5 TT 0 1 1 0.112 4.455 2.288 021711 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 021734 GG 13 23 36 GT 10 0 10 TT 0 0 0 1.775 0.000 0.684 022391 AA 23 21 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022395 CC 21 21 42 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.054 022427 AA 19 21 40 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.156 022981 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 20 43 0.000 0.012 0.006 022985 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 23 20 43 0.000 0.012 0.006 023010 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 21 21 42 0.048 0.000 0.024 023146 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023147 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 023463 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 023758 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 023889 -- 22 23 45 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.045 0.000 0.022 023975 CC 22 4 26 CT 2 14 16 TT 0 5 5 0.045 1.110 1.048 023992 CC 14 22 36 CT 10 0 10 TT 0 0 0 1.662 0.000 0.684 024173 CC 12 7 19 CG 10 13 23 GG 2 1 3 0.002 2.545 1.303 024561 AA 0 1 1 AG 2 2 4 GG 22 19 41 0.045 4.455 3.784 024616 -- 1 0 1 +- 8 0 8 ++ 13 22 35 0.027 0.000 0.418 024895 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 22 41 0.209 0.000 0.097 025424 AA 21 22 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 025434 AA 1 0 1 AT 8 0 8 TT 13 22 35 0.027 0.000 0.418 025720 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 21 43 0.045 0.000 0.023 025785 CC 21 22 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 025827 CC 7 1 8 CT 13 2 15 TT 4 19 23 0.243 4.455 3.359 026227 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 026632 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 026849 GG 23 22 45 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 026904 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 027073 CC 22 18 40 CT 1 5 6 TT 0 0 0 0.011 0.342 0.224 027591 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 027667 AA 0 1 1 AG 3 2 5 GG 21 19 40 0.107 4.455 2.368 027707 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 027840 GG 24 21 45 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 028086 AA 9 7 16 AC 9 14 23 CC 4 1 5 0.414 3.094 0.583 028134 AA 14 22 36 AG 7 0 7 GG 1 0 1 0.011 0.000 0.786 028699 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 19 22 41 0.118 0.000 0.055 028715 AA 12 21 33 AG 10 0 10 GG 0 0 0 1.903 0.000 0.744 028856 AA 1 0 1 AT 7 0 7 TT 14 21 35 0.011 0.000 0.741 029161 CC 20 21 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.097 029173 AA 14 21 35 AG 9 0 9 GG 1 0 1 0.091 0.000 0.207 029995 * 030214 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 030419 AA 11 7 18 AG 11 14 25 GG 2 2 4 0.107 1.775 1.317 031243 CC 20 18 38 CT 3 1 4 TT 0 1 1 0.112 8.183 3.452 031749 AA 22 23 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 032152 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 032345 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 032527 AA 24 21 45 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.012 0.006 032588 CC 0 1 1 CT 3 2 5 TT 21 19 40 0.107 4.455 2.368 032615 AA 0 1 1 AG 0 2 2 GG 24 19 43 0.000 4.455 10.478 032770 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 22 45 0.011 0.000 0.006 032818 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 032897 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 033153 AA 14 23 37 AG 9 0 9 GG 1 0 1 0.091 0.000 0.253 033252 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 033460 AA 21 22 43 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.052 033708 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 21 44 0.000 0.012 0.006 033722 -- 0 0 0 +- 0 2 2 ++ 23 20 43 0.000 0.050 0.023 034363 CC 0 0 0 CT 10 0 10 TT 13 23 36 1.775 0.000 0.684 034389 AA 0 1 1 AG 3 2 5 GG 20 20 40 0.112 4.707 2.368 034399 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 035486 * 035773 CC 4 18 22 CT 11 2 13 TT 7 1 8 0.008 4.203 4.504 035827 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 21 22 43 0.107 0.000 0.052 036137 AA 0 0 0 AG 10 0 10 GG 14 23 37 1.662 0.000 0.666 036184 AA 21 23 44 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 036383 AA 5 1 6 AT 14 2 16 TT 5 18 23 0.667 4.203 1.308 037038 AA 0 1 1 AG 3 2 5 GG 20 20 40 0.112 4.707 2.368 037050 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 22 42 0.050 0.000 0.024 037680 GG 0 5 5 GT 2 14 16 TT 19 3 22 0.053 1.766 0.598 038718 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 038983 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 039399 AA 21 20 41 AG 2 2 4 GG 0 1 1 0.048 4.707 3.784 039987 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 041000 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 041277 CC 5 20 25 CT 12 2 14 TT 5 1 6 0.182 4.707 2.653 041954 AA 14 23 37 AC 7 0 7 CC 1 0 1 0.011 0.000 0.830 042399 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 042698 -- 0 0 0 +- 0 2 2 ++ 23 21 44 0.000 0.048 0.023 043648 AA 6 1 7 AG 11 1 12 GG 4 19 23 0.069 8.629 4.617 044940 AA 1 0 1 AG 7 0 7 GG 12 22 34 0.000 0.000 0.698 044953 CC 0 1 1 CT 2 1 3 TT 18 20 38 0.055 9.075 5.505 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001225: AG 001738: A 003029: tcc 004211: t 010808: t 011244: c 016979: ct 020381: A 023758: t 023889: a 024616: t 026632: t 026904: ttg 032770: a 033722: ctca 035827: cttt 042698: tattt Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 029995 AA 17 23 40 029995 AG 2 0 2 029995 AT 5 0 5 029995 GG 0 0 0 029995 GT 0 0 0 029995 TT 0 0 0 035486 AA 19 20 39 035486 AC 1 0 1 035486 AG 3 1 4 035486 CC 0 0 0 035486 CG 0 0 0 035486 GG 0 2 2