Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000251 T 0.21 0.00 0.10 A 0.79 1.00 0.90 0.34 0.00 0.18 000957 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001029 T 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001225 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001475 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001501 G 0.29 0.00 0.15 A 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 001555 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001738 - 0.06 0.00 0.03 + 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001783 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001866 A 0.06 0.09 0.07 G 0.94 0.91 0.93 0.12 0.16 0.14 001888 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001927 A 0.30 0.00 0.17 C 0.70 1.00 0.83 0.42 0.00 0.28 002359 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 002999 C 0.23 0.00 0.12 T 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 003029 + 0.23 0.00 0.12 - 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 003097 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003434 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 003479 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003743 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003912 G 0.04 0.52 0.28 A 0.96 0.48 0.72 0.08 0.50 0.40 003975 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004211 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004319 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 004324 C 0.50 0.09 0.30 A 0.50 0.91 0.70 0.50 0.16 0.42 004346 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004759 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005190 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 005323 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005428 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005744 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006165 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006174 T 0.04 0.07 0.06 C 0.96 0.93 0.94 0.08 0.13 0.11 006292 A 0.50 0.07 0.30 G 0.50 0.93 0.70 0.50 0.13 0.42 006393 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007206 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007966 T 0.06 0.55 0.29 C 0.94 0.45 0.71 0.12 0.50 0.41 008542 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008882 C 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009320 C 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 009363 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009700 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009783 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010226 A 0.07 0.55 0.30 G 0.93 0.45 0.70 0.12 0.50 0.42 010465 T 0.07 0.10 0.08 G 0.93 0.90 0.92 0.12 0.17 0.15 010643 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010657 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 010672 G 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 010791 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010808 + 0.56 0.09 0.34 - 0.44 0.91 0.66 0.49 0.17 0.45 010886 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010921 T 0.12 0.00 0.07 C 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 011068 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011244 - 0.06 0.10 0.08 + 0.94 0.90 0.92 0.12 0.17 0.14 011314 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011459 G 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 011898 G 0.00 0.10 0.05 A 1.00 0.90 0.95 0.00 0.17 0.09 011962 G 0.00 0.10 0.05 A 1.00 0.90 0.95 0.00 0.17 0.09 012127 G 0.24 0.00 0.12 A 0.76 1.00 0.88 0.36 0.00 0.22 012184 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 012538 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012694 G 0.21 0.00 0.11 T 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 013009 T 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 013179 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 013497 G 0.32 0.39 0.35 A 0.68 0.61 0.65 0.43 0.47 0.46 014018 A 0.06 0.09 0.07 G 0.94 0.91 0.93 0.12 0.16 0.14 014635 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014883 G 0.06 0.55 0.29 C 0.94 0.45 0.71 0.12 0.50 0.41 014972 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015239 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015498 A 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 015762 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015958 C 0.23 0.00 0.12 T 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 015994 T 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 016008 T 0.06 0.09 0.07 C 0.94 0.91 0.93 0.12 0.16 0.14 016979 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019006 A 0.38 0.39 0.38 G 0.62 0.61 0.62 0.47 0.48 0.47 019096 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 019912 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019992 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020381 - 0.21 0.00 0.11 + 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 020387 T 0.35 0.39 0.37 C 0.65 0.61 0.63 0.46 0.48 0.47 020454 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020563 T 0.23 0.00 0.12 C 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 021350 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021573 T 0.07 0.09 0.08 C 0.93 0.91 0.92 0.12 0.17 0.14 021711 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021734 T 0.22 0.00 0.11 G 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 022391 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022395 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 022427 G 0.10 0.00 0.06 A 0.90 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 022981 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 022985 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 023010 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023146 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023147 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023463 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 023758 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023889 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023975 T 0.04 0.52 0.28 C 0.96 0.48 0.72 0.08 0.50 0.40 023992 T 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 024173 G 0.29 0.36 0.32 C 0.71 0.64 0.68 0.41 0.46 0.44 024561 A 0.04 0.09 0.07 G 0.96 0.91 0.93 0.08 0.17 0.12 024616 - 0.23 0.00 0.11 + 0.77 1.00 0.89 0.35 0.00 0.20 024895 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 025424 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025434 A 0.23 0.00 0.11 T 0.77 1.00 0.89 0.35 0.00 0.20 025720 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025785 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025827 C 0.56 0.09 0.34 T 0.44 0.91 0.66 0.49 0.17 0.45 026227 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026632 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026849 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026904 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027073 T 0.02 0.11 0.07 C 0.98 0.89 0.93 0.04 0.19 0.12 027591 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 027667 A 0.06 0.09 0.08 G 0.94 0.91 0.92 0.12 0.17 0.14 027707 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027840 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028086 C 0.39 0.36 0.38 A 0.61 0.64 0.62 0.47 0.46 0.47 028134 G 0.20 0.00 0.10 A 0.80 1.00 0.90 0.33 0.00 0.18 028699 G 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 028715 G 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 028856 A 0.20 0.00 0.10 T 0.80 1.00 0.90 0.33 0.00 0.19 029161 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 029173 G 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 029995 * 030214 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 030419 G 0.31 0.39 0.35 A 0.69 0.61 0.65 0.43 0.48 0.46 031243 T 0.07 0.07 0.07 C 0.93 0.93 0.93 0.12 0.14 0.13 031749 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032152 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 032345 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032527 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032588 C 0.06 0.09 0.08 T 0.94 0.91 0.92 0.12 0.17 0.14 032615 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 032770 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032818 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032897 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033153 G 0.23 0.00 0.12 A 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 033252 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033460 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 033708 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 033722 - 0.00 0.05 0.02 + 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 034363 C 0.22 0.00 0.11 T 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 034389 A 0.07 0.09 0.08 G 0.93 0.91 0.92 0.12 0.16 0.14 034399 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 035486 * 035773 T 0.57 0.10 0.34 C 0.43 0.90 0.66 0.49 0.17 0.45 035827 - 0.06 0.00 0.03 + 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 036137 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 036184 T 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 036383 A 0.50 0.10 0.31 T 0.50 0.90 0.69 0.50 0.17 0.43 037038 A 0.07 0.09 0.08 G 0.93 0.91 0.92 0.12 0.16 0.14 037050 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 037680 G 0.05 0.55 0.30 T 0.95 0.45 0.70 0.09 0.50 0.42 038718 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038983 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 039399 G 0.04 0.09 0.07 A 0.96 0.91 0.93 0.08 0.16 0.12 039987 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 041000 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 041277 T 0.50 0.09 0.29 C 0.50 0.91 0.71 0.50 0.16 0.41 041954 C 0.20 0.00 0.10 A 0.80 1.00 0.90 0.33 0.00 0.18 042399 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042698 - 0.00 0.04 0.02 + 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 043648 A 0.55 0.07 0.31 G 0.45 0.93 0.69 0.50 0.13 0.43 044940 A 0.23 0.00 0.11 G 0.78 1.00 0.89 0.35 0.00 0.19 044953 C 0.05 0.07 0.06 T 0.95 0.93 0.94 0.10 0.13 0.11 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001225: AG 001738: A 003029: tcc 004211: t 010808: t 011244: c 016979: ct 020381: A 023758: t 023889: a 024616: t 026632: t 026904: ttg 032770: a 033722: ctca 035827: cttt 042698: tattt Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 029995 G 0.04 0.00 0.02 T 0.10 0.00 0.05 A 0.85 1.00 0.93 035486 C 0.02 0.00 0.01 G 0.07 0.11 0.09 A 0.91 0.89 0.90