************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 cd9at.phase.inp cd9at.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST cd9at.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates cd9at.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual cd9at.phase.out_recom : estimates of recombination parameters cd9at.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 103 Positions of loci: 644 887 914 943 950 3524 3596 4679 5027 5625 5723 5775 5812 5829 6048 6295 6409 6607 7543 9372 9678 9836 11674 11687 12000 12111 12204 12753 12759 14229 14868 15184 15568 15667 17328 17338 17395 18055 18281 18531 19375 19616 19804 20356 20687 20699 21615 22162 22967 23854 23856 23888 23948 24121 24565 24677 25131 25205 25254 25277 25572 26238 28166 28274 28351 29408 29547 29621 29761 29798 30242 30341 31004 31033 31250 31260 31499 32226 32233 32758 33682 33869 34611 35291 35493 36544 36549 37195 37450 37513 37569 38154 38442 38757 38848 38850 39257 40239 40265 40309 40517 40971 41230 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file cd9at.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TCGCCCATGCGAAATGCTCCTCGDCCGCACACCTCCATGGGTACTCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 2 TCGCCCATGCGAAATGCTCCTCGDCCGCACATCTCCATCGATATCCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGTIAGGTGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 3 TCGCCCATGCGAAATGCTCCTCGDCCGCACATCTCCATCGATATCCGTGCATCICGIAGACCGAACGGAACACCDGGTATIGGGCAGCGACCCTTTGDG 2 ATG 11.000000 4 TCGCCCATGCGAAATGCTCCTCGDCCGCACATCTCCATCGATATCCGTGCATCICGIAGACCGAACGGAACACCDGGTGTIGGGCAGCGACCCTTTGDG 2 ATG 7.000000 5 TCGCCCATGCGAAATGCTCCTCGDCCGCACATCTCCATCGATATCCGTGCATCICGIGGGCCGAACGGAACATCDGGCGTIGGGTAGCGACCCCTTGIG 2 GCG 1.000000 6 TCGCCCATGCGAAATGCTCCTCGDCCGCACATCTCCATGGATATCCGTGCATCICGIAGACCGAACGGAACACCDGGTATIGGGCAGCGACCCTTTGDG 2 ATG 3.000000 7 TCGCCCATGCGAAATGCTCCTCGDCCGCACATCTCCATGGATATCCGTGCATCICGIAGACCGAATGGAACACCDGGTGTIGGGCAGCGACCCTTTGDG 2 ATG 3.000000 8 TCGCCCATGCGAAATGCTCCTCGDCCGCACATCTCCATGGGTACTCGTGTTTCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 3.000000 9 TCGCCCATGCGAAATGTCCTTCGICCATAGACCTCCATGGGTACTCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGGCGGAAATCCCCTGIG 2 GCG 1.000000 10 TCGCCCATGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACCTCCATGGATATCCGTGCATCICGIGGACCGAACGGAACACCDGGTGTIGGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 11 TCGCCCATGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACCTCCATGTATATCCGTGCATCICGIGGACCGAACGGAACGCCDGGTGTIGGGCGGCGACCCTTTGDG 2 ATG 1.000000 12 TCGCCCATGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACCTCCGTGGGTACCCGTGCATCDCGIGGACCGAACGGAACATCDGGCGTIGGGCGACAACCCCCCGIG 2 GCG 1.000000 13 TCGCCCATGCGGAACGTCCCCTGDCTGTTCGCCTCCATGGGTACCCGTGTATCDGGIGGGCTGAGCCGGCCGTGDCACGTDAGGCGGCAGCCCTCTCDG 4 ACG 2.000000 14 TCGCCCATGCGGCATGTCCCCCGDCCGCACACCTCCATGGGTACTCGTGCACCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGGTGGCAACCCTCCCDG 4 ACG 1.000000 15 TCGCCCATACGGAGTGTCCCCCGDCCGCACACCACCATGGGTACCCGTGCATCDGGIGGGCTGAGCCGGCTGTGDCACGTIAAGTGGCAACCCCCTCDG 4 ACG 1.000000 16 TCGCCCATACGGAGTGTCCTTCGICCATAGACCTCTATGGGTACTCATGCATGICGIGGACCGAACGGAACGCCDGGCGTIGGGCAGCGACCCTTTGDG 2 ATG 1.000000 17 TCGCCCATATGGAGTGTCCTTCGICCATAGACCTCCATGGGTACTCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 18 TCGCCCCTGCGGAACGTCCCCCADGCGCACACATCCATGGGTACCCGTGCATCICGDGAATCGAACGGAACGTCDGGCGTIAGGTGGCAACCCCCTGIG 2 GCA 1.000000 19 TCGCCCCTGCGGAACGTCCTTCGICCATAGACCTCCATGGGTACTCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATCCCCTGIG 2 GCG 1.000000 20 TCGCCCCTACGGAACGTCCCCTGDCTGTTCGCCTCCATGGGTACCCGTACATCICGIGGATCAGACGGAACGTCDGGCGTIGGGCGACAACCCCCCGIG 2 GCG 1.000000 21 TCGCCTATACGGAACGTCCCCTGDCTGTTCGCCTCCATGGGTACTCGTACATCICGIGGATCAGACGGAACGTCDGGCGTIGGGCGACAACCCCCCGIG 2 GCG 1.000000 22 TCGCCTATACGGAGTGTCCTTCGICCACAGACCTCCATGGGTGCTCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 2.000000 23 TCGCCTATACGGAGTGTCCTTCGICCATAGACCTCCATGGGTACTCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 24 TCGCCTATACGGAGTGTCCTTCGICCATAGACCTCTATGGGTACTCATGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCIGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 3.000000 25 TCGCCTATATGGAGTGTCCTTCGICCATAGACCTCCATGGGTACTCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 16.000000 26 TCGCCTATATGGAGTGTCCTTCGICCATAGACCTCCATGTGTACTCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 27 TCGCACATGCGAAATGCTCCTCGDCCGCACATCTCCATCGATATCCGTGCATCICGIAGACCGAACGGAACACCDGGTATIGGGCGACAGTCTCCTGIG 2 GCG 1.000000 28 TCGCACATGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACCTCCGTGGGTACCCGTGCATCDCGIGGACCGAACGGAACATCDGGCGTIGGGCGACAACCCCCCGIG 2 GCG 1.000000 29 TTGCCCACGCGGAATATCCCCCADGCGCACACATCCATGGGTACCCGTGCATCICGDGAATCGAACGGAACGTCDGGCGTIAGGTGGCAACCCCCTGIG 2 GCA 1.000000 30 TTGCCCACGCGGAATATCCCCCGDCCGCACACCACCGCCGGCACCCGCGCATCDGGIGGGCTGAGCCGGCCGTGDCACGTDAGGCGGAAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 31 TTGCCCACGCGGAATATCCCCCGDCCGCACACCATCGCCGGCACCCGCGCATCDGGIGGGCTGAGCCGGCCGTGDCACGTDAGGCGGCAACCCTCTCDG 4 ACG 1.000000 32 TTGCCCACGCGGAATATCACCCGDCCGCACACCACCGCCGGCACCCGCGCATCDGGIGGACTGAGCCGGCCGTGDCACGTDAGGCGGAAATACCCTGIA 2 GCG 1.000000 33 TTGCCCACGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACCACCGCCGATATCCGTGCATCICGIGGACCGAACGGAACACCDGGTGTIGGGCGGCGACCCTTTGDG 2 ATG 2.000000 34 TTGCCCACGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACCACCGCCGATATCCGTGCATCICGIGGACCGAACGGAACGCCDGGTGTIGGGCGGCGACCCTTTGDG 2 ATG 1.000000 35 TTGCCCACGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACCACCGCCGGTACTCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 36 TTGCCCACGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACCACCGCCGGCACCTGCGCATCDGGIGGGCTGAGCCGGCTGTGDCACGTIAAGTGGCAACCCCCTCDG 4 ACG 1.000000 37 TTGCCCACGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACATCCGCCGGCACCTGCGCATCDCGIGGACCGAACGGAACATCDGGCGTIAGGCGGCAACCCTCTCDG 4 ACG 1.000000 38 TTGCCCACGCTGAATATCCCCCADGCGCACACCTCCATGGGCACCCGCGCATCDGGIGGGCTGAGCCGGCCGTGDCACGTIAAGTGGCAACCCTCTCDG 4 ACG 1.000000 39 TTGCCCACGCTGAATATCCCCCADGCGCACACATCCATGGGTACCCGTGCATCICGDGAATCGAACGGAACGTCDGGCGTIAGGTGGCAACCCCCTGIG 2 GCA 2.000000 40 TTGCCCCCGCGGAATATCCCCCGDCCGCACACCATCGCCGGCACCCGCACATCICGIGGATCAGACGGAACGTCDGGCGTIGGGCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 41 TTGCCCCCGCGGAATGTCCCCCGDCCGCACACCATCGCCGGTACCCGCACATCICGIGGATCAGACGGAACGTCDGGCGTIGGGCGGCAATACCCTGIG 3 GCG 1.000000 42 TTGCCTATACGGAGCATTCCCCGDCCGCACACCACCGCCGGCACCTGCGCATCDGGIGGGCTGAGCCGGCTGTGDCACGTIAAGTGGCAACCCTCTCDG 4 ACG 1.000000 43 TTGCCTATACGGAGCATTCCTCGDCCGCACATCTCCATCGATATCCGTGCATCICGIGGACCGAACGGAACACCDGGTGTIAAGTGGCAACCCTCTCDG 4 ACG 1.000000 44 TTGCCTATACGGAGCATTCCTCGDCCGCACATCTCCATCGATATCCGTGCATCICGIGGACCGAACGGAACACCDGGTGTIGGGCAGCGACCCTTTGDG 2 ATG 1.000000 45 TTGGCCACGCTGAATATCCCCCADGCGCACACCTCCATGGGTACTCATGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCIGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 46 TTGGCCACGCTGAATATCCCCCGICCATAGACCTCCATGGGTACTCGTGCATGICCIGGGCCGAACGTAACGTCIGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 47 CCCCCCATGCGGCATATTACCCADGCGCACACCTCCATGGGTACTCGTGCACCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 48 CCCCCCATGCGGCATATTACCCADGCGCACACATCCATGGGTACTCGTGCACCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 49 CCCCCCATGCGGCATATTACCCGDGCGCACACATCCATGGGTACCCGTGCATCICCIGGGCCGAACGTAACGTCDGGCGCIAGTCGGCAATACCCTGIG 2 GCG 1.000000 50 CCCCCCATGCGGCATATTACCCGDGCGCACACATCCATGGGTACCCGTGCATCICGDGAATCGAACGGAACGTCDGGCGTIAGGTGGCAACCCCCTGIA 2 GCG 1.000000 51 CCCCCCATGCGGCATATTACCCGDGCGCACACATCCATGGGTACCCGTGCATCICGDGAATCGAACGGAACGTCDGGCGTIAGGTGGCAACCTCCTGIA 2 GCG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (3,45) D002: (9,16) D003: (13,41) D004: (39,43) D005: (15,37) D006: (25,36) D007: (11,27) D008: (14,20) D009: (18,26) D010: (10,25) D011: (44,46) D012: (47,48) D013: (24,25) D014: (25,38) D015: (25,49) D016: (19,21) D033: (4,42) D034: (29,32) D035: (39,51) D036: (24,30) D037: (12,50) D038: (24,31) D039: (13,40) D040: (28,33) E001: (4,35) E002: (3,25) E003: (3,17) E004: (3,3) E005: (7,25) E006: (3,25) E007: (1,4) E008: (4,25) E009: (3,8) E010: (25,25) E011: (3,5) E012: (6,7) E013: (6,22) E014: (8,25) E015: (4,25) E016: (4,23) E017: (4,25) E018: (3,6) E019: (7,34) E020: (3,25) E021: (3,8) E022: (22,33) E023: (2,25) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T C G (C) C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T T G (G) C C A C G C T G A A T A T C C C C C A D G C G C A C A C [C] T C [C] A T G G G T A C T C A T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C I G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 D002 T C G C C C A T G [C] G [A] A [A] T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G G C G G A A A T C C C C T G I G 2 G C G T C G C C C A T A C G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C T A T G G G T A C T C A T G C A T G I C G I G G A C C G A A C G G A A C G C C D G G C G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G 0 D003 T C G C C C A T G C G G A A C G T C C C C T G D C T G T T C G C C T C C A T G G G T A C C C G T G [T] A T C D G G I G G G C T G A G C C G G C C G T G D C A C G T D A G G C G G C A G C C C T C T C D G 4 A C G T T G C C C C C G C G G A A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C A T C G C C G G T A C C C G C A C A T C I C G I G G A T C A G A C G G A A C G T C D G G C G T I G G G C G G C A A T A C C C T G I G 3 G C G 0 D004 T T G C C C A C G C T G A A T A T C C C C C A D G C G C A C A C A T C C A T G G G T A C C C G T G C A T C I C G D G A A T C G A A C G G A A C G T C D G G C G T I A G G T G G C A A C C C C C T G I G 2 G C A T T G C C T A T A C G G A G C A T T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I G G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I A A G T G G C A A C C C T C T C D G 4 A C G 0 D005 T C G C C C A [T] [A] C G G A (G) T G T C C C C C G D C C G C A C A C C A C C A T G G G T A C C C G T G C A T C D G G I G G G C T G A G C C G G C T G T G D C A C G T I A A G T G G C A A C C C C C T C D G 4 A C G T T G C C C A C G C G G A (A) T G T C C C C C G D C C G C A C A C A T C C G C C G G C A C C T G C G C A T C [D] C G I G G [A] C C G A A C G G A A C A T C D G G C G T I A G G C G G C A A C C C T C T C D G 4 A C G 0 D006 T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T T G C C C A C G C G G A A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C A C C G C C G G C A C C [T] G C G C A T C D G G I G G [G] C T G A G C C G G C T G T G D C A C G T I A A G T G G C A A C C C C C T C D G 4 A C G 0 D007 T C G C C C A T G C G G A A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C T C C A T G T A T A T C C G T G C A T C I C G I G G A C C G A A C G G A A C G C C D G G T G T I G G G C [G] G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C A C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C [G] A C A G T C T C C T G I G 2 G C G 0 D008 T C G C C C A T G C G G C A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A C C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G G T G G C A A C C C T C C C D G 4 A C G T C G C C C C T [A] C G G A A C G T C C C C T G D C T G T T C G C C T C C A T G G G T [A] C [C] C G T A C A T C I C G I G G A T C A G A C G G A A C G T C D G G C G T I G G G C G A C A A C C C C C C G I G 2 G C G 0 D009 T C G C C C C T G C G G A A C G T C C C C C A D G C G C A C A C A T C C A T G (G) G T A C C C G T G C A T C I C G D G A A T C G A A C G G A A C G T C D G G C G T I A G G T G G C A A C C C C C T G I G 2 G C A T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G (T) G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 D010 T C G C C (C) A T (G) (C) G G A (A) T G T C C (C) (C) C G (D) C C (G) (C) A (C) A C C T C C A T G G A T A T C C G T G C A T C I C G I G G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T C G C C (T) A T (A) (T) G G A (G) T G T C C (T) (T) C G (I) C C (A) (T) A (G) A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 D011 T T G (C) C T A T A C G G A G C A T T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I G G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T T G (G) C C A C G C T G A A T A T C C C C C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T G I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C I G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 D012 C C C C C C A T G C G G C A T A T T A C C C A D G C G C A C A C [C] T C C A T G G G T A C T C G T G C A C C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G C C C C C C A T G C G G C A T A T T A C C C A D G C G C A C A C [A] T C C A T G G G T A C T C G T G C A C C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 D013 T C G C C T A T A C G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C T A T G G G T A C T C A T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C I G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 D014 T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T T G C C C A C G C T G A A T A T C C C C C A D G C G C A C A C C T C C A T [G] G G C A C C C G C G C A T C D G G I G G G C T G A G C C G G C C G T G D C A C G T I A A G T G G C A A C C C T C T C D G 4 A C G 0 D015 T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G C C C C C C A T G C G G C A T A T T A C C C G D G C G C A C A C A T C C A T G G G T A C C C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 D016 T C G C C (C) (C) T G C G G A A C G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T C C C C T G I G 2 G C G T C G C C (T) (A) T A C G G A A C G T C C C C T G D C T G T T C G C C T C C A T G G G T [A] C [T] C G T A C A T C I C G I G G A T C A G A C G G A A C G T C D G G C G T I G G G C G A C A A C C C C C C G I G 2 G C G 0 D033 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T T G C C T A T A C G G A G C A T [T] C C C C G D C C G C A C A C C A C C G C C G G C A C C T G C G C A T C D G G I G G G C T G A G C C G G C T G T G D C A C G T I A A G T G G C A A C C C T C T C D G 4 A C G 0 D034 T T G C C C A C G C G G A A T A T C C C C C A D G C G C A C A C A T C C A T G G G T A C C C G T G C A T C I C G D G A A T C G A A C G G A A C G T C D G G C G T I A G G T G G C A A C C C C C T G I G 2 G C A T T G C C C A C G C G G A A T A T C A C C C G D C C G C A C A C C A C C G C C G G C A C C C G C G C A T C D G G I G G A C T G A G C C G G C C G T G D C A C G T [D] A G G C G G A A A T A C C C T G I A 2 G C G 0 D035 T T G C C C A C G C T G A A T A T C C C C C A D G C G C A C A C A T C C A T G G G T A C C C G T G C A T C I C G D G A A T C G A A C G G A A C G T C D G G C G T I A G G T G G C A A C C C C C T G I G 2 G C A C C C C C C A T G C G G C A T A T T A C C C G D G C G C A C A C A T C C A T G G G T A C C C G T G C A T C I C G D G A A T C G A A C G G A A C G T C D G G C G T I A G G T G G C A A C C T C C T G I A 2 G C G 0 D036 T C G C C T A T A C G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C T A T G G G T A C T C A T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C I G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T T G C C C A C G C G G A A T A T C C C C C G D C C G C A C A C C A C C G C C G G C A C C C G C G C A T C D G G I G G G C T G A G C C G G C C G T G D C A C G T [D] A G G C G G A A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 D037 T C G C C C A T G C G G A A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C T C C G T G G G T A C C C G T G C A T C [D] C G I G G A C C G A A C G G A A C A T C D G G C G T I G G G C G A C A A C C C C C C G I G 2 G C G C C C C C C A T G C G G C A T A T T A C C C G D G C G C A C A C A T C C A T G G G T A C C C G T G C A T C I C G D G A A T C G A A C G G A A C G T C D G G C G T I A G G T G G C A A C C C C C T G I A 2 G C G 0 D038 T C G C C T A T A C G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C T A T G G G T A C T C A T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C I G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T T G C C C A C G C G G A A T A T C C C C C G D C C G C A C A C C A T C G C C G G C A C C C G C G C A T C D G G I G G G C T G A G C C G G C C G T G D C A C G T D A G G C G G C A A C C C T C T C D G 4 A C G 0 D039 T C G C C C A T G C G G A A C G T C C C C T G D C T G T T C G C C T C C A T G G G T A C C C G T G [T] A T C D G G I G G G C T G A G C C G G C C G T G D C A C G T D A G G C G G C A G C C C T C T C D G 4 A C G T T G C C C C C G C G G A A T A T C C C C C G D C C G C A C A C C A T C G C C G G C A C C C G C A C A T C I C G I G G A T C A G A C G G A A C G T C D G G C G T I G G G C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 D040 T C G C A C A T G C G G A A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C T C C G T G G G T A C C C G T G C A T C [D] C G I G G A C C G A A C G G A A C A T C D G G C G T I G G G C G A C A A C C C C C C G I G 2 G C G T T G C C C A C G C G G A A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C A C C G C C G A T A T C C G T G C A T C I C G I G G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G G C G G C G A C C C T T T G D G 2 A T G 0 E001 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T T G C C C A C G C G G A A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C A C C G C C G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E002 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E003 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T [C] G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C C A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E004 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T [C] G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G 0 E005 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T G G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A T G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E006 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E007 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G 0 E008 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E009 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T G G G T A C T C G T G T T T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E010 T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E011 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I G G G C C G A A C G G A A C A T C D G G C G T I G G G T [A] G C G A C C C C T T G I G 2 G C G 0 E012 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T G G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T G G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A T G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G 0 E013 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T G G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C T A T A C G G A G T G T C C T T C G I C C A C A G A C C T C C A T G G G T G C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E014 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T G G G T A C T C G T G T T T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E015 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E016 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C T A T A C G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E017 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E018 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T G G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T A T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G 0 E019 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T G G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A T G G A A C (A) C C D G G T G T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T T G C C C A C G C G G A A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C A C C G C C G A T A T C C G T G C A T C I C G I G G A C C G A A C G G A A C (G) C C D G G T G T I G G G C G G C G A C C C T T T G D G 2 A T G 0 E020 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T [A] T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E021 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C G I A G A C C G A A C G G A A C A C C D G G T [A] T I G G G C A G C G A C C C T T T G D G 2 A T G T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T G G G T A C T C G T G T T T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G 0 E022 T C G C C T A T A C G G A G T G T C C T T C G I C C A C A G A C C T C C A T G G G T G C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G C I A G T C G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T T G C C C A C G C G G A A T G T C C C C C G D C C G C A C A C C A C C G C C G A T A T C C G T G C A T C I C G I G G A C C G A A C G G A A C [A] C C D G G T G T I G G G C G G C G A C C C T T T G D G 2 A T G 0 E023 T C G C C C A T G C G A A A T G C T C C T C G D C C G C A C A T C T C C A T C G A T A T C C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G (T) I A G (G) (T) G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G T C G C C T A T A T G G A G T G T C C T T C G I C C A T A G A C C T C C A T G G G T A C T C G T G C A T C I C C I G G G C C G A A C G T A A C G T C D G G C G (C) I A G (T) (C) G G C A A T A C C C T G I G 2 G C G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = C = (C) = = = T = = G A = = = G C ? = = T = G = C = = = = = = T ? = ? ? ? = C ? A = = T ? ? G ? = = = = = = = G = A = ? ? = = = = ? = G ? ? = A C = ? ? = T A T = G = G = A = = G = C C = T T = = D = = A T = = T = (G) = = = C = = T G = = = A T ? = = C = A = G = = = = = = C ? = ? ? ? = G ? G = = C ? ? A ? = = = = = = = C = G = ? ? = = = = ? = T ? ? = G T = ? ? = C G C = A = T = G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 D002 = = = = = = = ? G ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = G ? = = = = C = = C = = ? ? = = = = = ? = T ? ? = = T = = = = = = C = A = = = G = A A = T = = C C = = I = = G C = = = = = = = = ? A ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = A ? = = = = G = = G = = ? ? = = = = = ? = G ? ? = = C = = = = = = T = G = = = A = C G = C = = T T = = D = = A T = 0 D003 = C = = = = A T = ? ? ? ? ? C = = = = = = T = = = ? ? T T ? G = = T C = A T G = ? = ? ? ? ? = T G ? ? ? ? D G = = = ? ? C T G A G ? ? = ? ? = = = G = C A = = = D ? = = = = = = = G C C ? T = = C D = 4 A = = = T = = = = C C = ? ? ? ? ? T = = = = = = C = = = ? ? C A ? A = = A T = G C C = ? = ? ? ? ? = C A ? ? ? ? I C = = = ? ? T C A G A ? ? = ? ? = = = C = G G = = = I ? = = = = = = = A T A ? C = = G I = 3 G = = 0 D004 = = = = = C = C G = T = = A T = = ? = = C = A = G = = = = = = C A = = = = = G = G = = C = = = = = = = = = = = = D = ? ? ? = = = = = = = = = = G T = = = = C = = = = G = = = = = = = = = = C = = G I = 2 G = A = = = = = T = T A = G = = G C = = ? = = T = G = C = = = = = = T C = = = = = C = A = = T = = = = = = = = = = = = I = ? ? ? = = = = = = = = = = A C = = = = T = = = = A = = = = = = = = = = T = = C D = 4 A = G 0 D005 = C = = = = = ? ? = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = C A ? ? A T G ? = T = = = C = T = = = = = ? G = = = ? ? ? T = = G ? ? = ? ? T G = G = C A = = = = = ? = T = ? = = = = = ? C ? ? = = = = = = = = T = = = = = ? ? = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T ? ? G C C ? = C = = = T = C = = = = = ? C = = = ? ? ? C = = A ? ? = ? ? C A = C = G G = = = = = ? = C = ? = = = = = ? T ? ? = = = = = = = 0 D006 = C = = = ? = T A T = = = G = = = = = T T = = I = = A T = ? = = = T = = A T G ? = T = ? ? ? = T = ? ? ? ? I C C = = ? ? ? C = = A ? ? T ? ? C = = C = G G = = C = = ? T C = ? = = = T A = = ? ? G I = 2 G = = = T = = = ? = C G C = = = A = = = = = C C = = D = = G C = ? = = = A = = G C C ? = C = ? ? ? = C = ? ? ? ? D G G = = ? ? ? T = = G ? ? G ? ? T = = G = C A = = T = = ? G T = ? = = = C C = = ? ? C D = 4 A = = 0 D007 = = = = C = = ? ? ? ? ? ? = = = T C ? = C = = = = = = = = ? = C = = = = = ? ? T = = ? = = = = = = = = = = = = = = G ? ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = = G = = ? = = = ? G = G A C = C T T = = D = = A T = = = = = A = = ? ? ? ? ? ? = = = C T ? = T = = = = = = = = ? = T = = = = = ? ? G = = ? = = = = = = = = = = = = = = A ? ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = = A = = ? = = = ? A = A G T = T C C = = I = = G C = 0 D008 = = = = = = A ? ? ? = = C = ? ? = = = = = C = = = C = C A = A = = = = = = ? ? ? ? ? ? = ? ? = = G = = C = ? = C = = = G ? = G A = = = T = = = = = = = = = = = C = A = = T ? ? = = = = = = T = = C D = 4 A = = = = = = = = C ? ? ? = = A = ? ? = = = = = T = = = T = T T = G = = = = = = ? ? ? ? ? ? = ? ? = = A = = T = ? = G = = = A ? = A G = = = G = = = = = = = = = = = T = G = = C ? ? = = = = = = C = = G I = 2 G = = 0 D009 = = = = = C C = G C = = = A C = = = = C C = A D G = G C = C = = A = = = = = = (G) = = = = C = = = = = = = = = ? G D = A A T = = = = = = G = = = = = = = = = = = T = = = G T = = = = = C C = = = = = = = = = = A = = = = = T A = A T = = = G T = = = = T T = G I C = A T = G = = C = = = = = = (T) = = = = T = = = = = = = = = ? C I = G G C = = = = = = T = = = = = = = = = = = C = = = T C = = = = = T A = = = = = = = = = = G 0 D010 ? ? ? ? ? (C) = = (G) (C) = = = (A) = = = = = (C) (C) = = (D) = = (G) (C) = (C) = = = = = = = = = = A = = T C = = = = = = = = = = G = = = A = = = = = = = G = = = A C = = = = T = T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? (T) = = (A) (T) = = = (G) = = = = = (T) (T) = = (I) = = (A) (T) = (G) = = = = = = = = = = G = = C T = = = = = = = = = = C = = = G = = = = = = = T = = = G T = = = = C = C = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D011 = = = (C) = T = T A = G = = G C = = ? = = T = = D = = G C = C = T = = = = = = C = A = = T C = = = = = = = C = = G = = = A = = = = = = = G = = = A C = D ? = T = T = G = G = A = = G = C C = T T = = D = = A T = = = = (G) = C = C G = T = = A T = = ? = = C = = I = = A T = G = C = = = = = = G = G = = C T = = = = = = = G = = C = = = G = = = = = = = T = = = G T = I ? = C = C = A = T = G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 D012 ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D013 = = = = = = = ? ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = A ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = I ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = = G ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = D ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D014 = C = = = T = ? A T G = = G = G = ? = T T = G I C = A T = G = = = = = = = = ? = = T = = T = = T = ? ? ? ? I C C = = = = = C = = A = G T A A = = = C = G G = = C = = G T C = = = = = T A = C = = G I = 2 G = = = T = = = C = ? G C T = = A = A = ? = C C = A D G = G C = C = = = = = = = = ? = = C = = C = = C = ? ? ? ? D G G = = = = = T = = G = C G G C = = = G = C A = = T = = A G T = = = = = C C = T = = C D = 4 A = = 0 D015 T = G = = T = ? ? T = = A G = G = ? C T T = = I C = A T = G = = C = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = = C = ? ? C = = C A = A = ? A C C = = D G = G C = C = = A = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D016 ? ? ? ? ? (C) (C) = G = = = = = = = = = = T T C = I = C A = A G A = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = G = = = = = = C = = = G C = G A = = = T = = = = = = = = = = = C ? ? = T = = G = ? ? ? = ? = = T = ? ? ? = = = ? ? ? ? ? (T) (A) = A = = = = = = = = = = C C T = D = T G = T C G = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = A = = = = = = G = = = A T = A G = = = G = = = = = = = = = = = T ? ? = G = = A = ? ? ? = ? = = C = ? ? ? = = = 0 D033 ? ? ? ? ? C = = G = = A = A T G C ? = = T = = = = = = = = = = T = T ? = A T = = A T = T = C = T = ? ? ? ? I C = = A = A = C = = A = G = A A C A C C = G G T = = = G G = C A = = G = = = = = T = G = = 2 = T = ? ? ? ? ? T = = A = = G = G C A T ? = = C = = = = = = = = = = C = A ? = G C = = G C = C = T = C = ? ? ? ? D G = = G = G = T = = G = C = G C T G T G = C A C = = = A A = T G = = A = = = = = C = C = = 4 = C = 0 D034 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = = = A = G = = = = = = = A T = = A T G = = T = = = = = T = ? ? ? ? I C = D = A = T C = = A = G = A A = = = C = G G = = = ? ? = = T = = C = = C C = = = = = = G = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? A = = = G = C = = = = = = = C A = = G C C = = C = = = = = C = ? ? ? ? D G = I = G = C T = = G = C = G C = = = G = C A = = = ? ? = = C = = A = = T A = = = = = = A = = = G 0 D035 T T G = = = = C = = T = A = = = = ? C = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = G = = = A C C C = = = = T = = G = C = = = = ? A = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = A = = = G 0 D036 = C = = = T = T A = = = = G = G = ? = T T = = I ? ? ? T = G = = = T = T A T G = = T = = T = A ? = = = = = ? ? ? = = = = = C = = A = G T A A = = = C I ? G = = C ? ? = T = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = C = C G = = = = A = A = ? = C C = = D ? ? ? C = C = = = A = C G C C = = C = = C = G ? = = = = = ? ? ? = = = = = T = = G = C G G C = = = G D ? A = = T ? ? = G = = = A = = = = = = = = = = = = = = = 0 D037 T = G = = = = = = = = = A = = G = ? C = = = = = C = = = = = = = C ? = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? C = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = = C = A = = = = = = = = C = = G = = = = C = C = = = = = = = = = C = = A = ? A = = = = = G = = = = = = = A ? = = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? T = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = A = = T = G = = = = = = = = T = = A = = = = 0 D038 = C = = = T = T A = = = = G = G = ? = T T = = I = = A T = G = = = T C T A T G = = T = = T = A ? = ? ? ? ? I C C = = = = = C = = A = G T A A = = = C I ? G = = C I = = T = = = = = = T A = C = = G I = 2 G = = = T = = = C = C G = = = = A = A = ? = C C = = D = = G C = C = = = A T C G C C = = C = = C = G ? = ? ? ? ? D G G = = = = = T = = G = C G G C = = = G D ? A = = T D = = G = = = = = = C C = T = = C D = 4 A = = 0 D039 = C = = = = A T = = = = = = C G = ? = = = T = = = T = T T = G = = T C = A T G = = T = = = = = T G ? ? ? ? D G = = = = G C T G A G = C = G C = = = G = C A = = = D A = = = = = = = G C C ? T = = C D = 4 A = = = T = = = = C C = = = = = = T A = ? = = = C = = = C = C A = A = = A T = G C C = = C = = = = = C A ? ? ? ? I C = = = = A T C A G A = G = A A = = = C = G G = = = I G = = = = = = = A T A ? C = = G I = 2 G = = 0 D040 = C = = A = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = T = = = T G = G = = C = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C = = = = ? = = = A = A = = = = C C C = I = = G C = = T = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = A = = = C C = A = = T = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = = ? = = = G = G = = = = T T T = D = = A T = 0 E001 = C = = = = = T = = = A = = = = C T = = T = = = = = = = = = = T = T = = A T = = A = = T C = = = = = = = = = = G = A = A = = = = = = = G = = ? ? C = = = = T = T = G = G = ? ? = G = C C = T T = = D ? = ? ? ? = T = = = = = C = = = G = = = = T C = = C = = = = = = = = = = C = A = = G C = = G = = C T = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = T = = ? ? T = = = = C = C = A = T = ? ? = A = T A = C C = = I ? = ? ? ? 0 E002 = = = = = C = = G C = A = A = = C T = C = = = D = = G C = C = T = = = = = = C = A = = T C = = = = = = = = = = G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = T A T ? ? = ? ? A = = G = C C = T T = = D = = A T = = = = = = T = = A T = G = G = = T C = T = = = I = = A T = G = C = = = = = = G = G = = C T = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = C G C ? ? = ? ? G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 E003 = = = = = = = = G C = A = A = = C T = C = = = D = = G C = C = T = = = = = ? ? = A = = T C = = = = = = = = = = G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = T A T = G = G = A = = G = C C = T T = = D = = A T = = = = = = = = = A T = G = G = = T C = T = = = I = = A T = G = C = = = = = ? ? = G = = C T = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = C G C = A = T = G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = C = = G C = A = A = = C T ? C = = = D ? ? ? C = C = T = = = = = ? ? ? A = ? T C = = = = = = = = ? ? G = A = A = = = = = T = G = = = A C = = = = T = T = G = G = A = = G = C C = T T = = D = = A T = = = = = = T = = A T = G = G = = T C ? T = = = I ? ? ? T = G = C = = = = = ? ? ? G = ? C T = = = = = = = = ? ? C = G = G = = = = = C = T = = = G T = = = = C = C = A = T = G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 E006 = = = = = ? ? = G C = A = A = = C T = C = = = D = = G C = C = T = = = = = = C = A = = T ? ? = = = = = = = = = G = A = A = = = = = = = G = = ? ? C = = = = T A T = G = G = ? = = G = C C = T T = = D = = A T = = = = = = ? ? = A T = G = G = = T C = T = = = I = = A T = G = C = = = = = = G = G = = C ? ? = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = T = = ? ? T = = = = C G C = A = T = ? = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 E007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = ? ? = G = = C T = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = T = = ? ? ? = = = = C = C = A = T = ? ? = A = T A = C C = = I = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? ? = A = = T C = = = = = = = = = = G = A = A = = = = = = = G = = ? ? ? = = = = T = T = G = G = ? ? = G = C C = T T = = D = = A T = 0 E008 = = = = = C = = G C = A = A = = C T = C = = = D = = G C = C = T = = = = = ? ? ? A = ? T C = = = = = = = = = = G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = T = T = G = G = A = = G = C ? ? T T = = D = = A T = = = = = = T = = A T = G = G = = T C = T = = = I = = A T = G = C = = = = = ? ? ? G = ? C T = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = C = C = A = T = G = = A = T ? ? C C = = I = = G C = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A = = T C = = = = C A = = = = G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = T A T = G = G = A = = G = C C = T T = = D = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = G = = C T = = = = T T = = = = C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = C G C = A = T = G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = A = = = = = = = = = = = = C = = = = T A = = = = = C ? ? = = = = = = T = = = D = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = G = = = = = = = = = = = = T = = = = C G = = = = = T ? ? = = = = = = C = = = I = = G C = 0 E012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = = = C = = G = = A = A = = C T = C = = = D = = G = = C = T = = ? = = = = = A = A T C = = = = = = = = ? ? G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = T A T = G = G = A = = G = C C = T T = = D = = A T = = = = = = T = = A = = G = G = = T C = T = = = I = = A = = G = C = = ? = = = = = G = G C T = = = = = = = = ? ? C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = C G C = A = T = G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 E014 = = = = = C = = G C = A = A = = C T = C = = = D = = G C = C = T = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = A T = G = G = = T C = T = = = I = = A T = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = = = = C = ? ? C = A = A = = C T = C = = = D = = G C = ? = T = = = = = = C = A = ? T C = = = = = = = = = = G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = T = T = G = G = A = = G = C C = T T = = D = = A T = = = = = = T = ? ? T = G = G = = T C = T = = = I = = A T = ? = C = = = = = = G = G = ? C T = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = C = C = A = T = G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 E016 = = = = = C = = G = = A = A = = C T = C = = = D = = G C = C = T = = = = = = C = A = = T C = = = = = = = = = = G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = T = T = G = G = A = = G = C C = T T = = D = = A T = = = = = = T = = A = = G = G = = T C = T = = = I = = A T = G = C = = = = = = G = G = = C T = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = C = C = A = T = G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 E017 = = ? ? ? C = = G C = A = A = = C T = C = = = D = = G C = C = T = = = = = = C = ? ? ? T C = = = = = = = = = = G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = T = T = G = G = A = = G = C C = T T = = D = = A T = = = ? ? ? T = = A T = G = G = = T C = T = = = I = = A T = G = C = = = = = = G = ? ? ? C T = = = = = = = = = = C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = C = C = A = T = G = = A = T A = C C = = I = = G C = 0 E018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = C = = = = = T = = = A = = = = C T = = T = = = = = = = = = = T = T ? ? A T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = C = = = G = = = = T C = = C = = = = = = = = = = C = A ? ? G C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = = = = C = = G C = A = A = = C T ? C = = = D = = G C = C = T = = ? = = ? ? = A = ? T C = = = = = = = = ? ? G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = ? ? T = G = G = A = = G = C C = T T = = ? ? ? A T = = = = = = T = = A T = G = G = = T C ? T = = = I = = A T = G = C = = ? = = ? ? = G = ? C T = = = = = = = = ? ? C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = ? ? C = A = T = G = = A = T A = C C = = ? ? ? G C = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = C = A = = T C = = = = C A = = = = G = A = A = = = = = = = G = = = A C = = = = ? ? T = G = ? ? A = = G = C C = T T = = ? ? ? A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = G = G = = C T = = = = T T = = = = C = G = G = = = = = = = T = = = G T = = = = ? ? C = A = ? ? G = = A = T A = C C = = ? ? ? G C = 0 E022 = C = = = T = T A = = = = G = = = = = T T = = I ? ? ? = = G = = = T = = A T G = G = G C T = = = = = = = = = = C = = = G = = = = = ? = T = = ? ? T = = = = C = C = A = T = ? ? = A = T A = C C = = I = = G C = = T = = = C = C G = = = = A = = = = = C C = = D ? ? ? = = C = = = A = = G C C = A = A T C = = = = = = = = = = G = = = A = = = = = ? = G = = ? ? C = = = = T = T = G = G = ? ? = G = C C = T T = = D = = A T = 0 E023 = = = = = C = ? ? C = A = A = = C T = C = = = D = = G C = C = T = = = = = = C = A = = T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = (G) (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = ? ? T = G = G = = T C = T = = = I = = A T = G = C = = = = = = G = G = = C T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = (T) (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 = 0.71 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = ? ? ? = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? ? = = = = ? = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = = = = ? = 1.00 ? ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? = ? ? ? ? = 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = = = = 0.72 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? 1.00 = = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 ? ? = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? = 1.00 = ? = = = = = ? 1.00 ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = ? ? 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 0.98 ? ? ? = = 1.00 = ? ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = ? ? ? ? ? ? = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 0.95 0.96 = 0.96 0.96 = = = 0.96 0.96 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 0.50 = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? 0.83 = = 0.84 0.84 = = = 0.84 = = = = = 0.84 0.84 = = 0.84 = = 0.84 0.84 = 0.84 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.86 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = 1.00 ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? 0.58 0.58 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = ? = = 1.00 = ? ? ? = = = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 0.99 = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 0.92 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = ? ? ? = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? ? 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? ? 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 0.96 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.75 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = = ? ? = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.54 = = = 0.54 0.54 = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS