Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000644 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 17 23 40 0.131 0.000 0.056 000887 CC 7 20 27 CT 10 3 13 TT 3 0 3 0.035 0.112 0.637 000914 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 17 22 39 0.131 0.000 0.058 000922 CC 19 22 41 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 000943 CC 18 22 40 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.055 0.000 0.025 000950 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 18 22 40 0.055 0.000 0.025 003428 CC 20 22 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 003524 CC 12 10 22 CT 10 11 21 TT 1 1 2 0.374 0.889 1.197 003596 AA 19 22 41 AC 5 0 5 CC 0 0 0 0.324 0.000 0.152 004125 CC 20 21 41 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 004265 AA 22 21 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 004679 CC 1 0 1 CT 10 3 13 TT 6 18 24 1.409 0.124 0.242 005027 AA 0 1 1 AG 11 11 22 GG 8 9 17 3.154 1.068 3.832 005625 CC 14 12 26 CT 6 10 16 TT 0 1 1 0.623 0.374 0.663 005723 GG 16 23 39 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.383 0.000 0.160 005775 AA 0 7 7 AG 2 14 16 GG 19 2 21 0.053 1.775 1.602 005812 AA 16 23 39 AC 4 0 4 CC 1 0 1 1.037 0.000 3.563 005829 AA 10 9 19 AG 11 13 24 GG 1 1 2 0.889 1.882 2.684 006048 CC 1 0 1 CT 6 0 6 TT 16 23 39 0.195 0.000 1.467 006295 AA 5 0 5 AG 8 0 8 GG 10 23 33 1.675 0.000 9.210 006409 CC 0 7 7 CT 3 14 17 TT 21 2 23 0.107 1.775 1.553 006607 CC 10 2 12 CT 1 14 15 TT 0 7 7 0.025 1.775 0.327 007543 AA 1 0 1 AC 4 0 4 CC 18 21 39 1.252 0.000 3.563 009355 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 009372 CC 14 9 23 CT 8 13 21 TT 2 1 3 0.296 1.882 0.391 009678 CC 9 0 9 CT 13 3 16 TT 2 20 22 0.813 0.112 3.245 009836 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 010633 CC 21 21 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 010993 AA 23 20 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011674 AA 1 0 1 AG 6 0 6 GG 17 23 40 0.240 0.000 1.527 011687 -- 13 9 22 +- 9 13 22 ++ 2 1 3 0.061 1.882 0.666 012000 CC 14 21 35 CG 7 0 7 GG 2 0 2 0.616 0.000 3.273 012111 CC 19 21 40 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.056 012204 AA 2 1 3 AG 8 11 19 GG 12 9 21 0.153 1.068 0.220 012458 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.011 0.000 0.006 012753 CC 10 11 21 CT 11 11 22 TT 3 1 4 0.000 0.741 0.279 012759 AA 20 23 43 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 013121 CC 20 21 41 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 013183 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 21 42 0.012 0.000 0.006 014229 CC 11 9 20 CG 8 12 20 GG 2 1 3 0.093 1.455 0.452 014682 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 21 43 0.045 0.000 0.023 014868 AA 19 23 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.209 0.000 0.095 015184 CC 19 2 21 CT 5 15 20 TT 0 6 6 0.324 2.738 0.129 015223 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 015536 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 015568 AA 1 0 1 AC 6 0 6 CC 15 23 38 0.153 0.000 1.407 015667 AA 0 0 0 AT 9 3 12 TT 14 20 34 1.361 0.112 1.035 017328 CC 17 19 36 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.131 0.000 0.062 017338 CC 18 21 39 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.058 017395 AA 13 20 33 AG 9 3 12 GG 1 0 1 0.130 0.112 0.006 018055 CC 0 0 0 CT 9 3 12 TT 13 15 28 1.455 0.149 1.246 018281 CC 1 2 3 CG 11 11 22 GG 9 4 13 1.068 1.658 2.263 018531 GG 18 21 39 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 018994 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 21 41 0.012 0.000 0.006 019171 AA 20 22 42 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 019375 AA 1 5 6 AG 6 15 21 GG 14 2 16 0.114 3.337 0.046 019405 CC 20 22 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 019616 CC 0 0 0 CT 8 0 8 TT 15 22 37 1.019 0.000 0.428 019700 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 019705 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 019804 AA 19 16 35 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.062 0.029 020356 CC 14 2 16 CT 6 16 22 TT 1 5 6 0.114 3.969 0.131 020480 CC 0 0 0 CT 1 2 3 TT 20 21 41 0.012 0.048 0.055 020687 CC 9 5 14 CT 7 15 22 TT 3 2 5 0.626 3.337 0.667 020699 CC 18 22 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.025 021245 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 021615 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 021983 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 18 23 41 0.014 0.000 0.006 022162 CC 0 0 0 CT 7 0 7 TT 12 23 35 0.969 0.000 0.347 022967 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 022979 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 023854 CC 17 20 37 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.061 023856 AA 17 20 37 AT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.061 023888 CC 1 0 1 CT 1 0 1 TT 15 23 38 6.842 0.000 17.092 023948 CC 15 23 38 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.066 0.000 0.026 024058 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 23 42 0.013 0.000 0.006 024121 -- 0 0 0 +- 7 0 7 ++ 12 20 32 0.969 0.000 0.379 024311 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 19 20 39 0.053 0.000 0.026 024550 AA 19 20 39 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 024565 CC 12 20 32 CG 8 0 8 GG 0 0 0 1.250 0.000 0.494 024677 CC 3 3 6 CG 10 15 25 GG 9 5 14 0.007 2.272 0.977 025097 CC 18 23 41 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.014 0.000 0.006 025131 -- 1 0 1 +- 3 0 3 ++ 18 23 41 2.296 0.000 5.985 025205 AA 0 3 3 AG 3 16 19 GG 19 4 23 0.118 3.569 0.123 025221 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 025254 AA 1 0 1 AG 2 0 2 GG 13 23 36 2.939 0.000 8.724 025277 AA 3 4 7 AG 7 16 23 GG 5 3 8 0.037 3.569 1.698 025293 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 14 23 37 0.018 0.000 0.007 025403 CC 16 23 39 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.016 0.000 0.006 025572 CC 11 23 34 CT 6 0 6 TT 1 0 1 0.023 0.000 1.170 026079 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 026238 CC 15 23 38 CT 9 0 9 TT 0 0 0 1.278 0.000 0.527 026741 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 027252 CC 21 21 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 028166 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 22 42 0.198 0.000 0.095 028266 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 028274 AA 20 22 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.095 028351 AA 15 22 37 AG 9 0 9 GG 0 0 0 1.278 0.000 0.541 028919 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 028920 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 21 43 0.000 0.012 0.006 029408 CC 19 19 38 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.118 0.059 029547 CC 0 0 0 CG 6 0 6 GG 15 23 38 0.583 0.000 0.236 029621 GG 10 5 15 GT 11 15 26 TT 3 3 6 0.000 2.272 1.036 029654 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 029761 AA 13 23 36 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.668 0.000 0.249 029797 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 18 23 41 0.014 0.000 0.006 029798 AA 12 23 35 AC 6 0 6 CC 0 0 0 0.720 0.000 0.256 030242 CC 21 19 40 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.056 030291 CC 22 19 41 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.024 030341 AA 1 4 5 AG 8 12 20 GG 15 3 18 0.003 1.351 0.024 030359 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 031004 CC 1 4 5 CT 7 15 22 TT 16 3 19 0.044 2.954 0.135 031033 CC 15 23 38 CG 9 0 9 GG 0 0 0 1.278 0.000 0.527 031250 -- 19 23 42 +- 4 0 4 ++ 0 0 0 0.209 0.000 0.095 031260 CC 0 0 0 CG 7 0 7 GG 12 23 35 0.969 0.000 0.347 031499 AA 0 0 0 AG 9 0 9 GG 15 23 38 1.278 0.000 0.527 032226 CC 17 3 20 CT 6 14 20 TT 1 4 5 0.240 2.376 0.000 032233 AA 0 2 2 AG 2 7 9 GG 22 12 34 0.045 0.399 1.638 032463 GG 0 0 0 GT 0 2 2 TT 24 19 43 0.000 0.053 0.023 032758 CC 3 2 5 CT 11 16 27 TT 10 5 15 0.000 3.969 1.945 033437 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 033568 CC 20 22 42 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 033682 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 18 22 40 0.124 0.000 0.056 033869 AA 10 3 13 AG 8 14 22 GG 1 5 6 0.140 1.766 0.455 034138 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 034438 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 23 43 0.050 0.000 0.023 034611 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 18 23 41 0.124 0.000 0.055 034647 AA 21 22 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 035291 GG 12 5 17 GT 8 14 22 TT 4 2 6 1.500 2.738 0.072 035426 CC 22 21 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 035493 CC 14 19 33 CT 8 2 10 TT 2 0 2 0.296 0.053 1.069 035911 CC 23 17 40 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.015 0.006 036544 AA 0 3 3 AG 4 12 16 GG 18 3 21 0.220 2.000 0.000 036549 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 17 19 36 0.233 0.000 0.111 036756 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 036871 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 037194 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 037195 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 21 23 44 0.107 0.000 0.051 037450 AA 17 3 20 AG 6 15 21 GG 0 5 5 0.517 2.272 0.022 037513 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.052 037569 CC 7 5 12 CT 11 15 26 TT 5 3 8 0.030 2.272 0.889 037617 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 037644 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 038126 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 038154 AA 5 3 8 AC 9 14 23 CC 10 5 15 1.119 1.766 0.026 038219 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 038343 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 038367 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 20 20 40 0.050 0.000 0.025 038442 CC 18 22 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.025 038757 CC 11 3 14 CT 12 16 28 TT 1 4 5 1.059 3.569 2.636 038848 CC 16 3 19 CT 6 15 21 TT 0 5 5 0.548 2.272 0.050 038850 CC 1 0 1 CT 3 0 3 TT 18 23 41 2.296 0.000 5.985 039236 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 039257 CC 1 0 1 CG 8 0 8 GG 15 23 38 0.003 0.000 0.516 040239 -- 2 4 6 +- 12 14 26 ++ 9 3 12 0.517 2.376 1.835 040265 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 20 40 0.112 0.000 0.056 040309 * 040512 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 040517 AA 2 4 6 AG 12 15 27 GG 10 3 13 0.375 2.954 1.872 040721 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 040932 AA 1 0 1 AG 0 0 0 GG 23 22 45 24.000 0.000 46.000 040971 CC 18 3 21 CT 6 15 21 TT 0 4 4 0.490 2.954 0.152 041230 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 22 42 0.198 0.000 0.095 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 011687: TCT 024121: ga 025131: G 029797: c 031250: CTC 033682: A 038367: c 040239: G Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 040309 CC 14 21 35 040309 CG 0 0 0 040309 CT 7 0 7 040309 GG 0 0 0 040309 GT 1 0 1 040309 TT 1 0 1