Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000644 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.14 0.00 0.07 000887 T 0.40 0.07 0.22 C 0.60 0.93 0.78 0.48 0.12 0.34 000914 C 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 000922 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000943 G 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 000950 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 003428 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 003524 T 0.26 0.30 0.28 C 0.74 0.70 0.72 0.39 0.42 0.40 003596 C 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 004125 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004265 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004679 C 0.35 0.07 0.20 T 0.65 0.93 0.80 0.46 0.13 0.32 005027 A 0.29 0.31 0.30 G 0.71 0.69 0.70 0.41 0.43 0.42 005625 T 0.15 0.26 0.21 C 0.85 0.74 0.79 0.26 0.39 0.33 005723 T 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 005775 A 0.05 0.61 0.34 G 0.95 0.39 0.66 0.09 0.48 0.45 005812 C 0.14 0.00 0.07 A 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 005829 G 0.30 0.33 0.31 A 0.70 0.67 0.69 0.42 0.44 0.43 006048 C 0.17 0.00 0.09 T 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 006295 A 0.39 0.00 0.20 G 0.61 1.00 0.80 0.48 0.00 0.31 006409 C 0.06 0.61 0.33 T 0.94 0.39 0.67 0.12 0.48 0.44 006607 T 0.05 0.61 0.43 C 0.95 0.39 0.57 0.09 0.48 0.49 007543 A 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.13 009355 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009372 T 0.25 0.33 0.29 C 0.75 0.67 0.71 0.38 0.44 0.41 009678 C 0.65 0.07 0.36 T 0.35 0.93 0.64 0.46 0.12 0.46 009836 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 010633 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010993 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011674 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 011687 + 0.27 0.33 0.30 - 0.73 0.67 0.70 0.39 0.44 0.42 012000 G 0.24 0.00 0.12 C 0.76 1.00 0.88 0.36 0.00 0.22 012111 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 012204 A 0.27 0.31 0.29 G 0.73 0.69 0.71 0.40 0.43 0.41 012458 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012753 T 0.35 0.28 0.32 C 0.65 0.72 0.68 0.46 0.41 0.43 012759 T 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 013121 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 013183 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014229 G 0.29 0.32 0.30 C 0.71 0.68 0.70 0.41 0.43 0.42 014682 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014868 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 015184 T 0.10 0.59 0.34 C 0.90 0.41 0.66 0.19 0.48 0.45 015223 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015536 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015568 A 0.18 0.00 0.09 C 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 015667 A 0.20 0.07 0.13 T 0.80 0.93 0.87 0.31 0.12 0.23 017328 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 017338 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 017395 G 0.24 0.07 0.15 A 0.76 0.93 0.85 0.36 0.12 0.26 018055 C 0.20 0.08 0.15 T 0.80 0.92 0.85 0.33 0.15 0.26 018281 C 0.31 0.44 0.37 G 0.69 0.56 0.63 0.43 0.49 0.47 018531 T 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 018994 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 019171 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 019375 A 0.19 0.57 0.38 G 0.81 0.43 0.62 0.31 0.49 0.47 019405 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 019616 C 0.17 0.00 0.09 T 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 019700 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019705 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019804 G 0.00 0.06 0.03 A 1.00 0.94 0.97 0.00 0.10 0.05 020356 T 0.19 0.57 0.39 C 0.81 0.43 0.61 0.31 0.49 0.47 020480 C 0.02 0.04 0.03 T 0.98 0.96 0.97 0.05 0.08 0.07 020687 T 0.34 0.43 0.39 C 0.66 0.57 0.61 0.45 0.49 0.48 020699 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 021245 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021615 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021983 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 022162 C 0.18 0.00 0.08 T 0.82 1.00 0.92 0.30 0.00 0.15 022967 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 022979 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023854 T 0.00 0.07 0.04 C 1.00 0.93 0.96 0.00 0.12 0.07 023856 T 0.00 0.07 0.04 A 1.00 0.93 0.96 0.00 0.12 0.07 023888 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.07 023948 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.11 0.00 0.05 024058 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024121 - 0.18 0.00 0.09 + 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 024311 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 024550 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024565 G 0.20 0.00 0.10 C 0.80 1.00 0.90 0.32 0.00 0.18 024677 C 0.36 0.46 0.41 G 0.64 0.54 0.59 0.46 0.50 0.48 025097 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 025131 - 0.11 0.00 0.06 + 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 025205 A 0.07 0.48 0.28 G 0.93 0.52 0.72 0.13 0.50 0.40 025221 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025254 A 0.12 0.00 0.05 G 0.88 1.00 0.95 0.22 0.00 0.10 025277 A 0.43 0.52 0.49 G 0.57 0.48 0.51 0.49 0.50 0.50 025293 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 025403 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.02 025572 T 0.22 0.00 0.10 C 0.78 1.00 0.90 0.35 0.00 0.18 026079 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026238 T 0.19 0.00 0.10 C 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 026741 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 027252 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028166 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 028266 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028274 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 028351 G 0.19 0.00 0.10 A 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.18 028919 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028920 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029408 T 0.00 0.07 0.04 C 1.00 0.93 0.96 0.00 0.13 0.07 029547 C 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 029621 T 0.35 0.46 0.40 G 0.65 0.54 0.60 0.46 0.50 0.48 029654 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029761 G 0.16 0.00 0.07 A 0.84 1.00 0.93 0.27 0.00 0.13 029797 - 0.03 0.00 0.01 + 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 029798 C 0.17 0.00 0.07 A 0.83 1.00 0.93 0.28 0.00 0.14 030242 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 030291 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 030341 A 0.21 0.53 0.35 G 0.79 0.47 0.65 0.33 0.50 0.45 030359 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031004 C 0.19 0.52 0.35 T 0.81 0.48 0.65 0.30 0.50 0.45 031033 G 0.19 0.00 0.10 C 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 031250 + 0.09 0.00 0.04 - 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 031260 C 0.18 0.00 0.08 G 0.82 1.00 0.92 0.30 0.00 0.15 031499 A 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 032226 T 0.17 0.52 0.33 C 0.83 0.48 0.67 0.28 0.50 0.44 032233 A 0.04 0.26 0.14 G 0.96 0.74 0.86 0.08 0.39 0.25 032463 G 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 032758 C 0.35 0.43 0.39 T 0.65 0.57 0.61 0.46 0.49 0.48 033437 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033568 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 033682 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 033869 G 0.26 0.55 0.41 A 0.74 0.45 0.59 0.39 0.50 0.49 034138 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034438 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 034611 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 034647 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 035291 T 0.33 0.43 0.38 G 0.67 0.57 0.62 0.44 0.49 0.47 035426 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 035493 T 0.25 0.05 0.16 C 0.75 0.95 0.84 0.38 0.09 0.26 035911 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 036544 A 0.09 0.50 0.28 G 0.91 0.50 0.72 0.17 0.50 0.40 036549 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 036756 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036871 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 037194 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 037195 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 037450 G 0.13 0.54 0.34 A 0.87 0.46 0.66 0.23 0.50 0.45 037513 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 037569 T 0.46 0.46 0.46 C 0.54 0.54 0.54 0.50 0.50 0.50 037617 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 037644 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 038126 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 038154 A 0.40 0.45 0.42 C 0.60 0.55 0.58 0.48 0.50 0.49 038219 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 038343 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 038367 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 038442 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 038757 T 0.29 0.52 0.40 C 0.71 0.48 0.60 0.41 0.50 0.48 038848 T 0.14 0.54 0.34 C 0.86 0.46 0.66 0.24 0.50 0.45 038850 C 0.11 0.00 0.06 T 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 039236 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 039257 C 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 040239 - 0.35 0.52 0.43 + 0.65 0.48 0.57 0.45 0.50 0.49 040265 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 040309 * 040512 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 040517 A 0.33 0.52 0.42 G 0.67 0.48 0.58 0.44 0.50 0.49 040721 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 040932 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 040971 T 0.12 0.52 0.32 C 0.88 0.48 0.68 0.22 0.50 0.43 041230 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 011687: TCT 024121: ga 025131: G 029797: c 031250: CTC 033682: A 038367: c 040239: G Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 040309 G 0.02 0.00 0.01 T 0.22 0.00 0.11 C 0.76 1.00 0.88