************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 cd36a.phase.inp cd36a.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST cd36a.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates cd36a.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual cd36a.phase.out_recom : estimates of recombination parameters cd36a.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 101 Positions of loci: 106 861 1021 1024 1547 2162 2306 2387 2521 2638 2996 3094 3157 3342 3412 3991 4134 4249 4366 4648 4990 4993 7167 7175 7430 7663 7854 7947 7988 8583 8595 8796 9152 9473 9474 9505 9534 9600 9663 10381 11137 11155 11472 11554 11684 11741 11890 12145 12269 12403 12919 12998 13388 13528 13577 13758 13936 13973 14076 14081 14299 14455 14882 14903 15932 15975 16040 16568 17093 17418 17743 17800 18662 18966 19151 19228 19277 19386 19877 20028 20644 21731 21891 22296 22749 23463 23533 23689 24426 25025 25580 26076 26089 26512 27003 27418 28314 28375 28685 29225 29894 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file cd36a.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GTTATAAIGGCAGDCAGTACTAAACCGGCCTAICGTTGGCICACATAAIGACAIATTGGCGATGAATATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 2 GTTATAAIGGCAGDCAGTACTAAACCGGCCTAITGTTGGCICACATAAIGACAIATTGGCGATGAAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 3 GTTATAAIGGCAGDCAGTACTAAACCGGCCTAITGTTGGCICACATAAIGACAIATTGGCGATGAAGATIADTGAADTTITDGGTCAAATCAGCTTIGGGI 1.000000 4 GTTATAAIGGCAGDCAGTACTAAACCGGCCTAITGTTGGCICACATAAIGACAIATTGGCGATGAAGATIADTGAADTTITDGGTCAAATCAGATTIGGGI 2.000000 5 GTTATAAIGGCAGDCAGTACTAAACCGGCCTAITGTTGGCICACATAAIGACAIATTGGCGATGAAGATIADTGAADTTITDAGTCGAATTGTATTITAAI 1.000000 6 GTTATAAIGGCAGDCAGTACTAAACCGGCCTAITGTTGGCICACATAAIGACAIATTGGCGATGAAGATIADTGAAITTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 7 GTTATAAIGGCAGDCAGTACTAAACCGGCCTAITGTTGGCICACATAAIGACAIATTGGCGATGAATATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 2.000000 8 GTTATAAIGTCAGDCAGCACTAAACCGGCCTADTGTTGGCDCACATAAIGACAIATTGGCGATGAAGATDADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 9 GTTATAAIGTCAGDCAGCACTAAACTGGCTTADTGTTGGCDCACATAAIGACAIATCGGCAATAGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 10 GTTATAAIGTCAGDCAGCACTAAACTGGCTTADTGTTGGCDCACATAAIGACAIATTGGCGATGAAGATDADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 2.000000 11 GTTATAAIGTCAGDCAGCACTAGACTGGCTTADTGTTGGCDCACATAAIGACAIATTGGCGATGAAGATDADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 2.000000 12 GTTATAAIGTCAGDCAGTACTAAACCGGCCTAITGTTGGCICACATAAIGACAIATTGGCGATGAAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 2.000000 13 GTTATAAIGTAAGDCATCACCAGACCGGACTAITGTCAGTICCTTTAGICACAIATTGGCAATGAAGATIADTGAADTTITDGGTCAAATCAGATTIGGGI 1.000000 14 GTTATAADGTCAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTAADCACADTTTAGCATTGGAGATIGDCGGADTTITIGCCTGGTTTGTCCTITAAD 1.000000 15 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGAAIADCGGADTCITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 16 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGAAIADCGGADTCIGDGCCTGGTTTGGACTITAAD 1.000000 17 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 4.000000 18 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCCITAAD 1.000000 19 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAADTTITDGGTCAAATCGGATTITGGI 2.000000 20 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAAITTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 8.000000 21 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAAITTITDGCCTGGTTTGGCCTDTAAD 1.000000 22 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAAITTITDGCCTGGTTCGGCCTITAAD 1.000000 23 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAAITTITDGGCTGGTTTGGCCTDTAAD 1.000000 24 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAAITTITDGGCCAGATCGGCCTITGGI 1.000000 25 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAAITTITDGGTCAAATCGGATTITGGI 1.000000 26 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGACDTTITDGGTCAAATCGGATTITGGD 1.000000 27 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIGDCAGADTTITDGGTCAAATCGGATTITGGI 1.000000 28 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCGITTCGGCAATGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTDTAAD 2.000000 29 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGICGCGITTCGGCAATGGAGATIAICGGADCTDTDGCCTGGTGTGGCCTITAAD 2.000000 30 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGDCGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 31 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAGTICCTTCAGDCGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAAITTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 32 GTTATAADGTCGGDCATCACCGGACCAGACTAICGTCAATICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAAITTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 2.000000 33 GTTATAADGTCGGDCCTCTCCAGACCGGACTAITGTCAGTICCTTCAGICGCAITTCGGCAATGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 34 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAICGTTAGTICCTTTGADCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGAADTTITDGGTCAAATCGGATTITGGI 1.000000 35 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTCAGTICCTTTGADCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGACDTTITDGCTCAAATCGGATTITGGI 1.000000 36 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGADCACADTTTAGCATTGGAGAAIGDCAGADTTITIGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 37 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGADCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGACDTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 4.000000 38 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGADCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGACDTTITDGGTCAAATCAGATTIGGGI 1.000000 39 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGGDCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 40 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGGDCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGAADTTITDGGTCAAATCGGATTITGGI 9.000000 41 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGGDCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGAADTTITDAGTCAAATCGGATTITGGI 1.000000 42 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGGDCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGAADTTITIGGTCAAATCGGATTITGGI 1.000000 43 GTTATAADATAAADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAATICCTTTGADCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGACDTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 44 GTTATAADATAGADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGGDCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTDTAAD 1.000000 45 GTTATAADATAGADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGGDCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGAADTTITDGCTCAAATCGGATTITGGI 1.000000 46 GTTATAADATAGADCCTCTACAAACCGGACTAITGTTAGTICCTTTGGDCACADTTTAGCATTGGAGATIADTGAADTTITDGGTCAAATCAGATTIGGGI 1.000000 47 GTTAGAADGTCGGDCATCTACAGGCCGGACTAITGTCGGTITCTTCAGICACAIATCGGCAATAGAGATIAICGGADCTIGDGCCTGGTTTGGACTITAAD 1.000000 48 GTTAGAADGTCGGDCATCTACGGGCCGGACTAITGTCGGTITCTTCAGICGCAITTCGGCAATAGAGATIADTGAADTTITDAGTCGAATTGTATTITAAI 1.000000 49 GTTAGAADGTAAADCATCACCAGACCAAACTGITAACAGTICATTTAGICACAIATCGGCAATGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 3.000000 50 GTTGTAADGTAAAICATCACCGGGCCGGACAAITGTCGGTICCTTCAGICGCAIATCGGCAATAGAGATIAICGGADCTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 51 GTTGTAADGTAAAICATCAACGGACCAGACAAITGTCGGTICCTTCAGICGCAIATCGGCAATAGAGATIAICGGADCTDTDGCCTGGTGTGGCCTITAAD 2.000000 52 GTTGTAADGTAAAICATCAACGGACCAGACAAITGTCGGTICCTTCAGICGCAIATCGACAATAGAGGTIADTGAADTTITDGGTCAAATCGGATTITGGI 1.000000 53 GTTGTAADGTAAAICATCAACGGACCAGACAAITGTCGGTICCTTCAGICGCAIATCGACAATAGAGGTIGDCAGADTTITDGGTCAAATCGGATTITGGI 1.000000 54 GCTATAADGTAAADCATCACCAGACCAAACAAITGTCGGTICCTTCAGICGCAIATCGGCAATGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 55 GCTGTAADGTAAAICATCACCAGACCAAACAAITGTCGGTICCTTTAGIGGCAIATCGGCAATGGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 56 GCTGTAADGTAAAICATCAACGGACCAGACAAITGTCGGTICCTTCAGICGCAIATCGGCAATAGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 57 GCTGTAADGTAAAICATCAACGGACCAGACAAITGTCGGTICCTTCAGICGCAIATCGGCAATAGAGATIADTGAADTTITDGCCTGGTTTGGCCCITAAD 2.000000 58 TTCATGGDGTCAGDTATCACCAGAACGGACTAITGTCGGTICCTTCAGICAAAIACCGGAAACGGGGATIADTGGADTTITIGCCTGGTTTGGCCTITAAD 1.000000 59 TTCATGGDATAAADTATCACCAGAACGGACTAITGTCGATICCTTCAGICAAAIACCGGAAACGGGGATIADTGGADTTIGIGGTCGAATTGGACTITGAI 1.000000 60 TTCATGGDATAAADTATCACCAGAACGGACTAITGTCGATICCTTCAGICAAAIACCGGAAACGGGGGTIADTGGADTTIGIGGTCGAATTGGACTITAAI 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,15) D002: (7,52) D003: (17,18) D004: (48,50) D005: (29,58) D006: (11,49) D007: (14,59) D008: (49,53) D009: (5,17) D010: (33,51) D011: (7,55) D012: (47,60) D013: (54,56) D014: (20,29) D015: (11,51) D016: (12,27) D033: (39,57) D034: (8,26) D035: (13,16) D036: (37,49) D037: (10,12) D038: (2,9) D039: (4,10) D040: (36,57) E001: (20,21) E002: (40,40) E003: (32,43) E004: (20,20) E005: (20,38) E006: (40,42) E007: (28,28) E008: (22,34) E009: (17,20) E010: (19,37) E011: (20,25) E012: (40,44) E013: (40,41) E014: (30,31) E015: (4,40) E016: (3,40) E017: (6,32) E018: (19,35) E019: (40,46) E020: (40,45) E021: (23,24) E022: (17,37) E023: (20,37) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G T T A T A A I G G C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I C G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A T A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A A I A [D] [C] G G A D T C I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 D002 G T T A T A A I G G C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A T A T I A D T G A A D T T I T D G (C) (C) (T) (G) (G) (T) T T G G (C) (C) T I T (A) (A) D G T T G T A A D G T A A A I C A T C A A C G G A C C A G A C A A I T G T C G G T I C C T T C A G I C G C A I A T C G A C A A T A G A G G T I A D T G A A D T T I T D G (G) (T) (C) (A) (A) (A) T [C] G G (A) (T) T I T (G) (G) [I] 0 D003 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C C I T A A D 0 D004 G T T A (G) A A D G T (C) [G] G (D) C A T C (T) (A) C G G G C C G G A C (T) A I T G T C G G T I (T) C T T C A G I C G C A I (T) T C G G C A A T A G A G A T I A (D) (T) G (A) A D (T) T I T D (A) (G) (T) (C) G (A) (A) T T G (T) (A) (T) T I T A A (I) G T T [G] (T) A A D G T (A) A [A] (I) C A T C (A) (C) C G G G C C G G A C (A) A I T G T C G G T I (C) C T T C A G I C G C A I (A) T C G G C A A T A G A G A T I A (I) (C) G (G) A D (C) T I T D (G) (C) (C) (T) G (G) (T) T T G (G) (C) (C) T I T A A (D) 0 D005 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C G I T T C G G C A A T G G A G A T I A I C G G A D C [T] D T D G C C T G G T G T G G C C T I T A A D T T C A T G G D G T C A G D T A T C A C C A G A A C G G A C T A I T G T C G G T I C C T T C A G I C A A A I A C C G G A A A C G G G G A T I A D T G G A D T T I T I G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 D006 G T T A T A A I G T C A G D C A G C A C T A G A C T G G C T T A D T G T T G G C D C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T D A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A G A A D G T A A A D C A T C A C C A G A C C A A A C T G I T A A C A G T I C A T T T A G I C A C A I A T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 D007 G T T A T A A D G T C A [A] D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T A A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I G D C G G A D T T I T [I] G C C T G G T T T G T C C T I T A A D T T C A T G G D A T A A A D T A T C A C C A G A A C G G A C T A I T G T C G A T I C C T T C A G I C A A A I A C C G G A A A C G G G G A T I A D T G G A D T T I G I G G T C G A A T T G G A C T I T G A I 0 D008 G T T A G A A D G T A A A D C A T C A C C A G A C C A A A C T G I T A A C A G T I C A T T T A G I C A C A I A T C G G C A A T G G A G A T I (A) D (T) (G) (A) A D T T I T D G (C) (C) (T) (G) (G) (T) T (T) G G (C) (C) T I T (A) (A) (D) G T T G T A A D G T A A A I C A T C A A C G G A C C A G A C A A I T G T C G G T I C C T T C A G I C G C A I A T C G A C A A T A G A G G T I (G) D (C) (A) (G) A D T T I T D G (G) (T) (C) (A) (A) (A) T (C) G G (A) (T) T I T (G) (G) (I) 0 D009 G T T A T A A I G G C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T I A D T G A A D T T I T D (A) (G) (T) [C] G (A) (A) T T G (T) [A] (T) T I T A A (I) G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D (G) (C) (C) [T] G (G) (T) T T G (G) [C] (C) T I T A A (D) 0 D010 G T T A T A A D G T C G G D C C T C T C C A G A C C G G A C T A I T G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T G T A A D G T A A A I C A T C A A C G G A C C A G A C A A I T G T C G G T I C C T T C A G I C G C A I A T C G G C A A T A G A G A T I A I C G G A D C [T] D T D G C C T G G T G T G G C C T I T A A D 0 D011 G T T A T A A I G G C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A T A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G C T G T A A D G T A A A I C A T C A C C A G A C C A A A C A A I T G T C G G T I C C T T T A G I G G C A I A T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 D012 G T T A [G] A A D G T C G G D C A T C T A C A G G C C G G A C T A I T G T C G G T I T C T T C A G I C A C A I A T C G G C A A T A G A G A T I A I C G G A D C [T] I G D G C C T G G T T T G G A C T I T A A D T T C A T G G D A T A A A D T A T C A C C A G A A C G G A C T A I T G T C G A T I C C T T C A G I C A A A I A C C G G A A A C G G G G G T I A D T G G A D T T I G I G G T C G A A T T G G A C T I T A A I 0 D013 G C T (A) T A A D G T A A A D C A T C A C C A G A C C A A A C A A I T G T C G G T I C C T T C A G I C G C A I A T C G G C A A T (G) G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G C T (G) T A A D G T A A A I C A T C A A C G G A C C A G A C A A I T G T C G G T I C C T T C A G I C G C A I A T C G G C A A T (A) G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 D014 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C G I T T C G G C A A T G G A G A T I A I C G G A D C [T] D T D G C C T G G T G T G G C C T I T A A D 0 D015 G T T A T A A I G T C A G D C A G C A C T A G A C T G G C T T A D T G T T G G C D C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T D A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T G T A A D G T A A A I C A T C A A C G G A C C A G A C A A I T G T C G G T I C C T T C A G I C G C A I A T C G G C A A T A G A G A T I A I C G G A D C [T] D T D G C C T G G T G T G G C C T I T A A D 0 D016 G T T A T A A I G T C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T I (A) D (T) (G) (A) A D T T I T D G (C) (C) (T) (G) (G) (T) T (T) G G (C) (C) T I T (A) (A) (D) G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I (G) D (C) (A) (G) A D T T I T D G (G) (T) (C) (A) (A) (A) T (C) G G (A) (T) T I T (G) (G) (I) 0 D033 G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G [G] D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G C T G T A A D G T A A A I C A T C A A C G G A C C A G A C A A I T G T C G G T I C C T T C A G I C G C A I A T C G G C A A T A G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C C I T A A D 0 D034 G T T A T A A I G T C A G D C A G C A C T A A A C C G G C C T A D T G T T G G C D C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T [D] A D T G A A D T T I T D G (C) (C) (T) (G) (G) (T) T (T) G G (C) (C) T I T (A) (A) D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A C D T T I T D G (G) (T) (C) (A) (A) (A) T (C) G G (A) (T) T I T (G) (G) D 0 D035 G T T A T A A I G T A A G D C A T C A C C A G A C C G G A C T A I T G T C A G T I C C T T T A G I C [A] C A I A T T G G C A A T G A A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C A G A T T I G G G I G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A A I A [D] [C] G G A D T C I G D G C C T G G T T T G G A C T I T A A D 0 D036 G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A C D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A G A A D G T A A A D C A T C A C C A G A C C A A A C T G I T A A C A G T I C A T T T A G I C A C A I A T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 D037 G T T A T A A I G T C A G D C A G C A C T A A A C T G G C T T A D T G T T G G C D C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T D A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A I G T C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 D038 G T T A T A A I G G C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A I G T C A G D C A G C A C T A A A C T G G C T T A D T G T T G G C D C A C A T A A I G A C A I A T C G G C A A T A G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 D039 G T T A T A A I G G C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C A G A T T I G G G I G T T A T A A I G T C A G D C A G C A C T A A A C T G G C T T A D T G T T G G C D C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T D A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 D040 G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A A I G D C A G A D T T I T I G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G C T G T A A D G T A A A I C A T C A A C G G A C C A G A C A A I T G T C G G T I C C T T C A G I C G C A I A T C G G C A A T A G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C C I T A A D 0 E001 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T D T A A D 0 E002 G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I 0 E003 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A A T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A A T I C C T T T G A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A [C] D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 E004 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 E005 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G (C) (C) (T) (G) (G) (T) T (T) (G) G (C) (C) T I (T) (A) (A) (D) G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A [C] D T T I T D G (G) (T) (C) (A) (A) (A) T (C) (A) G (A) (T) T I (G) (G) (G) (I) 0 E006 G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T I G G T C A A A T C G G A T T I T G G I 0 E007 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C G I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T D T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C G I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T D T A A D 0 E008 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A [I] T T I T D G C C T G G T T C G G C C T I T A A D G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I C G T T A G T I C C T T T G A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A [A] D T T I T D G [G] T C A A A T C G G A T T I T G G I 0 E009 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 E010 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A [D] T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G [I] G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A [C] D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 E011 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I 0 E012 G T T A T A A D A T A (A) A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G [G] T C A A A T C G G A T T I T G G I G T T A T A A D A T A (G) A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T D T A A D 0 E013 G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D A G T C A A A T C G G A T T I T G G I 0 E014 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G D C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G D C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 E015 G T T A T A A I G G C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C A G [A] T T I G G G I G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I 0 E016 G T T A T A A I G G C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C A G C T T I G G G I G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I 0 E017 G T T A T A A I G G C A G D C A G T A C T A A A C C G G C C T A I T G T T G G C I C A C A T A A I G A C A I A T T G G C G A T G A A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A A T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 E018 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I [T] G T C A G T I C C T T T G A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A C D T T I T D G C T C A A A T C G G A T T I T G G I 0 E019 G T T A T A A D A T A (A) A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I G T T A T A A D A T A (G) A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C A G A T T I G G G I 0 E020 G T T A T A A D A T A (A) A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G G T C A A A T C G G A T T I T G G I G T T A T A A D A T A (G) A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G G D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C T C A A A T C G G A T T I T G G I 0 E021 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G G C T G G T T T G G C C T D T A A D G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G G C C A G A T C G G C C T I T G G I 0 E022 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A C D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D 0 E023 G T T A T A A D G T C G G D C A T C A C C G G A C C A G A C T A I C G T C A G T I C C T T C A G I C G C A I T T C G G C A A T G G A G A T I A D T G A A I T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D G T T A T A A D A T A A A D C C T C T A C A A A C C G G A C T A I T G T T A G T I C C T T T G A D C A C A D T T T A G C A T T G G A G A T I A D T G A [C] D T T I T D G C C T G G T T T G G C C T I T A A D END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = I ? G = A = = = = G T = = T A A = = = G = C ? ? = = = = = T ? ? C = = ? ? ? T = A = G A = = = A = T = = = G = = = A = T = T = ? ? ? = A = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D ? T = G = = = = T C = = C G G = = = A = A ? ? = = = = = C ? ? T = = ? ? ? C = G = C G = = = T = C = = = A = = = G = G = A = ? ? ? = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D002 = = = A = = = I = G C = G D = = G T = C T A A = = = G = C = T = = = = = T = = C = = A C A T = A = G ? ? = = = = T = G = G = = G A = T A = = = = = = = = = = ? = = ? = (C) (C) (T) (G) (G) (T) = ? = = (C) (C) = = = (A) (A) ? = = = G = = = D = T A = A I = = T C = A C G G = = = A = A = A = = = = = C = = T = = C T T C = G = C ? ? = = = = C = A = A = = A G = G G = = = = = = = = = = ? = = ? = (G) (T) (C) (A) (A) (A) = ? = = (A) (T) = = = (G) (G) ? 0 D003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = 0 D004 ? = ? ? (G) = = = = = (C) ? ? (D) ? = = = (T) (A) = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = (T) = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = (D) (T) = (A) = = (T) = = = = (A) (G) (T) (C) = (A) (A) = = = (T) (A) (T) = = = = = (I) ? = ? ? (T) = = = = = (A) ? ? (I) ? = = = (A) (C) = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = (A) = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = (I) (C) = (G) = = (C) = = = = (G) (C) (C) (T) = (G) (T) = = = (G) (C) (C) = = = = = (D) 0 D005 G = T = ? A A = = = = G = = C = ? = = ? = G = = C = A = = = = ? = C = = = A = = = = = = = = = = = = G C G = T T = = = C = = T = = A = = = = = I C = = = = C ? D = D ? = = = = = = G = = = = = = = = = = = T = C = ? G G = = = = A = = T = ? = = ? = A = = A = G = = = = ? = T = = = G = = = = = = = = = = = = A A A = A C = = = A = = C = = G = = = = = D T = = = = T ? I = I ? = = = = = = T = = = = = = = = = = = 0 D006 = = = = T = = I = = C = ? = = ? G = = = T = = = = T G G C T = A D = G T T G = C D ? = C A = = A = G = = = = = = T = = = G = = = A = = = = D ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = D = = A = ? = = ? T = = = C = = = = C A A A C = G I = A A C A = T I ? = T T = = G = C = = = = = = C = = = A = = = G = = = = I ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D007 G = T = = A A = G = C = ? ? C C ? = T A = = A = C = = = = = = = = = = = T A ? = = = = ? = T = A D = = C = D T T T A = C = T T = = A = = = = G = C = = = = = = = T ? ? C C T = G T = ? = T C = = = = A = D T = C = = G G = A = A = ? ? T A ? = A C = = G = A = = = = = = = = = = = C G ? = = = = ? = C = G I = = A = I A C C G = A = A C = = G = = = = A = T = = = = = = = G ? ? G T C = A A = ? = G A = = = = G = I 0 D008 = = = A G = = = = = = = = D = = = = = C = A = = = = = A = = T G = = A A = A = = = = A ? = T = = = = A = = = = = = = G = = = = G = = = A = = (A) = (T) (G) (A) = = = = = = = = (C) (C) (T) (G) (G) (T) = (T) = = (C) (C) = = = (A) (A) (D) = = = G T = = = = = = = = I = = = = = A = G = = = = = G = = A A = = G T = G = = = = C ? = C = = = = G = = = = = = = A = = = = A = = = G = = (G) = (C) (A) (G) = = = = = = = = (G) (T) (C) (A) (A) (A) = (C) = = (A) (T) = = = (G) (G) (I) 0 D009 = = = = = ? ? ? ? G = A = = = = G T = = T A A = = = G = C = = ? = T = = T G = C = = A C A T = A = G A = = = A = T = = = G = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? (A) (G) (T) ? = (A) (A) = = = (T) ? (T) = = = = = (I) = = = = = ? ? ? ? T = G = = = = T C = = C G G = = = A = A = = ? = C = = C A = T = = C T T C = G = C G = = = T = C = = = A = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? (G) (C) (C) ? = (G) (T) = = = (G) ? (C) = = = = = (D) 0 D010 = = = A = = = = = = C G G D = C = = T C = A = = = = G = = = T = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = T = ? ? ? ? = = = G = = = = = = ? ? T = A = = T ? I = ? = = = = = = = T = = = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = A A A I = A = = A A = G = = = = A = = = A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? ? ? ? = = = A = = = = = = ? ? C = G = = C ? D = ? = = = = = = = G = = = ? = = = = = = = 0 D011 ? T = A = = = I = G ? = G D ? = G T = = T = A = = = G G C = T = = = = = T = = C = = A C ? = = ? = = A = = = = = T = = = G = = = A = T = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = G = = = D = T ? = A I ? = T C = = C = G = = = A A A = A = = = = = C = = T = = C T ? = = ? = = G = = = = = C = = = A = = = G = G = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 G = T = ? A A = G = C G G = C = = = T A = = = G C = = = = = = = = = = = = = ? = = T = = = = = = = = = C = = = T = = = C = = T A = A = A = = = I C = = = = C ? = = ? ? C C ? = G T = = = = = = = = = = = D T = C = ? G G = A = A A A = T = = = A C = = = A A = = = = = = = = = = = = = ? = = C = = = = = = = = = A = = = C = = = A = = C G = G = G = = = D T = = = = T ? = = ? ? G T ? = A A = = = = = = = = = = = I 0 D013 = = = (A) = = = = = = = = = D = = = = = C = A = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = (G) = = = = = = = = = I = = = = = A = G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0 D014 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = D T = ? ? I T ? I = ? = = ? = = = = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = I C = ? ? D C ? D = ? = = ? = = = = G = = = = = = = = = = = 0 D015 = = = A = = = I = = C = G D = = G = = C T A = = = T G = C T T = D = = = T = = C ? ? A C A T = A = G A = = = = = T = = = G = = G A = = = = D ? ? T = A = = T ? I = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = G = = = D = = A = A I = = T = = A C G = = = C A = A C A = I = = = C = = T ? ? C T T C = G = C G = = = = = C = = = A = = A G = = = = I ? ? C = G = = C ? D = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 D016 = = = = = = = I = = = A = ? = = G T = = T A A = = = G = C = = = = T = = T G ? C = = A C A T = A = G A = = = A = ? ? ? ? G = = = A = = = = = (A) = (T) (G) (A) = = = = = = = = (C) (C) (T) (G) (G) (T) = (T) = = (C) (C) = = = (A) (A) (D) = = = = = = = D = = = G = ? = = T C = = C G G = = = A = A = = = = C = = C A ? T = = C T T C = G = C G = = = T = ? ? ? ? A = = = G = = = = = (G) = (C) (A) (G) = = = = = = = = (G) (T) (C) (A) (A) (A) = (C) = = (A) (T) = = = (G) (G) (I) 0 D033 ? T = A = = = = A = = = = D = C = = T = = A A = = = G = = = T = ? = = = T A = = = = = = = T G ? D = A = = D T = T ? ? ? = T = G = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = ? C = G = = = = G = = = = I = A = = A = = G G = = = A = = = A = ? = = = C G = = = = = = = C A ? I = G = = I A = C ? ? ? = A = A = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = 0 D034 = = = = = = = I = = = A = = = = G = = = T A A = = = G = C = = ? D T = = T G = C D ? A C A T = A = G A = = = A = T = = = G = = = A = = = ? ? = = = = = A = = = = = = = (C) (C) (T) (G) (G) (T) = (T) = = (C) (C) = = = (A) (A) = = = = = = = = D = = = G = = = = T = = = C G G = = = A = A = = ? I C = = C A = T I ? C T T C = G = C G = = = T = C = = = A = = = G = = = ? ? = = = = = C = = = = = = = (G) (T) (C) (A) (A) (A) = (C) = = (A) (T) = = = (G) (G) = 0 D035 ? ? ? ? = = = I = = A A = = = = = = = = = A = = = = G = = ? ? = = T = = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = A = T = = = = = = = A = = = ? ? ? ? ? = A = = = T = T = = G T C A A A = C A = = T = = G G G I ? ? ? ? = = = D = = C G = = = = = = = = = G = = = = A = = ? ? = = C = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = T = C = = = = = = = G = = = ? ? ? ? ? = G = = = C = G = = C C T G G T = T G = = C = = T A A D 0 D036 = = = = T = = = A = = = = = = C = = T A = = A = = = G G = = = A = = G T T = = = = = C = = = G A D = = = = D T = T A = = = T = = = = = = = = = = = = = C = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = G = = = G = = = = = = A = = A C = = G = = = A A = = = G = = A A C = = = = = A = = = A G I = = = = I A = C G = = = A = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = T = = = T = = D = = = = = = = D ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = C = = I = = = = = = = I ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D038 ? ? ? ? ? = = = = G = = = = = ? = T = = = = = = = C = = = C = = I = = = = = = = I ? = = = = = ? = = = = = = = = T = = = G = = G A = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = T = = = = = ? = C = = = = = = = T = = = T = = D = = = = = = = D ? = = = = = ? = = = = = = = = C = = = A = = A G = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D039 = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = C = = = C = = I = = = = = = = ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = I ? ? = = = = = = = = = = = G T C A A A = C A = A T = = G ? G I = = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = T = = = T = = D = = = = = = = ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = D ? ? = = = = = = = = = = = C C T G G T = T G = C C = = T ? A D 0 D040 ? ? ? ? = = = = A = = = = D = C ? = T = = A A = = = G = = = ? = = = = = T A = = = = = = = T G A D = A = = D T = T A = = = T = G = = = = A = G = C A G = = = = = = I ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? ? ? ? = = = = G = = = = I = A ? = A = = G G = = = A = = = ? = = = = = C G = = = = = = = C A G I = G = = I A = C G = = = A = A = = = = T = A = T G A = = = = = = D ? = = = = = = = = = = = = C = = = = = 0 E001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = D = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = ? = = = G = C G G = = A = = A C = G G = = = A = = = = = = ? = = C = = = = = = = = C A G ? = ? = = I = = C G = = = A = = = = = = ? ? = = = = ? ? I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = A = A A A = = C = = T A = A A = = = G = = = = = = ? = = T = = = = = = = = T G A ? = ? = = D = = T A = = = T = = = = = = ? ? = = = = ? ? D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 ? ? ? ? = = = = G = C G G = = A = = A C = G G = = = A = = = = = = C = = C = = = = = = = = C A G I = G = = I = = C G = = = A = = = = = = = = = ? = = ? ? I = = = = = = (C) (C) (T) (G) (G) (T) = (T) (G) = (C) (C) = = (T) (A) (A) (D) ? ? ? ? = = = = A = A A A = = C = = T A = A A = = = G = = = = = = T = = T = = = = = = = = T G A D = A = = D = = T A = = = T = = = = = = = = = ? = = ? ? D = = = = = = (G) (T) (C) (A) (A) (A) = (C) (A) = (A) (T) = = (G) (G) (G) (I) 0 E006 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = ? ? ? ? ? ? G G = = A = = A C = G G = = = A = = = = = = = = = C = = ? = = = = = C A G ? = G = = I = = C G = = = A ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? C T G G T = = = = C C = = = A A D = = = = = ? ? ? ? ? ? A A = = C = = T A = A A = = = G = = = = = = = = = T = = ? = = = = = T G A ? = A = = D = = T A = = = T ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? T C A A A = = = = A T = = = G G I 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = G = ? ? ? ? ? A = = A C = G G = = = A = = = = = = C = = C = = = = = = = = C A G ? = G = = I = = C G = = = A = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = G T C A A A = C = = A T = = = G G ? = = = = = = = = A = ? ? ? ? ? C = = T A = A A = = = G = = = = = = T = = T = = = = = = = = T G A ? = A = = D = = T A = = = T = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = C C T G G T = T = = C C = = = A A ? 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = C C T G G T = T = = C C = = = A A D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = G T C A A A = C = = A T = = = G G I 0 E012 = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? T C A A A = C = = A T = I = G G I = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? C T G G T = T = = C C = D = A A D 0 E013 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? D = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? I = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 E015 = = = = = = = I G G C = G = = A G T A C T = = = = = = = C = = = = = = = = G = C = = A C A = A A ? G = = = ? ? = = G = = G A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = G = = = = = = = = = = D A T A = A = = C T C T A C = = = = = = = A = = = = = = = = A = T = = C T T = G G ? C = = = ? ? = = A = = A T = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = T = = = 0 E016 = = = = = = = I ? G C = G = = ? ? T A C T = = = = = = = C = = = = = = = = G = C = = A C A = A ? I G = = = I A = = G = = G A = = A = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = G = = = = = = = = = = D ? T A = A = = ? ? C T A C = = = = = = = A = = = = = = = = A = T = = C T T = G ? D C = = = D T = = A = = A T = = G = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = T = = = 0 E017 = = = = ? = = I = G = A = = = = G T = = T A A = = = G = C = = = ? T = = T G G C = = A C A T = A = G A = ? ? A = T = = = G = = = A = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = D = T = G = = = = T C = = C G G = = = A = A = = = ? C = = C A A T = = C T T C = G = C G = ? ? T = C = = = A = = = G = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 E018 = = = = = = = = G = C G G = = A = = A C = G G = = = A = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = C A G ? = G = = I = = C G = = = A = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = A = A A A = = C = = T A = A A = = = G = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = T G A ? = A = = D = = T A = = = T = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E019 ? ? ? ? = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? = ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = T = = = ? ? ? ? = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? = ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = G = = = 0 E020 = = = = = = = = ? = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = G = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = C = = = = = = = = = ? = ? = = = = = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = T G = T = T = = = = = D = A A D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = C A = A = C = = = = = I = G G I 0 E022 = = = = = = = = G = C G G = = A = = A C = G G = = = A = = = = = ? C = = C = = = = = = = = C A G I = G = = I = = C G = = = A = = = = = = = = ? ? = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = A A A = = C = = T A = A A = = = G = = = = = ? T = = T = = = = = = = = T G A D = A = = D = = T A = = = T = = = = = = = = ? ? = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 ? = = = ? = = = G = C G G = = A ? = A C = G G = = = A = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = C A G I = G = = I ? ? C G = = = A = = = = = = = = = = = = ? ? I = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = ? = = = A = A A A = = C ? = T A = A A = = = G = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = T G A D = A = = D ? ? T A = = = T = = = = = = = = = = = = ? ? D = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 ? ? 1.00 = = ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = ? = 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 0.86 = ? = = 0.86 0.86 = = = 0.86 0.86 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = ? ? 0.60 = = = = = 0.79 ? ? 0.79 ? = = = 0.77 0.57 = = = = = = = = = = 0.79 = = = = = = = = = = 0.79 = = = = = = = = = = = = 0.78 = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 0.51 0.51 = 0.51 = = 0.51 = = = = 0.86 0.86 0.86 0.86 = 0.86 0.86 = = = 0.86 0.86 0.86 = = = = = 0.86 0.98 = 0.98 = ? 0.98 0.98 = = = = 1.00 = = 1.00 = ? = = ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? = = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 0.59 = 0.59 0.59 0.59 = = = = = = = = 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 0.83 = 0.83 = = 0.83 0.83 = = = 0.83 0.83 0.83 = = = = = ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0.58 0.58 0.58 ? = 0.58 0.58 = = = 0.58 ? 0.58 = = = = = 0.58 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = ? = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = ? 1.00 = 0.98 = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = = ? ? 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 0.82 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.77 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 = ? = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = 0.76 = 0.76 0.76 0.76 = = = = = = = = 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 0.79 = 0.79 = = 0.79 0.79 = = = 0.79 0.79 0.79 ? 0.98 = 0.99 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.66 0.66 0.66 0.66 0.66 0.66 = 0.66 = = 0.66 0.66 = = = 0.66 0.66 = ? ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = ? ? 1.00 = = = = = = 0.55 0.55 0.55 0.55 0.55 0.55 = 0.55 0.55 = 0.55 0.55 = = 0.55 0.55 0.55 0.55 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 0.56 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = 0.85 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? = ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = 0.96 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = END PHASEPROBS